Biogéographie et Ecologie des Vertébrés

Anne-Laure FERCHAUD

Publication : 14 décembre 2011

altAncienne post-doctorante ATER

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél. : +33 (0)4 67 61 32 54
Fax :+33 (0)4 67 61 33 36

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Mots-clés : génétique de la conservation, structuration génétique, ADN mitochondriales, microsatellites, phylogéographie, datation moléculaire, histoire évolutive, fragmentation de l’habitat, Reptiles, Vipera, Iberolacerta.

Discipline : de la phylogénie à la génétique du paysage

Approche : terrain + laboratoire (biologie moléculaire)

Techniques : extraction de l’ADN, amplification de l’ADN (PCR), séquençage, génotypage microsatellites, analyse de séquences, reconstructions phylogénie, datation moléculaires simulations par coalescence, méthodes d’Approximate Bayesian Computation.

 

Recherche

Dans un contexte de changement global et de conservation de la biodiversité, c’est une priorité de conserver et protéger la biodiversité et les espèces en général. Mais il est encore plus important de comprendre et essayer de maintenir les processus évolutifs et les fonctions de cette biodiversité. C’est pourquoi mes intérêts scientifiques se portent principalement sur la compréhension de l’histoire évolutive des espèces. Comment les espèces atteignent leur distribution actuelle ? Quels facteurs peuvent influencer leur distribution ?

Je m’intéresse plus particulièrement à la distribution de la diversité génétique des espèces. De ce fait, j’utilise la biologie moléculaire pour répondre à des questions posées par la biologie des espèces. Afin de saisir l’impact relatif de facteurs historiques (fluctuations climatiques, formation de massifs montagneux) et de facteurs contemporains (activités anthropiques, fermeture du milieu…) l’analyse conjointe de différents marqueurs moléculaires (évoluant à différentes vitesse) est indispensable ;

-l’analyse de séquences mitochondriales me permet d’inférer une histoire évolutive entre espèces proches ou entre sous-espèces

-alors que l’analyse de marqueurs à évolution plus rapide tels que les microsatellites me permet de résoudre des questions de divergence entre populations et intra population

Mon domaine de recherche s’étend donc depuis la phylogéographie à la génétique du paysage en passant par la génétique des populations avec notamment des applications en biologie de la conservation, cela comprend ;

-des datations moléculaires

-des tests de scénarios biogéographiques (par simulations de coalescence et méthodes ABC « Approximate Bayesian Computation »)

-identification d’unités de conservation de type « evolutionarily significant unit » ou « managment unit »

 

Principales collaborations

Internes au cefe

Claudine Montgelard - Marc Cheylan - Pierre-André Crochet

Extérieures au cefe

Sylvain Ursenbacher Ph.D.,

Department of Environmental Science
Section of Conservation Biology
University of Basel
St. Johanns-Vorstadt 10
CH - 4056 Basel (Switzerland)
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Arnaud Lyet Ph.D.,

Program officer - Species Conservation,

World Wildlife Fund (WWF),

Washington, DC 20037, USA

 

Biographie:

Oct. 2007- Mai 2011 : Doctorat « Systèmes intégrés, environnement et biodiversité », discipline « Biodiversité, Génétique et Evolution », Ecole Pratique des Hautes Etudes. « Diversité génétique de deux reptiles d’altitude, la vipère d’Orsini (Vipera ursinii) et le lézard pyrénéen de Bonnal (Iberolacerta bonnali) : influence des facteurs historiques et de facteurs contemporains. » (directeurs : Claude-Pierre Guillaume et Claudine Montgelard, EPHE-CEFE-CNRS, Montpellier)

2005-2007 : Master 2 recherche « Biologie de l’Evolution et Ecologie», Université de Montpellier II. « Histoire évolutive d’une espèce menacée ; cas de la vipère d’Orsini (Vipera ursinii) en France. Sous la direction de Claudine Montgelard et Marc Cheylan, EPHE-CEFE-CNRS, Montpellier.

Eté 2005 : Assistante de terrain : « dispersion natale du campagnol de la toundra (Microtus oeconumus), sous la direction du Dr Jean-François Le Galliard. Mise en place et gestion d’un protocole de marquage recapture de campagnols et analyse de vidéos de comportement. Centre of Ecological and Evolutionary synthesis, Université d’Oslo, Norvège.

2004-2005 : Licence « de Biologie des Organismes », « La conservation du tigre indien : de la fragmentation de l’habitat à l’interface des hommes. », supervision Thierry Lodé, Université Angers.

