Postdoc – Université de Montpellier

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• environmental psychology, social geography, human and social sciences ;
• human relations with nature, children relations with nature ;
• biodiversity conservation, education, human health ;
• participatory research action ;
• urban environments, marine and coastal areas, protected areas.

Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

I am interested in understanding how biodiversity is distributed in space and in time, on the effects of human activities on those spatial and temporal patterns, and on the implications for biodiversity conservation.

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orcid.org/0000-0003-4775-0127 

Maître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

HDR (Habilitée à diriger des recherches)

I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

Associate Professor in spatial ecology at the Muséum national d'Histoire naturelle                                                                                                                                                        

My research focuses on movement ecology: I study the factors influencing animal movements (especially dispersal) and gene flow, with a particular emphasis on landscape composition and structure. I also study how human-triggered landscape modifications like fragmentation affect animal movements; and the consequences on population functioning and structure. My research is hence tightly linked to the management/conservation of populations, and to landscape management (e.g. connectivity restoration, french Trame Verte et Bleue policy).

Senior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
France 

Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

Post-doctorante

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+33 (0)4 67 14 24 61
Bat. J, Campus route de Mende
Université Paul Valéry – Montpellier 3

https://www.researchgate.net/profile/Camila_Leandro

Résumé :

Face au déclin de la biodiversité, nous devons nous armer d'outils et de méthodes pour étudier les communautés biologiques et sensibiliser le grand public, dont les décideurs. Ceci est d'autant plus vrai pour des groupes qui sont relativement peu connus et qui sont jugés comme "ordinaires". C'est le cas des insectes. Mes travaux portent donc sur les leviers techniques (nouvelles méthodes de détection, des modèles fiables de distribution à grande échelle), mais aussi sociétaux (humanités environnementales, outils de protection) qui mènent les acteurs à utiliser ces outils techniques et à pousser à la conservation des insectes. Pour cela, je m'appuie sur l'exemple des Coléoptères coprophages à l'échelle de la France.

Mots-clés :

Conservation - Entomologie - Scarabaeoidea - ADNe - Species Distribution Models - Parcipatory Action Research

Projets actuels & Partenaires :

Détection de l’entomofaune pastorale via des outils d’ADNe (2019-2021)

En partenariat avec l’Agence Française de la Biodiversité, cinq parcs nationaux (PNM, PNE, PNV, PNC et PNP) et des entomologistes spécialistes, je travaille sur le développement d’outils d’inventaire de l’entomofaune pastorale (Scarabaeoidea, Carabidae, Staphylinidae (INSECTA) et Lycosidae (ARACHNIDA)) qui s’appuient sur les méthodes dites “ADN environnementale” ou “eDNA”.

Ce travail consiste à (1) établir une base de référence moléculaire pour les taxons ciblés (séquençage des marqueur 16S), à (2) réaliser de tests sur le terrain sur l’attractivité et efficacité du dispositif et (3) à transférer les méthodes aux opérateurs de terrain. Chaque étape est validé par un comité pilotage, compose de chercheurs et de gestionnaires d’espaces naturels représentant chacun des parcs partenaires.

ScaraB'Obs : Étude & Conservation des Scarabaeoidea Laparosticti de France (en cours)

ScaraB'Obs est un projet de recherche conduit par l’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés du CEFE (UPVM3 - CEFE) et en partenariat avec des agents de Conservatoires d'Espaces Naturels, Parcs Naturels et associations entomologiques. Il vise à lever les verrous scientifiques et sociétaux qui actuellement nous empêchent de préserver efficacement la biodiversité ordinaire et d’en évaluer objectivement l’état de conservation. Son principal objectif : de créer un observatoire dynamique sur la faune coprophage de France.
Mais pourquoi protéger les insectes et particulièrement les bousiers ? Regardez le film «Hervé le bousier» pour comprendre ! Pour en savoir plus, allez sur www.scarab-obs.fr

Résumé de Thèse (soutenue en 2018) :     
        "Conservation de la biodiversité ordinaire : enjeux scientifiques & sociétaux"

        "Challenges for the conservation of ordinary biodiversity: scientific & social stakes"

En regardant de près les outils juridiques et autres leviers, pour la conservation de la biodiversité, il semblerait que les invertébrés, et notamment les insectes, soient minoritaires ou absents. Ce constat est d’autant plus paradoxal lorsque l’on sait que 2/3 de la diversité biologique est composée par des insectes. Comment cette diversité essentielle pour le fonctionnement des écosystèmes se retrouve-t-elle dans l’angle mort de la conservation ?

