Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

I am interested in understanding how biodiversity is distributed in space and in time, on the effects of human activities on those spatial and temporal patterns, and on the implications for biodiversity conservation.

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orcid.org/0000-0003-4775-0127 

Postdoctoral fellow Université Montpellier 2 Département Interaction, Écologie et Sociétés Équipe Interactions Bioculturelles CEFE/CNRS Campus du CNRS 1919, route de Mende 34293 Montpellier 5 France Bureau 211A et (+33)6 98 94 30 87 Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Research themes

My research aims to understand the role played by agrobiodiversity in the resilience of agroecosystems amidst global changes. I document changes in agrobiodiversity over time and analyze the interplay between their various drivers. Specifically, I investigate how (e.g., choices, seed supply and sources of information) and why (e.g., values, insurance effects) farmers manage, maintain, and experiment with various crop varieties. During my Ph.D., I focused on wine-growing systemscharacterized by significant but underutilized diversity of grape varieties. I employ an interdisciplinary approach in ethnoecology, at the intersection of ecological, agronomical, social and human sciences. I use a wide range of methods, including long-term fieldwork, surveys, modeling (R cran), GIS, social network analysis, and the mixing of qualitative and quantitative data.

Thesis (September 2019 - April 2023)

Biocultural approach of grapevine varieties dynamics in the Gaillac wine-growing region (France). https://doi.org/10.13140/RG.2.2.36452.14722. CEFE-CNRS. Supervisors: Sophie Caillon & Delphine Renard.

Participation in research programs and projects

2024 – present: Member of the International Society of Ethnobiology

2022 – present: Member of the École thématique Ethnoécologie et interactions bioculturelles (CNRS)

2018 – present: Member of the GDR ReSoDiv (CNRS)

2019 – 2024: AgrobiodiverSity for a food-Secure PlanET (ASSET) – PI : Delphine Renard. Agence nationale de la recherche (ANR)trought the programMake Our Planet GreatAgain

2020 – 2023: Assessing the crop diversity trends in relation with climate change based on local kowledge (CITRON). PI : Vanesse Labeyrie (Sens, CIRAD), Delphine Renard (CNRS), Victoria Reyes-Garcia (UAB). European Research Council (ERC).

2020 – 2021: Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services (IPBES). Contributing author for the Chapter 4.8 – The diverse values and valuation of nature (2022).https://doi.org/10.5281/ZENODO.4394547

2019 – 2021: Well-being indicators: Using a biocultural approach for co-construction. PI : Sophie Caillon and Ken MacDonald (University of Toronto). Institut Écologie et Environnement (INEE) of CNRS

Award

Doctoral Runner-up Award of the Wine and Vine Business Chair, Montpellier, France, 2024.(InstitutAgro Montpellier, INRAE, University of Montpellier,AdVini,AgroSud, DiamBouchage, ICV,InVivo Foundation,Lallemand Oenology, Mercier, Moët Hennessy et les Vignerons deBuzet)

Publications (3)

Isaac M., Lin T., Caillon S., Sebastien L., MacDonald K., Prudham S., Doncieux A., Renard D., Aumeeruddy-  Thomas Y., Vincent L., Cobelli O., Locqueville L., & Sterling E. (2024) Multidimensional measures of   farmer well-being: A scoping review. Agronomy for SustainableDevelopment.44(4), 39. https://doi.org/10.1007/s13593-024-00971-7

Doncieux A., Yobrégat O., Prudham S., Caillon S., & Renard D. (2022) Agrobiodiversity dynamics in a French   wine-growing region. OENO One56:183–199. https://doi.org/10.20870/oeno-one.2022.56.4.5557

Gauthier P., Pons V., Fisogni A., Murru V., Berjano R., Dessena S., Maccioni A., Chelo C., de Manincor N., Doncieux A.,Papuga G., & Thompson J. D. (2019). Assessing vulnerability of listed Mediterranean   plants based on population monitoring. Journal for Nature Conservation, 52, 125758.   https://doi.org/10.1016/j.jnc.2019.125758

Research presentations (8)

Doncieux A. (June 2024) Which winegrape varieties are selected why and how? Agriculture, Food & Human Values Society and the Association for the Study of Food and Society Conference. Wine and Climate change Kitchen session [roundtable session with wine tasting]. Syracuse, USA.

