AnneCharpentierMaître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

    HDR (Habilitée à diriger des recherches)

    I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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  • Arnaud Grégoire

    Maître de Conférences à l'Université de MontpellierArnaud GREGOIRE
    Faculté des Sciences, département d'enseignement Biologie Ecologie


    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5
    Tél : +33/0 4 67 61 32 58
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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    Mots clés

    Discipline :Ecologie

    Thématiques : Ecologie évolutive et comportementale, Interactions durables
    Organismes biologiques : Oiseaux, Arthropodes
    Milieu : Terrestre, Marin
    Techniques : Analyse de données, Expérimentation et suivis sur le terrain, Analyses au laboratoire (immunologie), Capture-Marquage-Recapture, Spectrophotométrie
    Autres mots clés : Ecologie Urbaine, Sélection sexuelle, Interactions hôte-parasite, Effets maternels,


  • Aurélien BESNARD

    altSenior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

    HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
    Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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    Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.


  • Bertrand SCHATZ


    B Schatz

    Directeur de recherche au CNRS, CID 52


    Je m’intéresse à l’écologie de la pollinisation, à l’évolution des interactions plantes-insectes et à la conservation de ces communautés. Mes travaux concernent surtout les figuiers en milieu tropical et les orchidées en milieu méditerranéen et ils portent sur la compréhension fondamentale de ces interactions et l’opérationnalité de leur conservation.


    I am interested in pollination ecology, in the evolution of plant-insect interactions and in the conservation of these communities. My studies concern tropical figs and Mediterranean orchids and they are focused on the fundamental understanding of these interactions and using fundamental insights for operational conservation.  


    Courriel : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.



  • Claire Doutrelant


    Tenure CNRS research scientist (DR)

    CEFE CNRS 1919 Rte de Mende, 34293 Montpellier

    Tél : +33/0 4 67 61 32 60 / Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.



    My research is centered in the theoretical framework of evolutionary ecology, population biology and behavioural ecology. My projects aim at understanding life history variation in order to determine the adaptive and evolutionary processes that explain and maintain animal diversity. I´m particularly interested by three kinds of life history traits linked to behavior: cooperation, animal communication and maternal invesment. I'm mainly using birds as biological models. I'm mainly using empirical methods, including large-scale experiments and analyses of long-term data sets on different populations of passerine birds in the field.

    I'm currently working on four main projects. 1) Evolution of colour ormentation in birds(with a special focus on female coloration and blue tits) 2) the cause and life history traits consequences of cooperation in sociable weavers ; 3) Sexual and social evolution on islands, and 4) the evolution of weaver nests. I'm also part of  the art-science project Obô.

    1 - Evolution of ornementation in birds


     Photos: Claire Doutrelant

    Team: Arnaud GREGOIRE(Lecturer, Univ Montpellier), Amélie FARGEVIEILLE (post Doc), David LóPEZ-IDIáQUEZ (Post doc), Lisa SANDMEYER (PhD Student)

    Collaborations: Anne CHARMANTIER(CEFE),  Denis REALE(UQUAM, Canada), Céline TEPLITSKY(CEFE), Doris GOMEZ(CEFE),   Julien RENOULT (CEFE),  RIta COVAS(CIBIO Portugal, FizPatrick Institute SA); Maria DEL REY (spectrophotometric measurements), Christophe de FRANCESCHI(field work and data base management), Samuel PERRET(Field work and Patch measurements), Annick LUCAS(Field work and Patch measurements), Pablo GIOVANNINI(Field work)

    * Evolution of female colour ornementation

    In this project we use a combination of empirical and comparative approaches to address three fundamental questions on sexual and social selection in both monomorphic species and dimorphic species in which females present conspicuous traits. Our questions are the following (i) Are female conspicuous traits under sexual /social selection ? (ii) Do female conspicuous traits reflect female quality and which mechanisms maintain signal honesty? (iii) What are the population consequences of female signalling and mutual sexual selection.

    Examples of publications (full list below)

    Fargevieille, A., Grégoire, A., Gomez, D. & Doutrelant, C. 2023Evolution of female color in birds: the role of paternal care and female reproductive costs.Journal of evolutionary ecology. 36(3), 579-588

    Doutrelant, C., Fargevieille, A., Grégoire, A.  2020.Evolution of female coloration: what have we learned from birds in general and blue tits in particular. Adv. Study in Behaviour PDF


     Photo Claire Doutrelant

     * Evolution of plumage ornement in space and time

    Selection often varies in space and time and long-term research that spans broad spatial scales is needed to understand the factors driving phenotypic variation and to assess the links between traits and fitness.  To assess the importance of spatiotemporal variation  and its consequences on selection estimates, we collected data on two study systems: (i) the blue tit (yellow and UV-blue colorationsmeasured by spectrophotometry since 2005, 600 birds measured each year); (ii) the  size of the sociable weaver melanin patch  since 2010 (the bib patch is photographied each year on 400 individuals)

    Examples of publications (full list below)

     Lopez-Idiaquez, D.; Teplitsky, C.; Grégoire, A.; Fargevieille, F.; del Rey, M.; de Franceschi, C.; Charmantier, A.; Doutrelant, C. 2022. Long-term decrease in colouration: a consequence of climate change? American Naturalist https://doi.org/10.1086/719655   

    Fargevieille, A., Grégoire, A., Charmantier, A., Rey Granado, M., Doutrelant, C. 2017. Assortative mating by colored ornaments in blue tits: space and time matter Ecology Evolution.7 2069-2078  PDF