La première réponse avancée est le manque d’outils techniques pour étudier ces organismes petits et relativement insaisissables. La rencontre avec les nouvelles méthodes techniques pour la détection et l’étude des insectes est plus que jamais nécessaire. En effet, ces leviers permettront de faciliter l’étude de ces organismes, d’augmenter les connaissances et ainsi de développer une conservation plus adéquate. Nous évoquerons deux approches en particulier : la détection avec des outils moléculaires et l’utilisation de modèles statistiques pour l’exploration de la distribution potentielle des espèces.

Mais les connaissances sont également fondées sur la demande sociétale. Et les connaissances alimentent elles-mêmes les outils de protection et de conservation de la biodiversité. À l’échelle des invertébrés, des disparités existent, privilégiant les « grands papillons bleus » aux « petits diptères marrons ». De fait, l’enjeu le plus important pour déverrouiller la conservation des insectes réside dans l’humain et la perception qu’il a de cette biodiversité. À travers une approche de psychologie de la conservation, nous sonderons la perception du grand public sur les insectes. De même, avec une approche de recherche-action-participative, nous tenterons d’engager divers acteurs vers la conservation d’un groupe d’insectes ordinaires : les coléoptères coprophages. Notre volonté est de proposer des moyens pour sensibiliser, éduquer et engager la société dans cet enjeu majeur qu’est la conservation de l’entomofaune.

Mots clés : Conservation des insectes ; Coléoptères coprophages ; perception ; ADN environnemental ; modèles de processus de points ; recherche-action

Directeur de thèse : Pierre Jay-Robert (CEFE – UPVM3)
ED 60 – contrat 2015-2018

Doctorante

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

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Sujet :

La séquence ERC est-elle un instrument efficace pour intégrer la biodiversité comme donnée d’entrée dans l'aménagement du territoire ?

« L’erreur est urbaine » a été tagué en mai dernier sur un mur au nord de Montpellier. Aujourd’hui on observe de plus en plus de luttes environnementales et de soulèvements de la population contre des projets d’aménagement du territoire. En parallèle, l’homme est à l’origine des impacts les plus pesants à long terme sur les milieux naturels. Afin que l’aménagement du territoire soit plus intégré et qu’il prenne en compte les enjeux environnementaux, et grâce à un mouvement international de prise de conscience, l’Etat français a fait évoluer la règlementation avec les Lois Grenelles 1 et 2 de l’environnement (2009-2010). Ces évolutions ont bouleversé les procédures d’aménagement. Les aménageurs sont désormais obligés d’évaluer les impacts environnementaux de leurs opérations et de prendre en compte, en conséquence, les milieux naturels dans le développement des projets, des plans et des programmes. L’instrument de politique publique développé est la séquence « Eviter-Réduire-Compenser » (ERC) les impacts sur les milieux naturels, associé à l'objectif de "no net loss" ou "absence de perte nette de biodiversité".

Après une quarantaine d'années d’application de la séquence en France et dans le monde, et au regard de la façon dont elle est effectivement appliquée, il semblerait qu’ERC ne permet pas de remédier à la perte chronique de biodiversité. Beaucoup d’auteurs ont notamment démontré que la compensation écologique, sur laquelle les aménageurs et les chercheurs semblent se focaliser, n’est pas en mesure de prendre en charge la perte de biodiversité car elle nécessite la création d’un gain de biodiversité, gain dont la réalité est aujourd’hui peu soutenue par les écologues de la restauration.

