Maître de Conférences

 Université Paul-Valéry Montpellier 3

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Soil(s) Fictions : http://cargocollective.com/soilfictions/About

 

Résumé :
Diplômé d’un doctorat en écologie, le cherche à mieux comprendre les effets qu’induisent les modifications de l’environnement à différentes échelles – du paysage à la parcelle - sur les communautés, les populations et les traits des invertébrés du sol. J’analyse les effets des changements d’occupation du sol, comme l’urbanisation, sur les communautés et les interactions. Je m’intéresse fortement aux problématiques d’agroécologie, dans les paysages ruraux mais aussi urbains.J’ai des compétences fortes dans l’intégration de la dynamique spatiale des processus, dans la détermination d’invertébrés. je fais partie d’un collectif « art-science » qui vise à sensibiliser le public à la protection des sols.

 

Mots-clés :
Ecologie du paysage ; écologie des sols ; invertébrés des sols ; systèmes anthropisés ; dispersion ; agro-écologie ; régulation biologique

 

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Directeur de recherche au CNRS, CID 52 Directeur du GDR Pollinéco n°2058, INEE-MTES (POLLINisation, réseaux d’interactionet fonctionnalité des ÉCOsystèmes)  CEFE UMR5175 Campus du CNRS 1919, route de Mende F-34293 Montpellier cedex 5 France Tél. : +33 (0) 4 67 61 33 00 ou +33 (0) 6 46 49 45 93 Fax : +33 (0) 4 67 61 33 36  Courriel : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. bureau 2-C-216

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Mots-clés :
Organismes biologiques : orchidées et insectes associés, figuiers et hyménoptères associés, interactions plantes-insectes
Discipline : Ecologie comportementale et chimique, écologie de la conservation, communication
Technique : Tests comportementaux, analyses des composés organiques volatiles, expérimentations de terrain
Autre mots clés : pollinisation, prédation, écologie de la conservation, approche pluridisciplinaire, transfert vers les acteurs de la conservation et le grand public

 

Je m’intéresse à l’écologie de la pollinisation, à l’évolution des interactions plantes-insectes et à la conservation de ces communautés. Mes travaux concernent surtout les figuiers en milieu tropical et les orchidées en milieu méditerranéen et ils portent sur la compréhension fondamentale de ces interactions et l’opérationnalité de leur conservation.

 

I am interested in pollination ecology, in the evolution of plant-insect interactions and in the conservation of these communities. My studies concern tropical figs and Mediterranean orchids and they are focused on the fundamental understanding of these interactions and using fundamental insights for operational conservation.

 

Thématique

L’environnement et l’interaction homme-nature sont en profonde mutation du fait des changements globaux actuels. Il est essentiel d’adopter une approche pluridisciplinaire dans l’évaluation des impacts de ces changements sur la biodiversité et de ses capacités d’adaptation, ainsi que d’intégrer des bases objectives et scientifiques dans les processus de décisionpour l’établissement des stratégies de conservation. Dans ce contexte, l’analyse de la dynamique des systèmes écologiques implique la compréhension des interactions entre espèces, sensibles à ces modifications environnementales. Les tropiques et la Méditerranée sont des chantiers pertinents représentant à la fois des points-chauds de biodiversité de par leur diversité spécifique et leur endémisme mais aussi des zones parmi les plus menacées au monde par différentes composantes de ces changements globaux (anthropisation, changement d’utilisation des terres et des pratiques agricoles, arrivée d’espèces envahissantes …etc).

Dans ce contexte de crise environnementale, mes problématiques de recherche concernent d’une part la compréhension de la dynamique des systèmes écologiques autour de la pollinisation des plantes par les insectes, qu’elle soit spécifique et obligatoire comme chez les figuiers ou diversifiée du mutualisme au parasitisme comme chez les orchidées. D’autre part, ces informations alimentent mes travaux en écologie de la conservation centrés sur les orchidées méditerranéennes ainsi qu’une recherche impliquée combinant le transfert vers les acteurs de la conservation par le biais de thèses Cifre et de multiples collaborations et la diffusion de l’information scientifique au sein du monde de la recherche à celui du grand public. Ma recherche trouve sa cohérence dans l’adoption une approche pluridisciplinaire en écologie de la pollinisation et l’implication sociétale en écologie de la conservation. Elle a comme fil rouge la communication, l’interaction qu’il s’agisse de relations entre plantes et insectes et de celles avec leur environnement, ou de médiation auprès des différents partenaires de la conservation, ou encore de diffusion scientifique vers différents publics.

Mon parcours de recherche a débuté sur l’écologie comportementale de la recherche et de l’exploitation des ressources alimentaires chez plusieurs espèces de fourmis, puis s’est poursuivie sur l’écologie comportementale et chimique du mutualisme de protection plantes-fourmis (voir HDR). Mon activité actuelle de recherche concerne l’écologie de pollinisation, centrée sur la comparaison entre pollinisation spécialisée (figuiers) et pollinisation diversifiée (orchidées). Elle s’étend également par une recherche impliquée en écologie de la conservation des orchidées méditerranéennes en intégrant les problématiques associées aux changements globaux et à l’évolution de la relation Homme-Nature. L’ensemble de mon activité est également associée à une activité de transfert vers les acteurs associatifs, privés et publics de la conservation, et de communication de l’information scientifique.

 

Écologie d’une pollinisation spécialisée : le cas des figuiers

Chacune des 800 espèces de figuiers est engagée dans un mutualisme de pollinisation spécifique et obligatoire avec un hyménoptère agaonide grâce à une médiation chimique. Coévolué depuis environ 80 millions d’années, ce mutualisme figuier – pollinisateur est aussi au centre d’un réseau complexe d’interactions directement ou indirectement liées à la pollinisation du figuier. En effet, deux autres acteurs principaux (hyménoptères parasites spécifiques et fourmis prédatrices opportunistes) sont aussi à ce mutualisme car ils utilisent à leur compte cette médiation chimique. Spécificité des parasites, séparation temporelle de leur moment d’intervention, détection (après apprentissage) du moment de réceptivité des figues par les fourmis prédatrices sont autant de processus structurant la communauté des hyménoptères associés aux figuiers et impliquant la médiation chimique. Ils seraient même un facteur important de la dynamique évolutive de ce mutualisme, avec par exemple certaines fourmis prédatrices qui auraient un effet positif sur ce mutualisme au point que quelques figuiers présentent des lieux de nidification (domaties). C’est par l’étude comparative de plusieurs espèces de figuiers qu’il sera possible d’établir un scénario général des relations existant entre figuiers, pollinisateurs, parasites et fourmis prédatrices.

 

Écologie d’une pollinisation diversifiée : le cas des orchidées

Les orchidées se sont diversifiées très récemment (ces dernières 10 millions d’années) dans un monde où les insectes sont déjà présents. Cette diversification est fulgurante au point qu’elles représentent aujourd’hui environ 10% des espèces à fleur et la première famille végétale en nombre d’espèce. Caractérisée par la présence de pollinies se collant sur les insectes pollinisateurs, une seule visite est suffisante pour emporter tout le pollen d’une fleur ; cette particularité favorise la multiplicité des stratégies d’attraction des pollinisateurs et explique l’importance relative des stratégies de tromperie (visuelle et sexuelle) dans cette famille. Ces stratégies se traduisent par des variations importantes et des associations particulières entre les différents caractères (odeur, couleur, morphologie, phénologie de floraison, présence de nectar) constituant le syndrome de pollinisation de ces espèces. Il existe plus de 300 espèces d’orchidées autour de la Méditerranée qui présentent une diversité de stratégies de pollinisation : elles constituent un modèle biologique idéal pour l’étude de l’écologie comportementale et chimique des relations établies avec leurs pollinisateurs.

 

Écologie de la conservation des orchidées méditerranéennes

L’écologie des orchidées (dépendance aux pollinisateurs et aux champignons symbiotiques, dépendance plus ou moins marqué à des habitats particuliers, faible aptitude à la compétition, faible densité de présence) en font des espèces souvent sensibles aux différents aspects des changements globaux, et ainsi des modèles pertinents en écologie de la conservation pour établir et évaluer les stratégies de protection. J’aborde leur conservation par une approche pluridisciplinaire en considérant différents aspects associant écologie de pollinisation et de conservation : compréhension de la phylogéographie de l’orchis bouc, analyse de la différenciation de la génétique et de la niche écologique au sein du groupe de l’ophrys mouche, étude de l’hybridation chez les orchis, influence du syndrome de pollinisation sur le taux de pollinisation chez les espèces utilisant la tromperie visuelle. Une autre approche consiste à déterminer les variations diachroniques de présence des orchidées et de leurs habitats en France méditerranéennes (LR, Corse et Paca) afin d’identifier les traits biologiques des espèces ainsi révélées sensibles. Cette approche est aussi couplée à l’étude de la variation de présence de plusieurs autres groupes d’espèces (oiseaux, amphibiens, reptiles, insectes) en région méditerranéenne (ex : Pic St-Loup), et à une analyse comparative avec la variation de présence de champignons (ectomycorhiziens et décomposeurs) également en région méditerranéenne. Enfin, la conservation des orchidées est aussi abordée sous l’angle de sa gouvernance pour une analyse critique de leur protection actuelle en France associée une proposition de leursstatuts de protections nationale et régionale.

 

Collaborations autour de la conservation

Ce thème implique une étroite collaboration avec différents acteurs associatifs, privés et publics de la conservation. Je suis ainsi membre de la SFO (Société Française d’Orchidophilie), pour laquelle je suis responsable du groupe « Relations insectes-orchidées ». Je do-dirige (avec Franck Richard) actuellement la thèse cifre d’Hélène Vogt-Schlib impliquant l’entreprise Biotope sur la conservation de la biodiversité méditerranéenne, et (avec Edmond Dounias) la thèse cifre d’Ameline Lehébel-Péron impliquant le Parc National des Cévennes sur la conservation d’une apiculture traditionnelle en tant que patrimoine naturel et culturel cévenol. Plusieurs collaborations ont également été établies avec Parc National des Cévennes, les Parcs Naturels Régionaux (des grands Causses, des monts d’Ardèche et de Corse), les Conservatoires botaniques Nationaux (de Corse, de Porquerolles, etdes Pyrénées et de Midi-Pyrénées, l’Office de l’Environnement de Corse, etl’Université Saint-Denis de la Réunion et l’Herbier de La Réunion. Expert auprès de l’ANR et de l’AERES, je suis aussi membre du conseil d’administration des écologistes de l’Euzière, des conseils scientifiques du Parc National des Cévennes, de la réserve MAB du Fango (Corse) et de l’entreprise Biotope au niveau national, et, au niveau international, membre de la SCB (Society for Conservation Biology) et expert pour l’UICN sur le ‘Mediterranean Species Programm’.

