• Ana RODRIGUES

    Ana 2021 small

    Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

    I am interested in understanding how biodiversity is distributed in space and in time, on the effects of human activities on those spatial and temporal patterns, and on the implications for biodiversity conservation.

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    orcid.org/0000-0003-4775-0127 

  • Antoine DONCIEUX

    CEFE vigne

    Doctorant


    Université Montpellier 2

    Département Interaction, Écologie et Sociétés

    Équipe Interactions & Adaptations Bioculturelles

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    France

    Bureau 211A et (+33)6 98 94 30 87

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    Sujet de thèse

    Les vignerons de Gaillac : adaptation des connaissances et des pratiques aux changements climatiques

    Directrices de thèse

    Sophie Caillon & Delphine Renard 

    Financement de la thèse 

    Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet ASSET (AgrobiodiverSity for a food Secure planET) financé par le programme Investissement d’Avenir Make Our Planet Great Again (MOPGA). Le financement de la thèse est assuré par la région Occitanie. 

    Contexte

    La viticulture est un secteur particulièrement impacté par les composantes des changements climatiques (CCs) : augmentation des températures, variabilité des températures et des précipitations, fréquence et intensité des évènements extrêmes. De nombreux effets sont déjà observés sur la vigne (avancée de la phénologie, maturation du raisin dans des conditions plus chaudes) et sur la qualité du vin (modification des profils aromatiques et de l'équilibre sucre-acidité). Les CCs attendus dans les prochaines décennies risques d'exacerber les impacts déjà observables sur la vigne, entrainant de fortes disparités entre vignobles en termes de pression phytosanitaire, de stress hydrique, de rendement et de qualité du raisin pouvant modifier les zones actuellement favorables à la viticulture. Afin de sauvegarder la qualité, l'identité et la rentabilité de leurs vins, les vignerons observent, expérimentent, partagent leurs savoirs et modifient leurs pratiques viticoles. Parmi le corpus de pratiques développées, élargir le choix des variétés de vigne (i.e. cépages) et des porte-greffes cultivés pourrait réduire le risque de défaillance totale de la production viticole. La diversification pourrait donc être une adaptation clé des vignerons aux CCs.

    L'objectif principal de ma thèse est de mieux comprendre comment la diversité des variétés de vigne et des savoirs locaux peut contribuer à l'adaptation de la viticulture face aux CCs. Ma thèse vise à mieux comprendre :

    (1) la manière dont les vignerons perçoivent les CCs et modifient leurs pratiques en réponse aux variations climatiques ;

    (2) les processus de création et de transmission des connaissances viticoles ;

    (3) comment se caractérise la diversité variétale de la vigne et des zones de culture à différentes échelles spatiales et temporelles ;

    (4) dans quelle mesure la diversité variétale de la vigne peut soutenir une production stable dans le temps et constituer un potentiel d'adaptation face aux CCs.

    J'emploie une approche interdisciplinaire à l'interface entre l'écologie, l'agronomie et l'ethnoécologie afin de prendre en compte l'ensemble des dynamiques socio-écologiques de la culture de la vigne. Pour cela, j'utilise et combine différents outils (observation participante, entretiens semi-directifs, modélisations climatiques et agronomiques, analyse des réseaux sociaux).

     

    Mots clefs

    Agrobiodiversité, ethno-écologie, stabilité des rendements,  savoirs locaux, paysage, viticulture, changements climatiques, Gaillac

    Publications et travaux

    2019

    Gauthier P., Pons V., Fisogni A., Murru V., Berjano R., Dessena S., Maccioni A., Chelo C., de Manincor N., Doncieux A., Papuga G., & Thompson J.D. 2019. Assessing vulnerability of listed Mediterranean plants based on population monitoring. Journal for Nature Conservation. 52, p. 125758. 

    Doncieux A., Jankowski F., Gaudin A. & Barnaud A. 2019. Coexistence of certified and peasant seeds: the challenge for agrobiodiversity conservation? Harlan III, Montpellier, France.