 

Publications :

Articles parus dans des revues indexées aux Current Contents :

Ferchaud A-L.,Ursenbacher S., Cheylan M., Luiselli L., Jelić D., Halpern B., Major A., Kotenko T., Crnobrnja-Isailović J., Tomović L.,Ghira I., Ioannidis Y., Arnal V.& C. Montgelard (en révision) - From south to north: mitochondrial markers reveal a colonization route for vipers of the Vipera ursinii complex in the Palaearctic region and an east-west Mediterranean disjunction. Journal of Biogeogrpahy

Mouret V., Guillaumet A., Cheylan M., Pottier G., Ferchaud A.-L. & P-A. Crochet (2011) -The legacy of ice ages in mountain species: post-glacial colonization of mountain tops rather than current range fragmentation determines mitochondrial genetic diversity in an endemic Pyrenean rock lizard. Journal of Biogeography, 38 : 1717-1731.

Metzger C., Ferchaud A-L., Geiser C. & S. Ursenbacher (2011) - New polymorphic microsatellite markers of the endangered meadow viper (Vipera ursinii) identified by 454 high-throughput sequencing: when innovation meets conservation. Conservation Genetics Resources, 3 (3) : 589-592.

Hoset K. S., Ferchaud A-L., Dufour F., Mersch D., Cote J. & J-F.Le Galliard (2011) - Natal dispersal correlates with behavioral traits that are not consistent across early life stages. Behavioral Ecology, 22: 176-183.

Ferchaud A-L., Lyet A., Cheylan M., Arnal V., Baron J-P., Montgelard C. & S. Ursenbacher (2011) - High genetic differentiation among french populations of the Orsini’s viper (Vipera ursinii ursinii) based on mitochondrial and microsatellite data: Implications for conservation management. Journal of Heredity, 102 (1) : 79-87.

Articles parus dans des revues non indexées :

Lyet A., Ferchaud A-L. & M. Cheylan (2011) – La vipère d’Orsini : modéliser sa distribution pour mieux comprendre son écologie. In J. Thompson & P. Gauthier « Activités humaines et dynamique de la biodiversité en région méditerranéenne »

Cheylan M., Croquet V., Dragone C., Ferchaud A-L., Lisse H., Lyet A., Reboul D., & K. Reyna (2011) – Guide technique de gestion et de suivi des populations de vipère d’Orsini. Agence Régionale pour l’Environnement, Aix-en-Provence. 138 p.

 

Communications :

Présentations orales

- Genetic differentiation among French populations of the Orsini’s meadow viper : Implications for conservation management, Workshop on the conservation of Vipera ursinii. Budapest, Hungary. October 2009.

 - Forte différenciation génétique entre les populations françaises de Vipera u. ursinii définie à partir de marqueurs mitochondriaux et nucléaires : implications pour la conservation, 37ème congrès de la Société Herpétologique de France. Montpellier, France. October 2009.

 - High genetic differentiation among French populations of Vipera u.ursinii based on mitochondrial and microsatellite data implications for conservation,2nd European Congress of Conservation Biology “Conservation biology and beyond: from science to practice. Prague, Tchek Republic. September 2009.

 - Genetic structure of the French Vipera ursinii populations, 2nd biology of the vipers conference. Porto, Portugal. September 2007

 - Histoire évolutive d’une espèce menacée : cas de la vipère d’Orsini (Vipera ursinii ursinii) en France, 29ème rencontres du groupe français de Biologie et Génétique des Populations : Petit Pois Déridé., Poitiers, France. August 2007.

 

Présentations de posters :

- Histoire évolutive d’une espèce menacée : la vipère d’Orsini (Vipera ursinii), DODO III. Montpellier, France. March 2009.

 - Evolutionary history of a threatened species: The meadow viper (Vipera ursinii ursinii) in France, 2nd biology of the vipers conference. Porto, Portugal. September 2007

 

Enseignements :

Dans le cadre d’une activité de monitorat menée en parallèle de ma thèse et de mon poste d’ATER actuel, je dispense les enseignement suivants à l’Ecole Pratique de Hautes Etudes et à l’université de Montpellier II :

- Acquisition et traitements des données statistiques, initiation au logiciel R (TP /TD)

- Techniques moléculaires : de la PCR au traitement des séquences (CM)

- Marqueurs moléculaires et Evolution (CM)

- Phylogéographie (CM)

- Génétique de la conservation (CM)

- Gestion de s populations et biodiversité, initiation au logiciel Ecolab (TP/TD)

 

Encadrement :

Master 2 recherche« Biologie de l’Evolution et Ecologie », Rémy Eudéline (2009-2010) en co-encadrement avec Pierre-André Crochet. Contribution des marqueurs nucléaires à la génétique des populations d’Iberolacerta bonnali.