 

Diffusion de l’information scientifique

Après avoir été coorganisateur des séminaires en écologie du CEFE, mon activité de correspondant communication pour ce laboratoire (le plus gros en écologie en France) consiste à diffuser en interne les informations venant de l’extérieur (actualités scientifiques, archivage…) et à organiser la communication vers l’extérieur (site web, contact presse, événements comme les 50ans du CEFE, fête de la biodiversité …). Je favorise également les liens entre le CEFE et différentes structures impliquées dans la gestion de l’environnement (entreprise Biotope, bureau d’étude EcoMed, Ecologistes de l’Euzière). J’interviens comme enseignant ponctuel dans différents masters liés à la gestion de la biodiversité (IEGB, DAIT), je participe à l’organisation des colloques nationaux (SMPE, SFO, IUSSI) et internationaux (ISE, ISCE, ISBE) d’école thématique (écologie chimique) et d’expositions nationales (Cité des Sciences, Paris). Mon activité de recherche est également diffusée dans différentes revues régionales, nationales et internationales et lors de conférences grand public. Je suis également auteur de différents chapitres d’ouvrage et co-éditeur d’ouvrage (dont ‘Le Génie de la Nature’ et ‘Stratégie végétales’).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Publications

Special issue edition

Chapters in international volumes

French publications

https://www.researchgate.net/profile/Bertrand_Schatz/contributions/?ev=prf_act

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Lanuza, J.B., Knight, T.M., Montes-Perez, N., Glenny, W., Acuña, P., Albrecht, M., Artamendi, M., Badenhausser, I., Bennett, J.M., Biella, P., Bommarco, R., Cappellari, A., Castro, S., Clough, Y., Colom, P., Costa, J., Cyrille, N., de Manincor, N., Dominguez-Lapido, P., Dominik, C., Dupont, Y.L., Feldmann, R., Felten, E., Ferrero, V., Fiordaliso, W., Fisogni, A., Fitzpatrick, Ú., Galloni, M., Gaspar, H., Gazzea, E., Goia, I., Gómez-Martínez, C., González-Estévez, M.A., González-Varo, J.P., Grass, I., Hadrava, J., Hautekèete, N., Hederström, V., Heleno, R., Hervias-Parejo, S., Heuschele, J.M., Hoiss, B., Holzschuh, A., Hopfenmüller, S., Iriondo, J.M., Jauker, B., Jauker, F., Jersáková, J., Kallnik, K., Karise, R., Kleijn, D., Klotz, S., Krausl, T., Kühn, E., Lara-Romero, C., Larkin, M., Laurent, E., Lázaro, A., Librán-Embid, F., Liu, Y., Lopes, S., López-Núñez, F., Loureiro, J., Magrach, A., Mänd, M., Marini, L., Mas, R.B., Massol, F., Maurer, C., Michez, D., Molina, F.P., Morente-López, J., Mullen, S., Nakas, G., Neuenkamp, L., Nowak, A., O'Connor, C.J., O'Rourke, A., Öckinger, E., Olesen, J.M., Opedal, Ø.H., Petanidou, T., Piquot, Y., Potts, S.G., Power, E.F., Proesmans, W., Rakosy, D., Reverté, S., Roberts, S.P.M., Rundlöf, M., Russo, L., Schatz, B., Scheper, J., Schweiger, O., Serra, P.E., Siopa, C., Smith, H.G., Stanley, D., Ştefan, V., Steffan-Dewenter, I., Stout, J.C., Sutter, L., Švara, E.M., Świerszcz, S., Thompson, A., Traveset, A., Trefflich, A., Tropek, R., Tscharntke, T., Vanbergen, A.J., Vilà, M., Vujić, A., White, C., Wickens, J.B., Wickens, V.B., Winsa, M., Zoller, L. and Bartomeus, I. (2025), EuPPollNet: A European Database of Plant-Pollinator Networks. Global Ecol Biogeogr, 34: e70000. https://doi.org/10.1111/geb.70000

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Pietrasanta Y., Schatz B. (2011). Le Génie de la nature. Biotope, Mèze (Collection Parthénope), 260 p.

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Dounias E., Lehebel-Peron A., Schatz B. (2011). L'abeille noire, le chataignier et l'Homme dans les Cévennes. In: Le Génie de la nature. (Eds. Pietrasanta Y. & Schatz B.), Biotope, Mèze (Collection Parthénope), pp 68-85.

Schatz B., Geniez P. (2011). Les orchidées, un patrimoine à préserver - In: Le Génie de la nature. (Eds. Pietrasanta Y. & Schatz B.), Biotope, Mèze (Collection Parthénope), pp 26-47.

Schatz B., Bessiere J.M., Delle-Vedove R., Hossaert-McKey, Kjellberg F. (2011). Les mutualismes de pollinisation comme facteurs importants de biodiversité. In: Le Génie de la nature. (Eds. Pietrasanta Y. & Schatz B.), Biotope, Mèze (Collection Parthénope), pp 48-67.

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Hossaert-McKey M., Soler C., Schatz B., Proffit M. (2010). Floral scents: their role in nursery pollination mutualism. Chemoecology 20, 75-88.

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Pfeifer M., Passalacqua N.G., Bartram S., Schatz B., Croce A., Carey P.D., Kraudelt H., Jeltsch F. (2010). Conservation priorities differ at opposing species borders of a European orchid. Biological Conservation, 143, 2207-2220.

Renard D., Schatz B., McKey D. (2010). Ant nest architecture and seed burial depth: implications for seed fate and germination success in a myrmecochorous savanna shrub. Ecoscience, 17, 194-202. https://doi.org/10.2980/17-2-3335

Schatz B., Geoffroy A., Dainat B., Bessiere J.M., Buatois B., Hossaert-McKey M., Selosse M.A. (2010). A case study of modified interactions with symbionts in a hybrid mediterranean orchid. American Journal of Botany, 97, 1278-1288.

Schatz, B., Hossaert-McKey, M. (2010). Ants use odour cues to exploit fig- fig wasp interactions. Acta Oecologica, 36, 107-113.

Sirami C., Nespoulous A., Cheylan J.-P., Marty P., Hvenegaard G.T., Geniez P., Schatz B., Martin J.-L. (2010). Long-term anthropogenic and ecological dynamics of a Mediterranean landscape: impacts on multiple taxa. Landscape and Urban Planning, 96, 214-223.

Zachariades C., Schatz B., Compton S.G. (2010). Wasp emergence from the figs of Ficus sur: characteristics and predation by ants. Tropical Zoology, 23, 121-138.

Pfeifer M., Schatz B., Pico F.X., Passalacqua N.G., Fay M.F., Carey P.D., Jeltsch F. (2009). Phylogeography and genetic structure of the orchid Himantoglossum hircinum (L.) Spreng. across its European central-marginal gradient. Journal of Biogeography, 36, 2353-2365.

Proffit M., Chun Chen, Soler C., Bessiere J.M., Schatz B., Hossaert-McKey M. (2009). Can chemical signals responsible for mutualistic partner encounter promote the specific exploitation of nursery pollination mutualisms? - The case of figs and fig wasps.Entomologia Experimentalis et Applicata, 131, 46-57.

Schatz B. (2009). Les orchidées des Grands Causses: des indicateurs de biodiversité. In: Les Grands Causses, terre d'experiences. Chassany J.-P. et Crosnier, C. Eds. Editions de Parc National des Cévennes. pp. 75-77.

 ClaireDoutrelant

Tenure CNRS research scientist (DR)

CEFE CNRS 1919 Rte de Mende, 34293 Montpellier

Tél : +33/0 4 67 61 32 60 / Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

 

My research is centered in the theoretical framework of evolutionary ecology, population biology and behavioural ecology. My projects aim at understanding life history variation in order to determine the adaptive and evolutionary processes that explain and maintain animal diversity. I´m particularly interested by three kinds of life history traits linked to behavior: cooperation, animal communication and maternal invesment. I'm mainly using birds as biological models. I'm mainly using empirical methods, including large-scale experiments and analyses of long-term data sets on different populations of passerine birds in the field.

I'm currently working on four main projects. 1) Evolution of colour ormentation in birds(with a special focus on female coloration and blue tits) 2) the cause and life history traits consequences of cooperation in sociable weavers ; 3) Sexual and social evolution on islands, and 4) the evolution of weaver nests.

I'm also part of  the Arts-Sciences project Obô and the association https://plumesetracines.net/

1 - Evolution of ornementation in birds

 

 Photos: Claire Doutrelant

Team: Arnaud GREGOIRE(Lecturer, Univ Montpellier), Amélie FARGEVIEILLE (post Doc), David LóPEZ-IDIáQUEZ (Post doc), Lisa SANDMEYER (PhD Student)

Collaborations: Anne CHARMANTIER(CEFE),  Denis REALE(UQUAM, Canada), Céline TEPLITSKY(CEFE), Doris GOMEZ(CEFE),   Julien RENOULT (CEFE),  RIta COVAS(CIBIO Portugal, FizPatrick Institute SA); Maria DEL REY (spectrophotometric measurements), Christophe de FRANCESCHI(field work and data base management), Samuel PERRET(Field work and Patch measurements), Annick LUCAS(Field work and Patch measurements), Pablo GIOVANNINI(Field work)

* Evolution of female colour ornementation

In this project we use a combination of empirical and comparative approaches to address three fundamental questions on sexual and social selection in both monomorphic species and dimorphic species in which females present conspicuous traits. Our questions are the following (i) Are female conspicuous traits under sexual /social selection ? (ii) Do female conspicuous traits reflect female quality and which mechanisms maintain signal honesty? (iii) What are the population consequences of female signalling and mutual sexual selection.

Examples of publications (full list below)

Fargevieille, A., Grégoire, A., Gomez, D. & Doutrelant, C. 2023Evolution of female color in birds: the role of paternal care and female reproductive costs.Journal of evolutionary ecology. 36(3), 579-588

Doutrelant, C., Fargevieille, A., Grégoire, A.  2020.Evolution of female coloration: what have we learned from birds in general and blue tits in particular. Adv. Study in Behaviour PDF

 

 Photo Claire Doutrelant

 * Evolution of plumage ornement in space and time

Selection often varies in space and time and long-term research that spans broad spatial scales is needed to understand the factors driving phenotypic variation and to assess the links between traits and fitness.  To assess the importance of spatiotemporal variation  and its consequences on selection estimates, we collected data on two study systems: (i) the blue tit (yellow and UV-blue colorationsmeasured by spectrophotometry since 2005, 600 birds measured each year); (ii) the  size of the sociable weaver melanin patch  since 2010 (the bib patch is photographied each year on 400 individuals)

Examples of publications (full list below)

 Lopez-Idiaquez, D.; Teplitsky, C.; Grégoire, A.; Fargevieille, F.; del Rey, M.; de Franceschi, C.; Charmantier, A.; Doutrelant, C. 2022. Long-term decrease in colouration: a consequence of climate change? American Naturalist https://doi.org/10.1086/719655   

 

Dominance interaction -  Photo Franck Théron

 

2 -Evolution and consequences of cooperation

 *TEAM: Co Pi: Rita COVAS(http://www.fitzpatrick.uct.ac.za/fitz/staff/research/covas; CIBIO, Portugal), André FERREIRA (Univ. Zurich), Franck THERON (data base managmer and field), Liliana SILVA (video manager and machine Learning methods) Jorge Garcia Campa (Post doc),  Gabriel Munar(Post doc), Babette FOURIE (PhD Student), Nicolas  SILVA(PhD Student), Marta MARMELO (PhD Student); , Fanny RYBAK(Univ Orsay, FR),

*Collaboration:  Matthieu PAQUET(Swenden), François CRISCUOLO& Sandrine ZAHN(Univ Strasbourg, FR),  Julien Renoult(CEFE, FR)

           Website: https://sociableweaverproject.com/

The project aims at understanding the fitness bases of cooperation and the consequences of cooperation for population dynamics through its effects on reproductive output, survival and dispersal. Our study model is an endemic passerine bird from southern African passerine. This bird is a cooperative breeder. In cooperatively breeding species, mature individuals called ‘helpers’ assist the breeding pairs by bringing additional food to the nest. We work on the evolution of different cooperative behaviours – cooperative breeding, nest building and predator mobbing and on the relationship between cooperation, fitness, dispersal and long-term population dynamics.

