• Bastien MACÉ

    PhotoCEFE small

    Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

    Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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    Google Scholar – ResearchGate – ORCID

    Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrante: Alicia Dalongeville (SPYGEN)

     

    Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

    Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

    Les objectifs de cette thèse sont :

    • D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
    • D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
    • D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
    • D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
    • D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

     

    Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

             Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

    The objectives of this thesis are:

    • Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
    • Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
    • Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
    • Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
    • Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

     

    Publications

    Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

    Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

    Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

  • Bertrand SCHATZ

     

    B Schatz

    Directeur de recherche au CNRS, CID 52

     

    Je m’intéresse à l’écologie de la pollinisation, à l’évolution des interactions plantes-insectes et à la conservation de ces communautés. Mes travaux concernent surtout les figuiers en milieu tropical et les orchidées en milieu méditerranéen et ils portent sur la compréhension fondamentale de ces interactions et l’opérationnalité de leur conservation.

     

    I am interested in pollination ecology, in the evolution of plant-insect interactions and in the conservation of these communities. My studies concern tropical figs and Mediterranean orchids and they are focused on the fundamental understanding of these interactions and using fundamental insights for operational conservation.  

     

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  • Cyrille VIOLLE

    altDirecteur de recherche CNRS

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

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    A l’interface entre écologie fonctionnelle et écologie des communautés, je cherche à comprendre les causes de variation de la biodiversité, aussi bien à l’échelle locale que continentale, et l’effet de changements de la biodiversité sur la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes.

  • Doris Gomez

    CNRS Researcher

    dodoko petitetaille

    Address:

    CEFE/CNRS,Campus du CNRS
    1919, route de Mende,34293 Montpellier cedex 5

    Phone : +33/0 4 67 61 32 60

    E-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. ou Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

    I study visual communication at various scales: color perception, role of coloration in communication/camouflage, informative content of signals, evolution of signal design at large evolutionary scale. At the frontier between biology and physics, I study complex optical phenomena in birds and butterflies.

  • Eric GARNIER

    altDirecteur de Recherche (CNRS)

     CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier Cedex 5

    tél : +33 4 67 61 32 42
    fax : +33 4 67 61 33 36

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    Thèmes de recherche

    Mes travaux portent sur la caractérisation de la diversité fonctionnelle des végétaux, abordée essentiellement par l’étude de leurs traits fonctionnels.

  • Franck RICHARD

    F Richard

    Professeur des Universités, Université de Montpellier

     

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  • Gérard DUVALLET (Émérite)

    Gerard Duvallet trombiProfesseur émérite

     

    UMR5175, Université Paul-Valéry Montpellier, Route de mende, 34199 Montpellier Cedex 5

    Tél : +33 (0)6 38 95 24 35

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    https://www.researchgate.net/profile/Gerard_Duvallet

     

    Résumé :

    Étude de l’impact du changement des pratiques pastorales sur les populations de vecteurs et conséquences possibles : 1) évaluer en quoi l’activité d’élevage a un effet sur la biodiversité (entomofaune), 2) analyser et prévoir les conséquences pour les arthropodes hématophages (nuisances et transmission de pathogènes), 3) envisager toutes les possibilités de lutte non polluante (pièges chimiques attractifs, substances naturelles répulsives, lutte biologique).

    Travaux menés en France, en Thaïlande et en Afrique de l’Ouest principalement sur stomoxes et tabanides.

     

    Mots-clés :

    Arthropodes hématophages, Transmission vectorielle, Pratiques pastorales, Méthodes de lutte

     

     

     

     

     


  • Hugo Gruson

    PhD in evolutionary biology on "Origin and functions of iridescent colours in hummingbirds"

  • Jean-Louis MARTIN

     

    Directeur de Recherche Emerite au CNRS / Emeritus Senior Scientist at CNRS

     

    J’étudie les réponses des communautés animales et végétales aux changements d’origine humaine (espèces introduites, usage des sols), en milieu tempéré et méditerranéen.

     

    I study plant and animal community response to human induced change (introduced  species, land use) in temperate and méditerranean systems.

     

    Courriel: jean-louis.martin [at] cefe.cnrs.fr

     JLete2014 petit


     

     

  • Jean-Yves BARNAGAUD

    CEFE- RDC, Aile B, bureau 3

    33(0)467633265

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    RESEARCH

    My research is framed around a comparative exploration of the role of multiple environmental drivers in shaping species distributions and diversity at multiple spatial and temporal scales. Most of my research is structured on the combined use of ecoinformatics methods (statistical analysis of large data sets) and naturalist expertise to understand empirical patterns of community composition in space and time. My main active axes of research include :  

    - functional biogeography of seabirds in the Southern ocean. I try to explain and predict the composition of seabird assemblages with spatial models calibrated with environmental factors, trophic interactions and species traits. The project relies on a large-scale bird counts protocol from ships and statistical model of multiple data types. See the C-BIRDS project and thesis(offer valid until 07/2024).