     Acker, P., Grégoire, A..,Rat, M., Spottiswoode C. N.,van Dijk, R. E., Paquet,M., Kaden, J.C., Pradel R. , Hatchwell,B. J. , Covas, R.*, Doutrelant,C.* 2015. Disruptive viability selection on a black plumage trait associated with dominance Jounal of Evolutionary Biology28: 2027-2041 PDF

    dom franck

    Dominance interaction -  Photo Franck Théron


    2 -Evolution and consequences of cooperation

     *TEAM: Co Pi: Rita COVAS(http://www.fitzpatrick.uct.ac.za/fitz/staff/research/covas; CIBIO, Portugal), André FERREIRA (Univ. Zurich), Franck THERON (data base managmer and field), Liliana SILVA (video manager and machine Learning methods) Jorge Garcia Campa (Post doc),  Gabriel Munar(Postdoc), Babette FOURIE (PhD Student), Nicolas  SILVA(PhD Student), Marta MARMELO (PhD Student); , Fanny RYBAK(Univ Orsay, FR),

    *Collaboration:  Matthieu PAQUET(Swenden), Bruno FAIVRE(Univ. Dijon, FR), François CRISCUOLO& Sandrine ZAHN(Univ Strasbourg, FR),  Julien Renoult(CEFE, FR)

               Website: https://sociableweaverproject.com/

    The project aims at understanding the fitness bases of cooperation and the consequences of cooperation for population dynamics through its effects on reproductive output, survival and dispersal. Our study model is an endemic passerine bird from southern African passerine. This bird is a cooperative breeder. In cooperatively breeding species, mature individuals called ‘helpers’ assist the breeding pairs by bringing additional food to the nest. We work on the evolution of different cooperative behaviours – cooperative breeding, nest building and predator mobbing and on the relationship between cooperation, fitness, dispersal and long-term population dynamics.

    Currently our project has two main aims: (i) determining whether sexual or social selection play a role in the evolution of cooperation and thus the role of partner choice ; (ii) determining  how presence / absence of co-operators affects maternal effects and parental investments

    This project is suppported by the PercyFizpatric Institute of the University of Cape Town & the INEE - CNRS: Long-term Studies in Ecology and Evolution (SEE-Life)


    Examples of publications (full list below)

    D'Amelio, P.; Ferreira, A.; Fortuna, R.; Paquet, M.; Silva, L. ; Theron, F.; Doutrelant, C.; Covas, R. 2022. Disentangling climatic and nest predator impact on reproductive output reveals adverse high temperature effects regardless of helper number in an arid-region cooperative bird Ecology Letter25(1), 151-162

    Covas, R., Lardy, S.; Silva, L.; Rey, B.; Ferreira, A. C.; Théron, F.; Tognetti, A.; Faivre, B. Doutrelant, C. 2022.The oxidative cost of helping and its minimisation in a cooperative breeder Behavioural Ecology33(3), 504-517

    Fortuna, R. Paquet, M., Ferreira, A.C; Silva, L Theron, F & Doutrelant, C & Covas, R 2021 Maternal allocation in relation to weather, predation and social factors in a colonial cooperative bird Journal of Animal ecology 90, 1122-1133.

    Ferreira, A., Silva, L., Renna, F., Brandl, H. B., Renoult, J., Farine, D., Covas, R. & Doutelant, C.  2020 Deep learning based methods for individual recognition in small birds. Method in Ecol Evol PDF

    Covas, R. & Doutrelant, C.* 2019. Testing the sexual and social benefits of cooperation in animals. Trends Ecol Evol In press. *Both authors contributed equally to the manuscript PDF

    tisserins Photos: Claire Doutrelant

      3- Evolution on islands

    TEAM:  Rita Covas (CIBIO, Portugal), FitzPatrick Institute, Univ Cape Town), Martim Melo(CIBIO),  Claire Loiseau ( Univ Montpellier), Ana Leitao (Post doc ); Raquel Ponti (Post doc)

                 Website: https://islandbirdproject.com/

    Islands are unique ecosystems sharing a distinctive set of characteristics that make them particularly interesting to study adaptation by organisms. The isolation and reduced area of islands result in simplified ecological ecosystems and an impoverished fauna that are expected to lead to convergent patterns of adaptation (the ‘insularity syndrome’). Our aim is to establish, using comparative work , whether island birds worldwide display such convergent shift for ornamentation, songs, behaviour and morphology. Then we aim at determining which factors lead to those changes and are particularly interested by the role of parasitism and interspecific competition. We worked on data collected in natural history museum and in the field (Sao Tome, Madeira, Gabon, Cameroun).

    Examples of publications (full list below)

    Ponti, R., Doutrelant, C., & Covas, R. (2023). Strength of the ‘island rule’in birds is positively associated with absence of avian predators.Biology Letters, 19(3), 20220536

    Barthe, M., Doutrelant, C., Covas, R., Melo, M., Illera, J. C., Tilak, M. K.,... & Nabholz, B. (2022). Evolution of immune genes in island birds: reduction in population sizes can explain island syndrome. Peer Community Journal, 2.