Caillon S., Vincent L., Sebastien L., Isaac M., Cobelli O., MacDonald K., Prudham S., Doncieux A., Renard D., J.   Locqueville J. & Sterling E. (May 2024) Biocultural Well-being Values Among French Organic   Winegrowers: Interconnectedness with People, Nature and Place. International Society of Ethnobiology Congress. Marrakech, Morocco

Doncieux A., Demongeot M., MacDonald K., Renard D. & Caillon S. (May 2024) Unpacking the multiple   motivations of grapevine variety choice. International Society of Ethnobiology Congress. Marrakech, Morocco

Doncieux A. (January 2024) Dynamiques de l’agrobiodiversité et résilience : approche bioculturelle dans les systèmes viticoles. Séminaire de l’UMR AGIR (INRAE). Toulouse, France. Invited talk.

Doncieux A. (December 2023) Dynamiques de l’encépagement en gaillacois et résilience. Assemblée générale des   IGPs Côte du Tarn. Gaillac, France. Invited talk.

Doncieux A., Demongeot M., MacDonald K., Renard D. & Caillon S. (March 2023). Décortiquer les motivations   multiples du choix des variétés de vigne. 14ème édition de la journée scientifique vigne et vin sur le thème «   La biodiversité en viticulture et en œnologie ». Montpellier, France.

Caillon S., Doncieux A., Vincent L. (February 2021). Climate change and French wine-growing systems. Climate   Change, Shifting Cultures. American Museum Of Natural History. New York City, USA. Invited talk and online conference

Jankowsky F., Doncieux A., Maizi P., Berthouly-Salazar C. & Barnaud A. (June 2020). La circulation des semences   de mil au Sénégal : reconfigurations sociales et ontologiques. Association for the anthropology of social   change and development (APAD). Lomé, Togo.

Posters (4)

Doncieux A., Caillon S. & Renard D. (2020). Semer la biodiversité : récolter la stabilité face aux variations   climatiques ? Mesure de l’effet d’assurance à une échelle fine. Med2020., conférence en ligne.

Doncieux A., Jankowski F., Gaudin A. & Barnaud A. (2019). Coexistence of certified and peasant seeds: the   challenge for agrobiodiversity conservation? Jack R. Harlan International Symposium. 3.  Montpellier, France

Doncieux A., Jankowski F., Gaudin A. & Barnaud A. (2018). Certified and peasant seeds: which network for   millet seed supply?. . Société Française d’Écologie et d’Évolution. International Conference on   Ecological Sciences : Sfécologie, Rennes, France. https://hal.science/hal-02143842

Labeyrie V., Raimond C., Barnaud A., Jankowski F., Sall M. Ouédraogo L., Bodian A., Coulibaly H., Coumaré   O., Lawali S., Cobelli O., Beaurepaire S., Cazaban G., Doncieux A., Verzelen N., Barbillon P., Garine   E., Coppens D’Eeckenbrugge G., Saidou A., Leclerc C., Thomas M., Louafi, S. (2018). Documenting   crop diversity management practices in West-Africa: raising perspectives for improving governance   frameworks. Société Française d’Écologie et d’Évolution. International Conference on Ecological   Sciences. Rennes, France.

Outreach (2)

Doncieux A.(June 2023) La viticulture face aux changements climatiques. Le Troquet Toqué. Sauve, France.   Conférence grand public.

Doncieux A.(2023) Agrobiodiversity dynamics in a French wine-growing region. Science & Wine blog.   https://www.ciencia-e-vinho.com/.

Associate Professor in spatial ecology at the Muséum national d'Histoire naturelle                                                                                                                                                        

My research focuses on movement ecology: I study the factors influencing animal movements (especially dispersal) and gene flow, with a particular emphasis on landscape composition and structure. I also study how human-triggered landscape modifications like fragmentation affect animal movements; and the consequences on population functioning and structure. My research is hence tightly linked to the management/conservation of populations, and to landscape management (e.g. connectivity restoration, french Trame Verte et Bleue policy).

