Ingénieur d'étude - Bioinformaticien

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https://github.com/AxelVaillant

Je suis spécialisé en génétique et génomique, en analyse de données à grande échelles ainsi qu'en développement d'application en soutien à la recherche.

Travaux

J'ai notamment développé NIRSpredict, une application permettant la prédiction de valeurs de traits de l'espèce modèle Arabidopsis thaliana à partir de spectres infrarouges (NIRS) via l'utilisation d'algorithmes de deep-learning. Il y est également possible de consulter la base de données contenant des milliers de spectres ainsi que les valeurs de traits qui y sont associés.

https://shiny.cefe.cnrs.fr/NirsPredict/

J'ai également développé CropTraits, une base de données sur les espèces cultivés et les traits écophysiologique qui leurs sont associés. L'application permet la consultation de cette base de données ainsi que l'extraction des données d'intérêt. Il est également possible d'y visualiser la relations SLA / LNC par groupe fonctionnel ou par espèce ainsi que la variabilité de chaque trait.

https://shiny.cefe.cnrs.fr/CropTrait/

Publications

Vaillant A, Beurier G, Cornet D, Rouan L, Vile D, Violle C, Vasseur F (2024). NIRSpredict: a platform for predicting plant traits from near infra-red spetroscopy in Arabidopsis thaliana. BMC Plant Biology. In press