Post-doctorante

CEFE/CNRS

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34295 Montpellier CEDEX 5

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tamar.lok[at]cefe.cnrs.nl

Thèmes de recherché

I am interested in variation in migratory behaviour of birds, such as variation in migration distances, timing of migration and the use of stopover sites. During my current position at CEFE, I will develop integrated population models that combine colour-banding, tracking and count data to assess within- and between-individual variation in different aspects of migratory behaviour, understand the role of environmental conditions in driving this variation and link the observed variation to survival, an important component of fitness in long-lived species. My study systems are the Eurasian Spoonbill (Platalea leucorodia) in the East-Atlantic Flyway and the Red Knot (Calidris canutus ) in the East-Asian Australasian Flyway.

Bref CV

2015-             Postdoctoral fellow, CNRS CEFE UMR 5175, Montpellier, France

2013-2014        Postdoctoral fellow, University of Groningen, Groningen, Netherlands

2008-2012        PhD, University of Groningen, Groningen, Netherlands            

Publications

Lok, T., Overdijk, O. & Piersma, T. (2015) The cost of migration: spoonbills suffer higher mortality during trans-Saharan spring migrations only. Biology Letters, 11, 20140944.

Lok, T., Overdijk, O. & Piersma, T. (2014) Interpreting variation in growth of Eurasian Spoonbill chicks: disentangling the effects of age, sex and environment. Ardea, 102, 181-194.

El-Hacen, E.M., Piersma, T., Jouta, J., Overdijk, O. &Lok, T.(2014) Seasonal variation in the diet of Spoonbill chicks in the Wadden Sea: a stable isotopes approach.Journal of Ornithology, 155, 611-619.

Lok, T., Overdijk, O., Tinbergen, J.M. & Piersma, T. (2013) Seasonal variation in density dependence in age-specific survival of a long-distance migrant. Ecology, 94, 2358-2369.

El-Hacen, E.M., Overdijk, O., Lok, T., Olff, H. & Piersma, T. (2013) Home range, habitat selection, and foraging rhythm in Mauritanian spoonbills (Platalea leucorodia balsaci): a satellite tracking study. Waterbirds, 36, 277-286.

van Gils, J.A., van der Geest, M., Leyrer, J., Oudman, T., Lok, T., Onrust, J., de Fouw, J., van der Heide, T., van den Hout, P.J., Spaans, B., Dekinga, A., Brugge, M. & Piersma, T. (2013) Toxin constraint explains diet choice, survival and population dynamics in a molluscivore shorebird. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences, 280, 20130861.

Leyrer, J., Lok, T., Brugge, M., Spaans, B., Sandercock, B.K. & Piersma, T. (2013) Mortality within the annual cycle: seasonal survival patterns in Afro-Siberian red knots. Journal of Ornithology, 154, 933-943.

Lok, T. , Overdijk, O. & Piersma, T. (2013) Migration tendency delays distributional response to differential survival prospects along a flyway. American Naturalist, 181, 520-531.

Piersma, T., Van der Velde, M., El-Hacen, H.M., Lok, T., Overdijk, O. (2012) Molecular verification of the subspecies status of the Mauritanian spoonbill Platalea leucorodia balsaci. Ardea, 100, 131-136.

Leyrer, J., Lok, T., Brugge, M., Dekinga, A., Spaans, B., Van Gils, J.A., Sandercock, B.K. & Piersma, T. (2012) Small-scale demographic structure suggests preemptive behavior in a flocking shorebird. Behavioral Ecology, 23, 1226-1233.

Lok, T. , Overdijk, O., Tinbergen, J.M. & Piersma, T. (2011) The paradox of spoonbill migration: most birds travel to where survival rates are lowest. Animal Behaviour, 82, 837-844.

van de Pol, M., Ens, B.J., Heg, D., Brouwer, L., Krol, J., Maier, M., Exo, K.M., Oosterbeek, K., Lok, T., Eising, C.M. & Koffijberg, K. (2010) Do changes in the frequency, magnitude and timing of extreme climatic events threaten the population viability of coastal birds? Journal of Applied Ecology, 47, 720-730.