C’est face à ces constats, bilans et à la difficulté des aménageurs à appliquer ERC que la thèse a vu le jour. Elle se focalise sur l’étude de la capacité de la séquence ERC à prendre en compte la biodiversité dans l’aménagement du territoire à différentes échelles territoriales et cherche à proposer des pistes pour améliorer les résultats écologiques de l’application d’ERC.

L’objectif est donc tout d’abord de faire une étude approfondie des pratiques et lacunes actuelles de l’application d’ERC à l’échelle des projets dans le contexte règlementaire français. Ce premier point nous amène ensuite à nous questionner sur les échelles territoriales d’application d’ERC, à la recherche d’une échelle adéquate pour anticiper et devancer les pertes induites à l’échelle projet dans un objectif de no net loss.Ceci sera couplé à un questionnement méthodologique sur l’élaboration d’un cadre de travail d’anticipation d’ERC à l’échelle de la planification. Enfin, une analyse des jeux d’acteurs régissant et déterminant la mise en œuvre d’ERC en pratique sur le territoire viendra boucler la thèse en apportant une analyse qualitative sur les liens entre échelles et sur les postulats et blocages implicites à l’origine du manque d’efficacité d’ERC.

Dans un souci de rendre le projet de recherche utile en pratique et de répondre à des questions issues du terrain, la thèse se positionne à l’interface entre la recherche et les praticiens en adoptant une posture de recherche-intervention. Cette interface est d’autant plus essentielle à considérer et à inclure dans les postulats de départ du projet, que la séquence ERC est un sujet très actuel, issu d’une politique publique et dont les avancées règlementaires et pratiques ont toujours précédées les travaux de recherche.

Mots clés : séquence ERC, planification du territoire, action publique, jeux d'acteurs, gouvernance territoriale, politique environnementale, priorités de conservation, evaluation environnementale, étude d'impact

Key words : mitigation hierarchy, land-use planning, public action, territorial governance, environmental plicy, conservation priorities, environemental impact assessment, strategic environmental assessment

Encadrement :

John Thompson, écologue (CEFE – CNRS)

Sylvain Pioch, géographe (CEFE – UPV)

Publication:

Bigard, C., Thiriet, P., Pioch, S., Thompson, J.D., Accepté (2019).Strategic landscape-scale planning to improve mitigation hierarchy implementation: an empirical case study in Southern France. Land Use Policy.

> Disponible sur...

Bigard, C., Leroy. M., Accepté (2019).Appréhender la séquence Eviter-Réduire-Compenser dès la planification de l’aménagement: du changement d’échelle à sa mise en œuvre. Quelques réponses apportées par les territoires. Sciences, Eaux et Territoires.

> Disponible sur...

Chaurand*, J., Bigard*, C., Vanpeene-Bruhier, S., Thompson, J.D., 2019. Articuler la politique Trame verte et bleue et la séquence Éviter-réduire-compenser : complémentarités et limites pour une préservation efficace de la biodiversité en France. VertigO. (*co-écriture)

> Disponible sur https://journals.openedition.org/vertigo/24472

Bigard,C., 2018. Eviter-Réduire-Compenser : d’un idéal conceptuel aux défis de mise en œuvre. Une analyse pluridisciplinaire et multi-échelle. Thèse de doctorat, Université de Montpellier.

> Disponible sur http://www.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2018MONTG010

Bigard, C., Regnery, R., Pioch, S., Thompson, J., 2018. De la théorie à la pratique de la séquence Eviter-Réduire-Compenser (ERC) : Eviter ou légitimer la perte de biodiversité ? Développement Durable et Territoire.

> Disponible sur https://journals.openedition.org/developpementdurable/12032

Bigard, C., Pioch, S., Thompson, J.D., 2017a. The inclusion of biodiversity in environmental impact assessment: Policy-related progress limited by gaps and semantic confusion. J. Environ. Manage. 200, 35–45.

