Chercheur ( CIRAD)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél. : +33/0 4 67 61 32 34
Fax : +33/0 4 67 41 21 38

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Mots-clés : Organisme biologique : Sorgho - Milieu : Cameroun, bassin du lac Tchad - Discipline : Génétique des populations, génétique statistique -Thématique : Diversité, évolution et adaptation des plantes cultivées - Autres mots-clés : agrobiodiversité, interactions bioculturelles, sorgho repiqué, histoire évolutive, changement climatique, adaptation, Sahel

Travaux de recherche

Mes activités de recherche portent sur l’étude de la diversité et de l’adaptation du sorgho dans les agrosystèmes sahéliens, principalement dans le nord du Cameroun et dans le bassin du lac Tchad. Cette zone géographique renferme une large diversité de sorgho, composée d’un grand nombre de variétés cultivées en saison de pluies (sorgho pluvial) et de variétés cultivées en saison sèche (sorgho repiqué). Cette culture est également le centre de divers intérêts, de part son ancrage historique et culturel au sein des communautés humaines, et de part ses utilisations dans l’alimentation et dans les échanges sociaux et commerciaux. Elle joue un rôle important sur le plan de la sécurité alimentaire en région sahélienne.

La structure et la dynamique spatio-temporelle de la diversité de cette espèce cultivée, de même que son évolution adaptative, dépendent de différents facteurs en interaction. Parmi ces derniers figurent les facteurs biologiques et génétiques (système de reproduction, base génétique des traits adaptatifs, etc), les facteurs humains et sociaux (pratiques agricoles, organisation sociale des échanges de semences, usages et pratiques culturelles en lien avec la gestion de la diversité végétale et son utilisation, etc), et les facteurs environnementaux (fluctuations climatiques, cycles saisonniers, contraintes physiques du milieu, etc). La compréhension des liens complexes entre ces différents facteurs et de leur impact sur la diversité, l’évolution et l’adaptation des plantes cultivées est intéressante, à la fois pour notre connaissance des ressources génétiques que constituent les populations cultivées, mais aussi pour mieux comprendre le potentiel et les bases de l’évolution des agrosystèmes à base de sorgho dans un contexte caractérisé notamment par des changements sociaux et des changements environnementaux.

L’approche développée pour ces recherches est basée notamment sur les outils moléculaires, la génétique des populations, l’étude de la relation entre l’agrobiodiversité et les facteurs humains et sociaux, la génétique d’association et l’étude de gènes impliqués dans l’adaptation, la modélisation et l’inférence de l’histoire évolutive. Cette approche sera construite dans une interdisciplinarité complète, intervenant à la fois dans la formulation des questions de recherche et dans le développement méthodologique, en relation avec des biologistes et des chercheurs en sciences humaines et sociales. 

Quatre axes majeurs sont développés dans le cadre de ces travaux :

1)   Structuration et dynamique de la diversité du sorgho en lien avec les facteurs sociaux et les facteurs environnementaux ;

2)   Histoire évolutive du sorgho dans le bassin du lac Tchad ;

3)   Diversité adaptative et bases génétiques de l’adaptation du sorgho aux variations climatiques ;

4)   Potentiel d’adaptation des agrosystèmes sahéliens à base de sorgho en réponse aux changements climatiques.

Publications

1)      Articles scientifiques

·         Vigouroux Y, C Mariac, JL Pham, B Gérard, I Kapran, F Sagnard, M Deu, J Chantereau, A Ali, J Ndjeunga, V Luong, AC Thuillet,AA Saïdou, and G Bezançon (2011). Selection for earlier flowering crop associated to climatic variations in the Sahel. PLoS ONE 6(5): e19563.

·         Mariac C, L Jehin,AA Saïdou, AC Thuillet, M Couderc, P Sire, H Jugdé, H Adam, G Bezançon, JL Pham, and Y Vigouroux (2011). Genetic basis of pearl millet population adaptation along an environmental gradient investigated by a combination of genome scan and association mapping.Mol Ecol.20 : 81-91.

·         Saïdou AA, C Mariac, V Luong, JL Pham, G Bezançon, and Y Vigouroux (2009). Association studies identify natural variation at PHYC linked to flowering time and morphological variation in pearl millet. Genetics 182 : 899-910.

·         Saïdou AA, AC Thuillet, M Couderc, C Mariac, and Y Vigouroux. Association studies including genotype by environment interactions : prospects and limits. Submitted

·         Saïdou AA, J Clotault, M Couderc, C Mariac, KM Devos, AC Thuillet, IA Amoukou, and Y Vigouroux. Patterns of linkage disequilibrium and association mapping in the vicinity of phytochrome C gene in pearl millet. In project.

2)      Communications orales

·         Saïdou AA, C Mariac, V Luong, JL Pham, G Bezançon and Y Vigouroux. Détection de gènes associés à la variation du cycle de floraison chez une céréale majeure des zones semi-arides. Journées scientifiques du réseau Biotechnologies végétales et amélioration des plantes (BIOVEG). Agence universitaire de la francophonie. Rennes, France, 30 Juin-03 Juillet 2008. In : Actes du colloque BIOTECH, p. 115. Montréal, AUF, 2008.

·         Saïdou AA, C Mariac, V Luong, JL Pham, G Bezançon, IA Amoukou, S Hamon, and Y Vigouroux. Développement d’approches de génétique d’association : nouvelles perspectives pour l’étude de la base génétique des phénotypes d’intérêt chez les plantes orphelines. Animations scientifiques du réseau Biotechnologies végétales et amélioration des plantes (BIOVEG). Agence universitaire de la francophonie. Dakar, Sénégal, 10-13 Novembre 2009.

·         Saïdou AA, AC Thuillet, M Couderc, C Mariac, and Y Vigouroux. Association studies including genotype by environment interactions: Prospects and limits. Plant and Animal Genome conference (PAG). San Dieogo, USA. 15-19 Janvier 2011. W458 : Population and Conservation Genomics.

3)      Mémoires diplômants

·         Saïdou AA(2010). Etude moléculaire, évolution et caractérisation de gènes impliqués dans l'adaptation du mil (Pennisetum glaucum [L.] R. Br.) aux changements climatiques. Thèse de doctorat de SupAgro Montpellier et de l’université Abdou Moumouni de Niamey, 188 p.

·         Saïdou AA(2007). Développement de méthodes de génétique d’association et application à l’analyse de la qualité et de la floraison chez le mil. Mémoire de Master, Agrocampus-Rennes et Université Rennes 1, 28 p.

Enseignement

·         Rédaction de mémoires bibliographiques (Encadrement de travaux d’étudiants). Module  « génétique des populations et conservation de la biodiversité », cycle ingénieur agronome. SupAgro Montpellier (2010). 

·         Travaux pratiques de génétique d’association (logiciel R). Cycles ingénieur APIMET/SEPMET. SupAgro Montpellier (2010 et 2011).