Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

I am interested in understanding how biodiversity is distributed in space and in time, on the effects of human activities on those spatial and temporal patterns, and on the implications for biodiversity conservation.

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orcid.org/0000-0003-4775-0127 

Maître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

HDR (Habilitée à diriger des recherches)

I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

Maître de Conférences à l'Université Montpellier

CEFE/CNRS

Campus du CNRS

1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 4 67 61 33 17

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Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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Google Scholar – ResearchGate – ORCID

Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrante: Alice Valentini (SPYGEN)

Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

Les objectifs de cette thèse sont :

• D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
• D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
• D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
• D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
• D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

         Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

The objectives of this thesis are:

• Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
• Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
• Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
• Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
• Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

Publications

Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology, 33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

Doctorant EPHE-PSL

Etage 1, aile C, bureau 114

ResearchGate

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Directeur de thèse : Claude Miaud (CEFE, EPHE - PSL)

Projet de thèse: Etude de la mobilité de la mégafaune marine grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental

Mots clés : ADN environnemental, capteur passif, mégafaune marine, parc éolien en mer.

Cette thèse vise à améliorer les connaissances sur la mobilité de la mégafaune marine rare et parfois discrète (mammifères marins, tortues marines, grands poissons…) grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental (ADNe). L’ADNe correspond à l’ADN naturellement relâché dans l’environnement par les organismes vivants. L’objectif est de capter cet ADN dans le temps afin de détecter les passages de la mégafaune marine et de mieux comprendre ses déplacements.

Cette nouvelle méthode peut permettre de répondre à certains obstacles méthodologiques des inventaires de biodiversité marine (difficultés et coûts d’accès, saisonnalité de la fréquentation, discrétion des taxons…). 

Enfin, ces capteurs serviront également à l’étude des interactions de cette faune avec les activités anthropiques. La fréquentation des parcs éoliens en mer par la mégafaune marine sera ainsi évaluée.

Les objectifs de cette thèse sont donc :

• De développer et de tester en laboratoire et sur le terrain un capteur passif à ADNe répondant aux contraintes physico-chimiques du milieu marin (salinité, variations de température, courants…)
• Mettre en place ces capteurs dans le milieu naturel pour obtenir une meilleure compréhension des déplacements de la mégafaune marine dans des contextes variés (aire marine protégée, parc éolien en mer…).

---- English ----

Thesis project: Study of marine megafauna mobility thanks to the development of an environmental eDNA passive sampler.

Key words: environmental DNA, passive sampler, marine megafauna, offshore wind farm.

This thesis aims to improve knowledge on rare marine megafauna (marine mammals, sea turtles, large fishes…) thanks to the development of a passive environmental DNA (eDNA) sampler. eDNA is the DNA naturally released in the environment by living organisms. The objective is to capture the DNA over time to detect marine megafauna and to better understand its movements.

This new method can address methodological obstacles of  marine biodiversity inventories (difficulties and costs of access, seasonality, taxa discretion…).

Finally, these sensors will be used to study anthropogenic impacts on megafauna. The frequentation of offshore windfarms by marine megafauna will be evaluated. 

The objectives are:

• To develop and test in the laboratory and in the field an eDNA passive sampler according to the physio-chemical properties of marine environment (salinity, temperature, streams…).
• Implement these samplers in the natural environment to better understand the marine megafauna movements in diverse contexts (marine protected area, offshore windfarm…). 

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175
Etage 1, aile C, bureau 114

Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

GO DIRECTLY TO:  Who am I? / Main research projects / Publications

Research areas

- evolution and diversification of animal color patterns 

- evolutionary & computational aesthetics (aesthetic theory of efficient processing applied to artworks, plants and animals)

- processing bias (sparse coding, efficient categorization)

- models of animal vision (colour vision, pattern recognition)

- proximate mechanisms of mate choice

- Methods: Artificial intelligence for neuroscience and evolutionary ecology

Who am I?

I am an evolutionary biologist, cognitive scientist and naturalist. My main objective is to understand how do evolve complex and extravagant visual signals such as the eyespots of the peacock, the danse of the birds of paradise, and some artworks in humans. My research hypothesis is beauty. Using approaches of empirical psychology, computational neuroscience, artificial intelligence and philosophy of aesthetics, my goal is to identify the biological mechanisms underlying the beauty judgment in order to develop mechanistic models that predict this judgement. I then transfer these models to other animals to understand how beauty influences behaviors and, ultimately, the evolution of communication signals in nature.