Senior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
France 

Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

Étage 1 - Aile C - Bureau 114

Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Google Scholar – ResearchGate – ORCID

Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrante: Alice Valentini (SPYGEN)

Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

Les objectifs de cette thèse sont :

• D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
• D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
• D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
• D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
• D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

         Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

The objectives of this thesis are:

• Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
• Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
• Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
• Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
• Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

Publications

Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology, 33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

Post-doctorante

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+33 (0)4 67 14 24 61
Bat. J, Campus route de Mende
Université Paul Valéry – Montpellier 3

https://www.researchgate.net/profile/Camila_Leandro

Résumé :

Face au déclin de la biodiversité, nous devons nous armer d'outils et de méthodes pour étudier les communautés biologiques et sensibiliser le grand public, dont les décideurs. Ceci est d'autant plus vrai pour des groupes qui sont relativement peu connus et qui sont jugés comme "ordinaires". C'est le cas des insectes. Mes travaux portent donc sur les leviers techniques (nouvelles méthodes de détection, des modèles fiables de distribution à grande échelle), mais aussi sociétaux (humanités environnementales, outils de protection) qui mènent les acteurs à utiliser ces outils techniques et à pousser à la conservation des insectes. Pour cela, je m'appuie sur l'exemple des Coléoptères coprophages à l'échelle de la France.

Mots-clés :

Conservation - Entomologie - Scarabaeoidea - ADNe - Species Distribution Models - Parcipatory Action Research

Projets actuels & Partenaires :

Détection de l’entomofaune pastorale via des outils d’ADNe (2019-2021)

En partenariat avec l’Agence Française de la Biodiversité, cinq parcs nationaux (PNM, PNE, PNV, PNC et PNP) et des entomologistes spécialistes, je travaille sur le développement d’outils d’inventaire de l’entomofaune pastorale (Scarabaeoidea, Carabidae, Staphylinidae (INSECTA) et Lycosidae (ARACHNIDA)) qui s’appuient sur les méthodes dites “ADN environnementale” ou “eDNA”.

Ce travail consiste à (1) établir une base de référence moléculaire pour les taxons ciblés (séquençage des marqueur 16S), à (2) réaliser de tests sur le terrain sur l’attractivité et efficacité du dispositif et (3) à transférer les méthodes aux opérateurs de terrain. Chaque étape est validé par un comité pilotage, compose de chercheurs et de gestionnaires d’espaces naturels représentant chacun des parcs partenaires.

ScaraB'Obs : Étude & Conservation des Scarabaeoidea Laparosticti de France (en cours)

ScaraB'Obs est un projet de recherche conduit par l’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés du CEFE (UPVM3 - CEFE) et en partenariat avec des agents de Conservatoires d'Espaces Naturels, Parcs Naturels et associations entomologiques. Il vise à lever les verrous scientifiques et sociétaux qui actuellement nous empêchent de préserver efficacement la biodiversité ordinaire et d’en évaluer objectivement l’état de conservation. Son principal objectif : de créer un observatoire dynamique sur la faune coprophage de France.
Mais pourquoi protéger les insectes et particulièrement les bousiers ? Regardez le film «Hervé le bousier» pour comprendre ! Pour en savoir plus, allez sur www.scarab-obs.fr

Résumé de Thèse (soutenue en 2018) :     
        "Conservation de la biodiversité ordinaire : enjeux scientifiques & sociétaux"

        "Challenges for the conservation of ordinary biodiversity: scientific & social stakes"

En regardant de près les outils juridiques et autres leviers, pour la conservation de la biodiversité, il semblerait que les invertébrés, et notamment les insectes, soient minoritaires ou absents. Ce constat est d’autant plus paradoxal lorsque l’on sait que 2/3 de la diversité biologique est composée par des insectes. Comment cette diversité essentielle pour le fonctionnement des écosystèmes se retrouve-t-elle dans l’angle mort de la conservation ?