    Robert, A., Melo, M., Lengagne, T.,. Julien, S..& Doutrelant, C. 2021Patterns of bird song evolution on islands support the character release hypothesis in tropical but not in temperate latitudes. Journal of Evolutionary Biology34(10), 1580-1591

    Bliard, L., Robert, A. Paquet, M, Renoult, J., Grégoire, A., Crochet, P.A. Covas, R & Doutrelant, C. 2020 Examining the link between relaxed predation and bird colouration on islands.  Biol Lett PDF

    Robert, A., Lengagne, T., Melo, M., Julien, S.., Gardette, V. Covas, R. & Doutrelant, C.2019. The Theory of Island Biogeography and Soundscapes: species diversity and the organization of acoustic communities. J. Biogeography PDF

    Doutrelant, C.,Paquet,Renoult, J. M. Grégoire, A., Crochet, P.A. Covas, R. 2016 Worldwide patterns of bird colouration on islands. Ecology Letter  19: 537–545 PDF

     Photos: Claire Doutrelant & Martim Melo

     4 - Weaver nest as an extended phenotype

    Team : Rita Covas (CIBIO, Portugal), FitzPatrick Institute, Univ Cape Town), Julien Renoult (CEFE), Erwan Harscouet(phD CEFE),  Dieter Oschadleus(Univ. Cape Town) , Staffan Andersson(Univ.  Gothenburg), Fanny Rybak(Univ. Paris Sud), Doris Gomez(CEFE), Paul Dufour (Univ. Grenoble), Pietro d'Amelio (Post doc)

    Our aim is to work on one of the most spectacular and diverse radiations of extended phenotypes, the intricate and complex nest architectures of weaverbirds (family Ploceidae, 117 species in 16 genera), varying from the exquisite lace-like Malimbusnests to the rough thatch of the communally built sociable weaver nests . Our central aim is to investigate the role of sexual selection on the evolution and diversification of i) nest architecture (the extended phenotype) and ii) nest building behaviour (a potential associated display) and, for both traits, to determine how they relate to the classic ornaments in this group – striking colours, songs, and flight displays.


    5-Long term monitoring of blue tit (worked initiated by Jacques Blondel in 1976)

    Researchers: Jacques Blondel, Samuel Caro,Anne Charmantier, Claire Doutrelant,,Christophe de Francheschi,  Pablo Giovannini, Arnaud Grégoire, Marcel Lambrechts, Annick Lucas, Samuel Perret,  Philippe Perret,Denis Réale(Canada),Céline Téplltsky

    This program  is supported but the INEE - CNRS: Long-term Studies in Ecology and  Evolution (SEE-Life)

    https://data.oreme.org/tit/home   & https://oreme.org/observation/ecopop/mesanges/


    mesangePhotos Claire Doutrelant

     6 - Obô, an art science projet

    An art science project with Claire Loiseau, Martim Melo, Hélène Fromen & Maya Cylarem

    Project funded by Biopolis with the help of the CNRS, CEFE. A first sponsor: Ornithomedia


    Poster by Maya Cyclarem & Ayline Le Sourd

    7- Short CV

    • 2019 DR CNRS reasearcher & Team leader  with D. Gomez: E3co: Empirical Evolutionary Ecology, Communication and Cooperation
    • 2014-15: Invited researcher Cape Town University. Fitzpatrick Institute  (South Africa)
    • 2011 Autorisation à Expérimenter niv. 1
    • 2009 HDR
    • 2003 Invited researcher at Yale University (USA)
    • 2001-2004 CR CNRS researcher at Brunoy (CNRS, MNHN, UMR 5176)
    • 2000-2001 Post-doc : Univ. Cap Town (SA), Dir. Morné du Plessis
    • 1999-2000 Post-doc : Univ. Copenhagen (Danemark), Dir. Peter McGregor
    • 1995-1998 Ph D Univ Paris 6. Dir. Marcel Lambrechts


    8 - Publications

    update list: https://scholar.google.fr/citations?hl=fr&user=Fap-wf0AAAAJ

    Do not hesitate to ask for reprint !

    9 - Funding

    Investigatrice principale (PI)

    * 2020-2024        ANR Extended phenotype.The evolution of extended phenotypes and associated signals in animals: weaverbirds’ nests and sexual selection as a case study?  With R Covas (CIBIO, Univ Porto, F Rybak (Univ Paris Sud), Julien Renoult

    * 2018-2019        CEMEB Montpellier Explanatory Research Project Relaxed selection at immunity genes in insular populations ? A test using a population genomics approach With B Naboltz R Covas, M Melo, C. Loiseau

    * 2018- ..             OSU OREME Suivi de la phénologie de reproduction du Républicain Social.

    * 2015-2019       ANR défis de tous les savoir Can cooperation be under social or sexual selection?  With R Covas (CIBIO, Univ Porto, B Faivre (Univ Dijon), F Rybak (Univ Paris Sud)

    * 2016-2018                 PEPS CNRS INEE Paysage Rôle de la compétition interspécifique dans la structuration des paysages acoustiques .  With A Robert (Phd), M Melo (Univ Porto), T Lengagne (CNRS, Lyon).

    * 2012-2015         Bourse chercheur d'avenir Région Languedoc Roussillon Sélection sexuelle femelle chez les oiseaux : réalité, origine et conséquences populationnelles - With Arnaud Grégoire, Doris Gomez, Anne Charmantier

    *2009-2013         ANR JCJCSélection sexuelle, sociale et évolution des ornements femelles. WithArnaud Grégoire, Doris Gomez, Anne Charmantier, B. Doligez

    Co Pi

    * 2020-2025        ERC Consolidator COOPERATIVE PARTNER. Pi R Covas

    * 2016-2018         Portuguese Science and Technology Foundation (FCT)- Direct benefits of cooperation.PI Rita Covas

    *2013-2016         Programme Européen Marie Curie-IRSES Cooperation. Pi Rita Covas. coPI C. Doutrelant, B. Hatchwell,

    *2013-2015         FCT + National geographic:Parasite pressure, immunity and sexual ornaments in island and mainland birds.

