Liste des projets principaux de l'équipe

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Projet MERMOZ (2025-2028) : Marine Ecological connectivity and conseRvation in the MOZambique Channel

Contact : Stéphanie Manel

By combining ecological connectivity multidisciplinary modeling and empirical knowledge, i.e. connectivity modeling and simulation, in-situ species tracking and genomic data, MERMOZ (Marine Ecological connectivity and conseRvation in the MOZambique Channel) aims to fill in current knowledge gaps on the current and future spatiotemporal connectivity patterns of various vulnerable, iconic and representative fish, sea turtle and seabird species in the Mozambique Channel (MC), in the Southwestern Indian Ocean (SWIO). Through a transdisciplinary approach, we will combine ecological connectivity and socio-economic knowledge into stakeholder workshops to co-design policy recommendations on how to best use ecological connectivity knowledge in climate and equity-proof regional conservation strategies.

Financement: ANR

Porteur du projet: Rodolphe Devilliers  (DR IRD, ESPACEDEV, Montpellier)

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Projet  DEMOMAR (2024-2028) Improving recent demographic inferences for marine conservation with genome-wide co-ancestry

Contact : Stéphanie Manel

Marine biodiversity is threatened by multiple pressures including overexploitation. Many wild fish populations around the world are currently at risk, while many people depend on fishing for food and income. Current conservation measures of stock assessments, fisheries regulation and marine protected areas are not always sufficient to prevent stock decline due to a lack of demographic data. The difficulty of measuring abundance, survival, fecundity and dispersal, which are key to assessing stock status and connectivity, remains a major obstacle to the sustainable management of exploited fish species. Aspects of population demography can be captured by genetic data. However, the estimation of demographic parameters using current genetic methods remains a daunting task with various limitations related to sampling effort and time scales of application. 

The DemoMar project proposes to overcome those limits by leveraging the information of shared ancestry contained in genome-wide data, to better document recent human induced changes in population size, kinship structure and dispersal. To reach this goal, we will generate new theoretical developments adapted to fish life histories, and combine them with advanced methods for mapping and dating genomic segments identical-by-descent, which will be detected from phased genomes obtained by haplotagging. Our approach will enable us to reconstruct the temporal, spatial and recovery dimensions of recent demographic histories, and to address fundamental questions pertaining to the spatial scale of dispersal and skewed contribution of individuals to reproduction and population growth.

Financement: ANR

Porteur du projet : PA Gagnaire (DR CNRS, ISEM, Montpellier)

Participants : Océane Eychenne (Doctorante), Thomas Barros 

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Projet ShifteDNA (2022-2026)

Contact : Stéphanie Manel

Site web : https://anr.fr/Projet-ANR-21-CE02-0032

Participants: Morgane Bruno  (ingénieur Bioinformatique) ; Laureline Boulanger (Ingénieur Moléculaire)

Species range shifts are one of the most frequent response to ocean warming. These shifts, which are expected to increase with future changes, have economic, social and human health implications. However, no clear rule can explain differences observed among species in range shifts, with climate no being the only factor involved. What happens for non-exploited and rare species? SHIFTeDNA proposes to fill this gap by analyzing an existing eDNA metabarcoding fish dataset collected from the poles to tropical seas. Based on this unique global database, we aim to i) revisit current fish distributions ii) predict accurate range shifts fish response to climate warming. We will use the last refinement in machine learning to analyze the millions of sequences available. We will build a reference database for 15000 marine fish to assign eDNA sequence to a species. The results will contribute to a better understanding of marine fish biogeography and a sustainable conservation of those resources.

Financement : ANR internationale

Porteur du projet : Stéphanie Manel (France) – Loic Pelissier (Suisse)

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Projet Biodivmed Occitanie et PACA 2023 et 2024  (2023-2027)

Contact : Stéphanie Manel

Participants : Bastien Mace (PhD student), Erwan Delrieu-Trottin)

Les projets BioDivMed 2023 PACA et BioDivMed 2023 Occitanie ont pour objectif de réaliser un inventaire du vivant synchronisé et standardisé sur le littoral méditerranéen français et le sanctuaire Pelagos par l’utilisation de l’ADNe. En Occitanie, il est prévu en plus un focus plus fin sur 6 ports et leurs habitats strictement adjacents, incluant également plusieurs lagunes. Ces échantillonnages ont été réalisés en 2023 et ont été focalisés sur les poissons et les crustacés.

Afin d’évaluer la variabilité annuelle entre les différents sites et en vue de consolider nos résultats sur le littoral de la région Occitanie, le projet BiodivMedOccitanie2024 a pour objectif de reproduire l’échantillonnage de 2023 

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Projet exoeDNA (2024-2027)

Contact: Stéphanie Manel et Erwan Delrieu-Trottin

Utilisation de l’ADN environnemental pour la détection précoce et le suivi d’espèces exotiques envahissantes aquatiques à La Réunion et Mayotte

Les espèces exotiques envahissantes (EEE) sont une des principales menaces pour la biodiversité à l’échelle mondiale, en particulier dans les milieux insulaires qui présentent un fort taux d’endémisme et où les espèces locales sont très vulnérables aux perturbations. A l’instar des autres territoires ultramarins particulièrement vulnérables aux invasions biologiques, la Réunion et Mayotte voient leurs espèces indigènes menacées par les EEE . Une détection précoce de ces dernières, avant leur prolifération, maximiserait les chances d’éradication des espèces nouvellement introduites, et permettrait la mise en place de mesures de lutte avant que les espèces ne causent des dégâts importants sur les écosystèmes et les espèces indigènes.

