• Aurélie CELERIER

     

    Maître de Conférences à l'Université Montpellier II

    rencontre nocturne


    CEFE/CNRS

    Campus du CNRS

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5


    Tél : +33/0 4 67 61 33 17
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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  • Aurélie COULON

    Aurelie.Coulon

    Associate Professor in spatial ecology at the Muséum national d'Histoire naturelle                                                                                                                                                        

    My research focuses on movement ecology: I study the factors influencing animal movements (especially dispersal) and gene flow, with a particular emphasis on landscape composition and structure. I also study how human-triggered landscape modifications like fragmentation affect animal movements; and the consequences on population functioning and structure. My research is hence tightly linked to the management/conservation of populations, and to landscape management (e.g. connectivity restoration, french Trame Verte et Bleue policy).

  • Aurélien BESNARD

    altSenior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

    HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    France 


    Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
    Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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    Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

     

  • Bastien MACÉ

    PhotoCEFE small

    Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

    Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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    Google Scholar – ResearchGate – ORCID

    Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrante: Alicia Dalongeville (SPYGEN)

     

    Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

    Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

    Les objectifs de cette thèse sont :

    • D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
    • D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
    • D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
    • D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
    • D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

     

    Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

             Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

    The objectives of this thesis are:

    • Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
    • Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
    • Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
    • Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
    • Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

     

    Publications

    Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

    Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

    Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

  • Claudine MONTGELARD

    Maitre de Conférences (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

     tél : 33 (0)4 67 61 33 04
     fax: 33 (0)4 67 41 21 38

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     THEMES DE RECHERCHE

    Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.

  • Dimitri MEDETIAN

    photo Dimitri Medetian

    Doctorant EPHE-PSL

    Etage 1, aile C, bureau 114

    ResearchGate

    Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

    Directeur de thèse : Claude Miaud (CEFE, EPHE - PSL)

     

    Projet de thèse: Etude de la mobilité de la mégafaune marine grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental

    Mots clés : ADN environnemental, capteur passif, mégafaune marine, parc éolien en mer.

    Cette thèse vise à améliorer les connaissances sur la mobilité de la mégafaune marine rare et parfois discrète (mammifères marins, tortues marines, grands poissons…) grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental (ADNe). L’ADNe correspond à l’ADN naturellement relâché dans l’environnement par les organismes vivants. L’objectif est de capter cet ADN dans le temps afin de détecter les passages de la mégafaune marine et de mieux comprendre ses déplacements.

    Cette nouvelle méthode peut permettre de répondre à certains obstacles méthodologiques des inventaires de biodiversité marine (difficultés et coûts d’accès, saisonnalité de la fréquentation, discrétion des taxons…). 

    Enfin, ces capteurs serviront également à l’étude des interactions de cette faune avec les activités anthropiques. La fréquentation des parcs éoliens en mer par la mégafaune marine sera ainsi évaluée.

    Les objectifs de cette thèse sont donc :

    • De développer et de tester en laboratoire et sur le terrain un capteur passif à ADNe répondant aux contraintes physico-chimiques du milieu marin (salinité, variations de température, courants…)
    • Mettre en place ces capteurs dans le milieu naturel pour obtenir une meilleure compréhension des déplacements de la mégafaune marine dans des contextes variés (aire marine protégée, parc éolien en mer…).

     

    ---- English ----

    Thesis project: Study of marine megafauna mobility thanks to the development of an environmental eDNA passive sampler.

    Key words: environmental DNA, passive sampler, marine megafauna, offshore wind farm.

    This thesis aims to improve knowledge on rare marine megafauna (marine mammals, sea turtles, large fishes…) thanks to the development of a passive environmental DNA (eDNA) sampler. eDNA is the DNA naturally released in the environment by living organisms. The objective is to capture the DNA over time to detect marine megafauna and to better understand its movements.

    This new method can address methodological obstacles of  marine biodiversity inventories (difficulties and costs of access, seasonality, taxa discretion…).

    Finally, these sensors will be used to study anthropogenic impacts on megafauna. The frequentation of offshore windfarms by marine megafauna will be evaluated. 

    The objectives are:

    • To develop and test in the laboratory and in the field an eDNA passive sampler according to the physio-chemical properties of marine environment (salinity, temperature, streams…).
    • Implement these samplers in the natural environment to better understand the marine megafauna movements in diverse contexts (marine protected area, offshore windfarm…). 
  • Doris Gomez

    CNRS Researcher

    dodoko petitetaille

    Address:

    CEFE/CNRS,Campus du CNRS
    1919, route de Mende,34293 Montpellier cedex 5

    Phone : +33/0 4 67 61 32 60

    E-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. ou Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

    I study visual communication at various scales: color perception, role of coloration in communication/camouflage, informative content of signals, evolution of signal design at large evolutionary scale. At the frontier between biology and physics, I study complex optical phenomena in birds and butterflies.

