Doctorante EPHE - PSL

CIFRE avec le bureau d’études OGE (Office du génie écologique)

Ecole doctorale : EPHE

Etage 1, aile C, bureau 114

Encadrement: Claude Miaud (CEFE/EPHE) et Vincent Vignon (OGE)

Projet de thèse : « Etude de la conservation d’un amphibien menacé en France, le Pélobate brun (Pelobates fuscus) : habitat, démographie et génomique, une approche pluridisciplinaire pour évaluer la viabilité des populations. » 

J’utilise une approche pluridisciplinaire pour améliorer les connaissances sur le Pélobate brun, une des espèces d’amphibien les plus menacées en France, afin d’améliorer les stratégies de conservation. L’hypothèse de travail est que la viabilité de ses populations est potentiellement affectée par le fait qu’elles soient de petit effectif, isolées et en limite d’aire de répartition. Cette thèse a notamment pour objectif d’étudier la répartition de l’espèce par un travail de modélisation de niche (SDM), ainsi que d’appréhender la structuration et le niveau de diversité des populations par une approche génomique (SNP). J’étudie également l’utilisation de l’habitat terrestre de cette espèce méconnue, par l’utilisation couplée de la télémétrie et de pigments fluorescents. Pour finir, une étude CMR nous permet de collecter des données démographiques sur plusieurs populations. 

J’ai participé précédemment à des travaux sur la génétique de la conservation du phoque moine de Méditerranée (Monachus monachus) et sur le suivi du trafic de viande de brousse par l’outil génétique chez une espèce de porc-épic africain (Atherurus africanus).

Mots clefs : Sciences de la conservation - Vertébrés - Génétique - Démographie - Télémétrie - CMR - SDM

PhD project: "Conservation of an endangered amphibian in France, the common spadefoot toad (Pelobates fuscus): habitat, demography and genomics, a multidisciplinary approach to assess the viability of populations."

I am using a multidisciplinary approach to improve knowledge on Pelobates fuscus, one of the most threatened amphibian species in France, in order to develop efficient conservation strategies. Our hypothesis is that the viability of its populations might be affected by the fact that they are small, isolated and at the edge of their range. I study the distribution of the species using niche modelling (SDM), and I assess the genetic structure and the levels of diversity in populations with a genomic approach (SNP). I also study the use of the terrestrial habitat of this little-known species, using a combination of telemetry and fluorescent pigments. Finally, a CMR study allows us to collect demographic data on several populations. 

I have previously participated in a project on the conservation genetics of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus) and on the monitoring of bushmeat trafficking using genetic tools in a species of African porcupine (Atherurus africanus).

Keywords : Conservation science - Vertebrates - Genetics - Demography - Telemetry - CMR - SDM

Publications :

Salmona, J., Dayon, J., Lecompte, E., Karamanlidis, A. A., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., ... & Gaubert, P. (2022). The antique genetic plight of the Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Proceedings of the Royal Society B, 289(1981), 20220846.

Dayon, J., Lecompte, E., Aguilar, A., Fernandez de Larrinoa, P., Pires, R., & Gaubert, P. (2020). Development and characterization of nineteen microsatellite loci for the endangered Mediterranean monk seal Monachus monachus. Marine Biodiversity, 50, 1-7.