Sara Kada

 

Doctorante

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

 

tél : 04 67 61 33 11

Bureau 211

Skada
   

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Thématique: Spatial heterogeneities in vector species and vector-borne infections.

Keywords: Immuno-ecology, Host-parasite Interactions, Vector-borne infection, Eco-epidemiology, Transmission Heterogeneity, Networks, Connectivity, Dispersal, Stage-structure, Population Dynamics, Evolutionary Ecology, Diseases Ecology, Zoonosis Ecology, Emerging Infectious Diseases, Conservation biology. Biological models: Ticks, Larids, seabirds: Black-legged kittiwakes, yellow-legged gull.

Encadrant : Thierry Boulinier (his website !)

Oral communication :

  • Talk. 'Transmission heterogeneity and the role of susceptibility in vector-host networks', BES Annual meeting - Edinburgh, December 2015. 
  • Talk. 'Impact of stage-dependent dispersal on the dynamics of tick colonization and the spread of tick-borne agents',  Réunion des Réseaux Interactions Durables (REID) - Lyon, Mars 2015.
  • Talk. Discussion on the bistability in coevolutionary models and introduction of multiple infections in coevolutionary models, "Dog Cancer Club", IRD - Montpellier, November 2013.
          
  •  Poster. 'Superinfection and the coevolution of parasite virulence and host recovery.' ESEB, Lausanne, August 2015.
  • Poster. 'Impact of stage-dependent dispersal on tick population dynamics and tick-borne disease dynamics.' BES-Sfe meeting, Lille, December 2014.
  • Poster. 'Superinfection and the coevolution of parasite virulence and host recovery.' Réunion des Réseaux Interactions Durables (REID), Montpellier, February 2014.

 

Publications :

Boulinier T., Kada S., Ponchon A., Dupraz M., Dietrich M., Gamble A., Bourret V., Duriez O., Bazire R., Tornos J., Tveraa T., Chambert T., Garnier R. and Karen D. McCoy. (2016). Migration, prospecting, dispersal? What host movement matters for infectious agent circulation? Integrative and Comparative Biology, Advance Access published.

Kada S. & Lion S. (2015). Superinfection and the coevolution of parasite virulence and host recovery. Journal of Evolutionary Biology, 28: 2285–2299. doi: 10.1111/jeb.12753.

Abbate J. L., Kada S. & Lion S. (2015) Beyond mortality: Sterility as a neglected component of parasite virulence. PLoS Pathogens. 11(12): e1005229. doi: 10.1371/journal.ppat.1005229


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Françoise Amélineau

Doctorantealt

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

tél : 04 67 61 33 19

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Thématique :

Sensibilité d’un oiseau marin aux changements environnementaux arctiques

Encadrants : David Grémillet (CEFE, CNRS) et Jérôme Fort (LIENSs, CNRS, La Rochelle)

 

Publications :

- Grémillet D, Fort J, Amélineau F, Zakharova E, Le Bot T, Sala E and Gavrilo M (2015). Arctic warming: nonlinear impacts of sea-ice and glacier melt on seabird foraging. Global Change Biology. doi: 10.1111/gcb.12811.

- Amélineau F, Péron C, Lescroël A, Authier M, Provost P and Grémillet D (2014). Windscape and tortuosity shape the flight costs of northern gannets. The Journal of Experimental Biology. 217:876-885. DOI: 10.1242/jeb.097915.

- Cottin M, Raymond B, Kato A, Amélineau F,Le Maho Y, Raclot T, Galton-Fenzi B, Meijers A, Ropert-Coudert Y (2012). Foraging strategies of male Adélie penguins during their first incubation trip in relation to environmental condition. Marine Biology. 159:1843–1852. DOI: 10.1007/s00227-012-1974-x.

 

Activités d'enseignement : 

Travaux pratiques de biologie intégrative en L1 et leçons en préparation à l'agrégation (Sciences de la Vie, Sciences de la Terre et de l'Univers) en biologie et géologie. Université de Montpellier. Faculté des Sciences. Département Biologie Ecologie. 

 

Communication scientifique :

- Participation à l'organisation de la Semaine Polaire, conférences en ligne faites par de jeunes chercheurs à destination des scolaires. Evénement organisé deux fois par an avec APECS France (Association of Polar Early Career Scientists). 

- Publication d'un livre jeunesse sur les manchots Adélie. "Petit Caillou en Terre Adélie", Editions Lelyrion. Françoise Amélineau, illustrations de Limilo. Mai 2014. ISBN : 979-10-93113-12-8.

- Membre du comité d'organisation des 10èmes rencontres Ecology and Behaviour, Montpellier, mai 2014. Trésorière. 