La première réponse avancée est le manque d’outils techniques pour étudier ces organismes petits et relativement insaisissables. La rencontre avec les nouvelles méthodes techniques pour la détection et l’étude des insectes est plus que jamais nécessaire. En effet, ces leviers permettront de faciliter l’étude de ces organismes, d’augmenter les connaissances et ainsi de développer une conservation plus adéquate. Nous évoquerons deux approches en particulier : la détection avec des outils moléculaires et l’utilisation de modèles statistiques pour l’exploration de la distribution potentielle des espèces.

Mais les connaissances sont également fondées sur la demande sociétale. Et les connaissances alimentent elles-mêmes les outils de protection et de conservation de la biodiversité. À l’échelle des invertébrés, des disparités existent, privilégiant les « grands papillons bleus » aux « petits diptères marrons ». De fait, l’enjeu le plus important pour déverrouiller la conservation des insectes réside dans l’humain et la perception qu’il a de cette biodiversité. À travers une approche de psychologie de la conservation, nous sonderons la perception du grand public sur les insectes. De même, avec une approche de recherche-action-participative, nous tenterons d’engager divers acteurs vers la conservation d’un groupe d’insectes ordinaires : les coléoptères coprophages. Notre volonté est de proposer des moyens pour sensibiliser, éduquer et engager la société dans cet enjeu majeur qu’est la conservation de l’entomofaune.

Mots clés : Conservation des insectes ; Coléoptères coprophages ; perception ; ADN environnemental ; modèles de processus de points ; recherche-action

Directeur de thèse : Pierre Jay-Robert (CEFE – UPVM3)
ED 60 – contrat 2015-2018

PhD candidate

I'm a PhD student interested in developing statistical tools to model ecological process as reliably as possible. Especially I'm currently working with automatically processed sensor data. These data may come from camera traps, autonoumous recoring units for acoustic, or RFID tags. As these data are mass genereted, they are sometimes processed automatically by Deep Learning algorithms as Convolutional Neural Networks. However, using these DeepLearning outputs as error-free predictions and introducing them into ecological models can bias inferences. My objective is to propagate uncertainties from automated treatment of massive data into models in ecology.

Supervisors: Olivier GIMENEZ (CEFE, CNRS) et Marie-Pierre ETIENNE (IRMAR, Institut Agro Rennes-Angers)

Contact information

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CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

Chargée de Recherche

My research interests include mechanisms that promote phenotypic variation as well as potential for and constraints on adaptation, framing those questions at the edge between evolutionary and conservation biology. 

Ingénieure d’études – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)

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LinkedIn : https://www.linkedin.com/in/cyrielle-ballester/

ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Cyrielle-Ballester

J’ai rejoint l’équipe HAIR en intégrant le projet MAPE (réduction de la Mortalité Aviaire sur les Parcs Eoliens) en mars 2022. Je travaille sur l’évaluation des SDA (Systèmes de Détection Automatisé) qui sont mis en place sur les parcs éoliens terrestre dans le but de réduire la mortalité aviaire par collision. J’ai notamment coordonné une phase de test de protocoles d’évaluation des performances de ces SDA (volet WP4P2 : https://mape.cnrs.fr/le-projet/contenu-du-projet/).

Directeur de recherche CNRS

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

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A l’interface entre écologie fonctionnelle et écologie des communautés, je cherche à comprendre les causes de variation de la biodiversité, aussi bien à l’échelle locale que continentale, et l’effet de changements de la biodiversité sur la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes.

CNRS Researcher

Address:

CEFE/CNRS,Campus du CNRS
1919, route de Mende,34293 Montpellier cedex 5

Phone : +33/0 4 67 61 32 60

E-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. ou Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

I study visual communication at various scales: color perception, role of coloration in communication/camouflage, informative content of signals, evolution of signal design at large evolutionary scale. At the frontier between biology and physics, I study complex optical phenomena in birds and butterflies.

Directeur de Recherche (CNRS)

 CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier Cedex 5

tél : +33 4 67 61 32 42
fax : +33 4 67 61 33 36

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Thèmes de recherche

Mes travaux portent sur la caractérisation de la diversité fonctionnelle des végétaux, abordée essentiellement par l’étude de leurs traits fonctionnels.

