Doctorante 

CEFE/CNRS
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Intérêts personnels

Mes travaux portent sur l’intégration de données en écologie et plus particulièrement sur la mise en place de standards pour les représenter. Pour cela, je m’intéresse aux technologies du Web Sémantique dont les thésaurus et les ontologies sont des composantes phares.

Thèmes de recherche

Ma thématique principale de recherche se situe dans le domaine de l’écoinformatique à l’interface entre l’écologie et l’informatique.

Les changements globaux induits par l'activité humaine altèrent la biodiversité. Nous faisons l'hypothèse que les impacts des activités humaines sur la biodiversité, la structure des communautés et le fonctionnement des écosystèmes peuvent être appréhendés par l’intermédiaire des traits des espèces, définis comme «tout caractère morphologique, physiologique ou phénologique mesurable sur un individu, de la cellule à l’organisme entier».

Le problème principal rencontré par de nombreux experts en écologie porte sur la difficulté de partager et d'intégrer l'information du fait de l'hétérogénéité des données. Afin de privilégier une meilleure compréhension des données portant sur les traits fonctionnels des plantes,il est donc nécessaire de définir des standards pour les représenter, avec une implication forte de la communauté. L’objectif de ma thèse a donc été de mettre en œuvre la construction de deux standards de données, un terminologique (Thésaurus Trait) permettant d’unifier et de désambiguïser les termes du domaine, et un ontologique (PLAnt Trait ONtology PLATON) permettant de raisonner sur les données afin d’en faire émerger de nouvelles connaissances. Ces deux standards respectent les standards préconisés dans le cadre du Web Sémantique favorisant leur exploitation en synergie avec des standards de domaines connexes.

Afin de guider les experts du domaine des traits fonctionnels dans la construction du Thésaurus Trait, un outil  générique, Thesauform, dédié à la construction collaborative de thésaurus a été développé et utilisé. Le thésaurus en cours de finalisation sera rendu disponible à la communauté entière sur le Web sous forme d’un thésaurus SKOS. La construction de l’ontologie PLATON s’adosse à la fois sur le Thésaurus Trait et sur l’ontologie de haut niveau OBOE (Extensible Observation Ontology). L’exploitation en synergie du Thésaurus Trait et de PLATON permet de tirer pleinement avantage de ces deux standards. Enfin, afin de relier les types biologiques aux mesures de traits, PLATON sera utilisé pour intégrer deux bases de données hétérogènes BasEco et PlanTraits.

Enseignement

2011 : TD FLBI366 : Technologie de l’ADN recombinant. L3 Université Montpellier 2.

2010 : TD FMIN366 : Information biologique – Systèmes de connaissances en biologie. M2 Université Montpellier 2.

Publications

                Articles scientifiques

Laporte M.-A., Mougenot I., Garnier, E. (submitted). ThesauForm – Traits : a web based collaborative tool to develop a thesaurus for plant functional diversity research.

Laporte, M.-A., Garnier, E.,  Mougenot, I. (2011) Construction collective de standards de données en écologie Standards de données en écologie. Proceedings of Journées Francophones sur les Ontologies (JFO 2011).

Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. Proceedings of REsource Discovery (RED 2011), Worshop at the Extended Semantic Web Conference, Heraklion .

Rouard M., Guignon V., Aluome C., Laporte M-A., Droc G., Walde C., Zmasek C.M., Périn c., and Conte M.G. (2011). GreenPhylDB v2.0: comparative and functional genomics in plants. Nucleic Acids Res. 39:D1095-D1102.

                Posters

Lin Y., Laporte M-A., Soler L., Mougenot I., Libourel T. (2011). An organizational environment for “in silico” experiments in molecular biology. 12^th Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathémathiques (JOBIM), Paris

Laporte M-A., Mougenot I., Garnier E. (2009). TermForm: an online Web application as a prerequisite for sharing functional trait ontology building. TDWG Conference 2009, Montpellier.