Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive

Ingénieure d'Etude CNRS (CDD) en éco-épidémiologie/immunologie

Affectation Equipe EEE et Gemex

Thèmes de recherche

La circulation des agents infectieux dans les populations de vertébrés coloniaux en subantarctique : surveillance, compréhension des processus et implications pour la gestion.
Echantillonnage sur le terrain dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises, et analyses des échantillons récoltés grâce à l'utilisation de la plateforme GEMEX (analyses sérologiques).

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Research Assistant CNRS (CDD) Eco-epidemiology/immunology, supervizor : Thierry Boulinier

Research topic :

Circulation of infectious agents in colonial marine vertebrate populations in the sub-antarctic : surveillance, investigations on immune processes and conservation issues.
Field-sampling sessions in sub-antarctic areas, and samples analyses using the GEMEX platform (mainly serological analyses).

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CEFE - Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

Tél : +33/0 X XX XX XX XX - Email Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Bibliographie

Bralet, T., Aaziz, R., Tornos, J., Gamble, A., Clessin, A., Lejeune, M., Galon, C., Michelet, L., Lesage, C., Jeanniard du Dot, T., Desoubeaux, G., Guyard, M., Delannoy, S., Moutailler, S., Laroucau, K. & Boulinier, T.2025. High-throughput microfluidic real-time PCR as a promising tool in disease ecology.Journal of Animal Ecology, sous presse.

Clessin, A., Briand, F.-X., Tornos, J., Lejeune, M., De Pasquale, C., Fischer, R., Souchaud, F., Hirchaud, E., Bralet, T., Guinet, C., McMahon, C., Grasland, B., Baele, G. & Boulinier, T. 2025. Mass mortality events in the sub-Antarctic Indian Ocean caused by long-distance circumpolar spread of highly pathogenic avian influenza H5N1 clade 2.3.4.4b. Pre-print BioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2025.02.25.640068

Cossin-Sevrin, N., Bocquet, C., Lemonnier, C., Faulmann, T., Garcin, N., Lejeune, M., ... & Viblanc, V. A. 2025. Sexual dimorphism in red blood cell mitochondrial respiration during breeding fasts in king penguins. Ecological and Evolutionary Physiology, 98(2), 000-000.

Lisovski, S., Günther, A., Dewar, M., Ainley, D., Aldunate, F., Arce, R., Ballard, G., Bauer, S., Belliure, J.,Banyard, A.C., Boulinier, T., Bennison, A., Braun, C., Cary, C., Catry, P., Clessin, A., Connan, M., Correia, E., Cox, A., Cristina, J., Elrod, M ., Emerit, J., Ferreiro, I., Fowler, Z., Gamble, A., Granadeiro, J.P., Hurtado, J., Jongsomjit, D., Lesage, C., Lejeune, M., Kuepfer, A., Lescroël, A., Li, A., McDonald, I.R., Menéndez-Blázquez, J., Morandini, V., Moratorio, G., Militão, T., Moreno, P., Perbolianachis, P., Pennycook, P., Raslan, M., Reid, S.M., Richards-Babbage, R., Schmidt, A.E., Maria Sander, M., Smyth, L., Soutullo, A., Stanworth, A., Streith, L., Tornos, J., Varsani, A., Herzschuh, U., Beer, M. & Wille, M. 2024. Unexpected delayed incursion of Highly Pathogenic Avian Influenza H5N1 (Clade 2.3.4.4b) into the Antarctic region. Influenza and Other Respiratory Viruses 18:e70010.

Lamb, J.S., Tornos, J., Lejeune, M. & Boulinier, T. 2024. Rapid loss of maternal immunity and increase in environmentally mediated antibody generation in urban gulls. Scientific Reports 14:4357

Viblanc, V. A., Criscuolo, F., Sosa, S., Schull, Q., Boonstra, R., Saraux, C., Lejeune, M., Roth, J.D., Uhlrich, P., Zahn, S. & Dobson, F. S. 2022.Telomere dynamics in female Columbian ground squirrels: recovery after emergence and loss after reproduction. Oecologia, 199(2), 301-312.

Mégevand, L., Martínez-Alarcón, D., Theuerkauff, D., Rivera-Ingraham, G. A., Lejeune, M., Lignot, J. H., & Sucré, E. 2021. The hepatopancreas of the mangrove crab Neosarmatium africanum: a possible key to understanding the effects of wastewater exposure (Mayotte Island, Indian Ocean). Environmental Science and Pollution Research, 28(43), 60649-60662.

Theuerkauff, D., Rivera-Ingraham, G. A., Lambert, S., Mercky, Y., Lejeune, M., Lignot, J. H., & Sucre, E. 2020. Wastewater bioremediation by mangrove ecosystems impacts crab ecophysiology: In-situ caging experiment. Aquatic Toxicology, 218, 105358.

