PMP - Phenology Modeling Platform

If you use PMP, please refer to the following publication:

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PMP 5

PMP5 is a user friendly software that allows to parameterize a process-based phenological model. You can either select a model in a library or construct your own model. You can also make a simulation using a model. Data required are daily climatic data and phenological data (dates).

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Simply unzip the archive. It contains a folder names Distrib in which you gonna find the exe file, and the User Guide. Just click on the PMP.exe to run the software.

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Doctorante

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
 
tél : +33 (0)4 67 61 32 71
fax : +33 (0)4 67 61 33 36

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Thèse : Réponse des chênes méditerranéens et de leurs symbiontes fongiques à la sécheresse : Diversité et rôle des communautés ectomycorhiziennes.
02/10/2008 au 31/08/2011
   
Mes recherches portent sur la réponse des chênes méditerranéens et de leur symbiontes fongiques à la sécheresse : Diversité et  rôle des communautés Ectomycorhiziennes.
Les Symbioses mycorhiziennes sont essentielles pour les arbres, elles leurs permettent d’acquérir l’eau et les nutriments en conditions naturelles.

Les champignons ectomycorhiziens (ECM) améliorent l’efficacité d'absorption de l’eau et des nutriments des arbres par un réseau d’hyphes qui augmentent considérablement la surface explorée par les racines. Les ECM fournissent une vaste gamme d'effets bénéfiques pour l’arbre, et récupèrent en retour, des dérivés de produits photosynthétiques qui permettent leur accroissement.

Les communautés d’ECM sont caractérisées par une grande diversité de taxons qui sont associés à une variété de stratégies fonctionnelles et contribuent ainsi à la stabilité des écosystèmes forestiers.

Ainsi, en condition de déficit hydrique, les mycorhizes (ecto et endo) jouent un rôle important dans les réponses de leurs hôtes à la sécheresse.

Mes objectifs de recherche sont de mieux comprendre les mécanismes qui sont à l’origine de la variabilité de l'efficacité des symbiotes fongiques dans la réponse des plantes hôtes  au stress hydrique chez deux espèces d’hôtes modèles Quercus ilex et Quercus pubesens.

Articles

      Richard.F, Roy.M, Shahin O, Sthultz C, Duchemin M ,Joffre R , Selosse M.A. Ectomycorrhizal communities in a Mediterranean forest ecosystem dominated by Quercus ilex : Seasonal dynamics and response to drought. (accepté)

Mémoire

      Shahin O. (2008).Influence of the augmentation of aridity (hydric stress) on Quercus ilex L.ecosystem: Reponse of the ectomycorrhizal fungal communities. Mémoire de Master 2, Université Montpellier 2, France

Ingénieur d'études (IE) CDD

CEFE/CNRS)
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Domaine de recherche: Applications de traitements statistiques sur des données NIRS (Near Infrared Spectroscopy)

Responsable : Richard Joffre

L’analyse dans le proche infrarouge est une technique qui permet de connaître la composition chimique des aliments et matières premières beaucoup plus rapidement que les dosages biochimiques classiques. La fiabilité, le faible coût économique et la non destruction de l’échantillon ont permis à cette méthode de se répandre dans de nouveaux secteurs de recherche et industriels (chimie, agroalimentaire, écologie…). Les domaines de longueur d'onde de rayonnement attribués au proche IR sont 830- 2500 nm, mais certains instruments sont aussi capables de mesurer dans le visible 400 -800 nm. La gamme de l'infrarouge correspond aux harmoniques et aux bandes de combinaisons (somme de fondamentales) ce qui engendre des signaux moins intenses et des bandes plus larges. Il n'est plus possible dans ce contexte de faire de l'expertise comme dans le moyen Infrarouge, c’est à dire de relier directement un pic à une molécule. Par contre à l'aide d'outils statistiques élaborés, on peut faire :

* du qualitatif (déterminer si un produit est conforme ou non...),
* de l'identification (déterminer l'origine du produit, la texture...),
* de la quantification (quantifier des teneurs de constituant, doser...),
* de la détermination de changement (suivre et contrôler l'évolution d'un process...).