Anne-Sophie Deville

 

altDoctorante

Station Biologique de la Tour du Valat
Le Sambuc
13200 Arles

tél : 04 90 97 29 54
fax : 04 90 97 20 19

email. Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

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CEFE-CNRS, Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

tél : 04 67 61 33 19
fax : 04 67 61 33 36

 

Thématique:

Besoins énergétiques et distribution spatiale du flamant rose (Phoenicopterus roseus) en Camargue, conséquences de la reconversion des salins pour la conservation de l'espèce.

 

Encadrants: Arnaud Béchet, Michel Gauthier-Clerc (Tour du Valat) et David Grémillet

Habitats marins des puffins

 

Habitats maritimes des puffins de France métropolitaine :

approche par balises et analyses isotopiques

 

Clara Péron, Matthieu Authier & David Grémillet

 

Voir le film de présentation du projet

 

Contexte et cadre général du projet

Le projet « Habitats maritimes des puffins de France métropolitaine : approche par balises et analyses isotopiques » s’inscrit dans un programme global d’acquisition des connaissances relatives à la distribution spatiale et à l’écologie en mer des oiseaux et mammifères marins de France métropolitaine : "PACOMM – Programme d’acquisition de connaissances sur les oiseaux et les mammifères marins en France métropolitaine".

Ce programme, mis en œuvre et financé par l’Agence des Aires Marines Protégées vise à apporter les informations nécessaires à la constitution d’un réseau d’aires marines protégées représentatif et cohérent.

Il repose sur 4 actions menées à l’échelle des façades maritimes de France métropolitaine (cf encadré).

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L’Agence des Aires Marines Protégées a pour missions principales d’apporter un appui aux politiques publiques en matière de création et de gestion des aires marines protégées, de gérer les moyens des parcs naturels marins et d’apporter une assistance aux gestionnaires d’aires marines protégées.

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Le Grenelle de la mer, initié en 2009 par le Ministère du Développement durable, a fixé un objectif clair et ambitieux pour la gestion et la protection de l’espace marin : convertir 20% des zones sous juridiction française en aires marines protégées d’ici à 2020 et 10% à l’horizon 2012.

Or en l’état actuel des connaissances il n’est pas possible de répondre aux exigences de la Commission Européenne sur la désignation de zones Natura 2000 au large. En effet, il existe un réel manque de connaissances sur l’écologie en mer des oiseaux marins de France métropolitaine plus particulièrement en ce qui concerne les espèces pélagiques telles que les puffins.

Les gouvernements des régions voisines de la France qui abritent des populations importantes de puffins (Iles Britanniques et péninsule ibérique) ont très justement identifié cette lacune et des études de grande ampleur ont été effectuées, ou sont en cours. Il était donc essentiel que la France comble ce retard et lance un programme d’acquisition des connaissances relatif à l’écologie en mer de puffins nicheurs sur le territoire.

L’approche télémétrique est complémentaire aux observations ‘directes’ et elle est essentielle à une bonne analyse de la distribution spatio-temporelle des espèces tout au long de leur cycle de vie.

Les trois espèces de puffins concernés par cette action (puffins cendrés, yelkouan et puffins des anglais) sont classées « vulnérable » en France et inscrites en annexe II de la Convention de Berne relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel en Europe.

altLa feuille de route de ce plan d’action a été réalisée par le Muséum National d’Histoire Naturelle (référent projet : Loïc Valery), en étroite collaboration avec les gestionnaires d’espaces naturels protégés concernés par l’étude. En effet, les gestionnaires ont appuyé ce projet offrant l’opportunité de combler les lacunes qu’ils avaient identifiées sur l’écologie en mer des puffins nichant sur les îles de France métropolitaine.

Dans le cadre du projet ‘Habitats maritimes des puffins de France métropolitaine : approche par balises et analyses isotopiques’, une convention de partenariat a été signée entre l’Agence des Aires Marines Protégées et le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE CNRS) pour la mise œuvre des travaux de terrain et l’analyse des données.

La direction scientifique de ce projet est assurée par David Grémillet, responsable de l’équipe ‘Ecologie spatiale des populations’ au CEFE. La coordination et la mise en oeuvre opérationnelle de ce projet ainsi que l'analyse des données ont été confié à Clara Péron, postdoctorante au CEFE.

Ce projet est financé par l’Agence des Aires Marines Protégées pour une période de 2 ans (2011-2013). Contact : Aurore Sterckeman Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Les travaux de terrain (pose d’appareils électroniques, collecte de plumes, etc…) se déroulent sur 6 sites ayant des statuts juridiques de protection différents.