    -  understanding spatial patterns of vertebrates distributions and assemblage compositions. Relying on various opportunistic or protocoled data sources at multiple spatial scales, I investigate the determinants of spatial patterns in vertebrate distributions and assemblage composition through spatial models based on proxies of historical and contemporary processes. See for instance he MALPOLONdatabase.

    - Ecoacoustics and community ecology. Several active projects focus on the relationship between bird community composition and the characteristics of soundscapes at multiple spatial and temporal scales, in order to explore the acoustic environment in which species interact and its changes with current land-use and climatic dynamics. See the ACOUCENEproject (2022 - 2025, FRB/CESAB)

    COLLABORATIVE WORK 

    Most of my interactions with biodiversity stakeholders are focused on data analysis to answer questions relative to the monitoring of human impacts on biodiversity at a regional or landscape scale.

    - Ecological data analysis. I am involved in initiatives to foster interactions between scientific and non scientific stakeholders with respect to data-based ecological monitoring and expertise. See the website of the CISSTATnetwork. 

    - Analysis of land use influences on common bird assemblages in southern France. I investigate the impact of land use and habitats on the temporal dynamics of local bird assemblages with opportunistic and protocoled data (collaborations with the Ligue pour la Protection des Oiseaux - PACA). 

    - Faunistic road casualties. I work with the Ligue pour la Protection des Oiseaux and the CEREMA to explain and predict spatial patterns in road casualites. We exploit jointly multiple sources of protocoled, non-protocoled and citizen science data to identify mortality hotspots and explanatory factors, with the final aim to inform public policies on the mitigation of traffic impact on vertebrates. See the final report of the COCPITT project (2020-2023).

     - Interacting imprints of climate change and land use on biodiversity. Using multiple taxa and scales, I investigate how species' responses to historical and present land use change interact with their responses to climate change. See the LANDBIO project (2022 - 2023, OFB - french ministry of ecology)

     

    TEACHING

    Most of my teaching activity is embedded within the program of the Ecole Pratique des Hautes Etudes.

    - Data analysis for ecologist : a three-weeks course dedicated to biodiversity stakeholders, framed on the practical use of statistical methods and the R software in ecological monitoring. 

    - Environmental law and policy : I drive a one-week course to introduce environmental public policies to scientific ecologists, involving speakers from various authorities and decision levels and practical training to improve students' written and verbal interactions with non-scientific stakeholders.

    - Methods for ecological monitoring : a two-weeks course with Aurélien Besnard, mainly dedicated to master students and biodiversity stakeholders, to improve their skills and critical thinking in advanced numerical methods for ecology, including species distribution modeling, population dynamics, sampling design and analysis of diversity indices.

    - Environmental changes and ecological science :I contribute to several courses on global changes and environmental monitoring. My teaching is focused on the interactions between science and society through several lenses including epistemology and governance / spatial planning.

      


  • Jérôme CORTET

    Professeur(Université Paul-Valéry Montpellier III)

    Tél : +33 (0) 4 67 14 23 15

    Fax: +33 (0) 4 67 14 24 59

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  • Johanne NAHMANI

    Chargée de recherche (CR1) 

    alt

    Responsable de l’équipe BIOFLUX

    Campus du CNRS

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    tel:+33 (0)4 67 61 32 43
    fax:+33 (0)4 67 41 33 36

    e-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

     

     

    Mots clés : 

    Macroinvertébrés du sol, Diversité, Rôle fonctionnel (Structuration des sols, Décomposition des litières), Perturbations anthropiques et changements globaux, Traits biologiques, écologiques et fonctionnels

  • Lise ROY

    Roy Lise small

    Maître de Conférences, Université Paul Valéry Montpellier III

     

    Intéressée par les dynamiques de populations d’arthropodes en agroécosystèmes, j’étudie (1) les effets de l’interférence entre activités agricoles et deux grandes forces évolutives sur les arthropodes - la migration et la sélection naturelle –, (2) les interactions biotiques impliquant des arthropodes bioagresseurs et auxiliaires potentiels. Je dirige ces travaux suivant une approche transdisciplinaire à l'interface entre recherche fondamentale et recherche opérationnelle.