> Disponible sur https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301479717305303

Bigard, C., Regnery, B., Blasco, F., Thompson, J., 2017b. Prise en compte biodiversité études d’impact : évolutions, lacunes. Eaux Territ. Rev. Irstea, 8p.

> Disponible sur http://www.set-revue.fr/sites/default/files/articles/pdf/set-revue-biodiversite-etude-impact.pdf

Bigard, C., Thiriet, P.,  Pioch, S.,  Thompson, J.D., 2017c, Anticipation of the mitigation hierarchy at a land use planning scale: framework proposal at the knowledge-action boundary, communication at the 2017 EUGEO Congress, Bruxelles.

> Disponible sur https://eugeo2017.sciencesconf.org/149936/document

Cursus et Travaux précédents :

AgroParisTech, cursus ingénieur, domaine "gestion et   ingénierie de l’environnement" (Paris 5) puis Spécialité GEEFT « gestion environnementale des écosystèmes et forêts tropicales » (Montpellier). Stage : intégration des enjeux de biodiversité à la stratégie d’aménagement équilibré du territoire de la Communauté d’Agglomération de Montpellier. Accompagnement de la Direction du Foncier et de l’Aménagement Opérationnel (DFAO) sur la mise en œuvre de la séquence ERC à différentes échelles territoriales et opérationnelles.

Directeur d'Etudes EPHE-PSL

CEFE/CNRS

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tel. : +33(0)4 67 61 33 43

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My research is in the field of evolutionary ecology, often with a conservation point of view. I study variation among populations (mostly amphibians) along gradients (altitude, pollutants), to identify eg local adaptations in life history traits. More recently, I developped research in epidemiology to understand the dynamics of diseases affecting amphibian populations. Finally, I continue some eco-ethological studies mainly with amphibian dispersal by direct (eg radiotracking) and indirect (eg genetic markers) methods.

Maitre de Conférences (EPHE)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

 tél : 33 (0)4 67 61 33 04
 fax: 33 (0)4 67 41 21 38

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 THEMES DE RECHERCHE

Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.

Doctorant EPHE-PSL

Etage 1, aile C, bureau 114

ResearchGate

Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Directeur de thèse : Claude Miaud (CEFE, EPHE - PSL)

Projet de thèse: Etude de la mobilité de la mégafaune marine grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental

Mots clés : ADN environnemental, capteur passif, mégafaune marine, parc éolien en mer.

Cette thèse vise à améliorer les connaissances sur la mobilité de la mégafaune marine rare et parfois discrète (mammifères marins, tortues marines, grands poissons…) grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental (ADNe). L’ADNe correspond à l’ADN naturellement relâché dans l’environnement par les organismes vivants. L’objectif est de capter cet ADN dans le temps afin de détecter les passages de la mégafaune marine et de mieux comprendre ses déplacements.

Cette nouvelle méthode peut permettre de répondre à certains obstacles méthodologiques des inventaires de biodiversité marine (difficultés et coûts d’accès, saisonnalité de la fréquentation, discrétion des taxons…). 

Enfin, ces capteurs serviront également à l’étude des interactions de cette faune avec les activités anthropiques. La fréquentation des parcs éoliens en mer par la mégafaune marine sera ainsi évaluée.

Les objectifs de cette thèse sont donc :

• De développer et de tester en laboratoire et sur le terrain un capteur passif à ADNe répondant aux contraintes physico-chimiques du milieu marin (salinité, variations de température, courants…)
• Mettre en place ces capteurs dans le milieu naturel pour obtenir une meilleure compréhension des déplacements de la mégafaune marine dans des contextes variés (aire marine protégée, parc éolien en mer…).

---- English ----

Thesis project: Study of marine megafauna mobility thanks to the development of an environmental eDNA passive sampler.

Key words: environmental DNA, passive sampler, marine megafauna, offshore wind farm.

This thesis aims to improve knowledge on rare marine megafauna (marine mammals, sea turtles, large fishes…) thanks to the development of a passive environmental DNA (eDNA) sampler. eDNA is the DNA naturally released in the environment by living organisms. The objective is to capture the DNA over time to detect marine megafauna and to better understand its movements.

