C’est dans le cadre d’une thèse CIFRE, menée en collaboration entre le CEFE, l’UMR MARBEC et l’entreprise SPYGEN, que j’étudierai l’impact de l’habitat et des activités anthropiques sur la diversité des crustacés le long de la côte méditerranéenne française métropolitaine et outre-mer (Mayotte et La Réunion). Afin d’obtenir un inventaire le plus exhaustif possible et de manière non invasive, les données ont été collectées par filtration d'eau contenant l’ADN laissé par les individus dans le milieu, appelé ADN environnemental (ADNe). Le metabarcoding de l’ADN environnemental permet, en le comparant à une base de données, d’identifier les espèces dont l’ADNe a été collecté. Pour ce faire, une base de référence sera créée à l’aide d’ADN collecté dans les musées et aquariums, par des techniques d’extraction d’ADN classiques, mais aussi novatrices, comme la capture. De plus, pour les bases de référence très lacunaires, comme celles de Mayotte et de La Réunion, l’intelligence artificielle sera utilisée pour simuler les séquences manquantes. L’objectif de ces inventaires est tout d’abord de dresser un premier état des lieux des communautés de crustacés en Méditerranée, répondant aux attendus de la Stratégie nationale pour la biodiversité 2030 et utile à la surveillance et à la conservation du littoral. Aussi, l’analyse de l’impact des activités anthropiques sur ces dynamiques pourra servir d’outil dans les politiques de gestion durable des ressources pour un taxon souvent sous-étudié : les crustacés.