     

    I am interested in the dynamics of arthropod populations in agroecosystems and am studying (1) the effects of interference between farming activities and two major evolutionary forces on arthropods - migration and natural selection - and (2) biotic interactions involving arthropod pests and potential beneficials. I lead this work following a transdisciplinary approach at the interface between fundamental and operational research.

     

    Courriel : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

       
  • Magali PROFFIT

    MagaliProffit

    Chargée de recherche au CNRS

     

    J'étudie le rôle de la médiation chimique dans le fonctionnement de différents types d´interactions plantes-arthropodes. J'ai pour objectif de caractériser l´impact de l’augmentation de polluants atmosphériques sur la rencontre entre espèces dans les interactions plantes-insectes et donc sur la résilience de ces interactions. J'étudie également les mécanismes évolutifs expliquant la nature des signaux chimiques ainsi que la détection de ces signaux dans les interactions plantes-pollinisateurs.

     

    I study the role of chemical mediation in the functioning of different types of plant-arthropod interactions. I aim at characterising the impact of increasing concentrations of atmospheric pollutants on the encounter between species in plant-insect interactions and hence on the resilience of these interactions. I also investigate the evolutionary processes explaining the nature of the chemical signals and how they are detected in plant-insect interactions.

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  • Marc CHEYLAN

    altMaitre de conférence (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    tél : +33 4 67 61 32 61
    fax: +33 4 67 41 21 38

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    Mots clés : Conservation, Biogéographie, région méditerranéenne, Reptiles, Ecologie des populations, Phylogéographie.

  • Marine EL ADOUZI

    MEA

    Doctorante de l'Université Paul-Valéry Montpellier 3

     

    Je m'intéresse à l'écologie des communautés et à l’écologie chimique. Mes travaux de thèse portent plus particulièrement sur les communautés d’acariens se développant dans les litières en agrosystèmes et les interactions chimiques entre un microprédateur hématophage et son hôte oiseau.

     


    I am interested in community and chemical ecology. My PhD studies are focused on mesostigmatid mites’ communities dwelling in agrosystem litters and chemical interactions between a hematophagous micropredator and its avian host.

     

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  • Marion VALEIX

    Researcher CNRS

    " Movement, Abundance, Distribution" (MAD) Team Leader

     

    Marion ValeixCEFE

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 02

    Office 311, 3rd floor

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  • Mathieu JORON

    Directeur de Recherche / Senior scientist

    I study the evolution of adaptive diversity, using colour patterns in butterflies as a model. In my group, we integrate many different approaches, including ecology, genetics, and modelling, to try and untangle how multiple factors influence the evolution and maintenance of diversity and polymorphisms.

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  • Mellina SIDOUS

    Mellina

     Doctorante - CEFE/ Univ. Franche-Comté

     

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    0009-0009-3003-5080

    I am a PhD candidate studying scavenger communities and their responses to anthropic pressures. To do so I focus on different levels of organisation. More precisely, I study how climate change modified the repartition of the living prey and feeding events of a facultative scavenger, spotted hyaena (Crocuta crocuta); how increased abundance of elephant carrion may have impacted predator prey coupling of the population dynamics of the spotted hyaena and its usual linving preys ; and how land-use and forest loss impact the structure of scavenger communities and scavenging process.

  • MORIN Xavier

    Directeur de Recherche (DR2)

    CNRS Researcher 

    PhotoXM2022b.jpg

     

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33 (0)4 67 61 32 89
    Fax : +33 (0)4 67 61 33 36

    xavier dot morin @ cefe dot cnrs dot fr

     

    HDR : Impact des changements globaux sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes forestiers - soutenue le 11/2/2021
    Lien : HDR Xavier Morin

     

    Thèmes de recherche

    (English follows)

    Mes travaux cherchent à parvenir à une meilleure compréhension du déterminisme de la diversité végétale aux différentes échelles spatiales et temporelles, sa réponse aux changements futurs, et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers. En particulier, je cherche donc à comprendre et prédire comment la biodiversité des écosystèmes forestiers s’organise selon différentes échelles spatiales, comment elle sera modifiée par les changements globaux, et quelles en seront les conséquences sur le fonctionnement de ces écosystèmes. Pour ce faire j’essaie de développer une approche intégratrice basée sur les processus. Mes travaux se focalisent principalement sur les espèces d'arbres et arbustes. Pour mener à bien ces objectifs, j’utilise aussi bien des résultats issus d’expérimentation, d’observations le long de gradients écologiques in situ, et de modélisation.