    2018

    Doncieux A., Jankowski F., Gaudin A. & Barnaud A. 2018. Certified and peasant seeds: which network for millet seed supply?. International Conference on Ecological Sciences : Sfécologie, Rennes, France. ⟨hal-02143842⟩

    Stage M2 (BioGET, UM2): Dynamiques des réseaux de circulation de semences certifiées de mil au Sénégal. Encadrantes : A. Barnaud (DR en génétique, IRD - UMR DIADE), F. Jankowski (DR en socio-anthropologie, CIRAD - UR GREEN)

    2017 

    Stage M1 (BioGET, UM2): Dynamiques de population d’espèces végétales protégées en milieux méditerranéens anthropisés. Encadrants : J. D. Thompson (DR en écologie, CEFE-CNRS) et P. Gauthier (IR en écologie, CEFE-CNRS)

  • Aurélie COULON

    Aurelie.Coulon

    Associate Professor in spatial ecology at the Muséum national d'Histoire naturelle                                                                                                                                                        

    My research focuses on movement ecology: I study the factors influencing animal movements (especially dispersal) and gene flow, with a particular emphasis on landscape composition and structure. I also study how human-triggered landscape modifications like fragmentation affect animal movements; and the consequences on population functioning and structure. My research is hence tightly linked to the management/conservation of populations, and to landscape management (e.g. connectivity restoration, french Trame Verte et Bleue policy).

  • Aurélien BESNARD

    altSenior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

    HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    France 


    Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
    Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

     This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.  

    Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

     

  • Bastien MACÉ

    PhotoCEFE small

    Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

    Étage 1 - Aile C - Bureau 114

    Contact: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

    Google Scholar – ResearchGate – ORCID

    Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrante: Alicia Dalongeville (SPYGEN)

     

    Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

    Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

    Les objectifs de cette thèse sont :

    • D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
    • D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
    • D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
    • D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
    • D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

     

    Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

             Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

    The objectives of this thesis are:

    • Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
    • Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
    • Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
    • Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
    • Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

     

    Publications

    Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F. et al. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

    Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4, 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

     

  • Camila LEANDRO

    Camila Leandro trombiPost-doctorante

     

    This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
    +33 (0)4 67 14 24 61
    Bat. J, Campus route de Mende
    Université Paul Valéry – Montpellier 3

    https://www.researchgate.net/profile/Camila_Leandro

    Résumé :

    Face au déclin de la biodiversité, nous devons nous armer d'outils et de méthodes pour étudier les communautés biologiques et sensibiliser le grand public, dont les décideurs. Ceci est d'autant plus vrai pour des groupes qui sont relativement peu connus et qui sont jugés comme "ordinaires". C'est le cas des insectes. Mes travaux portent donc sur les leviers techniques (nouvelles méthodes de détection, des modèles fiables de distribution à grande échelle), mais aussi sociétaux (humanités environnementales, outils de protection) qui mènent les acteurs à utiliser ces outils techniques et à pousser à la conservation des insectes. Pour cela, je m'appuie sur l'exemple des Coléoptères coprophages à l'échelle de la France.

    Mots-clés :

    Conservation - Entomologie - Scarabaeoidea - ADNe - Species Distribution Models - Parcipatory Action Research

     

    Projets actuels & Partenaires :

    Détection de l’entomofaune pastorale via des outils d’ADNe (2019-2021)

    En partenariat avec l’Agence Française de la Biodiversité, cinq parcs nationaux (PNM, PNE, PNV, PNC et PNP) et des entomologistes spécialistes, je travaille sur le développement d’outils d’inventaire de l’entomofaune pastorale (Scarabaeoidea, Carabidae, Staphylinidae (INSECTA) et Lycosidae (ARACHNIDA)) qui s’appuient sur les méthodes dites “ADN environnementale” ou “eDNA”.

    Ce travail consiste à (1) établir une base de référence moléculaire pour les taxons ciblés (séquençage des marqueur 16S), à (2) réaliser de tests sur le terrain sur l’attractivité et efficacité du dispositif et (3) à transférer les méthodes aux opérateurs de terrain. Chaque étape est validé par un comité pilotage, compose de chercheurs et de gestionnaires d’espaces naturels représentant chacun des parcs partenaires.

