Sélectionnez votre langue
Saliha ZENBOUDJI
Doctorante
CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
Tél. : +33 (0)4 67 61 32 94
Fax : +33 (0)4 67 61 33 36
Mon projet de thèse s’inscrit dans les thématiques de recherches développées dans l’équipe de Biogéographie et Ecologie des vertébrés et porte sur l’étude de l’histoire évolutive d’une espèce menacée, la tortue d’Hermann (Testudo hermanni) : de la phylogénie à la génétique du paysage.
Au cours de ma thèse plusieurs volets seront développés à différentes échelles spatio-temporelles :
1/ Histoire évolutive du complexe Testudo hermanni
Il s’agira de comprendre l’histoire évolutive de T. hermanni sur l’ensemble de son aire de répartition, en particulier reconstituer les relations de parenté entre populations (continentales et insulaires, introduites et autochtones) et dater leur mise en place.
Cette étude sera réalisée à l’aide de gènes mitochondriaux (Cytochrome b, ND4, COI) et nucléaires (R35, ITS2). Des analyses de datation moléculaire permettront de dater les différentes lignées mises en évidence. L’objectif sera d’estimer la date de la mise en place des différentes populations (en particulier continentales et insulaires) mais aussi de replacer ces estimations temporelles dans le contexte biogéographique plus large de l’ensemble du bassin méditerranéen.
2 / Histoire des populations de Testudo hermanni hermanni
Cet aspect de la thèse portera sur l’histoire des populations ouest-européennes (France, Espagne et Italie) et plus particulièrement sur les populations continentales et insulaires d’Espagne et France qui font l’objet de suivis écologiques soutenus depuis de nombreuses années. L’influence du facteur temps sur la variabilité et la structure des populations pour des espèces à faible capacité de dispersion sera ici au cœur du problème.
Plusieurs questions seront abordées : Quel est le degré de divergence génétique entre populations continentales (Catalogne / Var / Italie continentale) et insulaires (Corse / Baléares / Sardaigne / Sicile) ? Quelle est l’origine des populations insulaires et des populations introduites (île de Minorque, Majorque et delta de l’Ebre) ? Les populations en expansion (delta de l’Ebre et Minorque) et en régression (Massif des Maures et des Albères) montrent-elles des patrons de diversification différents ?
Cette partie de la thèse sera basée sur l’utilisation de marqueurs microsatellites. Une banque de locus microsatellites a été réalisée par pyroséquençage à haut débit, à partir d’ADN de Testudo hermanni hermanni. En plus des locus microsatellites, des marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) seront utilisés pour affiner les différentes questions, notamment au niveau populationnel. Ces marqueurs permettront de comprendre les mécanismes de différentiation des populations, voire d’aborder la base génétique de l’adaptation aux environnements locaux (identification de mutations caractéristiques de différentes populations dans différents environnements).
3/ Influence des perturbations à l’échelle microgéographique
Dans cette partie de la thèse, il s’agira d’étudier comment le paysage et les caractéristiques environnementales, influent sur les flux géniques et la structure génétique des populations (génétique du paysage). Les questions suivantes seront abordées : quelle est l’influence de la fragmentation des habitats sur la structuration génétique des populations ? Quelle est l’intensité des échanges géniques (actuels et passés) et quels sont les facteurs susceptibles de limiter la connectivité entre populations ?
Dans le cadre de la protection des populations françaises de la tortue d’Hermann, plusieurs programmes de suivi à long terme sont en cours (Plan National d’Action, programme Life+ nature). Ces études visent à mieux comprendre la dynamique et la viabilité des populations face à des perturbations telles que les incendies, le morcellement du paysage, ou l’évolution défavorable des habitats. Elles mettent en œuvre des suivis individuels par capture-marquage-recapture et par radiotracking, en lien avec la structure des paysages à différentes échelles spatiales. Dans ce cadre, une étude génétique fine (basée sur les locus microsatellites et SNP) permettra d’apporter des éléments de réponse concernant la mesure des flux géniques. Le but sera d’évaluer l’influence des barrières géographiques (cours d'eau, reliefs, massifs forestiers denses) et anthropiques (voies de communication, zones urbanisées ou cultivées) sur la structuration génétique des populations. Il s’agira en outre de vérifier, par comparaison de sites avec et sans réintroduction de tortues, si les introductions de tortue d’origine étrangère (tortue d’Hermann des Balkans ou de Corse) réalisées entre 1986 et 1998 ont laissé une empreinte décelable dans le génome de la population autochtone de tortue d’Hermann, et si ces génomes exogènes ont diffusé à partir des points d’introduction connus.