ATER – Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE)

 Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. - https://orcid.org/0000-0002-1912-6995

ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Jan-Perret

 Je travaille sur l’amélioration des méthodes de suivi des populations de plantes. Je me concentre particulièrement sur les deux principales sources d’incertitude des suivis de population : les plans d’échantillonnage et les erreurs d’observation. Selon les questions de recherche, j’utilise des approches expérimentales (tests sur le terrain) ou des approches plus théoriques avec des simulations informatiques.

CEFE- RDC, Aile B, bureau 3

33(0)467633265

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RESEARCH

My research is framed around a comparative exploration of the role of multiple environmental drivers in shaping species distributions and diversity at multiple spatial and temporal scales. Most of my research is structured on the combined use of ecoinformatics methods (statistical analysis of large data sets) and naturalist expertise to understand empirical patterns of community composition in space and time. My main active axes of research include :  

- functional biogeography of seabirds in the Southern ocean. I try to explain and predict the composition of seabird assemblages with spatial models calibrated with environmental factors, trophic interactions and species traits. The project relies on a large-scale bird counts protocol from ships and statistical model of multiple data types. See the C-BIRDS project and thesis.

-  understanding spatial patterns of vertebrates distributions and assemblage compositions. Relying on various opportunistic or protocoled data sources at multiple spatial scales, I investigate the determinants of spatial patterns in vertebrate distributions and assemblage composition through spatial models based on proxies of historical and contemporary processes. See for instance he MALPOLONdatabase.

- Ecoacoustics and community ecology. Several active projects focus on the relationship between bird community composition and the characteristics of soundscapes at multiple spatial and temporal scales, in order to explore the acoustic environment in which species interact and its changes with current land-use and climatic dynamics. See the ACOUCENEproject (2022 - 2025, FRB/CESAB)

COLLABORATIVE WORK 

Most of my interactions with biodiversity stakeholders are focused on data analysis to answer questions relative to the monitoring of human impacts on biodiversity at a regional or landscape scale.

- Ecological data analysis. I am involved in initiatives to foster interactions between scientific and non scientific stakeholders with respect to data-based ecological monitoring and expertise. See the website of the CISSTATnetwork. 

- Analysis of land use influences on common bird assemblages in southern France. I investigate the impact of land use and habitats on the temporal dynamics of local bird assemblages with opportunistic and protocoled data (collaborations with the Ligue pour la Protection des Oiseaux - PACA). 

- Wildlife road casualties. I work with the Ligue pour la Protection des Oiseaux and the CEREMA to explain and predict spatial patterns in road casualites. We exploit jointly multiple sources of protocoled, non-protocoled and citizen science data to identify mortality hotspots and explanatory factors, with the final aim to inform public policies on the mitigation of traffic impact on vertebrates. See the final report of the COCPITT project (2020-2023).

 - Interacting imprints of climate change and land use on biodiversity. Using multiple taxa and scales, I investigate how species' responses to historical and present land use change interact with their responses to climate change. See the LANDBIO project (2022 - 2023, OFB - french ministry of ecology)

TEACHING

Most of my teaching activity is embedded within the program of the Ecole Pratique des Hautes Etudes.

- Data analysis for ecologist : a three-weeks course dedicated to biodiversity stakeholders, framed on the practical use of statistical methods and the R software in ecological monitoring. 

- Environmental law and policy : I drive a one-week course to introduce environmental public policies to scientific ecologists, involving speakers from various authorities and decision levels and practical training to improve students' written and verbal interactions with non-scientific stakeholders.

- Methods for ecological monitoring : a two-weeks course with Aurélien Besnard, mainly dedicated to master students and biodiversity stakeholders, to improve their skills and critical thinking in advanced numerical methods for ecology, including species distribution modeling, population dynamics, sampling design and analysis of diversity indices.

- Environmental changes and ecological science :I contribute to several courses on global changes and environmental monitoring. My teaching is focused on the interactions between science and society through several lenses including epistemology and governance / spatial planning.