Vahl, W.K., Lok, T., van der Meer, J., Piersma, T. & Weissing, F.J. (2005) Spatial clumping of food and social dominance affect interference competition among ruddy turnstones. Behavioral Ecology, 16, 834-844.

Liste des projets de l'équipe

Liste des anciens membres de l'équipe

HÉTÉROGÉNÉITÉ ET DYNAMIQUE DES POPULATIONS

VERS LES MODÈLES MIXTES DE CAPTURE-RECAPTURE (CR2M)

Projet ANR Jeunes Chercheur(e)s

Janvier 2009 – décembre 2011

Equipe

Permanents : Olivier Gimenez (porteur), Rémi Choquet, Roger Pradel, Jean-Dominique Lebreton

Doctorants : Sarah Cubaynes, Mathieu Buoro, Lucile Marescot, Guillaume Péron

Masters : Marlène Gamelon, Marine Desprez, Julien Papaïx

Personnels recrutés sur fonds ANR : Elena Papadatou (post-doc), Sabrina Servanty (post-doc), Erica Nogué (ingénieure logiciel)

Résumé

Dynamique des populations animales : le diable est dans les détails

Comment intégrer hétérogénéités individuelle, temporelle et spatiale en dynamique des populations ?

La dynamique des populations animales s’intéresse aux variations dans le temps et l’espace des effectifs et de la structure des populations. Les modèles associés permettent de répondre à des questions importantes en conservation, en écologie et en évolution. Toutefois, en conditions naturelles, il est difficile d’estimer les paramètres démographiques nécessaires pour calibrer ces modèles à cause de l’impossibilité pratique de détecter de manière exhaustive les individus. Les modèles de capture-recapture (CR) permettent d’estimer les paramètres démographiques en prenant en compte une probabilité de détection imparfaite. Malgré tout, ces modèles font l’hypothèse contraignante d’homogénéité des paramètres, avec le risque de biais statistique et d’inférence biologique erronée. Dans notre projet, nous avons étendu les modèles standards de CR pour incorporer les différentes sources d’hétérogénéité. Ces développements méthodologiques ont été motivés par plusieurs cas d’étude en biologie des populations et ont été implémentés dans un logiciel gratuit et diffusé largement.

Les modèles mixtes de capture-recapture

Nous avons assuré l’adoption du nouveau cadre de travail proposé via l’implémentation de modèles pertinents, d’algorithmes rapides et fiables le tout diffusé sous la forme d’un logiciel. Ces nouveaux outils ont permis l’estimation des effectifs et du taux de croissance de la population française de loups, la proposition de mesures de gestion des populations françaises de sangliers, la quantification des compromis évolutifs chez le saumon Atlantique, la démonstration de l’influence de l’expérience sur la reproduction de mouettes tridactyles, la description des patrons de sénescence de survie chez la mouette rieuse, la quantification de la pression de chasse chez la bécasse dans l’espace et le temps, l’étude de l’effet du climat sur la reproduction du fou à pieds rouges, la distinction des effets environnementaux vs. génétiques sur la survie de mésanges bleues, et l’estimation des différences de survie inter-populations et inter-spécifiques chez plusieurs espèces de chauve-souris.

Retombées

Ce projet a permis de mettre à disposition des biologistes un cadre formel pour la prise en compte des hétérogénéités en dynamique des populations animales au travers, entre autres d’un logiciel performant. Ces résultats ont été obtenus grâce à une équipe composée de chercheurs, d’ingénieurs, d’étudiants de Master, de doctorants et post-doctorants en partie financés par l’ANR et travaillant à l’interface des biostatistiques et de la biologie des populations.

Le projet a mené à la publication d’une trentaine d’articles scientifiques dans des revues internationales à la fois i) méthodologiques traitant des modèles, algorithmes et logiciels développés dans le cadre du projet et ii) biologiques diffusant les résultats obtenus en biologie de la conservation, en écologie des populations et en écologie évolutive.