    * 2010-2013         FCT Maternal effects and cooperation Pi Rita Covas,

    * 2010- ..             OSU OREME. Suivi de la phénologie de reproduction de la mésange bleue. co Pi A. Charmantier C. Doutrelant, A. Grégoire, M. Lambrechts, C. Téplitsky

    *2008 – …         Centre of Excellence FitzPatrick Institute (Af du Sud): Cooperative breeding in sociable weavers Co Pi Rita Covas C. Doutrelant


    • Post Doc

    2024-2026 Sophie Dupont. Telomere and survival under normal condition and after an extreme fire event. Biopolis Felllowship

    2024-2026 Jorge Garcia Campa. Mate choice and cooperation. Employed by ERC grant

    2024-2026 Gabriel Munar. Social network and fitness. Employed by ERC grant

    2020-2022: David López-Idiáquez  Multiple signalling in birds .  Basque Fellowship

    2018-2022: Pietro d'amelio.  Mate choice of a socially monogamous, dull colored, cooperatively breeding species, the Sociable Weaver: Assessing the role of social behavior, morphology, past reproductive success and black color patches  Co direction with R. Covas and Fanny Rybak. ANR (2018), Claude Leon Fellowship (2019-21), Marie Curie Fellowship (2021-2022)

    2017- 2018: Nora Carlson.  Effet de l'audience sur la coopération. Co direction avec R. Covas et F. Rybak

    2016- 2017: Marie Holveck.  Vision dans le noir et évolution de la coloration des oeufs. Co direction avec A Grégoire et D. Gomez

    2014-2017: Sophie Lardy. The physiological cost of cooperation. Co direction avec R. Covas

    2013-2015: Elisa Lotabo. The evolution of host-parasite interactions on islands and implications for sexual selection .Co direction avec R. Covas

    2011-2012. Doris Gomez. Conséquences de la sélection sexuelle femelle sur la dynamique des métapopulations. Financement ANR FEM SEX POP

    2009-2010. Marie Holveck. Sélection sexuelle et coloration des œufs. La mésange bleue comme cas d'étude. Financement Univ. Montpellier II, ASAB, ANR FEM SEX POP. Co encadrement avec A. Grégoire

     • PHD

    2023-2027. Marta Marmelo(Univ Porto & Montpellier) cooperative personalities. Co-supervision with R. Covas

    2023-2027. Babette Fourie (Univ Porto & Montpellier) Social network and benefits of coperation. Co-supervision with R. Covas & A Ferreira

    2022-2025. Lisa Sandmeyer(Univ Montpellier) Bird ornementation and social and environemental variation. Co-supervision with A. Grégoire é David Lopez-Idiaquez

    2020-2024. Nicolas Silva (Univ Montpellier) Sexual selection in a monogamous dull species. Co-supervision with R. Covas

    2020-2024. Erwan Harscouet (Univ Montpellier) Weaver nests as an extended phenotype. Co-supervision with R. Covas, J Renoult

    2017-2020. Rita Foruna. (Univ. Porto) Prenatal maternal effects and its consequences for offspring, parents and helpers fitness in a cooperatively breeding species. Co-supervision with R. Covas and Matthieu Paquet

    2017-2020. André Ferreria. (Univ. de Montpellier) Social, sexual selection and coopration. Co-supervision with R. Covas

    2015-2018. Alois Robert. (Univ Montpellier). Evolution des signaux colorés et acoustiques au sein des ommunautés d'oiseaux Co-supervision withD. Gomez

    2013-2016. Amélie Fargeveille. (Univ Montpellier). Choix de partenaire et évolution des signaux femelles Co-supervision withA. Grégoire

    2011-2014. Margaux Rat. (Univ. du Cap Af du Sud). Dominance, coopération et sélection sexuelle chez le Tisserin social. Co-supervision withR. Covas & Rene Van Dijk

    2010-2013. Matthieu Paquet. (Univ. Montpellier). Effets maternels et reproduction coopérative chez le Tisserin social. Co-supervision withR. Covas

    2007-2010 : Afiwa Midamegbe. (Univ. Montpellier). Les signaux femelles chez la Mésange bleue: des signaux sexuels secondaire ? Co-supervision withA. Grégoire

    9) PRESS

     Sociable weavers :

    • Jeanne Bourdier - Sciences et Avenir- 2020-Une intelligence artificielle capable de différencier les oiseaux au sein d’une même espèce PDF sciences et avenir




    Passerault M. (2016) Le plus gros nid du monde abrite un oiseau colonial à reproduction coopérative, le Républicain social Philetairus socius. Le LIROU Revue du Groupe Ornithologique des Deux-Sèvres, n°34 : p48-52. PDF

    Pagnon, T. 2018 La cité des républicains Espèce Numero 30: 38-47 PDF

    Evolution on islands:




     IMG 2145


     I'm always looking for motivated students and post doc to build / work on project! Do not hesitate to contact me with a CV to share your interest!