PhD student – University of Montpellier

I’m a PhD student interested in animal behaviour and cognition, and how they translate into the spatial and demographic dynamics of populations. During my PhD, I focus on the interplay between individual movements and the dynamics of population networks through two case studies: 1) migratory connectivity and its relationship with the demography of migratory populations; 2) informed dispersal and its implications for the structuring and the stability of larid colonies. Linking individual and population-level processes leads me to draw on methods from both behavioural ecology and population biology.

Supervisors: Pierre-André CROCHET (DR, CNRS), Aurélien BESNARD (DE, EPHE).

Contact information

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Orcid: https://orcid.org/0000-0002-0316-5041
CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

Thèse soutenue le 12 novembre 2020 (2017-2020)   http://www.theses.fr/s212983   CEFE-CNRS 1919, route de Mende 34293 Montpellier 5

Sujet de thèse :

Déterminisme environnemental de la fécondité du chêne vert

Encadrement :

Directrice : Isabelle CHUINE (CNRS – UMR CEFE - FORECAST)
Co-encadrant : Jean-Marc LIMOUSIN (CNRS – UMR CEFE - FORECAST)
Co-encadrant : Samuel VENNER (CNRS – UMR LBBE - Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés)

Financement :

Ingénieure des Ponts, des Eaux et des Forêts en formation doctorale (Ministère chargé de l’écologie)

Résumé :

Le changement climatique exerce une pression croissante sur les forêts du monde entier, et ses impacts potentiels sur la fécondité des arbres sont encore mal compris. De nombreuses espèces d'arbres forestiers se reproduisent suivant des patrons de fructification intermittente et synchronisée entre les individus, dits de masting, dont les déterminants complexes doivent être identifiés pour comprendre l'effet du climat sur la fécondité des arbres forestiers.

Cette thèse a comme objectif général d'approfondir notre connaissance des déterminants environnementaux de la fécondité des arbres forestiers et de leurs interactions, en se focalisant sur le chêne vert, une espèce très répandue en milieu méditerranéen. Elle a aussi pour objectif de déterminer comment la fécondité du chêne vert pourrait être affectée par le changement climatique, et de développer un modèle basé sur les processus capable de prédire cet impact.Ce travail de thèse a donc combiné des analyses de suivis à long terme dans une forêt de chêne vert soumise à une manipulation des précipitations*, des expérimentations de manipulation des relations sources-puits pour l'allocation des ressources à la reproduction à l'échelle individuelle, et de la modélisation.

J'ai montré que la reproduction était fortement régulée par les conditions météorologiques durant le cycle reproducteur, et en particulier par la disponibilité en eau en été-automne, et dans une moindre mesure par la disponibilité en carbone et nutriments ainsi que par la compétition entre fruits et nouveaux bourgeons. Mes résultats expérimentaux montrent que l'allocation de ressources à la reproduction peut être modifiée en cas de limitation des ressources par une défoliation ; et que les fruits en développement ont un impact négatif sur les dynamiques des réserves en azote et en zinc dans les branches ainsi que sur la production des fleurs femelles l'année suivante. Les observations en forêt indiquent qu'une réduction continue des précipitations sur plusieurs années induit une diminution du nombre de fruits produits, indépendamment des effets de la variabilité interannuelle et sans que les arbres semblent être capables de s'y acclimater. Enfin, j'ai développé, au sein du modèle de fonctionnement de l'arbre PHENOFIT, un modèle de fécondité se basant sur les hypothèses et résultats issus de mes travaux et de la littérature.

* Cette partie est basée sur l’analyse de données de floraison et de fructification collectées sur la station expérimentale de Puéchabon (http://puechabon.cefe.cnrs.fr/) depuis 1984, et qui offrent un recul très rare sur l’évolution des dynamiques de fécondité chez les arbres forestiers.

PhD Title:

Drivers of holm oak fecundity

Abstract:

Climate change is placing increasing pressure on forests around the world, and its potential impacts on the reproductive capacity of individuals are yet poorly understood. Many forest tree species reproduce following so-called masting patterns, in which seed production is intermittent and synchronized among individuals, whose drivers need to be identified in order to better understand the impact of climate on the fecundity of forest trees.

