Doctorante
CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
tél : 33 (0)4 67 61 32 28
fax : 33 (0)4 67 61 33 36
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Intérêts personnels
Mes travaux portent sur l’intégration de données en écologie et plus particulièrement sur la mise en place de standards pour les représenter. Pour cela, je m’intéresse aux technologies du Web Sémantique dont les thésaurus et les ontologies sont des composantes phares.
Thèmes de recherche
Ma thématique principale de recherche se situe dans le domaine de l’écoinformatique à l’interface entre l’écologie et l’informatique.
Les changements globaux induits par l'activité humaine altèrent la biodiversité. Nous faisons l'hypothèse que les impacts des activités humaines sur la biodiversité, la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes peuvent être appréhendés par l’intermédiaire des traits des espèces, définis comme «tout caractère morphologique, physiologique ou phénologique mesurable sur un individu, de la cellule à l’organisme entier».
Le problème principal rencontré par de nombreux experts en écologie porte sur la difficulté de partager et d'intégrer l'information du fait de l'hétérogénéité des données. Afin de privilégier une meilleure compréhension des données portant sur les traits fonctionnels des plantes,il est donc nécessaire de définir des standards pour les représenter, avec une implication forte de la communauté. L’objectif de ma thèse a donc été de mettre en œuvre la construction de deux standards de données, un terminologique (Thésaurus Trait) permettant d’unifier et de désambiguïser les termes du domaine, et un ontologique (PLAnt Trait ONtology PLATON) permettant de raisonner sur les données afin d’en faire émerger de nouvelles connaissances. Ces deux standards respectent les standards préconisés dans le cadre du Web Sémantique favorisant leur exploitation en synergie avec des standards de domaines connexes.
Afin de guider les experts du domaine des traits fonctionnels dans la construction du Thésaurus Trait, un outil générique, Thesauform, dédié à la construction collaborative de thésaurus a été développé et utilisé. Le thésaurus en cours de finalisation sera rendu disponible à la communauté entière sur le Web sous forme d’un thésaurus SKOS. La construction de l’ontologie PLATON s’adosse à la fois sur le Thésaurus Trait et sur l’ontologie de haut niveau OBOE (Extensible Observation Ontology). L’exploitation en synergie du Thésaurus Trait et de PLATON permet de tirer pleinement avantage de ces deux standards. Enfin, afin de relier les types biologiques aux mesures de traits, PLATON sera utilisé pour intégrer deux bases de données hétérogènes BasEco et PlanTraits.
Enseignement
2011 : TD FLBI366 : Technologie de l’ADN recombinant. L3 Université Montpellier 2.
2010 : TD FMIN366 : Information biologique – Systèmes de connaissances en biologie. M2 Université Montpellier 2.
Publications
Articles scientifiques
Laporte M.-A., Mougenot I., Garnier, E. (submitted). ThesauForm – Traits : a web based collaborative tool to develop a thesaurus for plant functional diversity research.
Laporte, M.-A., Garnier, E., Mougenot, I. (2011) Construction collective de standards de données en écologie Standards de données en écologie. Proceedings of Journées Francophones sur les Ontologies (JFO 2011).
Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. Proceedings of REsource Discovery (RED 2011), Worshop at the Extended Semantic Web Conference, Heraklion .
Rouard M., Guignon V., Aluome C., Laporte M-A., Droc G., Walde C., Zmasek C.M., Périn c., and Conte M.G. (2011). GreenPhylDB v2.0: comparative and functional genomics in plants. Nucleic Acids Res. 39:D1095-D1102.
Posters
Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. 12th Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathémathiques (JOBIM), Paris
Laporte M-A., Mougenot I., Garnier E. (2009). TermForm: an online Web application as a prerequisite for sharing functional trait ontology building. TDWG Conference 2009, Montpellier.
Post-doctorant
CEFE / CNRS
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1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
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Intérêts
Thèmes de Recherche
Publications
- Friches méditerranéennes :
Les friches sont localisées à une trentaine de kilomètres au Nord de Montpellier (43°51 N, 3°56 E) en climat méditerranéen subhumide. Elles sont constituées d’une mosaïque de parcelles d’âges d’abandon différents (de 2 à 45 ans après arrachage de la vigne) situées au sein d’un espace de 4 x 4 km, sur des sols de texture et de propriétés physico-chimiques comparables. Les espèces herbacées sont dominantes dans toutes les parcelles. Les similarités de type de sol, de climat et de pool d’espèces font de ces friches un excellent modèle de chronoséquence pour l’étude des patrons et processus dans les successions secondaires.
- Domaine expérimental INRA de La Fage :
Domaine de 280 ha, localisé sur le plateau du Larzac (43°55’N, 3°05’E, altitude790m) sur une zone de parcours pâturée depuis 35 ans par un troupeau ovin. Nos travaux sur ce domaine porte sur l’étude de la réponse des espèces à différents gradients : pâturage, fertilisation et profondeur de sol induisant une forte variabilité de ressources hydriques et minérales.