4 / Conséquences en biologie et génétique de la conservation
L’identification des populations/groupes génétiquement différenciés aura des implications dans les mesures de protection et de gestion à adopter. Ce travail permettra tout d’abord d’identifier les populations présentant une réduction significative de diversité génétique, et donc une capacité réduite sur le plan adaptatif. Elle permettra également d’estimer les taux d’introgression au sein des différentes populations et de caractériser les individus les plus aptes à participer aux opérations de renforcement de population. Il s’agit d’apporter des arguments aux questions que posent les opérations de réintroduction envisagées pour cette espèce : vaut-il mieux conserver les spécificités génétiques de la population originelle (adaptation locale) alors que celles-ci suggèrent un risque lié à la perte de diversité ou vaut-il mieux restaurer la diversité génétique de la population et, dans ce cas, à partir de quels génotypes ?
L’analyse de la structuration génétique des populations insulaires et continentales (Italie, France, Espagne) permettra de résoudre certains points en débat dans les programmes de conservation en cours : a-t-on affaire à des entités de conservation originales et distinctes ? Quelles en sont les conséquences pour les projets de réintroduction ou de renforcement en cours ou en projet, notamment en France et en Espagne ?
Mots-clefs: Testudo hermanni, génétique des populations, génétique du paysage, biologie de la conservation, phylogéographie, datations moléculaires, histoire évolutive, microsatellites, SNP, ADN mitochondriale et nucléaire.
Cursus universitaire
Ø Février 2012 : Doctorante de l’Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE) au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE-CNRS). Sujet de thèse : Histoire évolutive d’une espèce menacée, la tortue d’Hermann (Testudo hermanni) : de la phylogénie à la génétique du paysage.
Encadrement : Claudine MONTGELARD
Ø 2010–2011: Master deuxième année à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Spécialité : Biologie Santé Ecologie. Parcours : Ecologie et Gestion de la Biodiversité (EGB-Recherche).
Ø 2009–2010: Master première année à la Faculté des sciences de Montpellier. Parcours : Biodiversité Ecologie Evolution. Environnement.
Ø 2006–2007: Ingénieur en Ecologie Animale. Option: Gestion des Populations. Faculté des Sciences Biologique et Agronomique de Tizi-Ouzou (ALGERIE).
Publications
- Lara Sousa, Rui Seabra, Raquel Xavier, Nuno Queiroz, Saliha Zenboudji, David S. Wethey and Fernando P. Lima(2012)Fate of a climate-driven colonization: demography of newly-established populations of Patella rustica in northern Portugal. Journal of Experimental Marien Biology and Ecology
- António Múrias dos Santos, Raquel Xavier, Saliha Zenboudji, Tristão Branco, Madalena Branco(2011) Stenosoma stephenseni (Isopoda, Idoteidae), a new species from the SW Mediterranean and Alboran Sea, with a note on the nomenclatural status of the genus name Synisoma Collinge, 1917. ZooKeys
- Xavier, R.; Zenboudji, S.; Santos, A.M.; Harris, D.J.; Lima, F.P.; Branco,M (2011)M. MtDNA and nuclear sequence data from a direct-brooder marine isopod, S. nadejda (Rezig, 1989), in the Atlantic North Africa and the Western Mediterranean reveals complex phylogeograpic patterns and a new species. Biological Journal of The Linnean Society.