  • Etienne HENRY

    IMG 3576 min

    PhD candidate - Migratory landbirds conservation

    I am a PhD candidate using tracking data to inform conservation of African-Eurasion migratory landbirds, storks and  raptors.
    The persistent decline observed in migratory bird populations over recent decades highlights the urgent need to improve our scientific understanding of the drivers behind this trend. This comprehension is crucial to support international policies impacting the conservation of these birds across national, European, and inter-continental levels.
    The project results from collaboration between the CEFE, the CIBIO and BirdLife International.

    Project: Mobilising tracking data on African-Eurasian migratory birds to support conservation at the flyway scale.
    Supervisors: Ana Rodrigues (CEFE - CNRS, Montpellier) & Inês Catry (CIBIO - University of Porto).
    Project in collaboration with BirdLife International.

    Contact:
    Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
    CEFE UMR5175 - Campus du CNRS - 1919, route de Mende - 34293 Montpellier 5 - France
    ORCID: 0009-0004-1802-0197
    Twitter

     

  • Jean-Louis MARTIN

     

    Directeur de Recherche Emerite au CNRS / Emeritus Senior Scientist at CNRS

     

    J’étudie les réponses des communautés animales et végétales aux changements d’origine humaine (espèces introduites, usage des sols), en milieu tempéré et méditerranéen.

     

    I study plant and animal community response to human induced change (introduced  species, land use) in temperate and méditerranean systems.

     

    Courriel: jean-louis.martin [at] cefe.cnrs.fr

     JLete2014 petit


     

     

  • Jean-Yves BARNAGAUD

    CEFE- RDC, Aile B, bureau 3

    33(0)467633265

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    RESEARCH

    My research is framed around a comparative exploration of the role of multiple environmental drivers in shaping species distributions and diversity at multiple spatial and temporal scales. Most of my research is structured on the combined use of ecoinformatics methods (statistical analysis of large data sets) and naturalist expertise to understand empirical patterns of community composition in space and time. My main active axes of research include :  

    - functional biogeography of seabirds in the Southern ocean. I try to explain and predict the composition of seabird assemblages with spatial models calibrated with environmental factors, trophic interactions and species traits. The project relies on a large-scale bird counts protocol from ships and statistical model of multiple data types. See the C-BIRDS project and thesis(offer valid until 07/2024).

    -  understanding spatial patterns of vertebrates distributions and assemblage compositions. Relying on various opportunistic or protocoled data sources at multiple spatial scales, I investigate the determinants of spatial patterns in vertebrate distributions and assemblage composition through spatial models based on proxies of historical and contemporary processes. See for instance he MALPOLONdatabase.

    - Ecoacoustics and community ecology. Several active projects focus on the relationship between bird community composition and the characteristics of soundscapes at multiple spatial and temporal scales, in order to explore the acoustic environment in which species interact and its changes with current land-use and climatic dynamics. See the ACOUCENEproject (2022 - 2025, FRB/CESAB)

    COLLABORATIVE WORK 

    Most of my interactions with biodiversity stakeholders are focused on data analysis to answer questions relative to the monitoring of human impacts on biodiversity at a regional or landscape scale.

    - Ecological data analysis. I am involved in initiatives to foster interactions between scientific and non scientific stakeholders with respect to data-based ecological monitoring and expertise. See the website of the CISSTATnetwork. 

    - Analysis of land use influences on common bird assemblages in southern France. I investigate the impact of land use and habitats on the temporal dynamics of local bird assemblages with opportunistic and protocoled data (collaborations with the Ligue pour la Protection des Oiseaux - PACA). 

    - Faunistic road casualties. I work with the Ligue pour la Protection des Oiseaux and the CEREMA to explain and predict spatial patterns in road casualites. We exploit jointly multiple sources of protocoled, non-protocoled and citizen science data to identify mortality hotspots and explanatory factors, with the final aim to inform public policies on the mitigation of traffic impact on vertebrates. See the final report of the COCPITT project (2020-2023).

     - Interacting imprints of climate change and land use on biodiversity. Using multiple taxa and scales, I investigate how species' responses to historical and present land use change interact with their responses to climate change. See the LANDBIO project (2022 - 2023, OFB - french ministry of ecology)

     

    TEACHING

    Most of my teaching activity is embedded within the program of the Ecole Pratique des Hautes Etudes.

    - Data analysis for ecologist : a three-weeks course dedicated to biodiversity stakeholders, framed on the practical use of statistical methods and the R software in ecological monitoring. 

    - Environmental law and policy : I drive a one-week course to introduce environmental public policies to scientific ecologists, involving speakers from various authorities and decision levels and practical training to improve students' written and verbal interactions with non-scientific stakeholders.