Le projet Modèles Mixtes de Capture-Recapture est un projet de recherche fondamentale coordonné par Olivier Gimenez. Le projet a commencé en janvier 2009 et a duré 36 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 190000€ pour un coût global de l’ordre de 1200000€.

Publications

• Choquet, R., A. Sanz-Aguilar, B. Doligez, E. Nogué, R. Pradel, L. Gustafsson and O. Gimenez (2013). Estimating demographic parameters from capture-recapture data with dependence among individuals within clusters. Methods in Ecology and Evolution. 4: 474–482.

• de Villemereuil, P., Gimenez, O., Doligez, B. (2012). Comparing parent-offspring regression with Frequentist and Bayesian animal models to estimate heritability in wild populations: a simulation study for Gaussian and binary traits. Methods in Ecology and Evolution. 4: 260-275
• Gimenez, O., Lebreton, J.-D., Gaillard, J.-M., Choquet, R. and R. Pradel (2012). Estimating demographic parameters using hidden process dynamic models. Theoretical Population Biology. 82: 307-316
• Buoro, M., E. Prévost, O. Gimenez (2012). Digging through model complexity: using hierarchical models to uncover evolutionary processes in the wild. Journal of Evolutionary Biology. 25: 2077-2090
• Lebreton, J.-D., R. Choquet andO. Gimenez (2012). Simple estimation and test procedures in capture-mark-recapture mixed models. Biometrics. 68:494-503
• Cubaynes, S., C. Lavergne, E. Marboutin, and O. Gimenez (2012). Assessing individual heterogeneity using model selection criteria: How many mixture components in capture-recapture models? Methods in Ecology and Evolution. 3: 564-573
• Péron, G., Y. Ferrand, F. Gossmann, C. Bastat, M. Guenezan and O. Gimenez (2012). Spatial heterogeneity in mortality and its impact on the population dynamics of Eurasian woodcocks. Population Ecology. 54: 305-312
• Cubaynes, S, C. Doutrelant, A. Grégoire, P. Perret, B. Faivre, and O. Gimenez (2012). Testing hypotheses in evolutionary ecology with imperfect detection: Structural equation modeling of mark-recapture data. Ecology. 93: 248-255
• Choquet, R. andO. Gimenez (2012). Towards built-in capture-recapture mixed models in program E-SURGE. Journal of Ornithology.152: 625-639
• Marescot, L., O. Gimenez, C. Duchamp, E. Marboutin and G. Chapron (2012). Reducing matrix population models with application to social animal species. Ecological Modelling. 232: 91-96
• Papadatou, E., R. Pradel, M. Schaub, D. Dolch, H. Geiger, C. Ibañez, G. Kerth, A. Popa-Lisseanu, W. Schorcht, J. Teubner and O. Gimenez (2012). Comparing survival among species with imperfect detection using multilevel analysis of mark-recapture data: a case study on bats. Ecography. 35: 153-161
• Caniglia, R., E. Fabbri, S. Cubaynes, O. Gimenez, J.-D. Lebreton and E. Randi (2012). An improved procedure to estimate wolf abundance using non-invasive genetic sampling and capture-recapture mixture models. Conservation Genetics. 13: 53-64
• Fletcher, D., Lebreton, J.-D., Marescot, L., Schaub, M., Gimenez, O., Slooten, E. and S. Dawson (2012). Bias in estimation of adult survival and asymptotic population growth rate caused by undetected capture heterogeneity. Methods in Ecology and Evolution. 3: 206-216