The general objective of this thesis is to deepen our knowledge of the environmental drivers of the fecundity of forest trees and their interactions, by focusing on the holm oak, a widespread species in the Mediterranean basin. It also aimed to determine how fecundity could be impacted by climate change, and to develop a process-based model capable of predicting this impact. This thesis work combines analyses of long-term monitoring in a holm oak forest exposed to a rainfall exclusion experiment*, experimental manipulations of source-sink interactions involved in the resource allocation to reproduction, and modelling.

I have shown that reproduction was strongly regulated by weather conditions during the reproductive cycle and in particular by the water availability in summer-autumn, and to a lesser extent by the availability of carbon and nutrients, as well as by competition between fruits and new buds. My experimental results show that the allocation of resources to reproduction could be modified in case of resource limitation due to defoliation; and that developing fruits have a negative impact on the dynamics of nitrogen and zinc reserves in branches, as well as on the production of female flowers the following year. Long-term observations show that multi-year rainfall reduction induce a decrease in the number of fruits produced which is additional to the interannual variability and that tree reproduction does not acclimate to drought. Finally, within the PHENOFIT model, I have developed a fecundity model based on the assumptions and results from my work and from the literature.

*Data analyzed in this project were mainly collected at the Puéchabon long-term monitoring site: http://puechabon.cefe.cnrs.fr/

Publications :

6. Le Roncé I., Dardevet E., Venner S., Schönbeck L., Gessler A., Chuine I. et Limousin J.-M., 2023. « Reproduction alternation in trees: testing the resource depletion hypothesis using experimental fruit removal in Quercus ilex ». Tree Physiology,tpad025. https://doi.org/10.1093/treephys/tpad025

5. Le Roncé I., Gavinet J., Ourcival J.-M., Mouillot F., Chuine I., et Limousin J.-M., 2021. « Holm oak fecundity does not acclimate to a drier world ». New Phytologist,231: 631–645.https://doi.org/10.1111/nph.17412.

4. Le Roncé I., Toïgo M., Dardevet E., Venner S., Limousin J.-M. et Chuine I., 2020. « Resource manipulation through experimental defoliation has legacy effects on allocation to reproductive and vegetative organs in Quercus ilex ». Annals of Botany, 126: 1165–1179. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa137

3. Joffard N., Le Roncé I., Langlois A., Renoult J., Buatois B., Dormont L., et Schatz B. 2020. « Floral trait differentiation in Anacamptis coriophora: phenotypic selection on scents, but not on colour ». Journal of Evolutionary Biology, 33: 1028–1038. https://doi.org/10.1111/jeb.13657

2. Chapurlat É., Le Roncé I., Ågren J., et Sletvold N. 2020. « Divergent selection on flowering phenology but not on floral morphology between two closely related orchids ». Ecology and Evolution, 10: 5737–5747. doi: https://doi.org/10.1002/ece3.6312

1. Schermer, É., Bel‐Venner M.‐C., Gaillard J.‐M., Dray S., Boulanger V., Le Roncé I., Oliver G., Chuine I., Delzon S., et Venner S. 2019. « Flower Phenology as a Disruptor of the Fruiting Dynamics in Temperate Oak Species ». New Phytologist, 225: 1181-1192. https://doi.org/10.1111/nph.16224

PhD candidate – EPHE, IMBE, CEN PACA

Long-lived predatory birds ecology, demography and movement.

I am interested in the population dynamics of long-lived (seabirds and raptors). I study how demography and behavioural mechanisms such as movement are influenced by inter- and intraspecific relationships and the environment (climate, weather, habitat). The aim of my PhD thesis is to investigate the relationship between individual movement and demographic variability in the French population of the Bonelli's eagle (Aquila fasciata).

Supervisors: Aurélien Besnard (DE, EPHE) & Alexandre Millon (MCF, HDR, IMBE).
Co-supervised by Cécile Ponchon (CEN PACA).

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