- Gagnaire, P.A.; Minegishi, Y.; Zenboudji, S.; Valade, P.; Aoyama, J. ; Berrebi, P. (2011)The genetic footprints of allopatric isolation in Anguilla marmorata: introgression across a semi-permeable barrier to gene flow highlights fine population structure. Evolution.
- Xavier, R.; Zenboudji, S.; Santos, A.M.; Harris, D.J.; Lima, F.P.; Branco,M Genetic patterns of diversity of the marine isopod Stenosoma nadejda (Rezig, 1989) along Northwest Africa and the Alboran Sea reveal highly divergent lineages and a putative new species. Molecular Phylogenetics and Evolution (en revision).
Séminaires/Colloques
- Août 2012 : Participation au 3ème congrès européen de biologie de la conservation à Glasgow. Communication écrite « Genetic Structure of an Endangered Species: Hermann's Tortoise (Testudo hermanni hermanni) in Western Europe Revealed by Microsatellites Markers and Implications for Conservation ».
- Mai 2012 :Participation au 4èmes journées francophones des sciences de la conservation : LE RÉVEIL DU DODO à Dijon. Communication orale : « Structure génétique d'une espèce menacée : la tortue d'Hermann (Testudo hermanni hermanni) en Europe occidentale. Implications pour la conservation».
- Septembre 2011 : Participation au 39ème congrès de la Société Herpétologique de France à Saint Brisson (Bourgogne). Communication écrite « Apport des marqueurs microsatellites à la conservation d’une espèce menacée : la tortue d’Hermann ».
- Août 2011 : Participation à la 33ème réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations, Petit Pois Déridé 2011 à Toulouse. Communication écrite « Apport des marqueurs microsatellites à la conservation d’une espèce menacée : la tortue d’Hermann ».
Collaborations
Intra-CEFE :
Marc CHEYLAN
Thibaut COUTURIER
Guillelme ASTRUC
Véronique ARNAL
Anne-Laure FERCHAUD
Externe au CEFE :
Albert BERTOLERO - Ecosistemes Aquàtics – IRTA, Tarragona (Espagne).
Marta MASSANA - PhD, université de Barcelone (Espagne)
Giorgio BERTORELLE - Université de Ferrara (Italie)
Anne-Laure FERCHAUD
Ancienne post-doctorante ATER
CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
Tél. : +33 (0)4 67 61 32 54
Fax :+33 (0)4 67 61 33 36
Mots-clés : génétique de la conservation, structuration génétique, ADN mitochondriales, microsatellites, phylogéographie, datation moléculaire, histoire évolutive, fragmentation de l’habitat, Reptiles, Vipera, Iberolacerta.
Discipline : de la phylogénie à la génétique du paysage
Approche : terrain + laboratoire (biologie moléculaire)
Techniques : extraction de l’ADN, amplification de l’ADN (PCR), séquençage, génotypage microsatellites, analyse de séquences, reconstructions phylogénie, datation moléculaires simulations par coalescence, méthodes d’Approximate Bayesian Computation.
Recherche
Dans un contexte de changement global et de conservation de la biodiversité, c’est une priorité de conserver et protéger la biodiversité et les espèces en général. Mais il est encore plus important de comprendre et essayer de maintenir les processus évolutifs et les fonctions de cette biodiversité. C’est pourquoi mes intérêts scientifiques se portent principalement sur la compréhension de l’histoire évolutive des espèces. Comment les espèces atteignent leur distribution actuelle ? Quels facteurs peuvent influencer leur distribution ?