- Jardins expérimentaux situés sur le terrain d’expérience du CEFE.
Des espèces méditerranéennes sont cultivées en monoculture ou en mélange, dans des conditions identiques. Ces dispositifs permettent d’étudier les caractéristiques intrinsèques des espèces et leurs effets sur le fonctionnement des écosystèmes.
- Le Domaine viticole du Chapitre
Ingénieur
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Mise en place et gestion de plusieurs sites expérimentaux à long-terme (jardin expérimentaux sur le terrain d’expérience du CEFE, sites d’observation de la végétation sur le Causse du Larzac.
An sein de l’équipe « Ecophysiologie Comparative du Système plante-sol » (ECOPAR) du Département « Fonctionnement des écosystèmes »
Les missions principales qui me sont demandées consistent à coordonner et mettre en œuvre des techniques expérimentales et analytiques permettant de comprendre le fonctionnement des espèces végétales et leur impact sur le fonctionnement des écosystèmes :
· Assure l’instrumentation des sites expérimentaux par l’installation de stations d’enregistrement automatique de données d’humidité et de température du sol.
· Développe et adapte de nouvelles techniques permettant d’étudier in natura la dynamique de croissance racinaire (installation de rhizotrons, étude de décomposition des racines, analyses morphologiques par analyse d’images avec le logiciel Winrhizo).
· Relevés de végétation (méthode des points quadrats) et suivis phénologiques.
· Rédaction de comptes rendus d’observations, d’expériences et de notes techniques.
· Encadrement et transfert du savoir–faire aux étudiants (Masters, doctorants, post doctorants) en ce qui concerne les techniques de terrain et d’analyses morphologiques et chimiques.
Participation aux programmes de recherche nationaux :
(ANR, FRB, Programme ECCO, RESPIRS)
Doctorante
CEFE/CNRS
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Mes travaux portent sur la diversité fonctionnelle des racines. Je m’intéresse particulièrement à son impact sur le stockage de carbone dans les sols des praires des Causses du Larzac (12) dans le cadre de ma thèse.
Thèse: Le stockage du carbone dans les sols des prairies méditerranéennes :
Impact de la diversité fonctionnelle des racines
Octobre 2010 - 2013
Encadrement : M.-L. Navas et C. Roumet
Financement : ADEME et Montpellier SupAgro
L’objectif général est de tester l’effet des traits fonctionnels des racines d’une communauté sur les processus de stockage de carbone.
L’étude est réalisée sur les communautés herbacées des parcours des Grands Causses (Domaine INRA de La Fage - Aveyron) situées sur un gradient de ressources et de profondeur de sol générant des structures de communautés très contrastées. Ce gradient constitue également un gradient de stocks de carbone et un stockage différentiel du carbone en fonction de la profondeur de sol.
Sur ce gradient, les traits fonctionnels des racines de la communauté seront reliés à différents processus liés au stockage de C : production et renouvellement racinaire, respiration des racines et leur vitesse de décomposition dans le but d’expliquer les différences de stocks de carbone dans les sols.
- Projets rattachés
Cette thèse s’intègre dans le projet RESPIRS, Root Economics SPectrum and InfraRed Spectroscopy, financé par la FRB, qui a pour objectifs de tester sur un grand nombre d’espèces tempérées, méditerranéennes et tropicales i) l’existence d’un schéma général de fonctionnement des racines permettant de prédire à partir de traits chimiques et morphologiques les vitesses de respiration et de décomposition racinaire, ii) les potentialités de la spectroscopie en proche infrarouge pour caractériser la diversité racinaire.
Elle s’intègre aussi dans le projet ECOSFIX, financé par l’ANR, sur les services écosystémiques des racines – redistribution hydrique, séquestration du carbone et fixation du sol.
Enseignement dans le module « Démarche expérimentale en écologievégétale » auprès d’élèves de 1ère année du cycle Ingénieur Agronome à Montpellier SupAgro.
Birouste M, Zamora-Ledezma E, Bossard C, et al. (2014) Measurement of fine root tissue density: a comparison of three methods reveals the potential of root dry matter content. Plant Soil 374:299–313. doi: 10.1007/s11104-013-1874-y
Birouste M, Kazakou E, Blanchard A, Roumet C (2012) Plant traits and decomposition: are the relationships for roots comparable to those for leaves? Ann Bot 109:463–72. doi: 10.1093/aob/mcr297
- Colloques
Birouste M., Navas M.L., Roumet C., Processes of carbon storage in grassland communities: influence of root functional diversity. INTECOL 2013, London, United Kingdom, 18-23 august 2013.
- Rapports