Theuerkauff, D., Rivera-Ingraham, G. A., Mercky, Y., Lejeune, M., Lignot, J. H., & Sucré, E. 2018. Effects of domestic effluent discharges on mangrove crab physiology: Integrated energetic, osmoregulatory and redox balances of a key engineer species. Aquatic Toxicology, 196, 90-103.

Ingénieur de recherche

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
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Biographie

Introduction

Depuis peu, j'ai intégré l'équipe Ecologie et Epidémiologie Evolutive, ouvrant mon cadre de travail à de nouveaux modèles biologiques et de nouvelles données. Les approches de modélisation utilisées seront soit purement statistiques dans le cas de données discrètes (comme déjà réalisés avec les données de capture-recapture) ou pourront être plus mécanistiques dans le cas de données continues.

Mon travail consiste à développer des modèles et des logiciels pour l’estimation des paramètres démographiques ( comme pour les populations animales libres à partir de données de type capture-recapture, suivis individuels et longitudinaux). Ces modèles permettent entre autre d’estimer l’état physiologique/géographique d’un individu à partir d'observations imparfaites. Ils ont de nombreuses applications, par exemple en épidémiologie animale, en conservation, mais peuvent aussi être utilisés pour l’étude des plantes et de la dynamique des paysages. Les logiciels mettant en œuvre ces modèles demandent la mise au point d’algorithmes complexes d’estimation nécessitant la collaboration avec des mathématiciens/statisticiens. Outre les développements logiciels au sein de mon équipe, je collabore avec de nombreux écologistes à la modélisation et donc au développement de nouveaux modèles (voir par exemple mon habilitation). Ces différents volets de mon travail s’enrichissent mutuellement.

Développements logiciels pour l'adéquation et l'estimation en dynamique des populations: Télécharger les Logiciels

E-M/SURGE: Estimation de modèles Markoviens cachés (appelés multi-événements) et semi-Markoviens (estimation du temps passé dans un état. Modèles de capture-recapture et de présence-absence.

Nouveauté (28/01/2019): E-SURGE 2-2-0 avec R to ESURGE, (R2ESURGE.pdf, ANSWERS2019.docx)

U-CARE: Tests d’adéquation pour les modèles multi-états.

Nouveauté (10/2020): U-CARE 3-3-0 (U-CARE 3.3 User’s Manual.pdf), ajout de nouveaux tests de détection de plusieurs classes de capturabilité et de transitions.

Package R: simulcrdatawithr version 0.1.0 (Simulation de données de capture-recapture)

En cours, développement d’un progiciel pour l’estimation de modèles continues en temps, en collaboration avec l’équipe Ecoépidémiologie Evolutionniste du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive de Lyon.

Travail de modélisation en cours:

Modèle continue en temps appliqué à des données de type opportunistes (estimation du succès reproducteur et de la survie juvénile chez les ongulés). Articles et exposés ci-dessous.

Choquet, R., A. Garnier, E. Awuve, and A. Besnard. (2017). Transient state estimation using continuous-time processes applied to opportunistic capture-recapture data. Ecological Modelling 361:157-163.

Choquet, R. (2018). Markov-modulated Poisson processes as a new framework for analyzing capture-recapture data. Methods in Ecology and Evolution. 2018;9:929-935. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12961

Rémi Choquet, Jean-Baptiste Rumeau, Aurélien Besnard, Alexandre Garnier, Anne Loison, Jean-Paul Crampe. Non-homogeneous Markov modulated Poisson processes for capture-recapture data. (2018). ISEC Conference, St Andrews.

Modèlisation et estimation de paramètres pour le covid

Benhamou, Wakinyan & Lion, Sebastien & Choquet, Remi & Gandon, Sylvain. (2022). Phenotypic evolution of SARS-CoV-2: a statistical inference approach. https://doi.org/10.110/2022.08.25.22279206.

Modèlisation en présence d'erreur d'identification indiviuelle

Rémi Fraysse, Rémi Choquet, Carlo Constantini, Roger Pradel (2023). Population size estimation with capture-recapture in presence of individual misidentification and low recapture. https://arxiv.org/abs/2304.00885

Liste des projets passés et en cours.

Liste des publications

Animation:

Ateliers de formation.
GDR Eco-statistiques
Journées d'écologie Numérique

Aide aux logiciels:

Mots clés : Disciplines :Ecologie, Calcul scientifique, Dynamique des populations Technique : Mathématiques, Informatique Thématique:Logiciel, Modélisation, Capture-Recapture, Présence-Absence Autres mots clés :Estimation, Conservation, Epidémiologie, Plantes.