• Buoro, M., O. Gimenez and E. Prévost (2011). Assessing adaptive phenotypic plasticity by means of conditional strategies from empirical data: The latent environmental threshold model. Evolution. 66:996-1009
• Gamelon, M., A. Besnard, J.-M. Gaillard, S. Servanty, E. Baubet, S. Brandt and O. Gimenez (2011). High hunting pressure selects for earlier birth data: Wild boar as a case study. Evolution. 65:3100-3112
• Marescot, L., Pradel, R., Duchamp, C. Cubaynes, S., Marboutin, E., Choquet, R. Miquel, C. and O. Gimenez (2011). Capture-recapture population growth rate as a robust tool against detection heterogeneity for population management. Ecological Applications. 21:2898-2907
• Péron, G., Y. Ferrand, F. Gossmann, C. Bastat, M. Guenezan and O. Gimenez (2011). Escape migration decisions in Eurasian Woodcocks: insights from survival analyses using large-scale recovery data. Behavioral Ecology and Sociobiology. 65:1949-1955
• Charmantier*, A., M. Buoro*, O. Gimenez and H. Weimerskirch (2011). Heritability of short-scale natal dispersal in a large-scale foraging bird, the wandering albatross. Journal of Evolutionary Biology. 24:1487-1496. *These authors contributed equally to the work.
• Desprez, M. R. Pradel, E. Cam, J.-Y. Monnat and O. Gimenez (2011). Now you see him, now you don't: Experience, not age, is related to reproduction in Kittiwakes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 278: 3060-3066
• Péron, G., Y. Ferrand, F. Gossmann, C. Bastat, M. Guenezan and O. Gimenez (2011). Nonparametric spatial regression of survival probability: visualization of population sinks in Eurasian Woodcock. Ecology. 92:1672-1679
• Servanty, S., J.-M. Gaillard, Ronchi, F., Focardi, S., Baubet E. & O. Gimenez (2011). Influence of harvesting pressure on demographic tactics: implications for wildlife management. Journal of Applied Ecology 48: 835–843
• Marzolin, G., A. Charmantier and O. Gimenez (2011). Frailty in state-space models: application to actuarial senescence in the dipper. Ecology. 92:562-567.
• Cubaynes, S., P. F. Doherty Jr, E. A. Schreiber, R. W. Schreiber and O. Gimenez (2011). To breed or not to breed: seabirds response to extreme climatic events. Biology Letters 7: 303-306.
• Papadatou, E.Ibáñez, C., Pradel, R. Juste, J. and O. Gimenez (2011). Assessing survival in a multi-population system: a case study on bat populations. Oecologia 165:925-933.

• Papaïx, J., S. Cubaynes, M. Buoro, A. Charmantier, P. Perret and O. Gimenez (2010). Combining capture–recapture data and pedigree information to assess heritability of demographic parameters in the wild. Journal of Evolutionary Biology 23: 2176-2184.
• Servanty, S., R. Choquet, E. Baubet, S. Brandt, J.-M. Gaillard, M. Schaub, C. Toïgo, J.-D. Lebreton, M. Buoro and O. Gimenez (2010). Assessing whether mortality is additive using marked animals: a Bayesian state-space modeling approach. Ecology. 91: 1916–1923.
• Buoro, M., Prévost, E. and O. Gimenez (2010). Investigating evolutionary trade-offs in wild populations of Atlantic salmon (Salmo salar): incorporating detection probabilities and individual heterogeneity. Evolution 64: 2629-2642.
• Gimenez, O. and R. Choquet(2010). Incorporating individual heterogeneity in studies on marked animals using numerical integration: capture-recapture mixed models Ecology. 91: 951-957.
• Péron, G., Crochet, P.A.C., Choquet, R., Pradel, R., Lebreton, J.-D. and O. Gimenez. (2010). Capture-recapture models with heterogeneity to study survival senescence in the wild. Oïkos 119: 524-532.
• Cubaynes, S. Pradel, R. Choquet, R.Duchamp, C. Gaillard, J.-M., Lebreton, J.-D., Marboutin, E., Miquel, C., Reboulet, A.-M., Poillot, C., Taberlet, P. and O. Gimenez. (2010). Importance of accounting for detection heterogeneity when estimating abundance: the case of French wolves. Conservation Biology 24:621-626.