Jeanne ROLLAND

: Publication : 4 avril 2023

photo Dimitri Medetian

Doctorante EPHE - PSL

Etage 1, aile C, bureau 114

Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)

Co-directeur: David Mouillot (MARBEC, UM)

Co-directeur: Baptiste Mulot (Beauval Zoo)

Projet de thèse: Améliorer les prédictions de la réponse des poissons marins aux changements environnementaux avec l’ADN environnemental : conséquences pour la biogéographie et la conservation

Le réchauffement océanique a des conséquences sur la biodiversité telles que les déplacements d'aire de répartition des espèces. La plupart des espèces de poissons sont ectothermes et font donc partie des espèces les plus sensibles aux changements de température. Toutefois, les difficultés d'évaluation de la biodiversité des poissons dans les océans entraînent de fortes lacunes dans les connaissances, tant sur l'occurrence des espèces que sur les modèles.

Mon projet de thèse vise à surmonter les challenges de la détection des espèces avec l’ADN environnemental, liés à l’incomplétude des bases de données de référence, afin de prédire les changements d’aire de distribution des poissons marins.

Plus en détails, les objectifs de ma thèse seront de :

i)Compléter la base de référence génétique déjà initiée depuis près de 4 ans pour les poissons marins, notamment pour les espèces rares et vulnérables, en bénéficiant des spécimens d’aquariums et de musées, et qui cible une séquence nommée TELEO située sur le gène mitochondrial 12S.

ii)Revisiter les modèles de distribution des espèces en tenant compte de la réévaluation des occurrences avec l’ADNe afin de fournir de nouvelles prédictions actualisées du déplacement des aires de répartition jusqu'à la fin du 21e siècle.

iii)Lier les déplacements des aires de répartition aux caractéristiques des espèces (mobiles ou non, type d'accouplement, niveau trophique et autres), à l'état de conservation (statut UICN, vulnérabilité à la pêche) et de la phylogénie pour mieux comprendre les mécanismes sous-jacents.

---- English ----

Thesis project:

Improving predictions of marine fish response to environmental change with environmental DNA: consequences for biogeography and conservation

Oceanic warming has consequences on biodiversity such as species range shifts. Most fish species are ectothermic and are therefore among the most sensitive species to temperature changes. However, difficulties in assessing fish biodiversity in the oceans lead to large gaps in knowledge, both in species occurrence and patterns.

My thesis project aims to overcome the challenges of species detection with environmental DNA, related to the incompleteness of reference databases, in order to predict range shifts of marine fish.

More precisely, the objectives of my thesis will be to:

i) Complete the genetic reference database already initiated for nearly 4 years for marine fishes, especially for rare and vulnerable species, by benefiting from aquarium and museum specimens, and targeting the TELEO1 sequence located on the 12S mitochondrial gene.
ii) Revisit species distribution models taking into account the re-evaluation of occurrences with eDNA to provide new and updated predictions of range shifts through the end of the 21st century.

iii) Link range shifts to species traits (mobile vs. non-mobile, mating type, trophic level, and others), conservation status (IUCN status, vulnerability to fishing) and phylogeny to better understand underlying mechanisms.

Agnès DUHAMET

: Publication : 13 septembre 2021

Doctorante

Julia DAYON

: Publication : 9 janvier 2020

photo Julia Dayon

Doctorante EPHE - PSL

CIFRE avec le bureau d’études OGE (Office du génie écologique)

Ecole doctorale : EPHE

Etage 1, aile C, bureau 114

Encadrement: Claude Miaud (CEFE/EPHE) et Vincent Vignon (OGE)

Projet de thèse : « Etude de la conservation d’un amphibien menacé en France, le Pélobate brun (Pelobates fuscus) : habitat, démographie et génomique, une approche pluridisciplinaire pour évaluer la viabilité des populations. »

J’utilise une approche pluridisciplinaire pour améliorer les connaissances sur le Pélobate brun, une des espèces d’amphibien les plus menacées en France, afin d’améliorer les stratégies de conservation. L’hypothèse de travail est que la viabilité de ses populations est potentiellement affectée par le fait qu’elles soient de petit effectif, isolées et en limite d’aire de répartition. Cette thèse a notamment pour objectif d’étudier la répartition de l’espèce par un travail de modélisation de niche (SDM), ainsi que d’appréhender la structuration et le niveau de diversité des populations par une approche génomique (SNP). J’étudie également l’utilisation de l’habitat terrestre de cette espèce méconnue, par l’utilisation couplée de la télémétrie et de pigments fluorescents. Pour finir, une étude CMR nous permet de collecter des données démographiques sur plusieurs populations.

J’ai participé précédemment à des travaux sur la génétique de la conservation du phoque moine de Méditerranée (Monachus monachus) et sur le suivi du trafic de viande de brousse par l’outil génétique chez une espèce de porc-épic africain (Atherurus africanus).

Mots clefs : Sciences de la conservation - Vertébrés - Génétique - Démographie - Télémétrie - CMR - SDM

PhD project: "Conservation of an endangered amphibian in France, the common spadefoot toad (Pelobates fuscus): habitat, demography and genomics, a multidisciplinary approach to assess the viability of populations."

I am using a multidisciplinary approach to improve knowledge on Pelobates fuscus, one of the most threatened amphibian species in France, in order to develop efficient conservation strategies. Our hypothesis is that the viability of its populations might be affected by the fact that they are small, isolated and at the edge of their range. I study the distribution of the species using niche modelling (SDM), and I assess the genetic structure and the levels of diversity in populations with a genomic approach (SNP). I also study the use of the terrestrial habitat of this little-known species, using a combination of telemetry and fluorescent pigments. Finally, a CMR study allows us to collect demographic data on several populations.

I have previously participated in a project on the conservation genetics of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus) and on the monitoring of bushmeat trafficking using genetic tools in a species of African porcupine (Atherurus africanus).

Keywords : Conservation science - Vertebrates - Genetics - Demography - Telemetry - CMR - SDM

Publications :

Salmona, J., Dayon, J., Lecompte, E., Karamanlidis, A. A., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., ... & Gaubert, P. (2022). The antique genetic plight of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Proceedings of the Royal Society B, 289(1981), 20220846.

Dayon, J., Lecompte, E., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., Pires, R., & Gaubert, P. (2020). Development and characterization of nineteen microsatellite loci for the endangered Mediterranean monk seal Monachus monachus. Marine Biodiversity, 50, 1-7.