Currently our project has two main aims: (i) determining whether sexual or social selection play a role in the evolution of cooperation and thus the role of partner choice ; (ii) determining  how presence / absence of co-operators affects maternal effects and parental investments

This project is suppported by the PercyFizpatric Institute of the University of Cape Town & the INEE - CNRS: Long-term Studies in Ecology and Evolution (SEE-Life)

http://www.fitzpatrick.uct.ac.za/fitz/research/programmes/longterm/sociableweaver

Examples of publications (full list below)

D'Amelio, P.; Ferreira, A.; Fortuna, R.; Paquet, M.; Silva, L. ; Theron, F.; Doutrelant, C.; Covas, R. 2022. Disentangling climatic and nest predator impact on reproductive output reveals adverse high temperature effects regardless of helper number in an arid-region cooperative bird Ecology Letter25(1), 151-162

Covas, R., Lardy, S.; Silva, L.; Rey, B.; Ferreira, A. C.; Théron, F.; Tognetti, A.; Faivre, B. Doutrelant, C. 2022.The oxidative cost of helping and its minimisation in a cooperative breeder Behavioural Ecology33(3), 504-517

Ferreira, A., Silva, L., Renna, F., Brandl, H. B., Renoult, J., Farine, D., Covas, R. & Doutelant, C.  2020 Deep learning based methods for individual recognition in small birds. Method in Ecol Evol PDF

Covas, R. & Doutrelant, C.* 2019. Testing the sexual and social benefits of cooperation in animals. Trends Ecol Evol In press. *Both authors contributed equally to the manuscript PDF

Photos: Claire Doutrelant

  3- Evolution on islands

TEAM:  Rita Covas (CIBIO, Portugal), FitzPatrick Institute, Univ Cape Town), Martim Melo(CIBIO),  Claire Loiseau ( Univ Montpellier), Ana Leitao (Post doc ); Raquel Ponti (Post doc)

             Website: https://islandbirdproject.com/

Islands are unique ecosystems sharing a distinctive set of characteristics that make them particularly interesting to study adaptation by organisms. The isolation and reduced area of islands result in simplified ecological ecosystems and an impoverished fauna that are expected to lead to convergent patterns of adaptation (the ‘insularity syndrome’). Our aim is to establish, using comparative work , whether island birds worldwide display such convergent shift for ornamentation, songs, behaviour and morphology. Then we aim at determining which factors lead to those changes and are particularly interested by the role of parasitism and interspecific competition. We worked on data collected in natural history museum and in the field (Sao Tome, Madeira, Gabon, Cameroun).

Examples of publications (full list below)

Ponti, R., Doutrelant, C., & Covas, R. (2023). Strength of the ‘island rule’in birds is positively associated with absence of avian predators.Biology Letters, 19(3), 20220536

Barthe, M., Doutrelant, C., Covas, R., Melo, M., Illera, J. C., Tilak, M. K.,... & Nabholz, B. (2022). Evolution of immune genes in island birds: reduction in population sizes can explain island syndrome. Peer Community Journal, 2.

Robert, A., Melo, M., Lengagne, T.,. Julien, S..& Doutrelant, C. 2021Patterns of bird song evolution on islands support the character release hypothesis in tropical but not in temperate latitudes. Journal of Evolutionary Biology34(10), 1580-1591

Bliard, L., Robert, A. Paquet, M, Renoult, J., Grégoire, A., Crochet, P.A. Covas, R & Doutrelant, C. 2020 Examining the link between relaxed predation and bird colouration on islands.  Biol Lett PDF

Robert, A., Lengagne, T., Melo, M., Julien, S.., Gardette, V. Covas, R. & Doutrelant, C.2019. The Theory of Island Biogeography and Soundscapes: species diversity and the organization of acoustic communities. J. Biogeography PDF

Doutrelant, C.,Paquet,Renoult, J. M. Grégoire, A., Crochet, P.A. Covas, R. 2016 Worldwide patterns of bird colouration on islands. Ecology Letter  19: 537–545 PDF

 Photos: Claire Doutrelant & Martim Melo
 

 4 - Weaver nest as an extended phenotype

Team : Rita Covas (CIBIO, Portugal), FitzPatrick Institute, Univ Cape Town), Julien Renoult (CEFE), Erwan Harscouet(phD CEFE),  Dieter Oschadleus(Univ. Cape Town) , Staffan Andersson(Univ.  Gothenburg), Fanny Rybak(Univ. Paris Sud)

 We investigate the role of sexual selection on the evolution and diversification of i) nest weaving (the extended phenotype) and on colours, songs, and flight displays.

   

5-Long term monitoring of blue tit (worked initiated by Jacques Blondel in 1976)

Researchers: Jacques Blondel, Samuel Caro,Anne Charmantier, Claire Doutrelant,,Christophe de Francheschi,  Pablo Giovannini, Arnaud Grégoire, Marcel Lambrechts, Annick Lucas, Samuel Perret,  Philippe Perret,Denis Réale(Canada),Céline Teplltsky

This program  is supported but the INEE - CNRS: Long-term Studies in Ecology and  Evolution (SEE-Life)

https://data.oreme.org/tit/home   & https://oreme.org/observation/ecopop/mesanges/

https://mesangecefe1.wixsite.com/mesangecefe

 

Photos Claire Doutrelant

 6 - Obô, an art science projet

An art science project with Claire Loiseau, Martim Melo, Hélène Fromen & Maya Cylarem

Project funded by European comission - Biopolis with the help of the CNRS, CEFE. A first sponsor: Ornithomedia

Posted by Maya Cyclarem & Ayline Le Sourd

website: https://plumesetracines.net/

7- Short CV

 

8 - Publications

update list: https://scholar.google.fr/citations?hl=fr&user=Fap-wf0AAAAJ

Do not hesitate to ask for reprint !

9 - Funding

Investigatrice principale (PI)

* 2020-2024        ANR Extended phenotype.The evolution of extended phenotypes and associated signals in animals: weaverbirds’ nests and sexual selection as a case study?  With R Covas (CIBIO, Univ Porto, F Rybak (Univ Paris Sud), Julien Renoult

* 2018-2019        CEMEB Montpellier Explanatory Research Project Relaxed selection at immunity genes in insular populations ? A test using a population genomics approach With B Naboltz R Covas, M Melo, C. Loiseau

* 2018- ..             OSU OREME Suivi de la phénologie de reproduction du Républicain Social.

* 2015-2019       ANR défis de tous les savoir Can cooperation be under social or sexual selection?  With R Covas (CIBIO, Univ Porto, B Faivre (Univ Dijon), F Rybak (Univ Paris Sud)

* 2016-2018                 PEPS CNRS INEE Paysage Rôle de la compétition interspécifique dans la structuration des paysages acoustiques .  With A Robert (Phd), M Melo (Univ Porto), T Lengagne (CNRS, Lyon).

* 2012-2015         Bourse chercheur d'avenir Région Languedoc Roussillon Sélection sexuelle femelle chez les oiseaux : réalité, origine et conséquences populationnelles - With Arnaud Grégoire, Doris Gomez, Anne Charmantier

*2009-2013         ANR JCJCSélection sexuelle, sociale et évolution des ornements femelles. WithArnaud Grégoire, Doris Gomez, Anne Charmantier, B. Doligez

Co Pi

* 2020-2025        ERC Consolidator COOPERATIVE PARTNER. Pi R Covas

* 2016-2018         Portuguese Science and Technology Foundation (FCT)- Direct benefits of cooperation.PI Rita Covas

*2013-2016         Programme Européen Marie Curie-IRSES Cooperation. Pi Rita Covas. coPI C. Doutrelant, B. Hatchwell,

*2013-2015         FCT + National geographic:Parasite pressure, immunity and sexual ornaments in island and mainland birds.

* 2010-2013         FCT Maternal effects and cooperation Pi Rita Covas,

* 2010- ..             OSU OREME. Suivi de la phénologie de reproduction de la mésange bleue. co Pi A. Charmantier C. Doutrelant, A. Grégoire, M. Lambrechts, C. Téplitsky

*2008 – …         Centre of Excellence FitzPatrick Institute (Af du Sud): Cooperative breeding in sociable weavers Co Pi Rita Covas C. Doutrelant

 

 

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Maitre de Conférences (EPHE)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

 tél : 33 (0)4 67 61 33 04
 fax: 33 (0)4 67 41 21 38

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 THEMES DE RECHERCHE

Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.

Professeur des Universités, Université de Montpellier

 

Courriel : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

 

 Directeur de Recherche Emerite au CNRS / Emeritus Senior Scientist at CNRS

J’étudie les réponses des communautés animales et végétales aux changements d’origine humaine (espèces introduites, usage des sols), en milieu tempéré et méditerranéen.

I study plant and animal community response to human induced change (introduced  species, land use) in temperate and méditerranean systems.

Courriel: jean-louis.martin [at] cefe.cnrs.fr

 

Chargé de recherche à l’INSERM Ma principale activité de recherche porte sur l’évolution et la diversité taxinomique des macromycètes, que j’aborde via l’analyse phylogénétique d’échantillons issus d’un large réseau de mycologues européens partenaires. Je constitue aussi une extractothèque fongique destinée à mettre en évidence et valoriser le potentiel bioactif de ces organismes dans le domaine de la santé humaine. My research is mainly focused on the evolution and the taxonomic diversity of higher fungi. I am adressing this issue through the phylogenetic analysis of samples originating from a broad network of European partner mycologists. I am also assembling a fungal extract library, aiming at revealing and promoting the bioactivities of these organisms in the field of human health.   Courriel : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Directeur de recherche ( DR1) CNRS

tel : +33 (0)4 67 61 32 28

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 Chercheur en Ecologie Evolutive, j'étudie l'évolution des systèmes de reproduction (sélection sexuelle, hermaphrodisme, autofécondation), et  la dynamique des communautés (bio-invasions, coexistence d'espèces) par des approches expérimentales, moléculaires, de terrain, et théoriques. J'enseigne la Génétique Quantitative à l'Université. 

I am an evolutionary biologist. I study the evolution of mating systems (sexual selection, hermaphroditism, self-fertilization) as well as community eco-evolutionary dynamics (bio-invasions, species coexistence) through experimental, molecular, field, and theoretical approaches. I teach Quantitative Genetics.

 

Mots clés : Organisme biologique : Invertébré- Milieu : Eaux continentales - Discipline : Génétique, Ecologie, Evolution - Technique : Biologie moléculaire, Génétique quantitative, Terrain

Keywords : Organisme : Invertebrate- Habitat : Freshwater - Discipline : Genetics, Ecology, Evolution - Techniques : molecular biology, Quantitative genetics, Fieldwork

Chercheur en biologie évolutive au CEFE depuis 2000, je m'intéresse à l'évolution des stratégies de reproduction et de laconsanguinité chez les animaux. J'étudie lasélection sexuelle, l'allofécondation, et l'isolement reproducteur, qui sont des stratégies évolutives pour augmenter la valeur sélective des descendants dans différents contextes. Récemment j'ai étendu mes recherches pour comprendre comment l'évolution destraits d'histoire de vie affecte ladiversité et la structure des communautés, à travers lesinvasions biologiques et les mécanismes decoexistence d'espèces dans des communautés spatialement structurées.