I am also working on methods to characterize visual phenotypes, with applications in community ecology, evolutionary biology and systematics. I am particularly interested in how to use artificial intellgience to describe visual phenotypes and to model animal vision.

I am also conducting or participating to several research projects in ornithology (mostly on searbirds) and ichthyology (fish, and in particular gobies, of the Northeastern Atlantic and the Mediterranean region). 

Main research projects

WildCom-AI (ANR 2020-2024) - Artificial Intelligence for Studying Communication in Wild Animals (PI: J Renoult)

Darters (NSF 2020-2024)- Pattern preferences, information theory, and the evolution of signal design (PI: T Mendelson & J Renoult)

CBIRDS (2024-2027)-Monitoring climate change impacts on Antarctic biodiversity.  (PI: JY Barnagaud.)

POMAR (2023-) Phylogenetics and taxonomy of sand gobies Pomatoschistus spp.. (PI: E Delrieu-Trottin & J Renoult)

Current students and post-docs

Erwan Harscouet (PhD candidate)

Publications (* equal contribution)

Visual ecology & evolution

SILVA, N. J., FERREIRA, A. C., SILVA, L. R., PERRET, S., TIEO, S., RENOULT, J. P., COVAS, R., & DOUTRELANT, C. (2024). A deep learning approach to detect and visualize sexual dimorphism in monomorphic species. bioRxiv, 2024-10.

BRICHARD, Y. H., RAYMOND, M., CUTHILL, I. C., MENDELSON, T. C., & RENOULT, J. P. From natural to sexual selection: Revealing a hidden preference for camouflage patterns. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2023.09.27.559753

HÉJJA-BRICHARD, Y., MILLION, K., RENOULT, J. P.*, & MENDELSON, T. C.* (2024). Using neural style transfer to study the evolution of animal signal design: A case study in an ornamented fish. Ecological Informatics,https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2024.102881

HEJJA-BRICHARD, Y., RENOULT, J., & MENDELSON, T. (2024). Comparative analysis reveals assortative mate preferences in darters independent of sympatry and sex. Ecology & Evolution. 14(10), e11498.

TIEO, S., DEZEURE, J., CRYER, A., LEPOU, P., CHARPENTIER, M. J., & RENOULT, J. P. (2023). Social and sexual consequences of facial femininity in a non-human primate. Iscience, 26(10).

BYBEE, S.M., FUTAHASHI, R., RENOULT, J.P., SHARKEY, C., SIMON, S., SUVOROV, A., WELLENREUTHER, M. (2023). Transcriptomic insights into Odonata ecology and evolution. In Dragonflies and Damselflies, 2nd Ed. (CORDOBA-AGUILA, A., BEALTY, C.D., BRIED, J.T.). Oxford University Press. [Book chapter] [PDF]

CHARPENTIER, M.J.E, POIROTTE, C., ROURA-TORRES, B., AMBLARD-RAMBERT, P., WILLAUME, E., KAPPELER, P.M., ROUSSET, F., RENOULT, J.P. (2022) Mandrill mothers associate with infants who look like their own offspring using phenotype matching. Elife. 11, e79417

LANGLOIS, J., GUILHAUMON, F., BALETAUD, F., CASAJUS, N., […], RENOULT, J.P., […], MOUQUET, N. (2022). Global mismatch between the aesthetic value of reef fishes and their conservation priorities. Plos Biology. 20(6):e3001640.

HULSE S.V., RENOULT, J.P., MENDELSON T.M. (2022). Using deep neural networks to model similarity between visual patterns: application to fish sexual signals. Ecological Informatics. 67:101486 [PDF]

CHARPENTIER M.J., HARTE M., POIROTTE C., DE BELLEFON J.M., LAUBI B., KAPPELER P.M., RENOULT J.P. (2020). Same father, same face: deep-learning reveals paternally-derived signalling of kinship in a wild primate. Science Advances. 6, eaba3274. [PDF]

DUFOUR P., GUERRA CARANDE J., RENAUD J., RENOULT J.P., LAVERGNE S., CROCHET P.-A. (2020). Plumage colouration in gulls responds to their non-breeding climatic niche. Global Ecology and Biogeography. 29: 1704-1715. [PDF]

JOFFARD N., LE RONCE I., LANGLOIS A., RENOULT J.P., BUATOIS B., DORMONT L., & SCHATZ B. (2020). Floral trait differentiation in Anacamptis coriophora: phenotypic selection on scents, but not on colour. Journal of Evolutionary Biology. 33: 1028-1038.