Mon principal travail consistait à traiter une base de données sur les sols de la France (RMQS). Le Réseau de Mesure de la Qualité des sols comprend 2200 sites localisés sur une grille régulière de 16×16 km recouvrant les 550 000 km² de la France Métropolitaine. Cette base de données comporte 4 types de données :

· physico-chimiques

· pédologiques (utilisation des terres, type de sol,…)

· microbiologiques (profils RISA)

· spectroscopiques (spectres VisNIR)

Mon travail consistait à explorer les relations entre ces divers ensembles de données. Dans un premier temps, des modèles de prédiction des propriétés physico-chimiques ont été construits à partir des spectres VisNIR en utilisant une approche classique, la PLS régression. Mais, le sol est un produit complexe à analyser par spectrométrie proche infrarouge (SPIR) dû aux interactions des phénomènes chimiques et physiques ainsi que la matrice minérale. Et ces approches PLS n’ont pas permis d’atteindre un seuil considéré comme réellement acceptable en routine dans un réseau de surveillance. D’autres approches statistiques ont donc été testées pour obtenir la meilleure qualité de modèles de prédiction: des approches non linéaires (LS-SVM), des méthodes locales (LWR, LOCAL, CARNAC) et des méthodes non paramétriques (Kernel, BRT). Les méthodes locales améliorent les prédictions et ont une complexité moindre par rapport aux autres types de modèles.

Un deuxième objectif était de décrire et comprendre la variation des données Vis NIR au niveau de la France. En premier lieu, les spectres ont été compressés par ACP et les coordonnées sur les premières composantes ont été krigées. Des cartes de la variation spectrale ont ainsi été obtenues. Ensuite, des arbres de régression ont été construits à partir de toutes les données disponibles (physico-chimiques, matériau parental, classification pédologique) pour prédire les coordonnées de l’ACP et ainsi savoir quelles informations contiennent les spectres VisNIR.

Enfin, un dernier objectif était de mettre en évidence un lien entre les spectres Vis NIR et les données RISA. Un modèle PLS 2 a été appliqué pour prédire les spectres Vis NIR à partir des données RISA et un lien entre ces 2 empreintes du sol a été, pour la première fois, mis en avant.

Logiciels : Matlab, R, Winisii, Access, Idrisi, Statistica

Méthodes Statistiques : Partial Least Square Regression, méthodes locales (LWR, LOCAL, CARNAC), Boosted Regression Tree, LS-SVM, Méthode non paramétrique (Kernel)

Publications :

Robin Pouteau, Serge Rambal, Jean-Pierre Ratte, Fabien Gogé, Richard Joffre, Thierry Winkel. Downscaling MODIS-derived maps using GIS and boosted regression trees: The case of frost occurrence over the arid Andean highlands of Bolivia, Remote Sensing of environment, 115 (2011), 117-129

Gogé Fabien, Joffre Richard, Jolivet Claudy, Ross Ian, Ranjard Lionel. Optimization criteria in sample selection step of local regression for quantitative analysis of large soil NIRS database, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 110 (2012), 168-176

Post-Doctorant

CEFE/CNRS
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34293 Montpellier 5

tél : 33 (0)4 67 41 21 38

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jesus.rodriguez-calcerrada

Thèmes de recherche

Licencié en Biologie par l’Université Complutense de Madrid (Espagne), j’ai réalisé mes études de doctorat à l’Université Polytechnique de Madrid sur les aspects écophysiologiques des deux espèces de chêne (Quercus pyrenaica et Quercus petraea). Principalement, j’ai étudié les réponses des deux arbres aux interactions de la sécheresse et la lumière dans le sous-bois, et comment ces réponses peuvent servir à la gestion sylvicole des forets. Pendant ma thèse, j’ai approfondie sur les effets des facteurs abiotiques dans les processus physiologiques liés à l’assimilation de carbone et l’efficacité dans l’usage de l’eau par les plantes. Mes études ont inclus aussi d’autres espèces d’arborés, comme le Pinus canariensis, l'Ilex aquifolium, et le Fagus sylvatica.

Actuellement, je travaille dans un projet qui a pour objectif d’analyser les changements saisonniers de la respiration des feuilles par rapport a son âge et sa position dans la canopée, ainsi que le niveau de déficit hydrique des arbres (Quercus ilex) grâce a un système d’exclusion partiale de pluie mis en place depuis 2003. Cet information est nécessaire pour modéliser l’impact d’une probable augmentation de la température dans le futur et d’une diminution de la pluie sur les émissions de CO2 a travers la respiration. Parallèlement, j’étudie l’effet du stress hydrique sur la croissance des arbres, la régénération des plantules et la vigueur des rejets du chêne vert, et comment un traitement d’éclaircie peut mitiger l’impact de la sécheresse. Finalement, je collabore dans un projet sur les interactions entre plantes de Quercus ilex and Quercus pubescens et leur champignon mycorhiziens face une restriction d’eau.