J'utilise surtout trois techniques : lagénétique quantitative, les suivis de terrain à long terme, et les marqueurs moléculaires. De temps en temps un peu demodélisation. Mes animaux favoris sont les escargots d'eau douce, de fascinantes petites bêtes avec une étonnante diversité de modes de reproduction. Mais j'ai aussi travaillé avec des bivalves, des mouches, des amphibiens, des plantes (il n'y a pas que les oiseaux et les drosophiles dans la vie !). Je monte des expériences de génétique quantitative à grande échelle dans notre animalerie à mollusques. Je fais aussi un suivi régulier des mollusques invasifs et résidents des communautés aquatiques antillaises (Guadeloupe et Martinique). Ci-dessous plus de détails sur les 2 axes de recherche.

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Axe 1: Evolution des stratégies de reproduction et consanguinité

Questions : Tout individu est le produit d'un événement de reproduction. Ces événements s'organisent en réseaux reproductifsou pédigrées de structure souvent non aléatoire. Ainsi les pédigrées peuvent être en partie découpés en parties disjointes (isolement reproductif), le nombre de descendants peut varier beaucoup d'un individu à l'autre (variance du succès reproducteur), des croisements peuvent se produire entre apparentés (consanguinité). Je recherche en quoi la structure des pédigrées affecte la distribution de la valeur sélective dans une population, et interagit avec l'évolution des stratégies de reproduction. Ces dernières sont des traits qui donnent aux individus l'opportunité de modifier la forme du pédigrée de sorte à augmenter la valeur sélective de leurs descendants : évitement des croisements interspécifiques ou consanguins, choix du partenaire.   Modèles Biologiques : J'ai étudié les conséquences de la consanguinitéet de la reproduction croisée sur la valeur sélective, depuis la dépression de consanguinité jusqu'à la dépression hybride, chez plusieurs organismes comme les mollusques bivalves(clams Spisula ovalis; moules Mytilus spp.) les crapauds(Pelodytes punctatus), et l'escargot d'eau doucePhysa acuta. J'ai étudié l'isolement reproductif chez Mytilus, la sélection sexuelle et le choix du partenaire chez les mouches pédonculées(Cyrtodiopsis dalmanni), et les stratégies d'auto ou d'allofécondation chez les escargots d'eau douce(Bulinus truncatus, Physa acuta...) Actuellement je travaille surtout sur l'évolution de l'allocation au sexe et du système de reproduction chez Physa acuta.   Quelques résultats remarquables : - Une série de modèles montrant comment la consanguinité au sens large (autofécondation, réductions de taille ou subdivision des populations) crée des corrélations positives entre l'hétérozygotie moléculaire (microsatellites, allozymes) et la valeur sélective. Ils incluent des méthodes statistiques pour analyser ces corrélations, ainsi qu'une étude de cas sur le bivalve Spisula ovalis. - Plusieurs études de génétique quantitative sur l'effet de la variation environnementale sur les systèmes de reproduction. Tout est une affaire de norme de réaction: l'interaction entre stress environnemental et qualité génétique, qui détermine le développement des ornements sexuels des mâles de mouches pédonculées; la perte, induite par la chaleur, de l'appareil copulateur mâle chez l'escargot Bulinus truncatus; le comportement d'attente de Physa acutaqui repousse sa première ponte (plutôt que de s'autoféconder) quand elle ne trouve pas de partenaire. - Une méthode pour estimer les taux d'autofécondationavec des données de génotypes multilocus dans une population, sans utiliser Fis, et donc sans les biais dûs aux allèles nuls et autres genotypages erronés. Disponible en freeware. - La découverte pour la première fois chez les animaux d'un ADN mitochondrial porteur de stérilité mâle, capable de transformer un hermaphrodite en femelle. Ces femelles coexistent avec des hermaphrodites normaux (gynodioécie) - un phénomène connu jusqu'ici seulement chez les plantes. Nous l'avons trouvé chez l'escargot Physa acuta. Les mitogénomes porteurs de stérilité mâle sont extrêmement divergents des mitogénomes normaux dans la même espèce, suggérant une évolution de type course-aux-armements. L'ADN mitochondrial, transmis uniquement par la mère, a évolutivement intérêt à privilégier la voie femelle au détriment de la voie mâle chez un hermaphrodite, aboutissant à un conflit avec les gènes nucléaires (transmis par les deux sexes). Projets en cours: L'essentiel de mes projets en cours sont sur Physa acutaoù j'étudie l'allocation au sexe, le comportement reproducteuret la sélection sexuelle. J'ai notamment mis en place des protocoles d'évolution expérimentale de l'allocation au sexe (qu'est-ce que cela fait d'arrêter la sélection sur la fonction femelle, ou sur la fonction mâle), de la gynodioécie (évolution de la stérilité mâle). En collaboration avec J. Tonnabel (ISEM), je m'intéresse, après avoir exploré la sélection sexuelle chez les hermaphrodites animaux, à la sélection sexuelle chez les plantes. Enfin, je m'intéresse à la nature de la dépression de consanguinité et au rôle potentiel de l'épigénétique dans son maintien.

Spisula ovalis,espèce où j'ai detecté une corrélation entre hétérozygotie et valeur sélective due à la consanguinité; ceci contredit l'idée que les invertébrés marins à larves dispersant dans le plancton ont des populations parfaitement panmictiques         Bulinus truncatus,individu avec son phallus sorti. Dans cette espèce le développement du phallus est supprimé chez certains individus. La probabilité de perte du phallus augmente avec la température, suivant une norme de réaction propre à chaque génotype Les pédoncules oculaires allongés de ce mâle de mouche pédonculée (Cyrtodiopsis dalmanni) sont un des traits que les femelles utilisent pour choisir les mâles qui donneront de bons gènes aux descendants. Dans les environnements très stressants, les contrastes entre mâles pour ce trait sont renforcés             RMES, pour Robust Multilocus Estimates of Selfing, logiciel libre sous Windows pour estimer sans biais des taux d'autofécondation avec des données de génétique des populations. Cliquer sur l'icône pour télécharger la dernière version et son fichier d'aide Physa acuta, mon escargot favori et le premier cas de stérilité mâle cytoplasmique chez un animal (taille 1 cm). photo JP Pointier.

 

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Axe 2 : Traits d'histoires de vie, invasions biologiques et communautés

Questions :   Comprendrel'assemblage et la dynamique des communautés d'espèces est un objectif ancien en écologie. La plupart des modèles supposent que les espèces ont des traits fixes, donc que les événements écologiques sont instantanés à l'échelle du temps évolutif. Cependant deux processus évolutifs au moins contribuent à la construction des communautés : la spéciation et l'évolution des traits, qui modifie les interactions entre espèces. Lesinvasions biologiques sont un des processus d'assemblage des communautés. Je cherche à savoir (i)comment les traits évoluent pendant et après l'invasion d'une espèce (ii) si l'invasion est dépendante de certains traits. J'ai aussi travaillé sur les modèles destabilité  évolutive des communautés. Parmi des communautés écologiquement stables, seules quelques-unes sont évolutivement stables (i.e. les traits des espèces ne sont pas sélectionnés pour augmenter ou diminuer). Nous utilisons pour traiter cette question des modèles de trade-off entre traits (compétition et colonisation). Ebnfin je m'intéresse çà la question de l'inférence des mécanismes de coexistence ou d'interactions entre espèce (compétition, niche écologique) dans des métacommunautés : comment à partir de jeux de données observés comprendre les processus qui régissent les distributions (où une espèce est-elle trouvée), les corrélations (quelles espèces trouve-ton ensemble ou pas), les turnovers (comment changent les communautés dans le temps).   Modèles biologiques:   J'ai étudié deux modèles d'étude principaux : lesmouches des fruits (Tephritidae), une série de trois espèces invasives plus une endémique à l'île de La Réunion; et lesescargots d'eau douce aux antilles françaises, à travers l'invasion des rivières de Martinique par des escargots ThiaridésMelanoides tuberculata etTarebia granifera.etla dynamique desméta-communautés de mollusques d'eau douce, à la fois indigènes et introduits, dans un système de rivières et de mares en Guadeloupe.   Quelques résultats remarquables:  - En combinant phylogéographie moléculaire, suivis de terrain, et génétique quantitative, nous avons analysé la diversité des traits d'histoire de vie dans les populations introduites deMelanoides tuberculata. Ce jeu de données constituela démonstration la plus spectaculaire que les populations invasives peuvent accumuler de la diversité génétique pour des traits écologiquement importants grâce à des introductions répétées. Cette diversité est encore augmentée par la production de nouveaux phénotypes par des croisements entre souches introduites. - les modèles spatiaux d'invasion sont classiquement fondés sur des équations de diffusion en paysage continu. Mais beaucoup d'invasions ont lieu dans des habitats fragmentés (par ex. eaux douces).Nous avons mis au point un modèle d'invasion en métapopulation et estimé ainsi des paramètres de colonisation pour un invasion récente : celle de l'escargot Tarebia graniferaen Martinique. Grâce au modèle nous pouvons re-simuler l'invasion, en changeant certains paramètres (densité et taille des sites favorables, point d'introduction etc.) pour comprendre l'effet des caractéristiques du paysage et de la stochasticité sur la dynamique d'invasion. Cette démarche a au fil des années été développée pour estimer simultanément les paramètres de colonisation et d'extinction de toutes les espèces d'une guilde (celle des escargots d'eau douce des mares de Guadeloupe), en prenant en compte leurs différentes "niches" (le fait que les milieux favorables à l'une ne sont pas ceux qui sont favorables à l'autre). Nous arrivons ainsi, pour la première fois, à évaluer la diversité des niches dans une métacommunauté.

La mare de Saint-Félix en Guadeloupe est l'un des200 sites où nous suivons annuellement les communautés de mollusques d'eau douce Melanoides tuberculata.Cette collection de coquilles montre l'étonnante diversité morphologique des souches invasives de cette espèce. Ces souches diffèrent aussi pour des traits d'histoire de vie comme la fécondité ou la taille des juvéniles. [couverture d'un numéro de Current Biol., 2008]               4 espèces de mouche des fruits (Tephritidae), une endémique (haut à gauche) et trois envahisseuses successivement introduites dans l'île de la Réunion (Océan Indien) . L'aptitude à la compétition augmente à chaque nouvel envahisseur.

On a longtemps cherché des traits typiques des espèces invasives. Nous avons émis et validé l'hypothèse quele succès invasif dépend des valeurs de trait relatives d'une espèce par rapport aux espèces locales apparentées avec lesquelles elle est en compétition. Avec des expériences en laboratoire nous montrons que dans une série d'espèces deTephritidae ayant envahi successivement l'île de La Réunion, les plus récentes sont compétitivement dominantes sur les anciennes Contrairement aux hypothèses classiques, les meilleurs envahisseurs ont des taux de croissance intrinsèque (r) relativement faibles. Projets en cours:  Je continue à travailler sur l'analyse statistique de données de terrain (Thiaridés de Martinique, mollusques d'eau douce de Guadeloupe) pour (i) reconstituer les interactions entre espèces (compétition notamment) à partir des dynamiques temporelles d'invasion ou de turnover dans des métacommunautés (ii) comprendre les mécanismes decoexistence des espèces dans les méta-communautés de mollusques de Guadeloupe, et en particulier l'effet de la diversité des traits d'histoire de vie et des systèmes de reproduction sur cette coexistence.