  • Claude MIAUD


    Directeur d'Etudes EPHE-PSL


    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tel. : +33(0)4 67 61 33 43

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    My research is in the field of evolutionary ecology, often with a conservation point of view. I study variation among populations (mostly amphibians) along gradients (altitude, pollutants), to identify eg local adaptations in life history traits. More recently, I developped research in epidemiology to understand the dynamics of diseases affecting amphibian populations. Finally, I continue some eco-ethological studies mainly with amphibian dispersal by direct (eg radiotracking) and indirect (eg genetic markers) methods.

  • Interactions Humains Animaux

    Notre équipe travaille sur les interactions entre humains et animaux selon une approche interdisciplinaire qui tient explicitement compte de leurs caractéristiques biologiques, comportementales, sociales et culturelles. Nous nous intéressons en particuliers aux questions de gestion de la faune sauvage et des animaux domestiques en interaction avec les activités humaines. Nous évoluons le long d’un gradient qui va de la conception et de la mise en place de protocoles d’échantillonnage, l’étude de la dynamique et de la distribution des populations, l'étude des savoirs écologiques, des perceptions et des pratiques des acteurs impliqués dans la gestion, jusqu’aux recommandations de gestion et la contribution aux processus de prise de décision et d’élaboration ou d’évaluation de politiques publiques de gestion et de conservation de la nature.

    Afin d’étudier la dynamique des populations sauvages nous développons des méthodes et outils statistiques. La plupart de nos travaux s’inscrivent en biologie et géographie de la conservation. Ceux-ci cherchent à développer des interfaces entre spécialistes en statistiques et gestionnaires d’aires protégées ou conservationnistes pour mieux étudier l’évolution des paramètres démographiques et populationnels des espèces et ainsi définir des politiques de protection, de prélèvement et de gestion plus adaptées.

    Nos travaux mobilisent également des approches et méthodes sociologiques, ethnologiques et de géographie humaine afin de mieux comprendre les relations entre humains et animaux. Nous étudions les savoirs écologiques et éthologiques des populations locales et les rétroactions entre dynamiques de population, écologie spatiale et géographie animale selon les perceptions et pratiques des chasseurs, éleveurs, bergers, agriculteurs, gestionnaires d’aires protégées et environnementalistes.

    A partir de l’analyse des controverses sociopolitiques ou dans le cadre de projets de recherche-action relatifs à la gestion de populations gibiers, des dégâts liés au gibier ou aux grands prédateurs, de populations d’espèces menacées, nous explorons dans différents contextes socio-écologiques, comment l’écologie et les comportements des animaux domestiques et sauvages façonnent les relations des humains avec ces animaux et les réseaux de relations complexes et dynamiques entre acteurs humains ; et comment en retour ces relations façonnent l’écologie et les comportements animaux dans le temps et l’espace.

    Notre équipe a ainsi une activité fortement interdisciplinaire, croisant l’écologie, la géographie, l’ethnologie, la statistique et la modélisation mathématique et multi-agents spatialisée ou non. Nous réalisons une approche critique de nos approches interdisciplinaires et conduisons une réflexion spécifique de longue haleine sur l’interface science/gestion et l’efficacité des politiques publiques. Nous nous impliquons dans de nombreuses missions de conseil scientifiques auprès des services de l’Etat, des gestionnaires d’aires protégées, des organismes locaux, régionaux et internationaux en liens avec la gestion, l’exploitation et la conservation de la faune sauvage. Nous enseignons dans des masters et spécialisations de plusieurs Grandes Ecoles et Universités, en France principalement. Enfin, nous organisons régulièrement des formations spécifiques pour le milieu socio-professionnel des gestionnaires de la nature, les étudiants et les chercheurs.

    Nous entretenons de solides partenariats de long terme avec des acteurs publics (OFB, ex. AFB et ONCFS, Parcs Nationaux), para-publics (CBN, ONF, Réserves naturelles de France, Fédération des Parcs naturels régionaux) et privés (bureaux d’étude, zoos, associations). Partant du constat que nos doctorant.e.s et post-doctorant.e.s ne trouveront pas tou.te.s un poste académique, nous entretenons des liens étroits avec le milieu non-académique dans le souci de leur intégration professionnelle.

    Les trois axes qui structurent l’équipe sont :

    Axe 1 : gestion des populations animales exploitées

    Modèles d’étude : ongulés (sangliers) et oiseaux.

    Partenariat fort avec OFB (ex. ONCFS/AFB) et Fédérations départementales de chasseurs   


    Axe 2 : gestion des populations de grands mammifères

    Grands carnivores (ours, loup, lynx) et cétacés (grands dauphins)

    Partenariat avec fort ONCFS, FDC, associations


    Axe 3 : formation

    Outre l’enseignement académique classique dans lequel nous sommes investis, notre équipe a une activité conséquente dans la formation sous forme d’ateliers pour l’OFB, les bureaux d’étude, la formation continue et les collègues universitaires. Ces formations ont clairement une forte composante de transfert soit des méthodes de modélisation mathématique et d’analyses statistiques de données de sciences écologiques ou humaines, soit des méthodes d’intégration des sciences humaines et sociales avec l’écologie dans des dispositifs interdisciplinaires de recherche ou de recherche-action dans le contexte des interactions humains/animaux ou aires protégées/non protégées.

  • Johanne NAHMANI

    Chargée de recherche (CR1) 


    Responsable de l’équipe BIOFLUX

    Campus du CNRS

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    tel:+33 (0)4 67 61 32 43
    fax:+33 (0)4 67 41 33 36

    e-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.