This new method can address methodological obstacles of  marine biodiversity inventories (difficulties and costs of access, seasonality, taxa discretion…).

Finally, these sensors will be used to study anthropogenic impacts on megafauna. The frequentation of offshore windfarms by marine megafauna will be evaluated. 

The objectives are:

• To develop and test in the laboratory and in the field an eDNA passive sampler according to the physio-chemical properties of marine environment (salinity, temperature, streams…).
• Implement these samplers in the natural environment to better understand the marine megafauna movements in diverse contexts (marine protected area, offshore windfarm…). 

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175
Etage 1, aile C, bureau 114

Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

PhD candidate - Migratory landbirds conservation

I am a PhD candidate using tracking data to inform conservation of African-Eurasion migratory landbirds, storks and  raptors.
The persistent decline observed in migratory bird populations over recent decades highlights the urgent need to improve our scientific understanding of the drivers behind this trend. This comprehension is crucial to support international policies impacting the conservation of these birds across national, European, and inter-continental levels.
The project results from collaboration between the CEFE, the CIBIO and BirdLife International.

Project: Mobilising tracking data on African-Eurasian migratory birds to support conservation at the flyway scale.
Supervisors: Ana Rodrigues (CEFE - CNRS, Montpellier) & Inês Catry (CIBIO - University of Porto).
Project in collaboration with BirdLife International.

Contact:
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CEFE UMR5175 - Campus du CNRS - 1919, route de Mende - 34293 Montpellier 5 - France
ORCID: 0009-0004-1802-0197
Twitter

ATER – Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE)

 Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. - https://orcid.org/0000-0002-1912-6995

ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Jan-Perret

 Je travaille sur l’amélioration des méthodes de suivi des populations de plantes. Je me concentre particulièrement sur les deux principales sources d’incertitude des suivis de population : les plans d’échantillonnage et les erreurs d’observation. Selon les questions de recherche, j’utilise des approches expérimentales (tests sur le terrain) ou des approches plus théoriques avec des simulations informatiques.

John D. Thompson

Directeur de recherches, première classe

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Programme de recherche

Depuis le début ma carrière de scientifique à Montpellier en 1989 mes recherches se placent toujours dans le cadre historique, bio-géographique et paysager particulièrement fascinant de la région Méditerranéenne et se focalisent sur l’écologie, l’évolution et la conservation de la flore.

Dans cette région les changements historiques et contemporains pourraient avoir des conséquences profondes aussi bien pour la dynamique et la viabilité des populations et des communautés, que pour la capacité de réponse évolutive rapide des espèces, aspect scientifique trop souvent négligé. n élément clé dans mes recherches concerne mon investissement dans une recherche qui s'articule autour de collaborations interdisciplinaires très étroites (sciences humaines) et l'animation d'une interface fonctionnelle entre problématique scientifique et enjeux de conservation.

Ces recherches s’articulent autour des thèmes suivants :

• L’application de notre connaissance sur l’évolution de la flore à la conservation conservation du potentiel évolutif.
• L’ évaluation de l’état de conservation des populations d’espèces rares, endémique où en limite d’aire.
• La connaissance de la niche fine des espèces en tant que connaissance fondamentale pour la gestion de la flore.
• L’analyse des interfaces entre connaissances écologique, perceptions culturelles et savoirs-faire locaux (notamment pour la cueillette) dans la conservation de la flore.

Actuellement je mène des recherches dans le cadre du programme « Transitions écologiques et flore protégée : la gestion conservatoire à l’échelle de la niche (TRANECOL) financé par l’OFB et le CEMEB. Ce programme a pour but d’analyser la variabilité de la niche des espèces végétales protégées en situations de transitions écologiques où le fonctionnement des milieux est particulièrement contrasté en région méditerranéenne: en l’occurence la mosaïque de milieux côtiers où la micro-topographie et la salinité varie de manière très forte sur des espaces très restraints, les gradients d’altitude en arrière pays et sur les écotones entre grands types de substrat. L’objectif ici est d’informer les stratégies et actions des gestionnaires sur l’importance d’identifier la niche écologique des espèces à l’échelle très fine du fonctionnement des individus en milieu hétérogène.