 

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Collaborations: L'essentiel de mes recherches est partagé avecPhilippe Jarne. Nous fonctionnons en symbiose et co-dirigeons les étudiants depuis plus de dix ans (et la symbiose n'a toujours pas tourné au parasitisme!). Nous collaborons régulièrement avecJean-Pierre Pointier, un génial expert en malacologie à l'EPHE de Perpignan. Autres collaborateurs sur Montpellier : Jeanne Tonnabel (sélection sexuelle plantes);Pierre-André Crochet (biologie des métapopulations et communautés d'amphibiens et reptiles),  Sylvie Hurtrez-Boussès(Génétique des populations, phylogéographie, parasitisme escargots), Elodie Chapuis(évolution des traits d'histoire de vie), Jonathan ROMIGUIER (génomique des escargots et stérilité mâle) En-dehors de Montpellier :  Emilien Luquet (UCBL, Lyon plasticité, évolution, épigénétique quantitative), Sandrine Plénet (idem), Tristan Lefébure (UCBL Lyon, évolution ADN mitochondrial), Christoph Grunau et Céline Cosseau (UPVD Perpignan, épigénétique escargots), Vincent Calcagno(INRA-Sophia Antipolis; écologie des communautés); François Massol(CNRS- Université USTL de Lille), Pilar Alda et Nicolas Bonel (CONICET Bahia Blanca, Argentine; écologie et évolution des escargots vecteurs de parasitoses, évolution des systèmes de reproduction)

 

 

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Encadrements de Thèses:   J'encadre actuellement les thèses de Romann CHARBONNIER (depuis oct. 2025) (thème : conflits cytoplasme-noyau et stérilité mâle chez la physe Physa acuta) Matthias RAPP (depuis oct. 2025) (thème : éco-évolution communautés d'escargots eau douce; Co-encadrement avec P. Jarne) Timothée CHENIN (depuis oct. 2023) (thème : sélection sexuelle chez les plantes; (Co-encadrement avec A. Mignot, directrice de thèse et J. Tonnabel, co-encadrante et encadrante principale)   J'ai encadré les thèses de Fanny LAUGIER (2021-2024) (thème : conflits cytoplasme-noyau et stérilité mâle chez la physe Physa acuta). Actuellement: postdoc université d'Edimbourg (Ecosse) Thomas DE SOLAN (2017- 2020; co-encadrement avec P.A. Crochet) (thème : évolution phénotypique et phylogénie des reptiles méditerranéens; actuellement : cherche un emploi dans le domaine conservation / gestion) Maxime DUBART(2016-2019) (thème: Coexistence dans des métacommunautés; actuellement : après un postdoc à Lille (2 ans), en contrat secteur privé en R&D /informatique) Thomas LAMY(2008-2011) (thème: biologie des communautés et génétique des populations d'escargots d'eau douce. Actuellement : chercheur IRD Montpellier, après postdocs aux USA) Benjamin PELISSIE (2007-2010) (thème: allocation sexuelle et sélection sexuelle chez les escargots actuellement : postdoc aux USA, récemment recruté CIRAD La Réunion) Hélène JOURDAN (2007-2010)  (thème : biologie des métapopulations d'amphibiens; actuellement: chercheuse au CIRAD - ASTRE) Juan ESCOBAR (2005-2008) (thème : architecture génétique, systèmes de reproduction et sénescence chez les escargots. Actuellement : chercheur à Medellin, Colombie) Pierre-François DUYCK(2002-2005) (thème :Biologie de l'invasion et variation des traits d'histoire de vie chez les mouches; actuellement : chercheur CIRAD - La Réunion)) Benoît FACON (2000-2003) (thème: Biologie de l'invasion et variation des traits d'histoire de vie chez les escargots (actuellement : chercheur INRAE au CBGP, Baillarguet) Marie-France OSTROWSKI (1999-2002) (thème : évolution des polymorphismes sexuels des escargots)  Anne TSITRONE (1998-2001) (thème : conséquences de la consanguinité sur les relations hétérozygotie-valeur sélective et l'évolution de l'histoire de vie. Actuellement : chanteuse lyrique, après avoir été chercheuse INRAE au SGAP, Mauguio)) Nicolas BIERNE (1998-2001) (thème : isolement reproductif et spéciation chez les moules. Actuellement : chercheur CNRS à l'ISEM, Montpellier))

 

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Enseignement et responsabilités à l'université :

Je fais chaque année des cours de biologie évolutive (ca 20 à 40 h /an) en master 1 et 2 (BEE) et école doctorale  (sélection sexuelle, génétique quantitative, génmique évolutive, théorie de l'évolution). Beaucoup plus chronophage, je suis depuis 2019 directeur adjoint de l'école doctorale GAIA, en charge de la filière EERGP (Ecologie-Evolution-Ressources Génétiques-Paléontologie; entre 150 et 200 doctorants en activité chaque année).

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Publications (click on publication number, left column to get pdf)