    Mots clés : 

    Macroinvertébrés du sol, Diversité, Rôle fonctionnel (Structuration des sols, Décomposition des litières), Perturbations anthropiques et changements globaux, Traits biologiques, écologiques et fonctionnels

  • John D. THOMPSON

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    John D. Thompson

    Directeur de recherches, première classe

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    Programme de recherche

    Depuis le début ma carrière de scientifique à Montpellier en 1989 mes recherches se placent toujours dans le cadre historique, bio-géographique et paysager particulièrement fascinant de la région Méditerranéenne et se focalisent sur l’écologie, l’évolution et la conservation de la flore.

    Dans cette région les changements historiques et contemporains pourraient avoir des conséquences profondes aussi bien pour la dynamique et la viabilité des populations et des communautés, que pour la capacité de réponse évolutive rapide des espèces, aspect scientifique trop souvent négligé. n élément clé dans mes recherches concerne mon investissement dans une recherche qui s'articule autour de collaborations interdisciplinaires très étroites (sciences humaines) et l'animation d'une interface fonctionnelle entre problématique scientifique et enjeux de conservation.

    Ces recherches s’articulent autour des thèmes suivants :

    • L’application de notre connaissance sur l’évolution de la flore à la conservation conservation du potentiel évolutif.
    • L’ évaluation de l’état de conservation des populations d’espèces rares, endémique où en limite d’aire.
    • La connaissance de la niche fine des espèces en tant que connaissance fondamentale pour la gestion de la flore.
    • L’analyse des interfaces entre connaissances écologique, perceptions culturelles et savoirs-faire locaux (notamment pour la cueillette) dans la conservation de la flore.

    Actuellement je mène des recherches dans le cadre du programme « Transitions écologiques et flore protégée : la gestion conservatoire à l’échelle de la niche (TRANECOL) financé par l’OFB et le CEMEB. Ce programme a pour but d’analyser la variabilité de la niche des espèces végétales protégées en situations de transitions écologiques où le fonctionnement des milieux est particulièrement contrasté en région méditerranéenne: en l’occurence la mosaïque de milieux côtiers où la micro-topographie et la salinité varie de manière très forte sur des espaces très restraints, les gradients d’altitude en arrière pays et sur les écotones entre grands types de substrat. L’objectif ici est d’informer les stratégies et actions des gestionnaires sur l’importance d’identifier la niche écologique des espèces à l’échelle très fine du fonctionnement des individus en milieu hétérogène.

    Notre travail se fait en étroite collaboration avec les gestionnaires dans trois contextes :

    • le territoire du Parc National du Mercantour,
    • la Réserve Naturelle Régionale de Sainte Lucie et d’autres sites sur le territoire du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée,
    • le site Natura 2000 de la Grande Maïre à Portiragnes dont la gestion est attribuée à la Communauté d’Agglomération Hérault Méditerranée et d’autres espaces de près salés sur le pourtour Méditerranéen.

    Plant Evolution in the Mediterranean

    My first book - Plant Evolution in the Mediterranean - was published in 2005. It provided the first synthetic account of the majors processes of evolution in the Mediterranean flora in relation to the history and ecology of the region. It analyzed patterns of species’ distributions and traits in the evolution of the remarkable diversity and degree of endemism that characterize the Mediterranean flora.

    CoverfrontminiEver since 2005 here has been an immense amount of new and fascinating work on the history, ecology, and evolution of the Mediterranean flora. During this time, human impacts have continued to increase dramatically, significantly influencing both the ecology and evolution of the region’s biota.

    My second book, Plant Evolution in the Mediterranean - Insights for conservation, published in 2020 represents a comprehensive update on these issues.

    This is not a traditional book on plant evolution, but rather a novel integration of a diverse and scattered literature to produce a synthetic account of Mediterranean plant evolutionary ecology that maintains the accessible style of the previous version but in a new structural framework. History, ecology, biogeography, and evolution are all set in the context of a dramatically increasing footprint. I argue how an understanding of the evolutionary ecology of the region’s flora can be used to provide insights into its conservation and management.


    Conseils scientifiques

    Sur le thème de la protection de la nature en région Méditerranéenne et ces montagnes, j’ai établi les liens très forts avec les gestionnaires de sites et d’aires protégées. Cet engagement se concrétise par mon rôle en tant que président de deux conseils scientifiques et membre de deux autres.

    • Président

    Conseil scientifique du Parc National du Mercantour

    Conseil scientifique du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée

    • Membre

    Conseil scientifique du Conservatoire Botanique National Méditerranéen

    Conseil scientifique du Parc National des Calanques



    A lire

    Raevel, V., Munoz, F., Pons, V., Renaux, A., Martin, A. & Thompson, J.D. 2013. Changing assembly processes during a primary succession of plant communities on Mediterranean roadcuts. Journal of Plant Ecology, 6, 19-28.

    Thompson, J. D., Charpentier, A., Bouguet, G., Charmasson, F., Roset, S., Buatois, B., Vernet, P. & Gouyon, P.-H. 2013. Evolution of a genetic polymorphism with climate change in a Mediterranean landscape. Proceedings of the National Academy of Science (USA), 110, 2893-2897.

    Gauthier, P., Foulon, Y., Jupille, O. & Thompson, J.D. 2013. Quantifying vulnerability to assess priorities for conservation management. Biological Conservation,158, 321-325.