Notre travail se fait en étroite collaboration avec les gestionnaires dans trois contextes :

• le territoire du Parc National du Mercantour,
• la Réserve Naturelle Régionale de Sainte Lucie et d’autres sites sur le territoire du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée,
• le site Natura 2000 de la Grande Maïre à Portiragnes dont la gestion est attribuée à la Communauté d’Agglomération Hérault Méditerranée et d’autres espaces de près salés sur le pourtour Méditerranéen.

Plant Evolution in the Mediterranean

My first book - Plant Evolution in the Mediterranean - was published in 2005. It provided the first synthetic account of the majors processes of evolution in the Mediterranean flora in relation to the history and ecology of the region. It analyzed patterns of species’ distributions and traits in the evolution of the remarkable diversity and degree of endemism that characterize the Mediterranean flora.

Ever since 2005 here has been an immense amount of new and fascinating work on the history, ecology, and evolution of the Mediterranean flora. During this time, human impacts have continued to increase dramatically, significantly influencing both the ecology and evolution of the region’s biota.

My second book, Plant Evolution in the Mediterranean - Insights for conservation, published in 2020 represents a comprehensive update on these issues.

This is not a traditional book on plant evolution, but rather a novel integration of a diverse and scattered literature to produce a synthetic account of Mediterranean plant evolutionary ecology that maintains the accessible style of the previous version but in a new structural framework. History, ecology, biogeography, and evolution are all set in the context of a dramatically increasing footprint. I argue how an understanding of the evolutionary ecology of the region’s flora can be used to provide insights into its conservation and management.

Conseils scientifiques

Sur le thème de la protection de la nature en région Méditerranéenne et ces montagnes, j’ai établi les liens très forts avec les gestionnaires de sites et d’aires protégées. Cet engagement se concrétise par mon rôle en tant que président de deux conseils scientifiques et membre de deux autres.

• Président

Conseil scientifique du Parc National du Mercantour

Conseil scientifique du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée

• Membre

Conseil scientifique du Conservatoire Botanique National Méditerranéen

Conseil scientifique du Parc National des Calanques

A lire

Raevel, V., Munoz, F., Pons, V., Renaux, A., Martin, A. & Thompson, J.D. 2013. Changing assembly processes during a primary succession of plant communities on Mediterranean roadcuts. Journal of Plant Ecology, 6, 19-28.

Thompson, J. D., Charpentier, A., Bouguet, G., Charmasson, F., Roset, S., Buatois, B., Vernet, P. & Gouyon, P.-H. 2013. Evolution of a genetic polymorphism with climate change in a Mediterranean landscape. Proceedings of the National Academy of Science (USA), 110, 2893-2897.

Gauthier, P., Foulon, Y., Jupille, O. & Thompson, J.D. 2013. Quantifying vulnerability to assess priorities for conservation management. Biological Conservation,158, 321-325.

Berjano R., Gauthier P., Fisogni A., Doblas, D., Pons V. & Thompson J.D. 2013. Mate limitation in populations of the endangered Convolvulus lineatus L.: a case for genetic rescue ? Journal for Nature Conservation, 21, 334-341.

Schatz, B. Gauthier, P. Debussche, M. & Thompson, J.D. 2014. A decision tool for listing species for protection on different geographic scales and administrative levels. Journal for Nature Conservation, 22, 75-83

Borie, M., Mathevet, R., Letourneau, A., Ring, I., Thompson^,J.D. & Marty, P. 2014. Exploring the contribution of fiscal transfers to protected area policy. Ecology and Society, 19(1): 9. http://dx.doi.org/10.5751/ES-05716-190109

Mathevet, R., Thompson, J.D., Folke, C. & Chapin III, F.S. 2016 Protected areas and their surrounding territory: socio-ecological systems in the context of ecological solidarity. Ecological Applications, 26, 5-16.

