Ingénieur de recherche

CEFE/CNRS
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Biographie

Introduction

Depuis peu, j'ai intégré l'équipe Ecologie et Epidémiologie Evolutive, ouvrant mon cadre de travail à de nouveaux modèles biologiques et de nouvelles données. Les approches de modélisation utilisées seront soit purement statistiques dans le cas de données discrètes (comme déjà réalisés avec les données de capture-recapture) ou pourront être plus mécanistiques dans le cas de données continues.

Mon travail consiste à développer des modèles et des logiciels pour l’estimation des paramètres démographiques ( comme pour les populations animales libres à partir de données de type capture-recapture, suivis individuels et longitudinaux). Ces modèles permettent entre autre d’estimer l’état physiologique/géographique d’un individu à partir d'observations imparfaites. Ils ont de nombreuses applications, par exemple en épidémiologie animale, en conservation, mais peuvent aussi être utilisés pour l’étude des plantes et de la dynamique des paysages. Les logiciels mettant en œuvre ces modèles demandent la mise au point d’algorithmes complexes d’estimation nécessitant la collaboration avec des mathématiciens/statisticiens. Outre les développements logiciels au sein de mon équipe, je collabore avec de nombreux écologistes à la modélisation et donc au développement de nouveaux modèles (voir par exemple mon habilitation). Ces différents volets de mon travail s’enrichissent mutuellement.

Développements logiciels pour l'adéquation et l'estimation en dynamique des populations: Télécharger les Logiciels

E-M/SURGE: Estimation de modèles Markoviens cachés (appelés multi-événements) et semi-Markoviens (estimation du temps passé dans un état. Modèles de capture-recapture et de présence-absence.

Nouveauté (28/01/2019):  E-SURGE 2-2-0 avec R to ESURGE, (R2ESURGE.pdf, ANSWERS2019.docx)

U-CARE: Tests d’adéquation pour les modèles multi-états.

Nouveauté (10/2020): U-CARE 3-3-0 (U-CARE 3.3 User’s Manual.pdf), ajout de nouveaux tests de détection de plusieurs classes de capturabilité et de transitions.

Package R: simulcrdatawithr version 0.1.0 (Simulation de données de capture-recapture)

En cours, développement d’un progiciel pour l’estimation de modèles continues en temps, en collaboration avec l’équipe Ecoépidémiologie Evolutionniste du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive de Lyon.

Travail de modélisation en cours:

• Modèle continue en temps appliqué à des données de type opportunistes (estimation du succès reproducteur et de la survie juvénile chez les ongulés). Articles et exposés ci-dessous.

Choquet, R., A. Garnier, E. Awuve, and A. Besnard. (2017). Transient state estimation using continuous-time processes applied to opportunistic capture-recapture data. Ecological Modelling 361:157-163.

Choquet, R. (2018). Markov-modulated Poisson processes as a new framework for analyzing capture-recapture data. Methods in Ecology and Evolution. 2018;9:929-935. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12961

Rémi Choquet, Jean-Baptiste Rumeau, Aurélien Besnard, Alexandre Garnier, Anne Loison, Jean-Paul Crampe. Non-homogeneous Markov modulated Poisson processes for capture-recapture data. (2018). ISEC Conference, St Andrews.

• Modèlisation et estimation de paramètres pour le covid

Benhamou, Wakinyan & Lion, Sebastien & Choquet, Remi & Gandon, Sylvain. (2022). Phenotypic evolution of SARS-CoV-2: a statistical inference approach. https://doi.org/10.110/2022.08.25.22279206.

• Modèlisation en présence d'erreur d'identification indiviuelle

Rémi Fraysse, Rémi Choquet, Carlo Constantini, Roger Pradel (2023). Population size estimation with capture-recapture in presence of individual misidentification and low recapture. https://arxiv.org/abs/2304.00885

Liste des projets passés et en cours.

Liste des publications

Animation: 

• Ateliers de formation.
• GDR Eco-statistiques
• Journées d'écologie Numérique

Aide aux logiciels:

• Forum pour E-SURGE, M-SURGE et U-CARE
• Recettes pour la génération de modèles complexes avec M-SURGE
• Trois modèles multi-événements avec E-SURGE

Mots clés : Disciplines :Ecologie, Calcul scientifique, Dynamique des populations Technique : Mathématiques, Informatique Thématique:Logiciel, Modélisation, Capture-Recapture, Présence-Absence Autres mots clés :Estimation, Conservation, Epidémiologie, Plantes.