Carte des colonies de puffins étudiées

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Parc National de Port Cros http://www.portcrosparcnational.fr/accueil/

Réserve Naturelle de l’Archipel de Riou (CEN PACA) http://www.ilesdemarseille.fr/

Parc maritime des îles du Frioul http://www.ilesdemarseille.fr/

Conservatoire d’Espaces Naturels – Corse http://www.pointeducapcorse.org/

Réserve Naturelle des Bouches de Bonifacio et Parc Marin International http://www.parcmarin.com/

Réserve Naturelle des 7 Iles http://www.lpo.fr/

Les gestionnaires de sites conduisent des suivis démographiques à long terme sur la plupart des colonies d’études et des études sur l’écologie terrestre des puffins ont été menées sur les îles d’Hyères et les îles de Marseille notamment grâce aux projets LIFE financés par l'union européenne. Contrairement aux menaces rencontrées en mer, les menaces à terre sont relativement bien identifiées et des mesures de conservation ont été mises en place.

Ce projet bénéficie ainsi de l’expertise des gestionnaires qui travaillent depuis de nombreuses années sur les populations de puffins et de l’expertise du CNRS en matière de télémétrie et d’analyse de données.

 

Les objectifs du projet

L’objectif général de ce projet est de fournir une vision synoptique de la distribution en mer et de l’écologie alimentaire de 3 espèces de puffins nichant sur 7 îles de France métropolitaine.

1. Décrire la altdynamique spatio-temporelle des habitats marins des puffins pour répondre aux questions Natura 2000

2. Modéliser les habitats en fonction des variables océanographiques statiques et dynamiques

3. Identifier les aires d'hivernage et couloir de migration des différentes populations de puffins

4. Travailler sur des questions de fonctionnalité permettant de renforcer l'efficacité du réseau des AMP et définir des bio-indicateurs pertinents

5. Apporter une analyse combinée avec les autres actions du "Programme PACOMM de connaissance Natura 2000 en mer"

 

Les espèces concernées

Les trois espèces de puffins ciblées par ce projet sont classées « vulnérable » en France car leurs populations sont réduites et leurs zones de nidification sont peu nombreuses. Ces caractéristiques les rendent particulièrement vulnérables aux impacts d’activités anthropiques telles que les captures accidentelles lors des activités de pêche ou aux événements stochastiques d’origine climatique.

  • Puffin cendré (Calonectris diomedea)

Le puffin cendré est l’espèce de puffins la plus abondante sur les côtes françaises. Ils nichent sur les îles de Marseille, les îles d’Hyères et sur les îles Corses (Cap Corse et Lavezzi).

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La population est estimée à ~1300 couples en France.

Dans le cadre du projet, les équipements ont lieu sur 5 sites de reproduction : les îles de Marseille (Frioul et Riou), les îles d’Hyères (Porquerolles), le Cap Corse (Giraglia) et les bouches de Bonifacio (Lavezzi).

 

 

  • Puffin yelkouan (Puffinus yelkouan)

Endémique de méditerranée, l’essentiel de la population française niche sur l’île de Portalt

Cros, où la population est estimée à environs 200 couples reproducteurs.

Les équipements ont lieu exclusivement sur ce site.

  • Puffin des anglais (Puffinus puffinus)

Le puffin des anglais niche sur les îles bretonnes.

Des équipements de géolocateurs sont prévus dans la Réserve Naturelle des Sept Iles.

 

Les techniques utilisées

L’approche multi-loggers

Cette approche permet de suivre la distribution spatiale des oiseaux sur l’ensemble du cycle annuel (période de reproduction et non-reproduction) et d’étudier leur comportement alimentaire et leur activité à différentes échelles spatiales.

  • Les suivis par GPS nous permettent de connaître les zones de prospection alimentaire pendant la période d’élevage du poussin (entre 1 et 2 mois).
  • Les enregistreurs de pression et de température de l’eau (TDR) nous renseignent sur le comportement de plongée et les masses d’eau prospectées.
  • Les géolocateurs (GLS) qui permettent de suivre les mouvements à grande échelle sur une période de 12 mois, c'est-à-dire pendant et en dehors de la saison de reproduction. Ils sont en outre munis de capteurs de pression hydrostatique qui permettent d’enregistrer les profils de plongée de l’oiseau.
  • Les balises Argos, qui sont moins précise que les GPS mais permettent une acquisition de données en temps réel même s’il est impossible de recapturer l’oiseau.

- Les analyses isotopiques

Cette outil nous permettra de connaître le niveau trophique des individus suivis par biotélémétrie.