BLIARD L., PAQUET M., ROBERT A., DUFOUR P.,
 RENOULT J.P.,
 GREGOIRE A., CROCHET P.-A., COVAS R., DOUTRELANT C. (2020). Examining the link between relaxed predation and bird colouration on islands. Biology Letters. 16: 20200002.

FERREIRA A.C., SILVA L.R., RENNA F., BRANDL H.B., RENOULT J.P., FARINE D.R., COVAS R., DOUTRELANT C. (2020). Deep learning-based methods for individual recognition in small birds. Methods in Ecology & Evolution. 11: 1072-1085.

DE SOLAN T., RENOULT J.P., GENIEZ P., DAVID P., & Crochet P.A. (2020). Looking for mimicry in a snake assemblage using deep learning. The American Naturalist. 196: 74-86. [PDF]

HULSE S.V., MENDELSON T.C.*, RENOULT J.P.*. (2020). Sexual signals of fish species mimic the spatial statistics of their habitat: evidence for processing bias in animal signal evolution. Nature Communications. 11: 1-8. [

RENOULT J.P., KELBER A., SCHAEFER H.M. (2017). Colour spaces in ecology and evolutionary biology. Biological Reviews. doi: 10.1111/brv.12230 [PDF]

BINKENSTEIN J., STANG M., RENOULT J.P., SCHAEFER H.M. (2017). Weak correlation of flower color and nectar-tube depth in temperate grassland. Journal of Plant Ecology. 10 : 397-405

DOUTRELANT C., PAQUET M., RENOULT J.P., GREGOIRE A., CROCHET P.-A., COVAS R. (2016). Worldwide patterns of bird colouration on islands. Ecology Letters. 19: 537-545.

RENOULT J.P., VALEUR B. (2015). Les couleurs de la vie – Mécanismes de production, fonctions et diversité. L’Actualité Chimique. 397-398 : 12-18.

RENOULT J.P., BLÜTHGEN N., BINKENSTEIN J., WEINER C.N., WERNER M., SCHAEFER H.M. 2015. Linking community to sensory ecology: the relative importance of color signaling for plant generalization in pollination networks. Oikos. 124: 347-354. [PDF]

RENOULT J.P., VALIDO P., JORDANO P., SCHAEFER M. (2014). Adaptation of flower and fruit colours to diversified mutualists. New Phytologist. 201: 678-686. [PDF]

RENOULT J.P., THOMANN M., SCHAEFER H.M., CHEPTOU P.-O. (2013). Selection on quantitative colour variation in Centaurea cyanus: the role of the pollinator’s visual system. Journal of Evolutionary Biology. 26: 2415-2427.

RENOULT J.P., COURTIOL A., SCHAEFER H.M. (2013). A novel framework to study colour signaling to multiple species. Functional Ecology. 27: 718-729. [PDF]

BINKENSTEIN J., RENOULT J.P., SCHAEFER H.M. (2013). Increasing land-use intensity decreases floral colour diversity and changes composition of plant communities in temperate grasslands. Oecologia, 173: 461-471.

RENOULT J.P., SCHAEFER H.M., SALLE B., CHARPENTIER M.J.E. (2011). The evolution of the multicoloured face of mandrills: insights from the perceptual space of colour vision. PlosOne, 6:e29117.

SCHATZ, B., DELLE-VEDOVE, R., RENOULT, J., et al. (2011). Couleur de fleur d’orchidées et insectes. Le Courrier de la Nature. 260 : 24-36.

RENOULT J.P, COURTIOL A., KJELLBERG F. (2010). When assumptions on visual system evolution matter: nestling colouration and parental visual performance in birds. Journal of Evolutionary Biology. 23:220-226

Cognitive science/Computational neuroscience/Empirical Aesthetics

TIEO, S., BARDIN, M., BERTIN-JOHANNET, R., DIBOT, N., MENDELSON, T. C., PUECH, W., & RENOULT, J. P. (2024). Comparing activation typicality and sparsity in a deep CNN to predict facial beauty. Preprint: : https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-4435236/v1 

DIBOT, N. M., TIEO, S., MENDELSON, T. C., PUECH, W., & RENOULT, J. P. (2023). Sparsity in an artificial neural network predicts beauty: Towards a model of processing-based aesthetics. PLOS Computational Biology, 19(12), e1011703 [PDF]

TIEO, S., RESTREPO-ORTIZ, C. X., ROURA-TORRES, B., SAUVADET, L., HARTÉ, M., CHARPENTIER, M. J., & RENOULT, J. P. (2023). The Mandrillus Face Database: A portrait image database for individual and sex recognition, and age prediction in a non-human primate. Data in Brief, 47, 108939.

