Les publications scientifiques de l'UMR CEFE sont gérées dans la collection HAL-CEFE (notices avec/sans texte intégral) et les listes annuelles de citations pour les années 2002-2024 sont accessibles dans le menu "Publications" de la page web plateforme Bibliothèque. Les listes de citations pour 2019-2024 ont été intégrées dans HAL et les plus anciennes le seront au fil du temps (après dédoublonnage). A noter : Les dépôts dans HAL se font directement par les auteurs au fil de l'eau. 

Les ouvrages (co)écrits par les auteurs CEFE avec une affiliation CEFE sont référencés dans le catalogue en ligne de la bibliothèque CEFE (OPAC) et/ou dans la collection HAL-CEFE (sélectionner Consultation > Par type de document). Certains titres d'ouvrages peuvent faire l'objet d'un communiqué de presse diffusé par l'institut CNRS Ecologie & Environnement dans sa rubrique Actualités.

Les thèses de l'UMR sont référencées dans le portail national Thèses.fr (thèses de doctorat soutenues en France depuis 1985) et/ou dans la collection HAL-CEFE (sélectionner Consultation > Par type de document). Le catalogue national SUDOC référence également des thèses soutenues, notamment avant 1985. Des thèses (version papier) sont consultables en rayon dans les locaux de la bibliothèque dont certaines sont référencées dans le catalogue en ligne de la bibliothèque CEFE (OPAC).

Les HDR de l'UMR sont déposées généralement par leurs auteurs dans la collection HAL-CEFE (sélectionner Consultation > Par type de document)