P149	Janicke, T., Arnqvist, G., Crochet, P.-A., David,P., Jarne, P., Lehtonen, J., Lenormand, T., Morrow, E.H., Parker, G.A, Saunders, P., Tonnabel, J., Veyrunes, F., Haag, C.R. 2026 Biological sex is binary and rooted in anisogamy. Ecology Letters 29(7) : e70426
P148	Tonnabel, J., David, P., Janicke, T. 2026 Sexual selection in plants and animals: towards a unified framework. Trends in Ecology and Evolution41(6) : 514-526
P147	Bonel, N., Grunau, C., David , P. 2026 Not just mutations : inbreeding depression persists without genetic variation Evolution Letters, qrag008 (hal-04977368v1 ) https://doi.org/10.1093/evlett/qrag008
P146	Skarlou, E.*, Laugier, F*, Béthune, K., Chenin, T., Donnay, J.-M., Froissard, C., David, P. (2025) Complex genetic determination of male-fertility restoration in the gynodioecious snail Physa acuta. Journal of Evolutionary Biology, 38(11) : 1423-1434  (*co-first authors) hal-05413973v1
P145	Laugier, F., Béthune, K., Plumel, F., Froissard, C., Donnay, J. M., Chenin, T., Rousset, F. & David, P. (2025). Cytoplasmic Male Sterility declines in the presence of resistant nuclear backgrounds. American Naturalist, 206(1): 16-30 hal-05370429v1
P144	Bererd, S., David, P., Teulier, L., Plénet, S., & Luquet, E. (2025). Temperature-dependent benefits and costs of cytoplasmic male sterility in snail Physa acuta. Proceedings B, 292(2038), 20241762. hal-04901658v1
P143	Laugier, F., Saclier, N., Béthune, K., Braun, A., Konecny, L., Lefébure, T., Luquet, E., Plénet, S., Romiguier, J., David, P. 2024 Both nuclear and cytoplasmic polymorphisms are involved in genetic conflicts over male fertility in the gynodioecious snail, Physa acuta. Evolution, 78(7) : 1227-1236 https://doi.org/10.1093/evolut/qpae053 hal-04707802v1
P142	Baudry, T., Millet, L., Jarne, P., David, P., Grandjean, F. 2024 Multiple invasions and predation : the impact of the crayfish Cherax quadricarinatuson invasive and native snails. Ecology and Evolution 14 :e11191 https://doi.org/10.1002/ece3.11191 hal-05370429v1
P141	Chapuis, E., Jarne, P., David, P. 2024 Rapid life-history evolution reinforces competitive asymmetry between invasive and resident species. Peer Community Journal, 4 : e25. https://doi.org/10.24072/pcjournal.394 hal-04550058v1
P140	Bonel, N., Nakadera, Y., Piza, J., Vazquez, A. A., Koene, J. M., David, P., Jarne, P., Alda, P. 2023. Chapter 10 : Reproductive strategies, genetic diversity and invasive ability in Lymnaeidae. Pp. 265-284 in Vinarski, M. V. & Vazquez, A. A. (eds). The Lymnaeidae, Zoological Monographs 7, Springer Nature Switzerland https://doi.org/10.1007/978-3-031-30292-3_10 hal-04976552v1
P139	De Solan, T., Sinervo, B., Geniez, P., David, P., Crochet, P.-A. 2023 Colour polymorphism and conspicuousness do not increase speciation rates in Lacertids. Peer Community Journal 3 : e111. https://doi.org/10.24072/pcjournal.345 hal-04310381v1
P138	Calcagno, V., David, P., Jarne, P., Massol, F. 2023 Coevolution of species colonisation rates controls food-chain length in spatially structured food webs. Ecology Letters26 : S140-S151. doi: 10.1111/ele.14263 hal-04310381v1
P137	David, P.,Degletagne, C., Saclier, N., Jennan, A., Jarne, P., Plénet, S., Konecny, L., François, C., Guéguen, L., Garcia, N., Lefébure, T.*, Luquet, E.* 2022 Extreme mitochondrial DNA divergence undelies genetic conflict over sex determination. Current Biology, 32(10), 2325-2333.e6 doi : 10.1016/j.cub.2022.04.014 [It is intellectually frustrating when some theory seems to apply only to one group for no particular reason. This was the case of cytonuclear conflict theory: nuclear genes are inherited from both parents, while cytoplasmic genes (such as mitochondrial genes) are usually propagated only through eggs. The two types of genes are therefore exposed to conflicts over how much energy a hermaphrodite should spend producing female versus male gametes. We have lots of examples in plants, where mitochondria capable of suppressing pollen production evolve, triggering counter-adaptation of nuclear genes restoring pollen production. But surprisingly not a single convincing example in animals. Well, until we discovered the first one in my favourite snail, Physa acuta. The story started with an amazingly divergent mtDNA, so much so that it took us lots of double-checks to ascertain it was in the same species as the standard P. acuta mtDNA. Indeed it was, but the snails carrying it turned out to be incapable of inseminating standard P acuta, though they happily received their sperm. They had lost the male function, with practically zero sperm production and no male behavior. Among snails, P. acuta is now definitely my hero: It is the first example of cytoplasmic male sterility in animals, and it has the highest degree of molecular divergence ever observed between two mitogenomes within a eukaryotic species. This coincidence suggests that accelerated evolution has played a role in a potential evolutionary arms-race between mitochondrial and nuclear genes.]
P135	Tonnabel, J., David, P., Pannell, J.R. 2022 Rapid divergence in vegetative morphology of a wind-pollinated plant between populations at contrasting densities. Evolution, 76(8) : 1737-1748 doi:10.1111/evo.14539
P134	Pantel, J. H., Lamy, T., Dubart, M., Pointier, J.-P., Jarne,P., David, P. 2022. Metapopulation dynamics of multiple species in a heterogeneous landscape. Ecological Monographs, 92 :e1515 doi :10.1002/ecm.1515.
P133	Jourdan-Pineau, H., Crochet, ¨P.-A.*, David, P.* 2022 Bimodal breeding phenology in the Parsley Frog Pelodytes punctatus as a bet-hedging strategy in an unpredictable environment despite strong priority effects. Peer Community Journal, 2:e57 (* equal contributions)
P132	Janicke, T., Chapuis, E., Meconcelli, S., Bonel, N., Delahaie, B., David, P. 2022 Environmental effects on the genetic architecture of fitness components in a simultaneous hermaphrodite. Journal of Animal Ecology, 91 :124-137
P131	Dubart, M., Pointier, J.-P., Jarne, P., David, P. 2022 Niche filtering, competition and species turnover in a metacommunity of freshwater molluscs Oikos : e09157. doi: 10.1111/oik.09157
P130	De Solan, T., Théry, M., Picard, D., Crochet, David, P., P.-A., Secondi, J. 2022 A lot of convergence, a bit of divergence: environment and interspecific interactions shape body color patterns in Lissotriton newts. Journal of Evoluionary Biology, 35 :575-588. DOI: 10.1111/jeb.13985
P129	Tonnabel, J., David, P., Janicke, T., Lehner, A., Mollet, J.-C., Pannell, J.R., Dufay, M. 2021 The scope for postmating sexual selection in plants. Trends in Ecology and Evolution36 (6) : 556-567 (hal-03190294v1)
P128	Luviano, N., Lopez, M., Gawehns, F., Chaparro, C. ; Arimondo, P. B.; Ivanovic, S., David, P., Verhoeven, K., Cosseau, C., Grunau, C. 2021 The methylome of Biomphalaria glabrata and other mollusks: enduring modification of epigenetic landscape and phenotypic traits by a new DNA methylation inhibitor. Epigenetics and Chromatin 14 :48. doi : 10.1186/s13072-021-00422-7
P127	Jarne, P., Lozano del Campo, A., Lamy, T., Chapuis, E., Dubart, M., Segard, A., Canard, E., Pointier, J.-P., David, P. 2021 Connectivity and selfing drive population genetic structure in a patchy landscape: a comparative approach of four co-occurring freshwater snail species. Peer Community Journal, 1, e21. doi : 10.24072/pcjournal.29
P126	Alda, P., Lounnas, M., Vázquez, A. A., Ayaqui, R., Manuel Calvopina, M., Celi-Erazo, M., Dillon, R., González Ramírez, L. C., Loker, E. S., Muzzio-Aroca, J., Nárvaez, A., Noya, O., Pereira, A. E., Martini Robles L., Rodríguez-Hidalgo, R., Uribe, N., David, P., Jarne, P., Pointier, J.-P., Hurtrez-Boussès, S.. 2021. Systematics and geographical distribution of Galba species, a group of cryptic and worldwide freshwater snails. Molecular Phylogenetics and Evolution157 :107035.[BioRxiv, 647867, v3 peer-reviewed and recommended by PCI Evolutionary Biology] doi: 10.1101/647867. (hal-03174525v1)
P125	Makiola, A., Compson Z. G., Baird, D. J., Barnes, M. A., Boerlijst, S. P., Bouchez, A., Brennan, G., Bush, A., Canard, E., Cordie, T., Creer, S., Curry, S. A., David, P., Dumbrell, A. J., Gravel, D., Hajibabaei, M., Hayden, B. van der Hoorn, B., Jarne, P., Jones, J. I., Karimi, B., Keck, F., Kelly, M., Knot, I. E., Krol, L., Massol, F., Monk, W. A., Murphy, J., Pawlowski, J., Poisot, T., Porter, T., Randall, K. C., Ransome, E., Ravigné, V., Raybould, A., Robin, S., Schrama, M., Schatz, B., Tamaddoni-Nezhad, A., Trimbos, K. B., Vacher, C., Vasselon, V., Wood, S., Woodward, G., Bohan D. A. 2020 Key questions for next-generation biomonitoring. Frontiers in Environmental Science7 : 197 (hal-02402296v1)
P124	Fallet, M., Luquet, E., David, P., Cosseau, C. 2020 Epigenetic inheritance and intergenerational effects in mollusks. Gene 729 : 144166 (hal-02345327v1),
P123	de Solan, T., Renoult, J. P., Geniez, P., David, P.*, & Crochet, P. A.* (2020). Looking for mimicry in a snake assemblage using deep learning. American Naturalist,196 : 74-86 bioRxiv, 789206. (*equal contributions) (hal-02378461v1)
P122	De Carvalho Augusto, R., Rey, O., Cosseau, C., Chaparro, C., Vidal-Dupiol, J., Allienne, J.-F., Duval, D., Pinaud, S., Tönges, S., Andriantsoa, R., Luquet, E., Aubret, F., Dia Sow, M., David, P., Thomson, V., Joly, D., Gomes Lima, M., Federico, D., Danchin, E., Minoda, A., Grunau, C. 2020 A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics. Wellcome Open Research5 :121 (hal-03145575v1)
P121	Aubree, F., David, P., Jarne, P., Loreau, M., Mouquet, N., Calcagno, V., 2020. How community function affects biodiversity-ecosystem functioning relationships. Ecology Letters23 : 1263-1275. (hal-02992040, version 1)
P120	Tonnabel, J., David, P., Pannell, J. R. 2019 Do metrics of sexual selection conform to Bateman’s principles in a wind-pollinated plant ? Proc. Roy. Soc. London B, 286: 20190532 (hal-02411612)
P119	Tonnabel, J., David, P., Klein, E. K., Pannell, J. R., 2019. Sex-specific selection on plant architecture through 'budget' and 'direct' effects in experimental populations of a wind-pollinated herb. Evolution 73(5), 897-912 (hal-02411610)
P118	Noël, E.*, Fruitet, E.*, Lelaurin, D., Bonel, N., Segard, A., Sarda, V., Jarne, P., & David P. (2019). Sexual selection and inbreeding: two efficient ways to limit the accumulation of deleterious mutations. Evolution Letters3-1 :80-92 recommended and peer-reviewed by PCI Evol Biolas bioRxiv, 273367 (*equal contributions) (hal-02366845v1)
P117	Jabot, F., Laroche, F., Massol, F., Arthaud, F., Crabot, J., Dubart, M., Blanchet, S., Munoz, F., David, P., Datry, T. 2019 Assessing metacommunity processes through signatures in spatiotemporal turnover of community composition. Ecology Letters23 (9) : 1330-1339. peer-reviewed and recommended by PCI Ecologyas bioRxiv480335 ver.3 (hal-02942285v1)
P116	Dubart, M., Pantel, J. H., Pointier, J.-P., Jarne, P., David, P. 2019 Modelling competition, niche and coexistence between an invasive and a native species in a two-species metapopulation Ecology 100(6) e02700. doi:10.1002/ecy.2700(hal-02148415v1)
P115	Lounnas, M., Correa, A.C., Alda, P., David, P., Dubois, M.P., Calvopiña, M., Caron, Y., Celi-Erazo, M., Dung, B.T., Jarne, P. and Loker, E.S., 2018. Population structure and genetic diversity in the invasive freshwater snail Galba schirazensis (Lymnaeidae). Canadian Journal of Zoology, 96(5) : 425-435. (hal-01953197v1)
P114	Bonel, N.*, Noël, E.*, Janicke, T., Sartori, K., Chapuis, E., Ségard, A., Meconcelli, S., Pélissié, B., Sarda, V. and David, P., 2018. Asymmetric evolutionary responses to sex‐specific selection in a hermaphrodite. Evolution 72(10), 2181-2201. (* equal contributions) (hal-02411607)
P113	Alda, P., Lounnas, M., Vázquez, A.A., Ayaqui, R., Calvopiña, M., Celi-Erazo, M., Dillon, R.T., Jarne, P., Loker, E.S., Muñiz-Pareja, F.C., Muzzio-Aroca, J., Narvaez, A.O., Noya, O., Robles, L. M., Rodriguez-Hidalgo, R., Uribe, N., David, P., Pointier, J.-P., Hurtrez-Boussès, S. 2018. A new multiplex PCR assay to distinguish among three cryptic Galba species, intermediate hosts of Fasciola hepatica. Veterinary Parasitology, 251 : 101-105 (hal-02016541v1)
P112	Tonnabel, J. David, P. & Pannell, JR. (2017). Sex-specific strategies of resource allocation in response to competition for light in a dioecious plant. Oecologia 185:675-686.
P111	Pantel, J. H., Bohan, D. A., Calcagno, V., David, P., Duyck, P.-F., Kamenova, S., Loeuille, N., Mollot, G., Romanuk, T. N., Thébault, E., Tixier, P., Massol, F. 2017. 14 questions for invasion in ecological networks. In : Bohan, D. A., Dumbrell, A. J., Massol, F., editors, Advances in Ecological Research,56 : 293-340. Academic Press, Oxford, U.K (hal-01453469v1)
P110	Noël, E., Jarne, P., Glémin, S., MacKenzie, A., Ségard , A., Sarda, V., David, P. 2017. Experimental evidence for the negative effects of self-fertilization on the adaptive potential of populations. Current Biology, 27 : 237-242 [Some ideas in biology have been repeated over and over with surprisingly little evidence. This is the case of the opinion that selfing species are evolutionary dead-ends as they cannot respond to new selection pressures. We test this idea directly by comparing the reponse to artificial selection for a morphological trait in snail populations under either outcrossing and selfing, and with or without previous experience of self-fertilization. Selfing initially speeds up the response to selection, but then slows it down after a few generations while outcrossing lines continue to respond. This effect, consistent with the dead-end hypothesis, not only reflects an exhaustion of genetic variation but also an increase in nonheritable phenotypic variance under selfing. ]
P109	Lounnas, M., Vázquez, A. A., Alda, P., Sartori, K., Pointier, J. P., David, P., Hurtrez-Boussès, S. 2017. Isolation, characterization and population-genetic analysis of microsatellite loci in the freshwater snail Galba cubensis (Lymnaeidae). Journal of MolluscanStudies 83 (1): 63-68 (hal-01418196v1)
P108	Lounnas, M., Correa, A. C., Vázquez, A. A., Dia, A., Escobar, J. S., Nicot, A., Arenas, J., Ayaqui, R., Dubois, M. P., Gimenez, T., Gutiérrez, A., González-Ramírez, C., Noya, O., Prepelitchi, L., Uribe, N., Wisnivesky-Colli, C., Yong, M., David, P., Loker, E. S., Jarne, P., Pointier, J. P., Hurtrez-Boussès, S. (2017), Self-fertilization, long-distance flash invasion and biogeography shape the population structure of Pseudosuccinea columella at the worldwide scale. Molecular Ecology, 26: 887–903 [I participated in this large and collaborative microsatellite study set up by Sylvie Hurtrez-bousses and her PhD student Manon Lounnas, showing how a self-fertilizing freshwater snail can lose most of their genetic variation during invasion. Presumably originating forom North America, where its diversity is maximal, this species has colonized many places in Africa, Europe, Indian Ocean, caribbean and Pacific islands, and in all these places a single homozygous genotype is found - in sharp contrast with the situation of  invasive outcrossing snails such as Physa acuta -P88]
P107	Lamy, T., Laroche, F., David, P., Massol, F., Jarne, P. 2017 The contribution of species-genetic diversity correlations to the understanding of community assembly rules Oikos126(6) : 759–771. [We review the literature on correlations between species diversity and genetic diversity (SGDC) and show how they can be used to unravel community properties. We highlight the importance of spatial and temporal variation in carrying capacity and connectivity among habitat patches, and of the similarity of reponse to environmental variation and of modes of dispersal among the studied taxa, to determine the sign and intensity of SGDC. We propose statistical methods to incorporate environmental information in the analysis of SGDC in order to disentangle the processes at play  ]
P106	David, P., Thébault, E., Anneville, O., Duyck, P.-F., Chapuis, E., Loeuille, N. 2017 Impacts of invasive species on food webs : a review of empirical data. In : Bohan, D. A., Dumbrell, A. J., Massol, F., editors, Advances in Ecological Research, 56 : 1-60. Academic Press, Oxford, U.K. [Invasive species affect food webs by becoming new predators (top-down effect) or new prey (bottom-up) to resident species, but also by sharing prey,  thus competing with them, or sharing predators, thus exerting indirect competition. We review lots of empirical examples of these effects and come up with the idea that, regardless of the type of interaction, extreme impacts arise because of lack of coevolution combined with an invasion filter : non-coevolved species, exotic vs resident, tend to have more extreme interactions on average, in favor of either one or the other, but only when they are favorable to exotics do the latter successfully invade. Consequently, eco-evolutionary immaturity of resident food webs, due to historical isolation, recent eutrophication, lack of top-predators or of important feeding types, or anything that has kept diversity relatively low, make them prone to experience large (and irreversible) impacts of potential invaders. We discuss the potential lessons for remediation / conervation policies]
P105	Chapuis, E., Lamy, T., Pointier, J.-P., Juillet, N., Ségard, A., Jarne, P., David, P. (2017) Bioinvasion triggers rapid evolution of life histories in freshwater snails. American Naturalist 190:5, 694-706 [It is now commonplace to describe bioinvasions as laboratories for rapid evolution; yet few examples are well documented. In the Guadeloupe pond network that we have been following since 2000, we were able to observe year after year the progression of the invasion by Physa acuta. With a large common-garden experiment comparing natural populations exposed to this invasion for different times, we show that Physa acuta triggers a rapid evolution of life-history traits in its related competitor Aplexa marmorata, towards earlier and more intense production of offspring, at the expense of lower egg/juvenile size and adult survival. A unique example of rapid evolution driven by the arrival of a new competitor]
P104	Calcagno, V., Jarne, P., Loreau, M., Mouquet, N., & David, P. 2017. Diversity spurs diversification in ecological communities. Nature Communications 8 : 15810 [Evolution can contribute to the diversification of regional communities through a process of adaptive radiation. This process is often said to be triggered by the availability of niche space, and to gradually slow down as diversity builds up and niches become occupied. In this theoretical study, we question this view and show that, under three classical models of species coexistence, diversification is easier when some diversity is already present than when there is only one species. This may explain the slow start observed in adaptive radiations in some insular taxa (caribbean lizards) and experimental evolution settings ]
P103	Viard, F., David, P., Darling, J. 2016. Marine invasions enter the genomic era : three lessons from the past, and the way forward. Current Zoology, 62(6) : 629-642 [Invasion genetics comes of age, but is now renewed thanks to NGS technology. We review what these new markers have recently brought to our knowledge of marine invasions. The large numbers of loci allow to study genetic structure with high sensitivity, revealing unsuspected dicontinuities and cryptic species complexes in marine populations; and making it possible to capture the faint genetic signals of the usually very moderate founder effects in recent invaders. However their value to understand adaptive processes during invasion will depend on our ability to maintain efforts on exhaustive geographic sampling and common-garden experiments ]