Ce projet vise à mettre au point des outils et méthodes de détection précoce et de suivi en milieu aquatique pour La Réunion et Mayotte, par le développement de différentes techniques utilisant l’ADN environnemental (ADNe). La méthode ADNe est particulièrement efficace pour détecter la présence d’espèces rares ou cryptiques, difficilement observables et est donc pertinente pour la détection précoce d’EEE.

Le projet s’articule en trois axes : 1) référencement génétique des principales EEE de groupes taxonomiques cibles, préalable nécessaire aux études ADNe. 2) analyses métabarcoding d’échantillons ADNe pour la détection précoce d ’EEE sur 12 sites en milieu aquatique.

Financement: OFB

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Programme SEAMONTS (2019-2022)

Contact: Stéphanie Manel

Oases of biodiversity, seamounts are among the least known habitats on Earth. Human impact is rapidly extending with major threats on marine vertebrates so species may disappear from seamounts without realizing it. SEAMOUNTS proposes to illuminate the 3-dimensional distribution of vertebrate diversity and abundance on New Caledonian seamounts combining environmental DNA metabarcoding, seascape genomics, machine learning and baited video. The overreaching goal is to better understand the influence of human, environmental and geomorphological variables on seamounts fauna to inform conservation and management. SEAMOUNTS will be articulated around four hypotheses: (H1) benthic-pelagic coupling promotes biodiversity on seamounts, (H2) vertebrates find refuge in the deepest part of their range, (H3) residual populations of the most threatened vertebrate species (e.g. sharks) are present even close to humans, (H4) seamounts are key to connect remote wilderness reefs to more impacted reefs.

Keywords: Seamounts, Biodiversity, eDNA

financement: ANR

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Programme RESERVEBENEFIT (2017-2020)

Contact: Stéphanie Manel

Ce programme a pour objectif d’évaluer la capacité des AMP à produire des ressources marines en dehors des AMP et à maintenir la diversité génétique dans et en dehors de ces-mêmes AMP. Le projet se focalise sur 4 espèces de poissons exploitées et couvrant des histoires de vie et des écologies différentes: le rouget de roche (Mullus surmuletus), le sar commun (Diplodus sargus), le serran commun (Serranus cabrilla) et la langouste rouge (Palinurus elephas). Le projet va estimer la diversité génétique de ces 4 espèces en utilisant les techniques génétiques les plus récentes (génotypage RAD ; assemblage du génome de novo), et des techniques d’observation plus traditionnelles (comptage par plongée) pour estimer la diversité et l’abondance en poissons.Les résultats obtenus devraient permettre de définir la localisation de nouvelles réserves en utilisant une approche multicritère (connectivité, distance de pêche, pression de pêche) et en tenant compte des besoins de gestion et de pêche.

Financement: EUROPE - BIODIVERSA call 2015-2017

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Programme INDICIT-II (2018-2020): Implementation of the indicator of marine litter on sea turtles and biota in regional sea conventions and marine strategy framework directive areas (https://indicit-europa.eu/).

Contact: Claude Miaud

Ce programme concerne le Descripteur 10 (déchets marins) de la stratégie européenne sur le milieu marin, qui vise à maintenir ou à atteindre le bon état environnemental (GES) de ce milieu marin d'ici 2020. L'objectif global est de développer un ensemble d'outils standardisés pour surveiller les impacts des déchets sur la faune marine et leur rôle potentiel de bio-indicateurs : « Macro-déchets ingérée par une tortue marine (débris > 1 mm) », «Enchevêtrement de la faune marine dans les débris flottants ( tortues, mammifères, oiseaux) » et « micro-déchets ingérés par les poissons et les tortues marine (débris <1 mm) ». Ces outils permettront d'évaluer l'efficacité des mesures comme l'interdiction des sacs plastiques, des plastiques à usage unique, etc.

Financement DG Europe

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Programme Bsal Europe (2017-2020): Mitigating Batrachochytrium salamandrivorans in Europe (http://bsaleurope.com/)

Contact : Claude Miaud

Les effets dévastateurs du champignon Bsal sur les salamandres d'Europe nécessite la mise en place de mesures urgentes. Ce programme fait un état des lieu de la répartition de ce pathogène en Europe, met en place un système d'alerte précoce pour une détection rapide des nouveaux foyers de Bsal. Un plan d'action d'urgence en cas d'introduction est proposé, à court terme et des mesures d'atténuation durables à long terme.

Financement DG Europe

https://www.youtube.com/watch?v=s5JQFWQPkFE)

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Programme MEDSEALITTER (2016-2019): Developing Mediterranean-specific protocols to protect biodiversity form litter impact at basin and local MPAs scales (https://medsealitter.interreg-med.eu/)

Contac: Claude Miaud

La mer Méditerranée est l’une des zones les plus riches au monde en termes de biodiversité, mais aussi l’une des plus polluées. Les déchets marins affecte particulièrement les poissons, cétacés et tortues marines, animaux pour lesquels des micro et macro déchets plastiques accidentellement ingérés, sont fréq­uemment retrouvés dans le tractus digestif. La Convention de Barcelone, signée par de nom­breux pays méditerranéens, souligne la nécessité de contrôler la pollution marine pour réduire les risques pour la bio­diversité méditerranéenne. De nombreuse organisations méditerranéennes travaillent sur cette problématique, mais il n’existe à ce jour pas de protocole communément accepté pour évaluer la pollution par les déchets marins. Pour cette raison, le projet MEDSEALITTER vise à mettre en réseau des AMPs référentes, des organismes scientifiques, des associations environnementales pour développer, tester et mettre en œuvre des protocoles efficaces, faciles à mettre en place et peu coûteux pour surveiller et gérer l’impact des déchets marins sur la biodiversité.

Financement Fond de développement régional européen (INTEREG)