BELTZUNG, B., PELE, M., RENOULT, J.P., SUEUR, C. (2023). Deep learning for studying drawing behavior: A review. Frontiers in Psychology. 14: 992541.

BELTZUNG, B., PELE, M., RENOULT, J.P., SUEUR, C. (2022). Using artificial intelligence to analyze non-human drawings: A first step with Orangutan productions. Animals. 12(20): 2761. [PDF]

RENOULT, J.P. (2022). La Fluence, in Abécédaire de la beauté (éditeurs: ZERNIK, C. & JARICOT, J.). Editions B42. [Book chapter]

CHARPENTIER, M. J., PELÉ, M., RENOULT, J.P., SUEUR, C. (2021). Social data collection and analyses, in Demographic Methods Across the Tree of Life (ed. Salguero-Gomez, R., Gamelon, M.), pp.53-76 [Book chapter].

RENOULT J.P. (2019). Book review of "The Aesthetic Animal." Evolutionary Studies in Imaginative Culture. 3: 105-108. [PDF]

RENOULT J.P., GUYL B., MENDELSON T.C., PERCHER A., DORIGNAC J., GENIET F., MOLINO F. (2019). Modelling the Perception of Colour Patterns in Vertebrates with HMAX. bioRxiv, 552307.

HOLZLEITNER I.J., LEE A.J., HAHN A.C., KANDRIK M., BOVET J., RENOULT J.P.,... & JONES B.C. (2019). Comparing theory-driven and data-driven attractiveness models using images of real women’s faces. Journal of Experimental Psychology: Human Perception and Performance. 45: 1589.

RENOULT J.P., MENDELSON T.C. (2019). Processing bias: extending sensory drive to include efficacy and efficiency in information processing. Proceedings of the Royal Society B, 286: 20190165.

KAPOULA Z., VOLLE E., RENOULT J.P., ANDREATTA M. (ed.). (2018). Exploring Transdisciplinarity in Art and Sciences. Springer [Edited book]. 

RENOULT J.P. (2016). The evolution of aesthetics: a review of models. In Aesthetics and Neuroscience: Scientific and Artistic Perspectives, (KAPOULA Z. & VERNET M, ed.). pp. 271-300. Springer International Publishing. [Book chapter].

RENOULT J.P., BOVET J., RAYMOND M. (2016). Beauty is in the efficient coding of the beholder. Royal Society Open Science. DOI: 10.1098/rsos.160027. [PDF]

CHARPENTIER M.J.E., HUCHARD E., GIMENEZ, O., SALLE, B., KAPPELER P., RENOULT J.P. (2012). Distribution of affiliative behavior across kin classes and their fitness consequences in mandrills. Ethology, 118: 1198-1207.

Marine biology

MUCCIOLO, S., DESIDERATO, A., CHRISTIDIS, G., AMMAR, I. A., & ANTIT, M.,..., RENOULT, J.P., …, GEROVASILEIOU, V. (2024). New records of introduced species in the Mediterranean (August 2024). Mediterranean Marine Science, 25(2).

DIGENIS, M., AKYOL, O., BENOIT, L., BIEL-CABANELAS, M., ÇAMLIK, Ö. Y., CHARALAMPOUS, K.,... RENOULT, J.P., & GEROVASILEIOU, V. (2024). New records of rarely reported species in the Mediterranean Sea (March 2024). Mediterranean Marine Science, 25(1), 84-115. [PDF]

KOVACIC, M., ŠANDA, R., VUKIC, J., RENOULT, J. P., & FALZON, M.-A. (2023). New records of the recently described Pomatoschistus nanus Engin & Seyhan, 2017 (Teleostei: Gobiidae) (early view). Cybium. [PDF]

RENOULT, J., MENUT, T., RUFRAY, X., LE BRIS, S., IGLESIAS, S. P., LOUISY, P.,... & PRAT, M. (2023). Les poissons cryptobenthiques de la baie d’Agay (Var). Cahiers de la Fondation Biotope, 39, 58 pages.