Pironon, S. Papuga, G., Villellas, J., Angert, A.L., García, M.B. & Thompson, J.D. 2017. Geographic variation in genetic and demographic performance: new insights from the analysis of an old biogeographical paradigm. Biological Reviews, 92, 1877-1909.

Bigard, C., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2017. The inclusion of biodiversity in impact assessment for urban development projects: policy-related progress limited by gaps and blurred by semantic confusion. Journal of Environmental Management, 200, 35-45.

Vimal, R., Fonderflick, J., Thompson, J.D., Pluvinet, P., Debussche, M., Cheylan, M., Géniez, P., Mathevet, R., Acquarone, A., & Lepart, J. 2018. Integrating habitat diversity into species conservation in the Mediterranean mosaic landscape. Basic and Applied Ecology, 22, 36–43. 

Thompson, J.D., Gauthier, P., Papuga, G., Pons, V., Debussche, M. & Farris, E. 2018. The conservation significance of natural hybridisation in Mediterranean plants: from a case study on Cyclamen (Primulaceae) to a general perspective. Plant Biology, 20 (Suppl. 1), 128-138.

Papuga, G. Gauthier, P., Pons, V., Farris, E. & Thompson, J.D. 2018. Eological niche differentiation in peripheral populations: a comparative analysis of eleven Mediterranean plant species, Ecography, 41, 1-15.

Thompson, J.D., Amiot, J., Borron, C., Linhart, Y.B., Keefover-Ring, K. & Gauthier, P. 2019. Spatial heterogeneity of gall formation in relation to chemotype distribution in Thymus vulgaris.Plant

Gauthier, P., Bernard, C. & Thompson, J.D. 2019. Assessing landscape vulnerability for populations of listed Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,51, Article 125736.

Gauthier, P., Pons, V., Fisogni, A., Murru, V., Berjano, R., Dessena, S. Maccioni, A., Chelo, C., Doncieux., A., Papuga, G. & Thompson, J.D. 2019. Monitoring population dynamics in rare and endangered Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,52, Article 125758.

Bigard, C., Thiriet, P., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2020. Strategic landscape-scale planning to improve mitigation hierarchy implementation: an empirical case study in Mediterranean France. Land-Use Policy, 90, Article 104286.

Thompson, J.D. & Mathevet, R. 2017. Solidarité écologique. Espaces Naturels, 58, 13.

A regarder

Fleurs sauvages de la Méditerranée, « Sous le soleil ». ARTE 2019 https://www.arte.tv/fr/videos/069769-001-A/les-secrets-des-fleurs-sauvages-sous-le-soleil/

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175

Etage 1, aile C, bureau 114
Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

Google Scholar / Researchgate

Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

3 objectifs de recherche :

- Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

- Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

- Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

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PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

3 research objectives:

- Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

- Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

- Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

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Publications :

Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

Conferences :

Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

PhD candidate – EPHE, IMBE, CEN PACA

Long-lived predatory birds ecology, demography and movement.

I am interested in the population dynamics of long-lived (seabirds and raptors). I study how demography and behavioural mechanisms such as movement are influenced by inter- and intraspecific relationships and the environment (climate, weather, habitat). The aim of my PhD thesis is to investigate the relationship between individual movement and demographic variability in the French population of the Bonelli's eagle (Aquila fasciata).

Supervisors: Aurélien Besnard (DE, EPHE) & Alexandre Millon (MCF, HDR, IMBE).
Co-supervised by Cécile Ponchon (CEN PACA).

Contact information

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Orcid: https://orcid.org/0000-0002-1382-213X
Twitter / X: https://twitter.com/LiseViollat

CEFE, bureau 202 (2^e etage)

Maitre de conférence (EPHE)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

tél : +33 4 67 61 32 61
fax: +33 4 67 41 21 38

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Mots clés : Conservation, Biogéographie, région méditerranéenne, Reptiles, Ecologie des populations, Phylogéographie.