GEMEX

Génomique, Ecologie Moléculaire, Evolution eXpérimentale

 

La plate-forme GEMEX est la plate-forme la plus importante du CEFE avec un flux d’environ 90 utilisateurs par an et une surface de travail de 400 m2.

 

Les 3 pôles de compétences de la plate-forme GEMEX sont :

-la génomique

-l'écologie moléculaire

-l'évolution expérimentale

 

altLes missions de plate-forme GEMEX sont :

- la mise au point d'outils et de techniques de biologie moléculaire,de génomique et bioinformatique, de microbiologie...

 - la mise à disposition de ces outils et techniques aux personnels des départements du CEFE et parfois hors CEFE

- le conseil sur le choix des différents outils et méthodes

- les élevages (mollusques, daphnies, artémies)

- le transfert de compétences et la formation des utilisateurs étudiants, chercheurs, doctorants, intra et extra-CEFE aux outils et techniques

- la veille technologique

 

La plate-forme GEMEX est constituée de plusieurs laboratoires :

- un laboratoire de biologie moléculaire

- un laboratoire "ADN sensible"

- un laboratoire de microbiologie

-un laboratoire de microbiologie L2

- un laboratoire de virologie

- une animalerie aquatique

- un artemarium

- une salle de culture de microalgues

 

La plate-forme GEMEX bénéficie des infrastructures et des appareillages de plusieurs plates-formes du labex CEMEB (Genseqq, MBB, qPCR,..) comme par exemple de plusieurs séquenceurs pour les travaux de séquençage et/ou  génotypage moyen débit.

 

Equipement GEMEX :

  • Matériel de biologie moléculaire (centrifugeuses, cuves d’électrophorèse, pipettes…)
  • 1 Broyeur Retsch MM301
  • 1 Robot pipetteur  BioRobot 3000 (Qiagen)
  • 9 Thermocycleurs (6 Mastercycler Eppendorf et 3 PTC100 MJ Research)
  • 3 Hottes PCR
  • 2 séquenceurs Applied ABI Prism 3130 XL 16 capillaires (SFR MEB)
  • 1  pipetteur automatique Beckman Biomek 3000 (SFR MEB)
  • 1 spectromètre Nanodrop ND8000 (8 capillaires) (SFR MEB)
  •  Logiciels: GeneMapper , SeqScape et Sequencher Software
  • Matériel de microbiologie (4 PSM, 2 Hottes flux laminaire, 3 agitateurs incubateurs, 5 incubateurs)
  • 2 spectrofluoromètre TECAN, 1 cytomêtre en flux (Guava easycyte Merk)
  • Laverie (1autoclave, 1 autoclave de paillasse, lave vaisselle…)

 

Quelques exemples de recherches menées sur la plateforme

Thèmes de recherche

Outils moléculaires

Exemples

Structure sociale

 

Marqueurs microsatellites

Estimation du taux de paternité extra-couple chez les oiseaux

Phylogénie / phylogéographie

 

Séquences d’ADN

Phylogéographie de la belette  dans

le Palearctique occidental

Structure génétique des populations

Marqueurs microsatellites

Estimation des flux de gènes dans des populations de champignons Amanita caesarea

Génétique du paysage

Marqueurs microsatellites

Influence des barrières topographiques sur les flux de gènes à une échelle microgéographique ; ex de la vipère d’Orsini et de la tortue d’Hermann

     

Dynamique de l’adaptation

Construction de gènes, clonage, mesure d’expression,  cytométrie en flux

Dynamique d’évolution des niches adaptatives chez des populations d’E.coli dans différentes conditions environnementales

 

 

 

 

 

 

Equipe GEMEX