KOVAČIĆ, M., RENOULT, J. P., PILLON, R., BILECENOGLU, M., TIRALONGO, F., BOGORODSKY, S. V.,... & YOKES, M. B. (2023). The delimitation of geographic distributions of Gobius bucchichi and Gobius incognitus (teleostei: Gobiidae). Journal of Marine Science and Engineering, 11(3), 516. [PDF]

KOVAČIĆ, M., PILLON, R., RENOULT, J.P. (2022). Identification of enigmatic Mediterranean fish Gobius ater Bellotti, 1988 (Teleostei: Gobiidae) based on morphology from underwater photographs. Journal of Fish Biology, 101: 1381-1384 [PDF]

RENOULT, J.P., PILLON, R., KOVAČIĆ, M.,  LOUISY, P. (2022). Frontiers in Fishwatching Series: Gobies of the Northestern Atlantic and the Mediterranean – Gobius and Thorogobius. Les cahiers de la fondation Biotope. 237 pages.

KOVAČIĆ, M., RENOULT, J.P., PILLON, R., SVENSEN, R., BOGORODSKY, S., ENGEN, S., LOUISY, P. (2022). Identification of Mediterranean marine gobies (Actinopterygii: Gobiidae) of continental shelf from photographs of in situ individuals. Zootaxa. 5144: 1-103.

IGLESIAS, S. P., BARICHE, M.., …, RENOULT, J.P., …, TOURNIER-BROER, R. (2021). French ichthyological records for 2019. Cybium. 45: 169-188.

SANTIN A., AGUILAR R., …, RENOULT J.P., …, TIRALONGO, F. (2021) New records of rare species in the Mediterranean Sea (March 2021). Mediterranean Marine Science, 22: 199-217.

IGLESIAS S. P., BERGOT P., …, RENOULT J.P., …, THOMAS W. (2020). French ichthyological records for 2018. Cybium. 44: 285-307.

Other (mostly phylogenetics, population genetics and natural history)

ROCHAS, P., MINOT, M., MEZIERE, N., RENOULT J.P., JUILLERAT, N., URIOT, Q., URIOT, S., FOXONET, H., CERDAN, A. (2022). Check-list of Odonata from French Guiana with notes on their distribution, ecology, and new state records. Odonatologica, 51(3/4) : 175-224.

RENOULT J.P., DELAHAIE B., DELATTRE J-C., DE FRANCESCHI C. , VEYRUNES F., LE BOT T. (2018). Chumming on multi-day sailing trip in Bay of Biscay. Dutch Birding40:96-98

CROCHET P.-A., LEBLOIS R., RENOULT J.P. (2015). New reptile records from Morocco and Western Sahara. Herpetology Notes. 8 : 583-588.

RENOULT, J.P. Arrivée de la Libellule purpurine Trithemis annulata (De Palisot de Beauvois, 1805) dans la vallée du Rhône. (2013). Sympetrum. 17: 81-82. 

DURANT, E., RENOULT, J.P.(2012). Addition à l’odonatofaune de l’Adrar mauritanien. Poiretia, 2012, 4 : 7-16.

CHARPENTIER M.J.E., FONTAINE M.C., CHEREL E., RENOULT J.P., JENKINS T., BENOIT L., BARTHES N., ALBERTS SC, TUNG J. (2012). Genetic structure in a dynamic baboon hybrid zone corroborates behavioral observations in a hybrid population. Molecular Ecology, 21:715-731.

RENOULT J.P., GENIEZ P., BEDDEK M., CROCHET P.-A. (2010). An isolated population of Podarcis vaucheri (Sauria: Lacertidae) in south-eastern Spain: genetic data suggest human-mediated range expansion. Amphibia-Reptilia, 31:287-296.

KJELLEBERG F., BAKOLIMALALA R., EDMOND R., RAFIDISON V., RABEVOHITRA R., RENOULT J., et. al. (2010). Corridors de végétation et conservation d'un groupe clé de voûte de la biodiversité au centre d'un réseau d'interactions: le cas des Ficus et des communautés associées. in Connaissance et Gestion des Milieux Tropicaux. p80-91. CNRS Edition. [Chapitre de livre].

RENOULT J.P., GENIEZ P, BACQUET P., GUILLAUME C. P., CROCHET P.-A. (2010). Systematics of the Podarcis hispanicus-complex (Sauria, Lacertidae) II: the valid name of the north-eastern Spanish form. Zootaxa, 2500:58-68

RENOULT J. (2009). The Sooty Gull, Larus hemprichii (Aves; Laridae), on Nosy Ve: first records for Madagascar. Malagasy Nature, 2:174-176.

