Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

My research lies at the interface between ecology and biological conservation, with the study of spatial biodiversity patterns as the unifying theme. Main current interests: large-scale conservation priorities; evolutionary community models; historical human footprint on biodiversity, with a focus on marine mammals.

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orcid.org/0000-0003-4775-0127 

Maître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

HDR (Habilitée à diriger des recherches)

I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

Maître de Conférences à l'Université Montpellier II

CEFE/CNRS

Campus du CNRS

1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 4 67 61 33 17
Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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Dimitri MEDETIAN
Doctorant PSL_EPHE
Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

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CEFE/CNRS UMR5175
Etage 1, aile C, bureau 114

Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

Supervisor : Claude Miaud (CEFE)

Projet de thèse: Etude de la mobilité de la mégafaune marine grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental

Mots clés : ADN environnemental, capteur passif, mégafaune marine, parc éolien en mer.

Cette thèse vise à améliorer les connaissances sur la mobilité de la mégafaune marine rare et parfois discrète (mammifères marins, tortues marines, grands poissons…) grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental (ADNe). L’ADNe correspond à l’ADN naturellement relâché dans l’environnement par les organismes vivants. L’objectif est de capter cet ADN dans le temps afin de détecter les passages de la mégafaune marine et de mieux comprendre ses déplacements.

Cette nouvelle méthode peut permettre de répondre à certains obstacles méthodologiques des inventaires de biodiversité marine (difficultés et coûts d’accès, saisonnalité de la fréquentation, discrétion des taxons…). 

Enfin, ces capteurs serviront également à l’étude des interactions de cette faune avec les activités anthropiques. La fréquentation des parcs éoliens en mer par la mégafaune marine sera ainsi évaluée.

Les objectifs de cette thèse sont donc :

• De développer et de tester en laboratoire et sur le terrain un capteur passif à ADNe répondant aux contraintes physico-chimiques du milieu marin (salinité, variations de température, courants…)
• Mettre en place ces capteurs dans le milieu naturel pour obtenir une meilleure compréhension des déplacements de la mégafaune marine dans des contextes variés (aire marine protégée, parc éolien en mer…).

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Thesis project: Study of marine megafauna mobility thanks to the development of an environmental eDNA passive sampler.

Key words: environmental DNA, passive sampler, marine megafauna, offshore wind farm.

This thesis aims to improve knowledge on rare marine megafauna (marine mammals, sea turtles, large fishes…) thanks to the development of a passive environmental DNA (eDNA) sampler. eDNA is the DNA naturally released in the environment by living organisms. The objective is to capture the DNA over time to detect marine megafauna and to better understand its movements.

This new method can address methodological obstacles of  marine biodiversity inventories (difficulties and costs of access, seasonality, taxa discretion…).

Finally, these sensors will be used to study anthropogenic impacts on megafauna. The frequentation of offshore windfarms by marine megafauna will be evaluated. 

The objectives are:

• To develop and test in the laboratory and in the field an eDNA passive sampler according to the physio-chemical properties of marine environment (salinity, temperature, streams…).
• Implement these samplers in the natural environment to better understand the marine megafauna movements in diverse contexts (marine protected area, offshore windfarm…). 

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175
Etage 1, aile C, bureau 114

Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175

Etage 1, aile C, bureau 114
Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

Google Scholar / Researchgate

Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

3 objectifs de recherche :

- Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

- Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

- Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

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PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

3 research objectives:

- Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

- Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

- Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

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Publications :

Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

Conferences :

Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

Main disciplines / approaches / study systems:

PhD Candidate – Marine ecology and conservation 

I am a PhD candidate, working at the interface between movement ecology and marine conservation. My PhD project aims to deliver science-based, conservation-oriented evidence to inform the conservation of highly mobile seabirds in the Atlantic. It is a partnership between the CEFE, the University of Lisbon, BirdLife International and the UN Evironment Programme World Conservation Monitoring Centre (UNEP-WCMC).

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https://orcid.org/0000-0003-4915-7191

Ingénieure associée au projet BIRDMOVE

Evaluation des effets cumulés des parcs éoliens en mer sur les déplacements des populations d'oiseaux marins.

CEFE, CNRS
1919, Route de Mende
34293 Montpellier cedex 5
France

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Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél : 04 67 61 32 XX

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J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies. J’utilise aussi ces modèles pour évaluer l’impact du développement humain et améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune. Je suis notamment impliqué dans le suivi oiseaux marins des programmes ORNIT-EOF et MIGRALION afin d’évaluer l’impact du développement éolien offshore en Méditerranée. Outil de prédilection les bio-loggers.

Chercheur postdoctoral / Postdoctoral researcher

J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies (jeu spatial prédateur-proie, stratégie d'alimentation, stratégie de recherche des prédateurs, stratégie anti-prédatrice des proies) et d'améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune.

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Directrice d’Etudes EPHE

My main field of research is landscape genetics.

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tel. : +33(0)4 67 61 32 35

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Keywords : Landscape genetics - Landscape connectivity - Adaptive genetic diversity - Local adaptation - Gene flow 

Website: https://sites.google.com/site/stephaniemanel/home

Maître de Conférences (CNU 64-65), Université de Nîmes
CEFE, 2ème étage, Aile B, Bureau 209

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 4 67 61 33 17

sylvia.campagna(at)cefe.cnrs.fr

Keywords : Marine Mammals - Chemical Ecology  - Sensory Perception - Electrophysiology