Benjamin BORGY

Post-DoctorantBenjamin Borgy

CEFE - UMR5175
1919 Route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

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tel: 04.67.61.33.40

 

Mes recherches sont centrées sur l’assemblage, la dynamique et le fonctionnement des communautés végétales à travers des approches d’analyses de données et de modélisation.

Actuellement en post-doctorat au sein du projet DIVGRASS (FRB-CESAB), mon travail consiste en la synthèse et l’analyse de la diversité végétale et du fonctionnement des prairies permanentes en France. Je m’intéresse tout particulièrement à identifier comment les patrons de diversité fonctionnelle, à l’échelle de la communauté, s’organisent le long de gradients pédo-climatiques.

Mes travaux de thèse s’intéressent à l’assemblage et la dynamique des communautés d’adventices à travers des approches par modèles nuls et Markoviens.

 


 

         Publications :

-          BORGY B., GABA S., PETIT S. & REBOUD X. (2012) Non-random distribution of weed species abundance in arable fields. Weed Research, 52:1451-1457; DOI: 10.1111/j.1365-3180.2012.00920.x

-          REBOUD X., GABA S., BORGY B., BONNEAU M., DELOS M. & FRIED G. (2013) Que nous disent les réseaux d'observatoires sur les réactions de la flore adventice aux évolutions des pratiques agricoles ? Innovations Agronomiques, 28:127-140.

-          BORGY B., GABA S., PEYRARD N., SABBADIN R. & REBOUD X. Weed dynamics buried in the bank: the use of Hidden Markov Model to estimate life history traits from emerged flora time series (in prep).

-          BORGY B., REBOUD X. & GABA S. Extend swap algorithm in null model to investigate species assembly patterns in abundance class matrices (in prep).

-          BOURGEOIS A., GABA S., MUNIER-JOLAIN N., BORGY B., MONESTIEZ P. & SOUBEYRAND S. (2012) Inferring weed spatial distribution form multi-type data. Ecological Modelling, 226:92-98; DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2011.10.010

 

    Communications :

-          BORGY B. & the DIVGRASS consortium – Trait - Environment relationships in French permanent grasslands: the search of environmental drivers . INTECOL2013, aout 2013, London.

-          BORGY B., GABA S., PEYRARD N., SABBADIN R. & REBOUD X. – Identification des traits d’histoire de vie des espèces adventices par l’utilisation d’un modèle de Markov caché et de séries de flore levée. Le Réveil du Dodo IV, mai 2012, Dijon.

-          GABA S., AMIAUD B., BRETAGNOLLE V., LE GUILLOUX M., BORGY B., FRIED G. & PETIT S. – Les communautés des agro-écosystèmes ont-elles les mêmes règles d’assemblage que les communautés des milieux naturels ? Ecologie 2010, septembre 2010, Montpellier.

 

     Thèse :

       Dynamique et assemblage des communautés adventices : Approche par modélisation statistique (INRA, Agroécologie [ex BGA], Dijon. Superviseur : Xavier Reboud).

Iván PRIETO

Post-doctorantIvan Prieto

CEFE / CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

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Intérêts

I am a plant ecologist interested in plant water relations and plant-soil interactions. My previous work has focused mainly in the process of hydraulic redistribution within plant roots, its mechanisms and its effects on plant physiology and development in water-limited systems. I also studied its effects on root growth, root colonization and root water transport. Recently, I have gained interest in the study of functional traits to gain knowledge on the belowground portion of plant communities and how these interact with soil processes. My recent research focuses on the study of root functional traits at a community level and how these traits affect soil C storage and hydraulic redistribution.

 

Thèmes de Recherche

Whether root functional traits affect soil processes has rarely been considered although roots may represent up to 87% of the total plant biomass and are the main entrance of C in the soil. My recent postdoctoral project is focused on contributing to the understanding of carbon and water cycles in crop-forest systems and what ecosystem services these provide. In this context, I will carry out a detailed analysis of plant rooting patterns and growth, roots being one of the drivers of underground ecosystem processes. More specifically, I aim to test whether plant root traits differ spatially along the vertical soil profile within and between different plant communities and to investigate the impact of shallow and deep root traits on mechanisms controlling soil C storage and hydraulic redistribution.