Je m’intéresse plus particulièrement à la distribution de la diversité génétique des espèces. De ce fait, j’utilise la biologie moléculaire pour répondre à des questions posées par la biologie des espèces. Afin de saisir l’impact relatif de facteurs historiques (fluctuations climatiques, formation de massifs montagneux) et de facteurs contemporains (activités anthropiques, fermeture du milieu…) l’analyse conjointe de différents marqueurs moléculaires (évoluant à différentes vitesse) est indispensable ;
-l’analyse de séquences mitochondriales me permet d’inférer une histoire évolutive entre espèces proches ou entre sous-espèces
-alors que l’analyse de marqueurs à évolution plus rapide tels que les microsatellites me permet de résoudre des questions de divergence entre populations et intra population
Mon domaine de recherche s’étend donc depuis la phylogéographie à la génétique du paysage en passant par la génétique des populations avec notamment des applications en biologie de la conservation, cela comprend ;
-des datations moléculaires
-des tests de scénarios biogéographiques (par simulations de coalescence et méthodes ABC « Approximate Bayesian Computation »)
-identification d’unités de conservation de type « evolutionarily significant unit » ou « managment unit »
Principales collaborations
Internes au cefe
Claudine Montgelard - Marc Cheylan - Pierre-André Crochet
Extérieures au cefe
Sylvain Ursenbacher Ph.D.,
Department of Environmental Science
Section of Conservation Biology
University of Basel
St. Johanns-Vorstadt 10
CH - 4056 Basel (Switzerland)
Arnaud Lyet Ph.D.,
Program officer - Species Conservation,
World Wildlife Fund (WWF),
Washington, DC 20037, USA
Biographie:
Oct. 2007- Mai 2011 : Doctorat « Systèmes intégrés, environnement et biodiversité », discipline « Biodiversité, Génétique et Evolution », Ecole Pratique des Hautes Etudes. « Diversité génétique de deux reptiles d’altitude, la vipère d’Orsini (Vipera ursinii) et le lézard pyrénéen de Bonnal (Iberolacerta bonnali) : influence des facteurs historiques et de facteurs contemporains. » (directeurs : Claude-Pierre Guillaume et Claudine Montgelard, EPHE-CEFE-CNRS, Montpellier)
2005-2007 : Master 2 recherche « Biologie de l’Evolution et Ecologie», Université de Montpellier II. « Histoire évolutive d’une espèce menacée ; cas de la vipère d’Orsini (Vipera ursinii) en France. Sous la direction de Claudine Montgelard et Marc Cheylan, EPHE-CEFE-CNRS, Montpellier.
Eté 2005 : Assistante de terrain : « dispersion natale du campagnol de la toundra (Microtus oeconumus), sous la direction du Dr Jean-François Le Galliard. Mise en place et gestion d’un protocole de marquage recapture de campagnols et analyse de vidéos de comportement. Centre of Ecological and Evolutionary synthesis, Université d’Oslo, Norvège.
2004-2005 : Licence « de Biologie des Organismes », « La conservation du tigre indien : de la fragmentation de l’habitat à l’interface des hommes. », supervision Thierry Lodé, Université Angers.
Publications :
Articles parus dans des revues indexées aux Current Contents :
Ferchaud A-L.,Ursenbacher S., Cheylan M., Luiselli L., Jelić D., Halpern B., Major A., Kotenko T., Crnobrnja-Isailović J., Tomović L.,Ghira I., Ioannidis Y., Arnal V.& C. Montgelard (en révision) - From south to north: mitochondrial markers reveal a colonization route for vipers of the Vipera ursinii complex in the Palaearctic region and an east-west Mediterranean disjunction. Journal of Biogeogrpahy
Mouret V., Guillaumet A., Cheylan M., Pottier G., Ferchaud A.-L. & P-A. Crochet (2011) -The legacy of ice ages in mountain species: post-glacial colonization of mountain tops rather than current range fragmentation determines mitochondrial genetic diversity in an endemic Pyrenean rock lizard. Journal of Biogeography, 38 : 1717-1731.
Metzger C., Ferchaud A-L., Geiser C. & S. Ursenbacher (2011) - New polymorphic microsatellite markers of the endangered meadow viper (Vipera ursinii) identified by 454 high-throughput sequencing: when innovation meets conservation. Conservation Genetics Resources, 3 (3) : 589-592.
Hoset K. S., Ferchaud A-L., Dufour F., Mersch D., Cote J. & J-F.Le Galliard (2011) - Natal dispersal correlates with behavioral traits that are not consistent across early life stages. Behavioral Ecology, 22: 176-183.