    ScaraB'Obs : Étude & Conservation des Scarabaeoidea Laparosticti de France (en cours)

    ScaraB'Obs est un projet de recherche conduit par l’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés du CEFE (UPVM3 - CEFE) et en partenariat avec des agents de Conservatoires d'Espaces Naturels, Parcs Naturels et associations entomologiques. Il vise à lever les verrous scientifiques et sociétaux qui actuellement nous empêchent de préserver efficacement la biodiversité ordinaire et d’en évaluer objectivement l’état de conservation. Son principal objectif : de créer un observatoire dynamique sur la faune coprophage de France.
    Mais pourquoi protéger les insectes et particulièrement les bousiers ? Regardez le film «Hervé le bousier» pour comprendre ! Pour en savoir plus, allez sur www.scarab-obs.fr

    Résumé de Thèse (soutenue en 2018) :     
            "Conservation de la biodiversité ordinaire : enjeux scientifiques & sociétaux"

            "Challenges for the conservation of ordinary biodiversity: scientific & social stakes"

    En regardant de près les outils juridiques et autres leviers, pour la conservation de la biodiversité, il semblerait que les invertébrés, et notamment les insectes, soient minoritaires ou absents. Ce constat est d’autant plus paradoxal lorsque l’on sait que 2/3 de la diversité biologique est composée par des insectes. Comment cette diversité essentielle pour le fonctionnement des écosystèmes se retrouve-t-elle dans l’angle mort de la conservation ?

    La première réponse avancée est le manque d’outils techniques pour étudier ces organismes petits et relativement insaisissables. La rencontre avec les nouvelles méthodes techniques pour la détection et l’étude des insectes est plus que jamais nécessaire. En effet, ces leviers permettront de faciliter l’étude de ces organismes, d’augmenter les connaissances et ainsi de développer une conservation plus adéquate. Nous évoquerons deux approches en particulier : la détection avec des outils moléculaires et l’utilisation de modèles statistiques pour l’exploration de la distribution potentielle des espèces.

    Mais les connaissances sont également fondées sur la demande sociétale. Et les connaissances alimentent elles-mêmes les outils de protection et de conservation de la biodiversité. À l’échelle des invertébrés, des disparités existent, privilégiant les « grands papillons bleus » aux « petits diptères marrons ». De fait, l’enjeu le plus important pour déverrouiller la conservation des insectes réside dans l’humain et la perception qu’il a de cette biodiversité. À travers une approche de psychologie de la conservation, nous sonderons la perception du grand public sur les insectes. De même, avec une approche de recherche-action-participative, nous tenterons d’engager divers acteurs vers la conservation d’un groupe d’insectes ordinaires : les coléoptères coprophages. Notre volonté est de proposer des moyens pour sensibiliser, éduquer et engager la société dans cet enjeu majeur qu’est la conservation de l’entomofaune.

    Mots clés : Conservation des insectes ; Coléoptères coprophages ; perception ; ADN environnemental ; modèles de processus de points ; recherche-action

    Directeur de thèse : Pierre Jay-Robert (CEFE – UPVM3)
    ED 60 – contrat 2015-2018

  • Célian MONCHY

    PhD candidate

     

    Celian Monchy

    I'm a PhD student interested in developing statistical tools to model ecological process as reliably as possible. Especially I'm currently working with automatically processed sensor data. These data may come from camera traps, autonoumous recoring units for acoustic, or RFID tags. As these data are mass genereted, they are sometimes processed automatically by Deep Learning algorithms as Convolutional Neural Networks. However, using these DeepLearning outputs as error-free predictions and introducing them into ecological models can bias inferences. My objective is to propagate uncertainties from automated treatment of massive data into models in ecology.

     

     

    Supervisors: Olivier GIMENEZ (CEFE, CNRS) et Marie-Pierre ETIENNE (IRMAR, Institut Agro Rennes-Angers)

    Contact information

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    CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

  • Céline TEPLITSKY

    Chargée de Recherche

    My research interests include mechanisms that promote phenotypic variation as well as potential for and constraints on adaptation, framing those questions at the edge between evolutionary and conservation biology. 

     

  • Christoph HAAG

    Chargé de Recherche C Haag2

    Evolutionary genetics and genomics.

     

    My main current researchinterests include evolution in spatially structured populations, evolution of ageing, and evolution of reproductive modes. I combine experiments with the analysis of NGS data. My main empirical study systems are the small crustaceans Daphnia and Artemia.