 

Chaque année, le CEFE fait appel à 10 assistants de terrain, recrutés par la société SEISE, spécialisée dans le recrutement et la mise en place de travaux de terrain en écologie.

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Si vous êtes intéressé, envoyez vos CV+ lettre de motivation à Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

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Clara Péron

altPost-Doctorante

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

tél : 04 67 61 33 11
fax : 04 67 61 33 3

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Thématiques:écologie spatiale, océanographie, biologie de la conservation, réponses comportementales aux changements climatiques et écosystémiques

Organismes biologiques: oiseaux marins, procellariiformes, sphénisciformes

Milieu: Marin (Océan austral, mer Méditerranée)

Techniques: modélisation spatiale, biotélémétrie (GPS, Argos, TDR, GLS), SIG (Système d’Information Géographique), analyse de trajectoire, expérimentation

Autres mots clés: sélection d’habitat, comportement de recherche alimentaire, migration, modèles prédictifs, IPCC, réponses adaptatives, adaptations comportementales

 

 

Dans le cadre de mon post-doctorat au CEFE (avril 2011-juin 2013), je coordonne le programme de recherche intitulé « Habitats maritimes des puffins de France métropolitaine : approche par balises et analyses isotopiques », dont la direction scientifique est assurée par David Grémillet.

Ce projet, finaaltncé par l’Agence des Aires Marines Protégées, s’inscrit dans le cadre du «Programme de connaissances Natura2000 en mer ». Il constitue l’un des 3 volets d’un programme à plus grande échelle sur l’acquisition des connaissances relatives à la distribution spatiale et à l’écologie en mer des puffins nicheurs de France métropolitaine. Ce programme repose en effet sur 3 types d’échantillonnage : (1) des survols aériens par avion, (2) des campagnes d’observation en mer par bateau, et (3) des suivis télémétriques à l’aide d’appareils embarqués.

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Les trois espèces de puffins visées par cette étude sont : le puffin cendré (Calonectris diomedea), le puffin yelkouan (Puffinus yelkouan) et le puffin des anglais (Puffinus puffinus), tous classés «vulnérable » par l’UICN, c’est-à-dire ayant un risque élevé d’extinction à l’état sauvage.

Thème de recherche :

Mes intérêts de recherche portent sur la dynamique spatiale des interactions environnement-proies-prédateurs en milieu marin. Je cherche à comprendre quels sont les processus océanographiques qui gouvernent la distribution spatiale des oiseaux marins afin de modéliser leurs habitats préférentiels à différentes échelles spatiales et temporelles.alt

Les modèles d’habitat spatialisés permettent d’identifier les zones d’alimentation et de mieux appréhender les pressions environnementales ou anthropiques (e.g. pêche) agissant sur le comportement des oiseaux marins. Je m’intéresse particulièrement à la partie prédictive de ces modèles et à leur application dans le domaine de la conservation : définition d’Aires Marines Protégées, prédiction en fonction de différents scénarios portant sur les changements climatiques et/ou écosystémiques futurs.

Je m’intéresse également à l’ontogénie des stratégies d’alimentation et la caractérisation des zones d’alimentation des oiseaux marins pendant les différents stades de leur cycle de vie. Cette étape est indispensable pour une meilleure intégration des paramètres de l’habitat dans les modèles de dynamique de population.

Pendant ma thèse, réalisée au Centre d’Etudes Biologiques de Chizé, je me suis intéressée à l’impact des changements climatiques à long terme sur la distribution spatiale des oiseaux marins de l’océan Austral. J’ai pu mettre en évidence des réponses contrastées en fonction des affinités biogéographiques et des traits d’histoire de vie des espèces d’oiseaux marins de l’océan Austral.

 

Expériences de terrain :

  • altPose d’appareils électroniques sur des oiseaux marins :

Juin 2011 - Juin 2012 : Pose de GPS, enregistreurs de plongée-accéléromètres et GLS sur les fous de bassan nichant sur l'île Rouzic (Sept Iles-Bretagne).

Septembre 2011 : Pose de balises Argos sur des puffins cendrés sur les îles de Marseille.

Mai-Juin 2011 : Pose de balises Argos, GPS, GLS et enregistreurs de plongée sur les puffins yelkouan nichant sur l’île de Port Cros (Méditerranée).

Nov 2007-Fév 2008 : Pose de balises Argos, GLS et GPS sur différentes espèces d’albatros et pétrels sur l’archipel de Kerguelen (Océan Austral).

  • Observation en mer à bord du Marion Dufresne (strip transect method) : identification et comptage d’oiseaux et de mammifères marins.

Nov 2007: La Réunion – Crozet – Kerguelen/Feb 2008: Kerguelen – Crozet – Cape Town (South Africa).