Axes transversaux

Axes transversaux

Quatre axes scientifiques transversaux - biodiversité numérique, écologie et agronomie, évolution expérimentale, sciences et sociétés -, complètent les thèmes des départements par des sujets sur lesquels le CEFE se positionne actuellement à travers l’engagement de certains de ses scientifiques. Ces propositions sont complétées par un cinquième axe sur le cycle de vie des données, porté par la plateforme Systèmes d’Information en Ecologie (SIE), et qui viendra s’articuler avec chacun des autres axes.

 

Biodiversité numérique (animateur : O. Gimenez)

Les liens entre données, modèles et scénarios d’organisation et d’évolution de biodiversité doivent être compris et formalisés pour développer une écologie prédictive.

Les objectifs de l’axe sont:

  1. développer des approches favorisant la coexistence entre les jeux de données (hétérogènes, de grandes dimensions, à différentes échelles),
  2. renforcer le rôle central de la modélisation sous ses trois types (statistique, mathématique, informatique) pour cette écologie prédictive,
  3. fournir des scénarios de biodiversité construits sur la base d’une compréhension des systèmes et/ou de la prédiction de leur devenir.

Les questions émergentes relèvent, entre autres, de la valorisation de données historiques, de l’utilisation de gros jeux de données issus de nouveaux types de capteurs ou approches (e-DNA), des échanges possibles entre types de modèles, de la place du « deep/machine learning » en écologie… Au-delà d’une structuration interne autour des modèles et de la formation à la science des données, cet axe contribuera à positionner le CEFE dans la structuration locale de la recherche sur la biodiversité.

 

Ecologie et Agronomie (animateur : C. Violle)

Les systèmes cultivés sont actuellement abordés au CEFE :

  1. comme un modèle d’étude pour tester des théories écologiques ;
  2. comme un type de système anthropisé dans lequel une expertise écologique est réalisée ;
  3. comme un système dont le pilotage pourrait être affiné en prenant en considération les mécanismes écologiques et/ou évolutifs. L’axe permettra de fédérer les forces internes, de mutualiser les connaissances, des moyens techniques et des réseaux de collaborateurs.

Plusieurs questions émergentes ont été identifiées :

  1. l’homme est-il un « briseur de règles » ?
  2. peut-on apporter de la complexité aux systèmes cultivés ?
  3. peut-on proposer des solutions qui s’appuient sur la nature pour aider au pilotage des systèmes cultivés ? Au-delà du renforcement de la dynamique scientifique au sein de l’unité, l’ambition affichée est de devenir une vitrine vers l’extérieur aussi bien à travers l’animation de réseaux que par la participation active à la dynamique montpelliéraine et nationale autour des questionnements agronomiques.

 

Evolution expérimentale (animateur : L.M. Chevin)

L’évolution expérimentale consiste à exposer des populations à des environnements contrôlés pendant plusieurs générations pour en étudier les changements. Elle renouvelle la façon d'aborder l'évolution, en permettant de valider des prédictions théoriques, et d'établir des relations de causalités, au-delà de simples corrélations. Cette approche a pris de l’ampleur avec le développement de projets sur des questions et organismes divers : évolution des systèmes de reproduction (daphnies, physe), de la plasticité et tolérance environnementale (microalgue), de la résistance aux antibiotiques via des transfert horizontaux (bactéries), des interactions hôtes-parasites (bactéries-phages, microsporidies-artémies), des communautés (acariens hématophages), contraintes à l’adaptation (Arabidopsis). Cette diversité exceptionnelle fait du CEFE un lieu unique pour les études d’évolution expérimentale, l’un des défis majeurs étant la pérennisation des systèmes et des compétences à la fin des financements. Cet axe permettra d’identifier les synergies possibles, allant de simples besoins techniques communs jusqu’à l’élaboration de projets collaboratifs étudiant une même question sur plusieurs organismes.

 

Sciences et sociétés (animatrice : V. Maris)

Cet axe a pour vocation de mettre en commun des expériences de science appliquée et impliquée, parfois acquises via la participation à de nombreuses instances d’évaluation, d’expertise ou de conseil. Les principaux thèmes portent sur

  1. la place et la responsabilité des scientifiques dans le débat public à propos d’enjeux cruciaux pour la société
  2. la façon de développer et de transmettre une certaine éthique de la recherche
  3. l’identification d’objets-frontières au sujet desquels l’intrication entre les humains et leurs milieux rend caduques les approches disciplinaires traditionnelles autant, qu’une pluridisciplinarité juxtaposant uniquement différentes perspectives
  4. la production de connaissances et le développement de visions du monde qui s’alimentent à une diversité de sources et de pratiques.

L’axe favorisera le partage d’expériences et de compétences au sein de l’unité. Il permettra une plus grande ouverture à des sujets émergents ou à des enjeux à travers un grand séminaire annuel. Enfin, il favorisera une meilleure visibilité de la spécificité du laboratoire dans ses relations d’interface entre sciences et sociétés, en particulier auprès des partenaires socio-économiques.

 

Cycle de Vie des données (animatrices : V. Arnal et M.C. Quidoz)

La prise en compte du cycle de vie des données, défini comme étant « l'ensemble des processus mis en œuvre pour gérer les données d'un système d'information pendant toute leur durée de vie », devient incontournable pour améliorer la reproductibilité de la science, garantir la traçabilité des données, et permettre leur diffusion. L’objectif de cet axe, destiné en priorité aux personnels et utilisateurs des plateformes est :

i) d’appuyer le rôle central de collecte, gestion et suivi de la qualité des données

ii) de proposer une vision partagée entre plateformes sur les actions et méthodes des uns et des autres, à travers des échanges sur les connaissances et bonnes pratiques. En favorisant les échanges, notamment entre plateformes, il devrait permettre de gagner du temps collectivement, et de favoriser l’acquisition de bonnes pratiques collectives et de nouvelles connaissances pour les agents concernés.