Ferchaud A-L., Lyet A., Cheylan M., Arnal V., Baron J-P., Montgelard C. & S. Ursenbacher (2011) - High genetic differentiation among french populations of the Orsini’s viper (Vipera ursinii ursinii) based on mitochondrial and microsatellite data: Implications for conservation management. Journal of Heredity, 102 (1) : 79-87.
Articles parus dans des revues non indexées :
Lyet A., Ferchaud A-L. & M. Cheylan (2011) – La vipère d’Orsini : modéliser sa distribution pour mieux comprendre son écologie. In J. Thompson & P. Gauthier « Activités humaines et dynamique de la biodiversité en région méditerranéenne »
Cheylan M., Croquet V., Dragone C., Ferchaud A-L., Lisse H., Lyet A., Reboul D., & K. Reyna (2011) – Guide technique de gestion et de suivi des populations de vipère d’Orsini. Agence Régionale pour l’Environnement, Aix-en-Provence. 138 p.
Communications :
Présentations orales
- Genetic differentiation among French populations of the Orsini’s meadow viper : Implications for conservation management, Workshop on the conservation of Vipera ursinii. Budapest, Hungary. October 2009.
- Forte différenciation génétique entre les populations françaises de Vipera u. ursinii définie à partir de marqueurs mitochondriaux et nucléaires : implications pour la conservation, 37ème congrès de la Société Herpétologique de France. Montpellier, France. October 2009.
- High genetic differentiation among French populations of Vipera u.ursinii based on mitochondrial and microsatellite data implications for conservation,2nd European Congress of Conservation Biology “Conservation biology and beyond: from science to practice. Prague, Tchek Republic. September 2009.
- Genetic structure of the French Vipera ursinii populations, 2nd biology of the vipers conference. Porto, Portugal. September 2007
- Histoire évolutive d’une espèce menacée : cas de la vipère d’Orsini (Vipera ursinii ursinii) en France, 29ème rencontres du groupe français de Biologie et Génétique des Populations : Petit Pois Déridé., Poitiers, France. August 2007.
Présentations de posters :
- Histoire évolutive d’une espèce menacée : la vipère d’Orsini (Vipera ursinii), DODO III. Montpellier, France. March 2009.
- Evolutionary history of a threatened species: The meadow viper (Vipera ursinii ursinii) in France, 2nd biology of the vipers conference. Porto, Portugal. September 2007
Enseignements :
Dans le cadre d’une activité de monitorat menée en parallèle de ma thèse et de mon poste d’ATER actuel, je dispense les enseignement suivants à l’Ecole Pratique de Hautes Etudes et à l’université de Montpellier II :
- Acquisition et traitements des données statistiques, initiation au logiciel R (TP /TD)
- Techniques moléculaires : de la PCR au traitement des séquences (CM)
- Marqueurs moléculaires et Evolution (CM)
- Phylogéographie (CM)
- Génétique de la conservation (CM)
- Gestion de s populations et biodiversité, initiation au logiciel Ecolab (TP/TD)
Encadrement :
Master 2 recherche« Biologie de l’Evolution et Ecologie », Rémy Eudéline (2009-2010) en co-encadrement avec Pierre-André Crochet. Contribution des marqueurs nucléaires à la génétique des populations d’Iberolacerta bonnali.
Françoise POITEVIN
Page perso
Véronique ARNAL
Ingénieur d’Etude (EPHE - PSL)
CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
tél :33 (0)4 67 61 32 54
Référente données (UMR5175)
Expertise en biologie moléculaire
- phylogénie, phylogéographie, dynamique des populations, épidémiologie
- détection ADN rares
- mise au point de marqueurs moléculaires (gènes et locus microsatellites)
- outils bio-informatiques
Claudine MONTGELARD
Maitre de Conférences (EPHE)
CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
tél : 33 (0)4 67 61 33 04
fax: 33 (0)4 67 41 21 38
THEMES DE RECHERCHE
Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.
Plus d'articles...
Page 8 sur 9
HAL CEFE