P102	Stoffel, M. A., Esser, M., Kardos, M., Humble, E., Nichols, H., David, P., Hoffmann, J. I. 2016 inbreedR : an R package for the analysis of inbreeding based on genetic markers. Methods in Ecology and Evolution 7(11), 1331-1339 [The computation of two-locus heterozygosity disequilibrium (or g2), initially described in David et al. 2007 and performed by the software RMES, is usually too long for NGS-based data. The low-computation-time approximation I initially derived for Hoffmann et al. 2014 is here made available as an R-package together with some resampling and graphic methods -thanks to the programming effort of M. Stoffel and colleagues  ]
P101	Noël, E., Chemtob, Y., Janicke, T., Sarda, V., Pélissié, B., Jarne, P., David, P. 2016. Reduced mate availability leads to evolution of self-fertilization and purging of inbreeding depression in a hermaphrodite. Evolution, 70: 625–640 [Weexplore evolutionary scenarios of transitions from outcrossing to selfing using experimental evolution in the hermaphroditic snail Physa acuta, a preferential outcrosser. We created lines that were frequently forced to reproduce by selfing. In ca. 20 generations this regime purged an important fraction of the inbreeding depression and snails became less reluctant to self-fertilize (reduced waiting time). Thus, facultative selfing not only provides reproductive assurance, it may also create conditions that favour more selfing, potentially initiating an evolutionary transition ]
P100	Ehlers, B. K., David, P., Damgaard, C. F. and Lenormand, T. 2016. Competitor relatedness, indirect soil effects, and plant co-existence. Journal of Ecology 104 :1126-1135 [An experiment showing that the effects of competition between an within species of two annuals (Medicago) are modified by a perennial shrub, the thyme, through chemicals released in the soil. Competition favours one or the other species depending on whether the soil has been exposed to thyme or not. In addition we observed a tendency for intraspecific competition to have less negative effects when it occurs between closely related individuals rather than unrelated ones, a characteristic that may promote local dominance of a few genotypes of each species  ]
P99	Mousset, M., David, P., Petit, C., Pouzadoux, J., Hatt, C., Flaven, E., Ronce, O., Mignot,A. 2016Lower selfing rates in metallicolous populations of the pseudometallophyte Noccaea caerulescens in southern France than in nonmetallicolous populations. Annals of Botany,117 : 507-519 [We develop a new method to test whether two groups of populations differ in their average selfing rate and use it to show that populations of an annual plant tolerant to heavy metals have lower selfing rates in soil polluted by heavy metals near ancient mines than in the surrounding nonpolluted landscape. ]
P98	Marie-Orleach, L., Janicke, T., Vizoso, D. B., David, P., Schärer, L. 2016, Quantifying episodes of sexual selection: Insights from a transparent worm with fluorescent sperm. Evolution, 70: 314–328. [Macrostomum is a fantastic hermaphroditic worm, it is transparent and can be made fluorescent through GFP technology. Lucas Marie-Orleach and the team of Lukas Schärer in Basel were thus able to track the fate of individual sperm after copulation, to get a really precise decomposition of various phases of sexual selection, before and after copulation. I helped with the analyses, similar to Pélissié et al 2014; Macrostomum turns out to be another hermaphrodite where lots of the variance in male reproductive success depends on variability in the fate of sperm after copulation]
P97	Laroche, F., Jarne, P., Lamy, T., David, P., Massol, F. 2015. A neutral theory for interpreting correlations between species and genetic diversity in communities. The American Naturalist185: 59-69 [SGDC (species-genetic diversity correlations, correlations between molecular diversity within a species and species diversity in the surrounding community) have been described in many organisms but their interpretation is usually vague. A neutral reference is lacking, to predict what would happen when competition occurs among individuals in a fragmented habitat, but without any biological difference due to species or genotype. We model this situation and show how the joint distribution of site connectivity and site carrying capacity, and the mutation rate, determine the sign and intensity of SGDC.]
P96	Janicke, T., David, P., Chapuis, E.,2015 Environment-Dependent Sexual Selection: Bateman’s Parameters under Varying Levels of Food Availability. The American Naturalist 185 : 756-768 [Sexual selection depends on the environment, and  the availability of resources determines how reproductive and mating success can vary in a population. We show that food restriction decreases the opportunity for sexual selection and makes reproductive success less dependent on mating success in the hermaphroditic snail Physa acuta - thus decreasing the asymmetry between male and female functions with respect to sexual selection. Food restriction seems to dampen phenotypic variation rather than to enhance it, unlike other forms of stress]
P95	Graham, S., Chapuis, E., Meconcelli, S., Bonel, N., Sartori, K., Christophe, A., Alda, P., David, P., Janicke, T., 2015 Size-assortative mating in simultaneous hermaphrodites: an experimental test and a metaanalysis. Behavioral Ecology and Sociobiology69(11), 1867-1878. [Size-assortative mating occurs when individuals prefer to mate with similar-sized partners- but similarity within mating pairs can result from various reasons that have nothing to do with sexual preference (eg spatial autocorrelation in body size or age). We illustrated this in Physa acuta by finding no preference for similar-sized mates in controlled settings while there was a correlation in size within mating pairs collected in the field. In addition we did a metanalysis showing that evidence for size-assortative mating tends to exist only in reciprocally-copulating hermaphrodites in which mates play symmetrical roles, and therefore may both be choosy]
P94	Burgarella, C., Gayral, P., Ballenghien, M., Bernard, A., David, P., Jarne, P., Correa, A., Hurtrez-Boussès, S., Escobar, J., Galtier, N., Glémin, S. 2015 Molecular evolution of freshwater snails with contrasting mating systems. Molecular Biology and Evolution32(9) : 2403-2416. [Self-fertilization is thought to impair the response to selection on the long term by decreasing effective recombination. Here we studied molecular polymorphism and divergence in transcriptomes of selfing and outcrossing lineages of hermaphroditic snails. We showed that selfing snails have accumulated more nonsynonymous changes than outcrossing ones, suggesting that they have a hard time getting rid of slightly deleterious mutations,. Compared to plant studies, our snail study has the advantage that selfing is relatively ancient in the studied clade, leaving more time to accumulate changes]
P93	Weeks, S.C., Benvenuto, C., Reed, S.K., Duff, R.J., Duan, Z.-H., David, P. 2014 A field test of a model for the stability of androdioecy in the freshwater shrimp, Eulimnadia texana. Journal of Evolutionary Biology, 27: 2080-2095 [Steve Weeks has been studying for a long time these wonderful little creatures that have evolved from dioecy to androdioecy (coexistence of males and hermaphrodites) and maintained this system for millions of years. This is a field study to test models of maintenance of androdioecy, in which the selfing rate is a crucial parameter. In order to infer selfing rates from allozyme data, I designed a modified version of the RMES program to take into account the specificity of this system, as well as the presence of a mix of sex-linked and non sex-linked loci ]
P92	Pélissié, B., Jarne, P., Sarda, V., David, P 2014 Disentangling precopulatory and postcopulatory sexual selection in polyandrous species Evolution 68(5) : 1320-1331 [Sexual selection is a complicated matter : male reproductive success depends on how many copulations and mates they get, and when they inseminate them compared to other male competitors (precopulatory processes) and how efficient each copulation is at getting many eggs fertilized in spite of sperm competition (postcopulatory processes).  Understanding at which stage variance in male fitness is generated requires detailed observation of sexual activity, together with paternity analysis in offspring. Here we develop experimental and statistical methodology to perform this task and apply it to our favorite organism, the snail Physa acuta - showing that, although the number and timing of copulations increases male fitness, approximately 40% of the variance is generated at the postcopulatory stage  ]
P91	Lohr, J. N., David, P., Haag, C. R. 2014 Reduced lifespan and increased ageing driven by genetic drift in small populations. Evolution 68: 2494-2508 [Under the mutation accumulation theory, genetic variance in senescence in natural populations reflects the disproportionate accumulation of deleterious mutations affecting late-expressed traits. We build a theoretical model showing that in a metapopulation this will result in faster senescence in demes with low genetic diversity (i.e. low effective size), and confirm this prediction with a large-scale molecular and common-garden study of Daphnia populations]
P90	Janicke, T., Vellnow, N., Lamy, T., Chapuis, E., David, P. 2014 Inbreeding depression of mating behavior and its reproductive consequences in a freshwater snail Behavioral Ecology 25(2): 288-299 [Following Janicke et al. 2013, we measure how inbreeding affects both male and female mating behaviour in the hermaphrodite Physa acuta. We observe significant, but moderate inbreeding depression on the number of encounters and copulations in both roles; however it seems insufficient to explain the large impacts of inbreeding on male paternity observed in J & al 2013 - suggesting an important role for postcopulatory processes linked to ejaculate size or sperm competition.]
P89	Hoffman, J.I., Simpson, F., David, P., Rijks, J. M., Kuiken, T., Thorne, M. A. S., Lacy, R., Dasmahapatra, K. K. 2014 High-throughput sequencing reveals inbreeding depression in a natural population. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 111: 3775-3780 [ RAD-seq technology now generates thousands of loci, that provide unprecented precision in measures of variance in inbreeding, a key parameter to understand heterozygosity-fitness correlations (HFC). I here adapted the g2 method (defined in David et al. 2007 and implemented in RMES) to highly multilocus datasets, using approximations that considerably reduce computation time. We validated this method with a dataset of captive rodents with known pedigrees, and then used it to analyse HFC in wild populations of seals. Now available as R-package, see Stoffel et al. 2016]
P88	Bousset, L., Pointier, J.-P., David, P., Jarne, P. 2014 Neither variation loss, nor change in selfing rate is associated with the worldwide invasion of Physa acuta from its native North America Biological Invasions16:1769-1783 [A population genetic study of microsatellite diversity in Physa acuta, our pet snail, across the world. Physa acuta is an example of an outcrossing species that has invaded the world (from its probable native area in North America) without apparent loss in genetic diversity - contrasting with the case of selfing snail species such as Lymnaea columella]
P91	Pointier, J.-P., David, P., Jarne, P. 2011 The Biological Control of the Snail Hosts of Schistosomes: The Role of Competitor Snails and Biological Invasions, Chapter 9, pp 215-238 in Biomphalaria snails and larval trematodes, ed. by Toledo, R. & Fried, B., Springer Verlag, New York [An account of how competition by (intentionnally or fortuitously) introduced species can affect populations of Biomphalaria glabrata and other vectors of schistosomes. This contains a detailed historical account of all freshwater snail invasions that occurred in Guadeloupe and Martinique, and their impacts ]
P90	Massol, F., Duputié, A., David, P., Jarne P. 2011. Asymmetric patch size distribution leads to disruptive selection on dispersal. Evolution 65(2): 490-500 [Most models of dispersal evolution predict a single optimum, at odds with the diversity observed in nature, even among species or genotypes inhabiting the same landscape. We show that diversification of dispersal strategies naturally occurs provided patches of favorable habitats have unequal sizes, many of them small and a few large. This condition is fulfilled by many natural landscapes]
P89	Luquet, E., Lena, J.-P., David, P., Joly, P., Lengagne, T., Perrin, N., Plenet S. 2011 Consequences of genetic erosion on fitness and phenotypic plasticity in European tree frog populations (Hyla arborea), Journal of Evolutionary Biology, 24(1): 99-110 [We investigate the consequences of the loss of genetic diversity in small fragmented populations on the expression of an essential trait in juvenile tree frogs (tadpoles) : predator-induced plasticity. Plasticity is fully maintained, but at a higher cost, in genetically depauperate populations compared to large, more diverse ones]
P88	Luquet, E., David, P., Léna, J.-P., Joly, P., Konecny, L., Dufresnes, C., Perrin, N., Plénet, S. 2011 Heterozygosity-fitness correlations among wild populations of European tree frog (Hyla arborea) detect fixation load. Molecular Ecology, 20: 1877-1887 [In this study of heterozygosity-fitness correlations (HFC) in frogs, HFC arises from the mixing of populations with different average heterozygosity and larval growth, rather than from differences among individuals within populations. Therefore, covariation in larval traits and heterozygosity is due to fixation load rather than to within-population polymorphism]
P87	Jarne, P., Pointier, J.-P., David, P. 2011 Biosystematics of Biomphalaria spp. with an emphasis on Biomphalaria glabrata, , Chapter 1, pp 1-32 in Biomphalaria snails and larval trematodes, ed. by Toledo, R. & Fried, B., Springer Verlag, New York [Book chapter synthetizing the current knowledge on phylogeny, phylogeography, and population genetics of Biomphalaria glabrata, the main host of schistosomiasis in South America, and its allied species]
P86	Escobar, J.-S., Auld, J.R., Correa, A. C., Alonso, J. M., Bony, Y.K., Coutellec, M.-A., Koene, J.M., Pointier, J.-P., Jarne, P., David, P.2011 Patterns of mating-system evolution in hermaphroditic animals: correlations among selfing rate, inbreeding depression and the timing of reproduction. Evolution, 65(5) : 1233-1253 [A big collaborative study to measure selfing rates, waiting times (=reproductive delays when an individual is forced to self-fertilize), and inbreeding depression in a dozen new pulmonate species, and to collect similar published data on other animals. We show that species are either highly outcrossing, with significant waiting time and large inbreeding depression or highly inbred, with no significant waiting time nor inbreeding depression. This generalizes our previous results on Physa acuta (P76, P59, P33, P30) and mirrors previous results obtained in plants, with the difference that mixed-mating systems seem absent]
P85	Bierne, N., Welch, J., Loire, E., Bonhomme, F., David, P.2011.The coupling hypothesis: why genome scans may fail to map local adaptation genes. Molecular Ecology 20: 2044-2072 PDF Download supporting info[This is more than a cautionary note on genome scans ! Very long but worth the effort, it will change the way you think about molecular approaches to adaptation..Population geneticists often use genome scans, looking for molecular markers with exceptional differenciation between two habitats, to map genes with major effects on adaptation to habitat. We show that genes promoting pre or postmating isolation, irrespective of habitat, naturally become coupled with habitat specialization genes, so that clines in allele frequencies come to coincide with habitat boundaries. The abundance of isolation genes in genomes, and their efficiency at maintaining linkage disequilibrium with nearby neutral markers, make it likely that genome scans actually map them rather than habitat adaptation genes. We provide some simulations and convincing examples from the literature to illustrate this process]
P84	Szulkin, M., Bierne, N., David, P. 2010 Heterozygosity-fitness correlations : a time for reappraisal. Evolution 64 (5):1202-1217. [With the advent of microsatellites, years after the golden age of allozymes, we are witnessing a new bloom of studies on heterozygosity-fitness correlations (HFC). Yet lessons from the past (especially from old theory) have been ignored, and recent HFC studies often reveal misunderstandings that sound all too familiar to old - well, let's say middle-aged- population geneticists like myself. Do you want a theoretical summary as well as a practical guide on HFC ? Do you simply want the truth about HFC ? Read this paper...]
P83	Jarne P., Pointier J.-P., David P., Koene J. 2010 Basommatophoran Gastropods. pp173-196 in: The evolution of primary sexual characters in animals. Edited by Leonard J.L. and Córdoba-Aguilar A., Oxford University Press, New York [A book chapter with a synthesis on how reproductive organs are organized and evolve in hermaphroditic freshwater snails]
P82	Ferdy, J.-B., David, P., Rousset, F. 2010 Formalisations mathématiques de l'Evolution Biologique; chap. 1, pp1-32 in Biologie Evolutive, édité par F. Thomas, T. Lefèvre, M. Raymond , De Boeck Université, Paris [A book chapter in french on theoretical approaches in evolutionary biology, summarizing the bases of the three main ways by which trait evolution can be modelled, population genetics, quantitative genetics and game theory, their assumptions and interrelationships]
P81	David, P., Parmentier, M.-L.2010Evolution et développement. chap. 8, pp267-294 in Biologie Evolutive, edited by F. Thomas, T. Lefèvre, M. Raymond , De Boeck Université, Paris [A synthetic book chapter in french on evolution and development; We develop a more critical view than most other accounts of the subject, highlighting that evo-devo is still at a contemplative stage, accumulating spectacular discoveries, wondering at how worms and humans have inherited common developmental pathways from their remote common ancestor, but not yet close to a unified theory of how organism design evolves]
P80	Correa, A.C., Escobar, J.S., Durand, P., Renaud, F., David, P., Jarne, P., Pointier, J.-P., Hurtrez-Bousses, S. 2010 Bridging gaps in the molecular phylogeny of the Lymnaeidae (Gastropoda: Pulmonata), Vectors of Fasciolasis. BMC Evolutionary Biology 2010, 10:381 PDF [Lymnaeids are a fascinating but complicated family of freshwater snails; here is a detailed account of current knowledge on its phylogenetic history, revealing several big clades originating in different continents, cryptic species, and surprising intercontinental invasions .. all this to confirm that we should forget about many named subgenera which are clearly polyphyletic]
P79	Anthes, N., David, P., Auld, J.R., Hoffer, J.N.A., Jarne, P., Koene, J.M., Kokko, H., Lorenzi, M.C., Pélissié, B., Sprenger, D., Staikou, A., Schärer, L. 2010, Bateman Gradients in Hermaphrodites : An Extended Approach to Quantify Sexual Selection. American Naturalist176 : 249-263 PDF [Bateman gradients, i.e. linear regressions of fitness on mating activity, are the standard measure of sexual selection in separate-sex species. Hermaphrodites, with their two sexual functions, open the door to exciting new possibilities that may challenge, reinforce, or extend traditional sexual selection theory. This paper synthetizes two years of a highly collective and enjoyable brainstorming effort to provide a theoretical guide and a worked example - a snail, of course- on how we can measure, and what we can learn from, sexual selection gradients in hermaphrodites]

