ATER

Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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Google Scholar - ResearchGate - ORCID

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Mes recherches portent sur la répartition spatiale de la diversité biologique et les processus évolutifs qui la façonnent. En combinant l'étude de la diversité génétique et de la diversité spécifique, mon objectif est d'approfondir notre compréhension des mécanismes évolutifs qui génèrent et maintiennent la diversité à travers les échelles d'organisation du vivant (intra- et interspécifiques). J’évalue plus particulièrement les contextes biologiques dans lesquels les patrons spatiaux de diversité au sein des populations et au sein des communautés sont similaires, car résultants de processus évolutifs analogues : la dérive, la dispersion et la sélection. Cette approche intégrative vise à lier les dynamiques micro-évolutives aux patrons macro-évolutifs, offrant une vision unifiée des processus évolutifs à l’œuvre à travers le continuum de diversité.

Mots-clés : génétique des populations, écologie des communautés, diversité β, ADN environnemental, biologie marine

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My research focuses on the spatial distribution of biological diversity and the evolutionary processes that shape it. By combining the study of genetic and specific diversity, my aim is to deepen our understanding of the evolutionary mechanisms that generate and maintain diversity across scales of biological organization (intra- and interspecific). In particular, I evaluate biological contexts in which the spatial patterns of diversity within populations and within communities are similar, as they result from analogous evolutionary processes: drift, dispersal and selection. This integrative approach aims to link micro-evolutionary dynamics to macro-evolutionary patterns, offering a unified vision of the evolutionary processes at work across the diversity continuum.

Keywords: population genetics, community ecology, β-diversity, environmental DNA, marine biology

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Publications :

Vilcot, M., Faure, N., Andrews, K. R., Bowen, B. W., Leprieur, F., & Manel, S. (2024). Neutral processes and taxonomic scale drive beta species-genetic diversity correlations in a submesophotic tropical reef fish. Molecular Ecology, 33(13), e17423. https://doi.org/10.1111/mec.17423

Chase, M. A., Vilcot, M., & Mugal, C. F. (2024). The role of recombination dynamics in shaping signatures of direct and indirect selection across the Ficedula flycatcher genome. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 291(2015), 20232382. https://doi.org/10.1098/rspb.2023.2382

Chase, M. A., Vilcot, M., & Mugal, C. F. (2024). Evidence that genetic drift not adaptation drives fast-Z and large-Z effects in Ficedula flycatchers. Molecular Ecology, n/a(n/a), e17262. https://doi.org/10.1111/mec.17262

Andrello, M., Manel, S., Vilcot, M., Xuereb, A., & D’Aloia, C. C. (2023). Benefits of genetic data for spatial conservation planning in coastal habitats. Cambridge Prisms: Coastal Futures, 1‑38. https://doi.org/10.1017/cft.2023.16

Vilcot, M., Albouy, C., Donati, G. F. A., Claverie, T., Julius, P., Manel, S., Pellissier, L., & Leprieur, F. (2023). Spatial genetic differentiation correlates with species assemblage turnover across tropical reef fish lineages. Global Ecology and Biogeography, 32(4), 535‑547. https://doi.org/10.1111/geb.13637

Morgan-Richards, M., Vilcot, M., & Trewick, S. A. (2021). Lack of assortative mating might explain reduced phenotypic differentiation where two grasshopper species meet. Journal of Evolutionary Biology, 35(4), 509‑519. https://doi.org/10.1111/jeb.13879

Hayden, L., Lochovska, K., Sémon, M., Renaud, S., Delignette-Muller, M.-L., Vilcot, M., Peterkova, R., Hovorakova, M., and Pantalacci, S. (2020). Developmental variability channels mouse molar evolution. ELife. https://doi.org/10.7554/eLife.50103

Post-doc/Ingénieur IR - année 2021

Étage 1, Aile A, Bureau 119

 Responsables : Claude Miaud (BEV) et Aurélien Besnard (HAIR).

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Doctorante EPHE - PSL

CIFRE avec le bureau d’études OGE (Office du génie écologique)

Ecole doctorale : EPHE

Etage 1, aile C, bureau 114

Encadrement: Claude Miaud (CEFE/EPHE) et Vincent Vignon (OGE)

Projet de thèse : « Etude de la conservation d’un amphibien menacé en France, le Pélobate brun (Pelobates fuscus) : habitat, démographie et génomique, une approche pluridisciplinaire pour évaluer la viabilité des populations. » 

J’utilise une approche pluridisciplinaire pour améliorer les connaissances sur le Pélobate brun, une des espèces d’amphibien les plus menacées en France, afin d’améliorer les stratégies de conservation. L’hypothèse de travail est que la viabilité de ses populations est potentiellement affectée par le fait qu’elles soient de petit effectif, isolées et en limite d’aire de répartition. Cette thèse a notamment pour objectif d’étudier la répartition de l’espèce par un travail de modélisation de niche (SDM), ainsi que d’appréhender la structuration et le niveau de diversité des populations par une approche génomique (SNP). J’étudie également l’utilisation de l’habitat terrestre de cette espèce méconnue, par l’utilisation couplée de la télémétrie et de pigments fluorescents. Pour finir, une étude CMR nous permet de collecter des données démographiques sur plusieurs populations. 

J’ai participé précédemment à des travaux sur la génétique de la conservation du phoque moine de Méditerranée (Monachus monachus) et sur le suivi du trafic de viande de brousse par l’outil génétique chez une espèce de porc-épic africain (Atherurus africanus).

Mots clefs : Sciences de la conservation - Vertébrés - Génétique - Démographie - Télémétrie - CMR - SDM

PhD project: "Conservation of an endangered amphibian in France, the common spadefoot toad (Pelobates fuscus): habitat, demography and genomics, a multidisciplinary approach to assess the viability of populations."

I am using a multidisciplinary approach to improve knowledge on Pelobates fuscus, one of the most threatened amphibian species in France, in order to develop efficient conservation strategies. Our hypothesis is that the viability of its populations might be affected by the fact that they are small, isolated and at the edge of their range. I study the distribution of the species using niche modelling (SDM), and I assess the genetic structure and the levels of diversity in populations with a genomic approach (SNP). I also study the use of the terrestrial habitat of this little-known species, using a combination of telemetry and fluorescent pigments. Finally, a CMR study allows us to collect demographic data on several populations. 

I have previously participated in a project on the conservation genetics of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus) and on the monitoring of bushmeat trafficking using genetic tools in a species of African porcupine (Atherurus africanus).

Keywords : Conservation science - Vertebrates - Genetics - Demography - Telemetry - CMR - SDM

Publications :

Salmona, J., Dayon, J., Lecompte, E., Karamanlidis, A. A., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., ... & Gaubert, P. (2022). The antique genetic plight of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Proceedings of the Royal Society B, 289(1981), 20220846.

Dayon, J., Lecompte, E., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., Pires, R., & Gaubert, P. (2020). Development and characterization of nineteen microsatellite loci for the endangered Mediterranean monk seal Monachus monachus. Marine Biodiversity, 50, 1-7.