Doctorante

CEFE/CNRS

Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél. : +33 (0)4 67 61 32 94
Fax : +33 (0)4 67 61 33 36

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Mon projet de thèse s’inscrit dans les thématiques de recherches développées dans l’équipe de Biogéographie et Ecologie des vertébrés et porte sur l’étude de l’histoire évolutive d’une espèce menacée, la tortue d’Hermann  (Testudo hermanni) : de la phylogénie à la génétique du paysage.

Au cours de ma thèse plusieurs volets seront développés à différentes échelles spatio-temporelles :

1/ Histoire évolutive du complexe Testudo hermanni

Il s’agira de comprendre l’histoire évolutive de T. hermanni sur l’ensemble de son aire de répartition, en particulier reconstituer les relations de parenté entre populations (continentales et insulaires, introduites et autochtones) et dater  leur mise en place.

Cette étude sera réalisée à l’aide de gènes mitochondriaux (Cytochrome b, ND4, COI) et nucléaires (R35, ITS2). Des analyses de datation moléculaire permettront de dater les différentes lignées mises en évidence. L’objectif sera d’estimer la date de la mise en place des différentes populations (en particulier continentales et insulaires) mais aussi de replacer ces estimations temporelles dans le contexte biogéographique plus large de l’ensemble du bassin méditerranéen.

2 / Histoire des populations de Testudo hermanni hermanni

Cet aspect de la thèse portera sur l’histoire des populations ouest-européennes (France, Espagne et Italie) et plus particulièrement sur les populations continentales et insulaires d’Espagne et France qui font l’objet de suivis écologiques soutenus depuis de nombreuses années. L’influence du facteur temps sur la variabilité et la structure des populations pour des espèces à faible capacité de dispersion sera ici au cœur du problème.

Plusieurs questions seront abordées : Quel est le degré de divergence génétique entre populations continentales (Catalogne / Var / Italie continentale) et insulaires (Corse / Baléares / Sardaigne / Sicile) ? Quelle est l’origine des populations insulaires et des populations introduites (île de Minorque, Majorque et delta de l’Ebre) ? Les populations  en expansion (delta de l’Ebre et Minorque) et en régression (Massif des Maures et des Albères) montrent-elles des patrons de diversification différents ?

Cette partie de la thèse sera basée sur l’utilisation de marqueurs microsatellites. Une banque de locus microsatellites a été réalisée par pyroséquençage à haut débit, à partir d’ADN de Testudo hermanni hermanni. En plus des locus microsatellites, des marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) seront utilisés pour affiner les différentes questions, notamment au niveau populationnel. Ces marqueurs permettront de comprendre les mécanismes de différentiation des populations, voire d’aborder la base génétique de l’adaptation aux environnements locaux (identification de mutations caractéristiques de différentes populations dans différents environnements).   

3/ Influence des perturbations à l’échelle microgéographique

Dans cette partie de la thèse, il s’agira d’étudier comment le paysage et les caractéristiques environnementales, influent sur les flux géniques et la structure génétique des populations (génétique du paysage). Les questions suivantes seront abordées : quelle est l’influence de la fragmentation des habitats sur la structuration génétique des populations ? Quelle est l’intensité des échanges géniques (actuels et passés) et quels sont les facteurs susceptibles de limiter la connectivité entre populations ?

Dans le cadre de la protection des populations françaises de la tortue d’Hermann, plusieurs programmes de suivi à long terme sont en cours (Plan National d’Action, programme Life+ nature). Ces études visent à mieux comprendre la dynamique et la viabilité des populations face à des perturbations telles que les incendies, le morcellement du paysage, ou l’évolution défavorable des habitats. Elles mettent en œuvre des suivis individuels par capture-marquage-recapture et par radiotracking, en lien avec la structure des paysages à différentes échelles spatiales. Dans ce cadre, une étude génétique fine (basée sur les locus microsatellites et SNP) permettra d’apporter des éléments de réponse concernant la mesure des flux géniques. Le but sera d’évaluer l’influence des barrières géographiques (cours d'eau, reliefs, massifs forestiers denses) et anthropiques (voies de communication, zones urbanisées ou cultivées) sur la structuration génétique des populations. Il s’agira en outre de vérifier, par comparaison de sites avec et sans réintroduction de tortues, si les introductions de tortue d’origine étrangère (tortue d’Hermann des Balkans ou de Corse) réalisées entre 1986 et 1998 ont laissé une empreinte décelable dans le génome de la population autochtone de tortue d’Hermann, et si ces génomes exogènes ont diffusé à partir des points d’introduction connus.

4 / Conséquences en biologie et génétique de la conservation

L’identification des populations/groupes génétiquement différenciés aura des implications dans les mesures de protection et de gestion à adopter. Ce travail permettra tout d’abord d’identifier les populations présentant une réduction significative de diversité génétique, et donc une capacité réduite sur le plan adaptatif. Elle permettra également d’estimer les taux d’introgression au sein des différentes populations et de caractériser les individus les plus aptes à participer aux opérations de renforcement de population. Il s’agit d’apporter des arguments aux questions que posent les opérations de réintroduction envisagées pour cette espèce : vaut-il mieux conserver les spécificités génétiques de la population originelle (adaptation locale) alors que celles-ci suggèrent un risque lié à la perte de diversité ou vaut-il mieux restaurer la diversité génétique de la population et, dans ce cas, à partir de quels génotypes ? 

