Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

1^er étage - Aile C - Bureau 114

Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 ORCID – ResearchGate – Google Scholar 

Directrice de thèse : Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrant : Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrante: Alice Valentini (SPYGEN)

Projet de thèse : Empreinte urbaine sur la biodiversité marine : une approche par ADN environnemental en Méditerranée française

Les écosystèmes côtiers, véritables mosaïques d’habitats, sont des réservoirs majeurs de biodiversité, abritant de nombreuses espèces et soutenant une large gamme de fonctions écologiques. Cependant, les pressions anthropiques qui s’y exercent s’intensifient, notamment en raison de la croissance démographique et de la concentration des populations humaines sur les littoraux. Elles se traduisent par diverses menaces sur la biodiversité marine : pollutions (chimique, plastique, sonore…), surexploitation des ressources halieutiques, introduction d’espèces non indigènes, ou encore artificialisation des côtes. Le remplacement des substrats naturels par des structures artificielles altère profondément l’hétérogénéité des habitats, les fragmentant et les isolant. L’urbanisation, définie comme la transformation de l’espace au profit d’une seule espèce, Homo sapiens, n’épargne donc pas le milieu marin. Si les mêmes processus éco-évolutifs s’exercent en milieux ‘naturels’ et urbains, certains phénomènes sont amplifiés ou altérés en contexte urbain, tandis que d’autres y sont plus spécifiques, du fait des nouvelles interactions qui en découlent par la mise en contact d’espèces qui ne se rencontreraient pas nécessairement dans leur habitat d’origine. L’urbanisation favorise le plus souvent des espèces généralistes ‘pré-adaptées’ aux perturbations, au détriment d’espèces spécialistes, entraînant un changement de composition des communautés le long du gradient d’urbanisation. À l’échelle régionale ou mondiale, ces changements peuvent être tellement marqué que les communautés deviennent plus similaires entre zones urbaines, traduisant un phénomène d’homogénéisation biotique. L’urbanisation entraîne ainsi une réorganisation profonde des assemblages, et a également des conséquences au niveau intraspécifique : les centres urbains, souvent isolés les uns des autres, présentent généralement une forte différentiation génétique entre populations et une diversité génétique inférieure à celle des habitats extérieurs. Cependant, la connectivité accrue des zones marines artificialisées via le transport maritime peut inverser ces effets, favorisant la circulation génétique entre populations. La majorité des travaux d’écologie urbaine se concentrent néanmoins sur le milieu terrestre. La biodiversité marine des espaces côtiers artificialisés, comme les ports, reste largement méconnue, et les processus écologiques associés à l’urbanisation en milieu marin sont peu étudiés. L’un des principaux verrous pour comprendre ces écosystèmes réside dans le manque de méthodes standardisées, non invasives, et capables de fournir un inventaire exhaustif de la biodiversité. Le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe) constitue aujourd’hui une solution prometteuse. Cette thèse vise donc à combler les lacunes de connaissances sur la biodiversité des zones côtières urbanisées, en particulier des ports, en mobilisant l’ADNe. Elle s’appuie sur des données collectées en Méditerranée française – région où l’artificialisation est stabilisée depuis les années 1980 – et cible une large diversité d’organismes, avec un accent particulier sur les communautés de poissons. La thèse combine l’évaluation des effets locaux de l’urbanisation sur les assemblages, l’analyse des processus d’homogénéisation biotique à l’échelle régionale, l’exploration des variations génétiques au sein des populations, ainsi que le développement d’outils méthodologiques pour modéliser l’occurrence et la détectabilité des espèces. Elle permet ainsi de caractériser l’empreinte de l’urbanisation sur la biodiversité marine et de mieux comprendre les processus écologiques qui façonnent les communautés côtières en milieux artificialisés.

Publications

Macé, B., Manel, S., Valentini, A., Rocle, M., Roset, N., & Delrieu-Trottin, E. (2025). NeMO: a flexible R package for nested multi-species occupancy modelling and eDNA study optimisation. bioRxiv, 2025.05.23.655794. https://doi.org/10.1101/2025.05.23.655794

Manel, S., Gauthier, J., Benestan, L., Dubois, M.-P., Romant, L., Macé, B., Bruno, M., Arnal, V., Testud, G., Garcia, M., Carrasquer Puyal, I., Bilat, J., Miaud, C., & Alvarez, N. (2025). An enrichment-based capture method from nuclear environmental DNA presents new opportunities for population genomics: A case study on the common frog. Methods in Ecology and Evolution, 16, 1106-1115. https://doi.org/10.1111/2041-210X.70039

Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology, 33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269