 

Publications

Prieto I, Ryel RJ, Pugnaire FI. Surviving the summer drought: water-use strategy in a semi-arid shrub species (Submitted to Functional Plant Biology)

9. Prieto I, Ryel RJ (2013) Hydraulic redistribution helps maintain hydraulic conductivity during drought. Tree Physiology (Accepted)

8. Schöb C, Prieto I, Armas C, Pugnaire FI (2013) Consequences of facilitation: one plant’s benefit is another plant’s cost. Functional Ecology (In Press)

7. Schöb C, Armas C, Guler M, Prieto I, Pugnaire FI (2013) Intra-specific variability in benefactor traits mediate positive interactions along opposing stress gradients. Journal of Ecology101:753–762

6. Prieto I, Armas C, Pugnaire FI (2012) Hydraulic lift promotes selective root foraging in nutrient-rich soil patches. Functional Plant Biology. 39: 804-812

5. Prieto I, Armas C, Pugnaire FI (2012) Water release through plant roots: new insights on its consequences at the plant and ecosystem level. New Phytologist. 193: 830:840 (Tansley review)

4. Querejeta JI*, Egerton-Warburton LM*, Prieto I*, Vargas R, Allen MF (2012) Changes in soil hyphal abundance and viability can alter the patterns of hydraulic redistribution by plant roots. Plant and Soil. 355: 63-73 *These authors contributed equally to the paper

3. Prieto I, Padilla FM, Armas C, Pugnaire FI (2011) The role of hydraulic lift on seedling establishment under a nurse plant species in a semi-arid environment. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics, 13: 181– 187

2. Prieto I, Martínez-Tillería K, Martínez-Manchego, L, Montecinos S, Pugnaire FI, Squeo FA (2010) Hydraulic lift through transpiration suppression in shrubs from two arid ecosystems: patterns and control mechanisms. Oecologia 163:855–865

1. Prieto I, Kikvidze Z, Pugnaire FI (2010) Hydraulic lift: soil processes and transpiration in the Mediterranean leguminous shrub Retama sphaerocarpa (L.) Boiss. Plant and Soil 329:447-456

 

Thesis and Master

Prieto I. (2010) Hydraulic redistribution patterns and its importance in arid zones. PhD. University of Almeria

Prieto I. (2007) Hydraulic lift: patterns and ecological implications for a Retama sphaerocarpa community and its associated species in Almeria province (Spain). Master thesis. University of Almeria

 

Non Indexed publications

Prieto I. (2011) Patrones de redistribución hidráulica y su importancia en zonas áridas. Ecosistemas

 

When not at work I enjoy photography and motorcycling

 

 

Marie-Angélique LAPORTE

Doctorante 

altCEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

tél : 33 (0)4 67 61 32 28
fax : 33 (0)4 67 61 33 36

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Intérêts personnels

Mes travaux portent sur l’intégration de données en écologie et plus particulièrement sur la mise en place de standards pour les représenter. Pour cela, je m’intéresse aux technologies du Web Sémantique dont les thésaurus et les ontologies sont des composantes phares.

 

Thèmes de recherche

Ma thématique principale de recherche se situe dans le domaine de l’écoinformatique à l’interface entre l’écologie et l’informatique.

Les changements globaux induits par l'activité humaine altèrent la biodiversité. Nous faisons l'hypothèse que les impacts des activités humaines sur la biodiversité, la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes peuvent être appréhendés par l’intermédiaire des traits des espèces, définis comme «tout caractère morphologique, physiologique ou phénologique mesurable sur un individu, de la cellule à l’organisme entier».

Le problème principal rencontré par de nombreux experts en écologie porte sur la difficulté de partager et d'intégrer l'information du fait de l'hétérogénéité des données. Afin de privilégier une meilleure compréhension des données portant sur les traits fonctionnels des plantes,il est donc nécessaire de définir des standards pour les représenter, avec une implication forte de la communauté. L’objectif de ma thèse a donc été de mettre en œuvre la construction de deux standards de données, un terminologique (Thésaurus Trait) permettant d’unifier et de désambiguïser les termes du domaine, et un ontologique (PLAnt Trait ONtology PLATON) permettant de raisonner sur les données afin d’en faire émerger de nouvelles connaissances. Ces deux standards respectent les standards préconisés dans le cadre du Web Sémantique favorisant leur exploitation en synergie avec des standards de domaines connexes.

