Stagiaire de 2éme année de DUT Génie Biologique option Génie de L'Environnement

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Sujet de recherche : 

Établissement d'une collection de référence de plantes échantillonnées sur le site INRA de la Fage (Aveyron).

            Dans le cadre du projet COMODO, deux réseaux trophiques parallèles en milieu pastoral sont étudiés. Le réseau plante-herbivore et le réseau litières-détritivores. Sur chaque parcelle (pâturées, pâturées et fertilisés, à l'abandon) les espèces dominantes de criquets et de détritivores ont été échantillonnées et une étude préliminaire a été effectuée sur leur régime alimentaire. En effet, l'ADN a été extrait des déjections des organismes puis amplifiée grâce à une technique récente de taxonomie moléculaire : Métabarcoding. Une étude bio-informatique a été menée par la suite, ce qui permet de lister les espèces de plantes consommées vertes ou sous forme de litière. Cependant, les données obtenues par metabarcoding méritent d'être affinées car la majorité des taxa ont été identifiée à l'échelle de la famille, et non du genre voir de l’espèce comme escompté. C'est pourquoi, l'objectif de mon stage est d'établir une collection de référence des plantes échantillonnées sur les sites d'études. Cette collection de référence sera comparée aux données obtenues par métabarcoding.

        L'objectif est d'affiner la résolution taxonomique des espèces consommées et de répondre à trois questions : (i) Le pâturage modifie t'il la niche alimentaire des criquets ? (ii) la qualité physico-chimiques des plantes ingérées influencent elles les choix alimentaires ? (iii) les driver de choix alimentaires sont-ils les mêmes pour les herbivores et les détritivores ?

Pour cela, des PCR seront réalisées, les produits PCR seront séquençés puis, les séquences seront blastées avec celles enregistrées dans les bases de données mondiales et comparées avec les résultats de métabarcoding.

Mots clés : Réseaux trophiques, traits d’interaction, herbivores, régime alimentaire, DNA-metabarcoding, collection de référence

Encadrants : Sylvain Coq, Johanne Nahmani et Marie-Pierre Dubois