RENOULT J.P., GENIEZ P, BACQUET P., BENOIT L., CROCHET P.-A. (2009). Morphology and nuclear markers reveal extensive mitochondrial introgressions in the Iberian Wall Lizard species complex. Molecular Ecology. 18:4298-4315.

RENOULT J.P., KJELLBERG F., SANTONI S., KHADARI B. (2009). Cyto-nuclear discordance in the phylogeny of Ficus section Galoglychia and host shifts in plant-pollinator associations. BMC Evolutionary Biology. 9:248.

RENOULT J.P. & RASELIMANANA A.P. (2009). A new species of Malagasy blind snake of the genus Typhlops Oppel (Serpentes: Typhlopidae). Zootaxa,2290:65-68

CROCHET P.-A., RENOULT J. (2008). Tarentola annularis annularis (Geoffroy de Saint-Hilaire, 1827) preying on a mammal. Herpetology Notes, 1:58-59.

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175

Etage 1, aile C, bureau 114
Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

Google Scholar / Researchgate

Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

3 objectifs de recherche :

- Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

- Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

- Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

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PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

3 research objectives:

- Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

- Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

- Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

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Publications :

Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

Conferences :

Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

PhD Candidate – Marine ecology and conservation 

I am a PhD candidate, working at the interface between movement ecology and marine conservation. My PhD project aims to deliver science-based, conservation-oriented evidence to inform the conservation of highly mobile seabirds in the Atlantic. It is a partnership between the CEFE, the University of Lisbon, BirdLife International and the UN Evironment Programme World Conservation Monitoring Centre (UNEP-WCMC).

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https://orcid.org/0000-0003-4915-7191

Ingénieure d'études - Projet BIRDMOVE

CEFE, CNRS
1919, Route de Mende
34293 Montpellier cedex 5
France

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Le projet BIRDMOVE porte sur l'évaluation des déplacements de populations d'oiseaux marins induits par les parcs éoliens en mer sur les façades Manche et Atlantique. Ce projet s'inscrit dans le cadre des travaux du GT ECUME piloté par le ministère de la transition écologique.

En tant qu'ingénieure d'études du projet, je travaille entre autres sur le développement d'un modèle d'évaluation des effets "déplacement" (perte d'habitat fonctionnel) et "barrière" (création d'obstacles au mouvement) des parcs éoliens en mer sur les populations d'oiseaux marins.

PhD candidate – Université de Montpellier

I’m a PhD student interested in evolutionary demography and population dynamics of wild populations. I’m currently working on the demography of Svalbard polar bears. I’m relying on 30+ years of data including mark-recapture data, tracking data, and more. I’m mainly using linear models, mark-recapture models and path analysis models in a Bayesian framework to study the determinants of reproductive output, trade-offs between traits, and such.

Supervisors: Sarah Cubaynes (EPHE, CEFE-CNRS), Jon Aars (Norwegian Polar Institute)

Contact information

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Orcid: 0000-0003-1489-9363
GitHub: MarwanNaciri

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél : 04 67 61 32 XX

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J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies. J’utilise aussi ces modèles pour évaluer l’impact du développement humain et améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune. Je suis notamment impliqué dans le suivi oiseaux marins des programmes ORNIT-EOF et MIGRALION afin d’évaluer l’impact du développement éolien offshore en Méditerranée. Outil de prédilection les bio-loggers.

Chercheur postdoctoral / Postdoctoral researcher

J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies (jeu spatial prédateur-proie, stratégie d'alimentation, stratégie de recherche des prédateurs, stratégie anti-prédatrice des proies) et d'améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune.

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Directrice d'Etudes EPHE - PSL

My main field of research is landscape genetics.

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tel. : +33(0)4 67 61 32 35

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Keywords : Landscape genetics - Landscape connectivity - Adaptive genetic diversity - Local adaptation - Gene flow 

Website: https://sites.google.com/site/stephaniemanel/home

Maître de Conférences
CEFE, 2ème étage, Aile B, Bureau 209

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 4 67 61 33 17

sylvia.campagna(at)cefe.cnrs.fr

Keywords : Marine Mammals - Pinnipeds - Chemical Ecology  - Sensory Perception - Olfaction -Electrophysiology