Directeur d'Etude Emerite (EPHE)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

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Thématiques : Incendies ou brûlages,  dynamique du paysage, et faune : écologie des perturbations et conservation.

 

CNRS Researcher

Head of the Behavioural Ecology team

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Bureau 208

Directrice de recherche au CNRS - section 39
Ethnoécologue / géographe

Responsable de l'équipe Interactions bioculturelles
Chercheure associée à l'UMR CREDO et l’UMR SENS

A travers un engagement ethnographique avec les agriculteur·rices, je cherche à décrire et comprendre les relations des humains avec leurs plantes, leur rapport à l’espace ou au lieu, et plus largement le rôle des organisations sociales et des institutions dans l’élaboration et la transformation de ces relations. Mes objectifs sont de comprendre comment (i.e. savoirs, ontologies et pratiques) et pourquoi (i.e. valeurs instrumentales, intrinsèques et surtout relationnelles), les agriculteur·rices gèrent, maintiennent et expérimentent une diversité de variétés et d’espèces. J’ai particulièrement étudié, à l’aide d’analyses de réseaux sociaux, les modalités de circulation des plantes et des connaissances associées. Plus récemment, mon objectif est d’identifier les valeurs de bien-être bioculturel chez les agriculteur·rices d’Océanie et de France (vigneron·nes), ainsi que les processus sociaux, écologiques et politiques générateurs d’un vignoble et de vin de « qualité » en Occitanie.

Mes travaux se déclinent ainsi en cinq thèmes : (1) Savoirs hybrides et classification des plantes ; (2) Valeurs associées à l’agrobiodiversité ; (3) Circulation des semences et des savoirs ; (4) Bien-être des agriculteur·rices ; (5) Transition « qualité » des vins occitans.

Through ethnographic engagement with farmers, I seek to describe and understand the relationships between humans and their plants, their connection to space or place, and more broadly, the role of social organizations and institutions in shaping and transforming these relationships. My goals are to understand how (i.e., knowledge, ontologies, and practices) and why (i.e., instrumental, intrinsic, and especially relational values) farmers manage, maintain, and experiment with a diversity of varieties and species. I have particularly studied, using social network analysis, the ways in which plants and associated knowledge circulate. More recently, my aim is to identify the values of biocultural well-being among farmers in Oceania and France (winegrowers), as well as the social, ecological, and political processes that generate a shift to "quality" in vineyard and wine in France (Occitania region).

My work is organized around five themes: (1) Hybrid knowledge and plant classification; (2) Values associated with agrobiodiversity; (3) Circulation of seeds and knowledge; (4) Farmer well-being; (5) Shifting to quality wine production.