    Berjano R., Gauthier P., Fisogni A., Doblas, D., Pons V. & Thompson J.D. 2013. Mate limitation in populations of the endangered Convolvulus lineatus L.: a case for genetic rescue ? Journal for Nature Conservation, 21, 334-341.

    Schatz, B. Gauthier, P. Debussche, M. & Thompson, J.D. 2014. A decision tool for listing species for protection on different geographic scales and administrative levels. Journal for Nature Conservation, 22, 75-83

    Borie, M., Mathevet, R., Letourneau, A., Ring, I., Thompson,J.D. & Marty, P. 2014. Exploring the contribution of fiscal transfers to protected area policy. Ecology and Society, 19(1): 9. http://dx.doi.org/10.5751/ES-05716-190109

    Mathevet, R., Thompson, J.D., Folke, C. & Chapin III, F.S. 2016 Protected areas and their surrounding territory: socio-ecological systems in the context of ecological solidarity. Ecological Applications, 26, 5-16.

    Pironon, S. Papuga, G., Villellas, J., Angert, A.L., García, M.B. & Thompson, J.D. 2017. Geographic variation in genetic and demographic performance: new insights from the analysis of an old biogeographical paradigm. Biological Reviews, 92, 1877-1909.

    Bigard, C., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2017. The inclusion of biodiversity in impact assessment for urban development projects: policy-related progress limited by gaps and blurred by semantic confusion. Journal of Environmental Management, 200, 35-45.

    Vimal, R., Fonderflick, J., Thompson, J.D., Pluvinet, P., Debussche, M., Cheylan, M., Géniez, P., Mathevet, R., Acquarone, A., & Lepart, J. 2018. Integrating habitat diversity into species conservation in the Mediterranean mosaic landscape. Basic and Applied Ecology, 22, 36–43. 

    Thompson, J.D., Gauthier, P., Papuga, G., Pons, V., Debussche, M. & Farris, E. 2018. The conservation significance of natural hybridisation in Mediterranean plants: from a case study on Cyclamen (Primulaceae) to a general perspective. Plant Biology, 20 (Suppl. 1), 128-138.

    Papuga, G. Gauthier, P., Pons, V., Farris, E. & Thompson, J.D. 2018. Eological niche differentiation in peripheral populations: a comparative analysis of eleven Mediterranean plant species, Ecography, 41, 1-15.

    Thompson, J.D., Amiot, J., Borron, C., Linhart, Y.B., Keefover-Ring, K. & Gauthier, P. 2019. Spatial heterogeneity of gall formation in relation to chemotype distribution in Thymus vulgaris.Plant

    Gauthier, P., Bernard, C. & Thompson, J.D. 2019. Assessing landscape vulnerability for populations of listed Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,51, Article 125736.

    Gauthier, P., Pons, V., Fisogni, A., Murru, V., Berjano, R., Dessena, S. Maccioni, A., Chelo, C., Doncieux., A., Papuga, G. & Thompson, J.D. 2019. Monitoring population dynamics in rare and endangered Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,52, Article 125758.

    Bigard, C., Thiriet, P., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2020. Strategic landscape-scale planning to improve mitigation hierarchy implementation: an empirical case study in Mediterranean France. Land-Use Policy, 90, Article 104286.

    Thompson, J.D. & Mathevet, R. 2017. Solidarité écologique. Espaces Naturels, 58, 13.

    A regarder

    Fleurs sauvages de la Méditerranée, « Sous le soleil ». ARTE 2019 https://www.arte.tv/fr/videos/069769-001-A/les-secrets-des-fleurs-sauvages-sous-le-soleil/


  • Killian GREGORY

    PhD student – University of Montpellier



    I’m a PhD student interested in animal behaviour and cognition, and how they translate into the spatial and demographic dynamics of populations. During my PhD, I focus on the interplay between individual movements and the dynamics of population networks through two case studies: 1) migratory connectivity and its relationship with the demography of migratory populations; 2) informed dispersal and its implications for the structuring and the stability of larid colonies. Linking individual and population-level processes leads me to draw on methods from both behavioural ecology and population biology.


    Supervisors: Pierre-André CROCHET (DR, CNRS), Aurélien BESNARD (DE, EPHE).


    Contact information

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    Orcid: https://orcid.org/0000-0002-0316-5041
    CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

  • Lise VIOLLAT

    PhD candidate – EPHE, IMBE, CEN PACA



    Long-lived predatory birds ecology, demography and movement.

    I am interested in the population dynamics of long-lived (seabirds and raptors). I study how demography and behavioural mechanisms such as movement are influenced by inter- and intraspecific relationships and the environment (climate, weather, habitat). The aim of my PhD thesis is to investigate the relationship between individual movement and demographic variability in the French population of the Bonelli's eagle (Aquila fasciata).


    Supervisors: Aurélien Besnard (DE, EPHE) & Alexandre Millon (MCF, HDR, IMBE).
    Co-supervised by Cécile Ponchon (CEN PACA).