Afin de guider les experts du domaine des traits fonctionnels dans la construction du Thésaurus Trait, un outil  générique, Thesauform, dédié à la construction collaborative de thésaurus a été développé et utilisé. Le thésaurus en cours de finalisation sera rendu disponible à la communauté entière sur le Web sous forme d’un thésaurus SKOS. La construction de l’ontologie PLATON s’adosse à la fois sur le Thésaurus Trait et sur l’ontologie de haut niveau OBOE (Extensible Observation Ontology). L’exploitation en synergie du Thésaurus Trait et de PLATON permet de tirer pleinement avantage de ces deux standards. Enfin, afin de relier les types biologiques aux mesures de traits, PLATON sera utilisé pour intégrer deux bases de données hétérogènes BasEco et PlanTraits.

 

Enseignement

2011 : TD FLBI366 : Technologie de l’ADN recombinant. L3 Université Montpellier 2.

2010 : TD FMIN366 : Information biologique – Systèmes de connaissances en biologie. M2 Université Montpellier 2.

 

Publications

                Articles scientifiques

Laporte M.-A., Mougenot I., Garnier, E. (submitted). ThesauForm – Traits : a web based collaborative tool to develop a thesaurus for plant functional diversity research.

Laporte, M.-A., Garnier, E.,  Mougenot, I. (2011) Construction collective de standards de données en écologie Standards de données en écologie. Proceedings of Journées Francophones sur les Ontologies (JFO 2011).

Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. Proceedings of REsource Discovery (RED 2011), Worshop at the Extended Semantic Web Conference, Heraklion .

Rouard M., Guignon V., Aluome C., Laporte M-A., Droc G., Walde C., Zmasek C.M., Périn c., and Conte M.G. (2011). GreenPhylDB v2.0: comparative and functional genomics in plants. Nucleic Acids Res. 39:D1095-D1102.

                Posters

Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. 12th Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathémathiques (JOBIM), Paris

Laporte M-A., Mougenot I., Garnier E. (2009). TermForm: an online Web application as a prerequisite for sharing functional trait ontology building. TDWG Conference 2009, Montpellier.

 

 

PROGRAMMES DE RECHERCHE

Programmes en cours :


-    "Cascade" INSU CNRS (2012-2015): Interactions trophiques et fonctionnement des écosystèmes terrestres: une approche fonctionnelle et chimique.

-    Méta-programme INRA ACCAF – Projet CLIMAGIE (2012-2015): Analyse et valorisation des stratégies inter et intra-spécifiques pour adapter les prairies au changement climatique : amélioration génétique et intensification écologique.

-    FRB CESAB (2011-2013): Assembling, analysing and sharing data on plant functional diversity to understand the effects of biodiversity on ecosystem functioning: a case study with French Permanent Grasslands. Ajouter lien vers résumé

-   ANR ECOSFIX (2011-2013): Ecosytem services of roots – hydraulic redistribution, carbon sequestration and soil fixation.

-    Agropolis Fondation Rhizopolis (2011-2013): A federative project for plant root research.

-    ANR O2LA (2010-2013) : Organismes et Organisations Localement Adaptées .

-    FRB – RESPIRS (2010-2012) : Root Economics Spectrum and InfraRed Spectroscopy.

-    GESSOL  MEEDDM (2010-2012) : Préservation des sols viticoles méditerranéens et amélioration de leurs fonctions de régularisation des flux d’eau et de matières associées : répartition Spatiale dans un bassin versant de Pratiques Agricoles Adaptées et Acceptables (SP3A).

Normal 0 false false false EN-GB X-NONE X-NONE MicrosoftInternetExplorer4 Cascade: Interactions trophiques et fonctionnement des écosystèmes terrestres: une approche fonctionnelle et chimique" INSU CNRS 2012-2015.

Antoine GARDARIN

 

Post-doctorant

CEFE / CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

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Intérêts

Thèmes de Recherche

Publications