    - Methods for ecological monitoring : a two-weeks course with Aurélien Besnard, mainly dedicated to master students and biodiversity stakeholders, to improve their skills and critical thinking in advanced numerical methods for ecology, including species distribution modeling, population dynamics, sampling design and analysis of diversity indices.

    - Environmental changes and ecological science :I contribute to several courses on global changes and environmental monitoring. My teaching is focused on the interactions between science and society through several lenses including epistemology and governance / spatial planning.

      


  • Jules CHIFFARD

    Phd student - DoctorantChiffard Carricaburu 2014

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    Research : Climatic and biotic drivers of species distributions in alpine landscapes -- Distribution des oiseaux dans les socio-écosystèmes montagnards

    Project : A long-term bird survey for mountain landscape birds -- Un suivi participatif national à long terme des oiseaux de montagne (!)

     

  • Killian GREGORY

    PhD student – University of Montpellier

    KillianGregory

     

    I’m a PhD student interested in animal behaviour and cognition, and how they translate into the spatial and demographic dynamics of populations. During my PhD, I focus on the interplay between individual movements and the dynamics of population networks through two case studies: 1) migratory connectivity and its relationship with the demography of migratory populations; 2) informed dispersal and its implications for the structuring and the stability of larid colonies. Linking individual and population-level processes leads me to draw on methods from both behavioural ecology and population biology.

     

    Supervisors: Pierre-André CROCHET (DR, CNRS), Aurélien BESNARD (DE, EPHE).

     

    Contact information

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    Orcid: https://orcid.org/0000-0002-0316-5041
    CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

  • Marc CHEYLAN

    altMaitre de conférence (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    tél : +33 4 67 61 32 61
    fax: +33 4 67 41 21 38

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    Mots clés : Conservation, Biogéographie, région méditerranéenne, Reptiles, Ecologie des populations, Phylogéographie.

  • Marcel Lambrechts

    Directeur de recherche au CNRS

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 10
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36
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    Mots clés

    Discipline : Ecologie évolutive, Ecologie comportementale, Ecophysiologie
    Thématiques : Biologie des populations, Traits d’histoire de vie, Changements environnementaux, Hétérogénéité de l’habitat
    Organismes biologiques : Aves, Parus (Mésanges)
    Milieux : Région méditerranéenne, Milieux forestiers
    Techniques :  Suivi d’individus marqués dans le cadre d’un programme à long terme
    Autres mots clés : Interactions entre espèces, Ressources, Climat

  • Marie-Morgane ROUYER

    PhD Candidate – Marine ecology and conservation MarieMorganeROUYER

    I am a PhD candidate, working at the interface between movement ecology and marine conservation. My PhD project aims to deliver science-based, conservation-oriented evidence to inform the conservation of highly mobile seabirds in the Atlantic. It is a partnership between the CEFE, the University of Lisbon, BirdLife International and the UN Evironment Programme World Conservation Monitoring Centre (UNEP-WCMC).

    Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
    https://orcid.org/0000-0003-4915-7191

     

  • Marwan NACIRI

    PhD candidate – Université de Montpellier

    Marwan svalbard

     

    I’m a PhD student interested in evolutionary demography and population dynamics of wild populations. I’m currently working on the demography of Svalbard polar bears. I’m relying on 30+ years of data including mark-recapture data, tracking data, and more. I’m mainly using linear models, mark-recapture models and path analysis models in a Bayesian framework to study the determinants of reproductive output, trade-offs between traits, and such.


    Supervisors:
    Sarah Cubaynes (EPHE, CEFE-CNRS), Jon Aars (Norwegian Polar Institute)

     

    Contact information

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    Orcid: 0000-0003-1489-9363
    GitHub: MarwanNaciri

  • Nicolas Courbin

    NCourbinChercheur postdoctoral / Postdoctoral researcher

    J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies (jeu spatial prédateur-proie, stratégie d'alimentation, stratégie de recherche des prédateurs, stratégie anti-prédatrice des proies) et d'améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune.

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  • Noa RIGOUDY

    Doctorantephoto cefe noa Université de Montpellier

    I am a PhD candidate, working in movement ecology, landscape ecology and animal behavior. My PhD project aims to understand the effects of agricultural practices and landscapes on the behavior of local wildlife, using roe deer as an example species in the South West of France.

    Bureau 306 3ème étage

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    https://orcid.org/0000-0003-1505-3845

     

  • Roger PRODON

    altDirecteur d'Etude Emerite (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    tél : +33 4 67 61 33 43

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    Thématiques : Incendies ou brûlages,  dynamique du paysage, et faune : écologie des perturbations et conservation.

     

  • Samuel CARO

    CNRS ResearcherCaro ID fieldwork2 sm rotated

    Head of the Behavioural Ecology team

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 08
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36
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    Bureau 208