    Contact information

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    Orcid: https://orcid.org/0000-0002-1382-213X
    Twitter / X: https://twitter.com/LiseViollat

    CEFE, bureau 202 (2e etage)


    Chargée de recherche CNRSphotoLRL


    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5, France

    Tél : +33/0 4 67 61 xx xx

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    Google scholar : https://scholar.google.com/citations?user=yyjumocAAAAJ&hl=fr

    Orcid : https://orcid.org/0000-0002-6715-9898

  • Maëlis KERVELLEC

    PhD candidate – Université de Montpellier



    Doctorante en écologie statistique, j’étudie l’apport des méthodes de suivi non-invasif, de l’intégration de données et de la modélisation statistique à la compréhension de l’écologie des populations de carnivores en France. Je travaille en particulier sur les questions de connectivité.

    I’m a PhD student in statistical ecology. I study the contribution of non-invasive monitoring, data integration and statistical modelling to study the ecology of carnivore populations in France. I work in particular on connectivity issues.


    Supervisor: Olivier Gimenez (CEFE-CNRS)
    Co-supervisor: Cyril Milleret (NMBU, University of Life Sciences, Ås, Norway)


    Contact information

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    Twitter / X: @MaelisKervellec
    Bureau 202, 2ème étage aile C

  • Marc CHEYLAN

    altMaitre de conférence (EPHE)

    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    tél : +33 4 67 61 32 61
    fax: +33 4 67 41 21 38

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    Mots clés : Conservation, Biogéographie, région méditerranéenne, Reptiles, Ecologie des populations, Phylogéographie.

  • Marcel Lambrechts

    Directeur de recherche au CNRS

    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 10
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36
    Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

    Mots clés

    Discipline : Ecologie évolutive, Ecologie comportementale, Ecophysiologie
    Thématiques : Biologie des populations, Traits d’histoire de vie, Changements environnementaux, Hétérogénéité de l’habitat
    Organismes biologiques : Aves, Parus (Mésanges)
    Milieux : Région méditerranéenne, Milieux forestiers
    Techniques :  Suivi d’individus marqués dans le cadre d’un programme à long terme
    Autres mots clés : Interactions entre espèces, Ressources, Climat

  • Marion VALEIX

    Researcher CNRS

    " Movement, Abundance, Distribution" (MAD) Team Leader


    Marion ValeixCEFE

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 02

    Office 311, 3rd floor

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  • Marwan NACIRI

    PhD candidate – Université de Montpellier

    Marwan svalbard


    I’m a PhD student interested in evolutionary demography and population dynamics of wild populations. I’m currently working on the demography of Svalbard polar bears. I’m relying on 30+ years of data including mark-recapture data, tracking data, and more. I’m mainly using linear models, mark-recapture models and path analysis models in a Bayesian framework to study the determinants of reproductive output, trade-offs between traits, and such.

    Sarah Cubaynes (EPHE, CEFE-CNRS), Jon Aars (Norwegian Polar Institute)


    Contact information

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    Orcid: 0000-0003-1489-9363
    GitHub: MarwanNaciri

  • Mathieu JORON

    Directeur de Recherche / Senior scientist

    I study the evolution of adaptive diversity, using colour patterns in butterflies as a model. In my group, we integrate many different approaches, including ecology, genetics, and modelling, to try and untangle how multiple factors influence the evolution and maintenance of diversity and polymorphisms.

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  • Mónia NAKAMURA


    PhD candidate / Doctorante – Co-tutelle University of Porto and Université de Montpellier

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    PhD Title: “Wolf demography in human-dominated landscapes: Insights for wolf conservation in the Anthropocene”

    The primary objective of this project is to investigate the impacts of anthropogenic factors on large carnivores' persistence in human-dominated landscapes. Anthropogenic impacts on habitats and animal populations are resulting in worldwide species range contractions and population decreases, and such heterogeneous landscapes can affect the distribution of organisms and produce habitat-specific population demography. We will use the wolf as a model species to address how different humanization levels can influence habitat selection and land use and ultimately affect their demography, status and viability.

    Keywords: wolf, conservation, demography, human disturbance

    Supervisors: José Vicente López-Bao (Universidad de Oviedo, UO-PA-CSIC, Spain); Pedro Monterroso (University of Porto, FCUP-BIOPOLIS-CIBIO/InBIO Portugal); Olivier Gimenez (Université de Montpellier, CEFE, France)


    Contact information

    Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.; Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
    Orcid: https://orcid.org/0000-0003-2493-2489
    Websites: http://iwrt.info/MEMBERS/monia.html
    Twitter / X: https://twitter.com/MoniaNakamura

  • MORIN Xavier

    Directeur de Recherche (DR2)

    CNRS Researcher 



    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33 (0)4 67 61 32 89
    Fax : +33 (0)4 67 61 33 36

    xavier dot morin @ cefe dot cnrs dot fr


    HDR : Impact des changements globaux sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes forestiers - soutenue le 11/2/2021
    Lien : HDR Xavier Morin


    Thèmes de recherche

    (English follows)

    Mes travaux cherchent à parvenir à une meilleure compréhension du déterminisme de la diversité végétale aux différentes échelles spatiales et temporelles, sa réponse aux changements futurs, et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers. En particulier, je cherche donc à comprendre et prédire comment la biodiversité des écosystèmes forestiers s’organise selon différentes échelles spatiales, comment elle sera modifiée par les changements globaux, et quelles en seront les conséquences sur le fonctionnement de ces écosystèmes. Pour ce faire j’essaie de développer une approche intégratrice basée sur les processus. Mes travaux se focalisent principalement sur les espèces d'arbres et arbustes. Pour mener à bien ces objectifs, j’utilise aussi bien des résultats issus d’expérimentation, d’observations le long de gradients écologiques in situ, et de modélisation.