L’analyse de la structuration génétique des populations insulaires et continentales (Italie, France, Espagne) permettra de résoudre certains points en débat dans les programmes de conservation en cours : a-t-on affaire à des entités de conservation originales et distinctes ? Quelles en sont les conséquences pour les projets de réintroduction ou de renforcement en cours ou en projet, notamment en France et en Espagne ?

Mots-clefs: Testudo hermanni, génétique des populations, génétique du paysage, biologie de la conservation, phylogéographie, datations moléculaires, histoire évolutive, microsatellites, SNP, ADN mitochondriale et nucléaire.

Cursus universitaire

Ø  Février 2012 : Doctorante de l’Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE) au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE-CNRS). Sujet de thèse : Histoire évolutive d’une espèce menacée, la tortue d’Hermann (Testudo hermanni) : de la phylogénie à la génétique du paysage.

Encadrement : Claudine MONTGELARD

Ø  2010–2011: Master deuxième année à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Spécialité : Biologie Santé Ecologie. Parcours : Ecologie et Gestion  de la Biodiversité (EGB-Recherche).

Ø  2009–2010: Master première année à la Faculté des sciences de Montpellier. Parcours : Biodiversité Ecologie Evolution. Environnement.

Ø  2006–2007: Ingénieur en Ecologie Animale. Option: Gestion des Populations. Faculté des Sciences Biologique et Agronomique de Tizi-Ouzou (ALGERIE).

Publications

• Lara Sousa, Rui Seabra, Raquel Xavier, Nuno Queiroz, Saliha Zenboudji, David S. Wethey and Fernando P. Lima(2012)Fate of a climate-driven colonization: demography of newly-established populations of Patella rustica in northern Portugal. Journal of Experimental Marien Biology and Ecology
• António Múrias dos Santos, Raquel Xavier, Saliha Zenboudji, Tristão Branco, Madalena Branco(2011) Stenosoma stephenseni (Isopoda, Idoteidae), a new species from the SW Mediterranean and Alboran Sea, with a note on the nomenclatural status of the genus name Synisoma Collinge, 1917. ZooKeys
• Xavier, R.; Zenboudji, S.; Santos, A.M.; Harris, D.J.; Lima, F.P.; Branco,M (2011)M. MtDNA and nuclear sequence data from a direct-brooder marine isopod, S. nadejda (Rezig, 1989), in the Atlantic North Africa and the Western Mediterranean reveals complex phylogeograpic patterns and a new species. Biological Journal of The Linnean Society.
• Gagnaire, P.A.; Minegishi, Y.; Zenboudji, S.; Valade, P.; Aoyama, J. ; Berrebi, P. (2011)The genetic footprints of allopatric isolation in Anguilla marmorata: introgression across a semi-permeable barrier to gene flow highlights fine population structure. Evolution.
• Xavier, R.; Zenboudji, S.; Santos, A.M.; Harris, D.J.; Lima, F.P.; Branco,M Genetic patterns of diversity of the marine isopod Stenosoma nadejda (Rezig, 1989) along Northwest Africa and the Alboran Sea reveal highly divergent lineages and a putative new species. Molecular Phylogenetics and Evolution (en revision).

Séminaires/Colloques

• Août 2012 : Participation au 3^ème congrès européen de biologie de la conservation à Glasgow. Communication écrite « Genetic Structure of an Endangered Species: Hermann's Tortoise (Testudo hermanni hermanni) in Western Europe Revealed by Microsatellites Markers and Implications for Conservation ».
• Mai 2012 :Participation au  4^èmes journées francophones des sciences de la conservation : LE RÉVEIL DU DODO à Dijon. Communication orale : « Structure génétique d'une espèce menacée : la tortue d'Hermann (Testudo hermanni hermanni) en Europe occidentale. Implications pour la conservation».
• Septembre 2011 : Participation au 39ème congrès de la Société Herpétologique de France à Saint Brisson (Bourgogne). Communication écrite « Apport des marqueurs microsatellites à la conservation d’une espèce menacée : la tortue d’Hermann ».
• Août 2011 : Participation à la 33ème réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des       Populations, Petit Pois Déridé 2011 à Toulouse. Communication écrite « Apport des marqueurs microsatellites à la conservation d’une espèce menacée : la tortue d’Hermann ».

Collaborations

       Intra-CEFE :

       Marc CHEYLAN

       Thibaut COUTURIER

       Guillelme ASTRUC

       Véronique ARNAL

       Anne-Laure FERCHAUD

       Externe  au CEFE :

       Albert BERTOLERO - Ecosistemes Aquàtics – IRTA, Tarragona (Espagne).

       Marta MASSANA - PhD, université de Barcelone (Espagne)

       Giorgio BERTORELLE - Université de Ferrara (Italie)