     

    christoph.haag[at]cefe.cnrs.fr

  • Cyrielle BALLESTER

    CyrielleBal

    Ingénieure d’études – Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE)

     

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    LinkedIn : https://www.linkedin.com/in/cyrielle-ballester/

    ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Cyrielle-Ballester

     

    J’ai rejoint l’équipe HAIR en intégrant le projet MAPE (réduction de la Mortalité Aviaire sur les Parcs Eoliens) en mars 2022. Je travaille sur l’évaluation des SDA (Systèmes de Détection Automatisé) qui sont mis en place sur les parcs éoliens terrestre dans le but de réduire la mortalité aviaire par collision. J’ai notamment coordonné une phase de test de protocoles d’évaluation des performances de ces SDA (volet WP4P2 : https://mape.cnrs.fr/le-projet/contenu-du-projet/).

  • Cyrille VIOLLE

    altDirecteur de recherche CNRS

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

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    A l’interface entre écologie fonctionnelle et écologie des communautés, je cherche à comprendre les causes de variation de la biodiversité, aussi bien à l’échelle locale que continentale, et l’effet de changements de la biodiversité sur la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes.

  • Doris Gomez

    CNRS Researcher

    dodoko petitetaille

    Address:

    CEFE/CNRS,Campus du CNRS
    1919, route de Mende,34293 Montpellier cedex 5

    Phone : +33/0 4 67 61 32 60

    E-mail: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. ou This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

    I study visual communication at various scales: color perception, role of coloration in communication/camouflage, informative content of signals, evolution of signal design at large evolutionary scale. At the frontier between biology and physics, I study complex optical phenomena in birds and butterflies.

  • Eric GARNIER

    altDirecteur de Recherche (CNRS)

     CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier Cedex 5

    tél : +33 4 67 61 32 42
    fax : +33 4 67 61 33 36

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    Thèmes de recherche

    Mes travaux portent sur la caractérisation de la diversité fonctionnelle des végétaux, abordée essentiellement par l’étude de leurs traits fonctionnels.

  • Jan PERRET

    JanPerret HAIRNCS

    ATER – Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE)

     This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. - https://orcid.org/0000-0002-1912-6995

    ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Jan-Perret

     Je travaille sur l’amélioration des méthodes de suivi des populations de plantes. Je me concentre particulièrement sur les deux principales sources d’incertitude des suivis de population : les plans d’échantillonnage et les erreurs d’observation. Selon les questions de recherche, j’utilise des approches expérimentales (tests sur le terrain) ou des approches plus théoriques avec des simulations informatiques.

  • Jean-Michel BELLANGER

    JMB1

     

    Chargé de recherche à l’INSERM

    Ma principale activité de recherche porte sur l’évolution et la diversité taxinomique des macromycètes, que j’aborde via l’analyse phylogénétique d’échantillons issus d’un large réseau de mycologues européens partenaires. Je constitue aussi une extractothèque fongique destinée à mettre en évidence et valoriser le potentiel bioactif de ces organismes dans le domaine de la santé humaine.

    My research is mainly focused on the evolution and the taxonomic diversity of higher fungi. I am adressing this issue through the phylogenetic analysis of samples originating from a broad network of European partner mycologists. I am also assembling a fungal extract library, aiming at revealing and promoting the bioactivities of these organisms in the field of human health.

     

    Courriel : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

     

  • Jean-Yves BARNAGAUD

    CEFE- RDC, Aile B, bureau 3

    33(0)467633265

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    RESEARCH

    My research is focused on a comparative exploration of the role of multiple environmental drivers in shaping species distributions and diversity at multiple spatial and temporal scales. Most of my research is structured on the combined use of ecoinformatics methods (statistical analysis of large data sets) and naturalist expertise to understand empirical patterns of community composition in space and time. My main active axes of research include :  

    - the influence of landscape and habitat on the distributions of birds and reptiles. Relying on opportunistic data from the regional participative database Malpolon, maintained  by the Ecole Pratique des Hautes Etudes since the 1980's, I investigate the determinants of spatial patterns in reptile distributions and diversity along regional gradients of climate, land use and land abandonment. See the MALPOLONdatabase.

    - Interacting imprints of climate change and land use on biodiversity. Using multiple taxa and scales, I investigate how species' responses to historical and present land use change interact with their responses to climate change. See the LANDBIOproject (2022 - 2023, OFB - french ministry of ecology)

    - Ecoacoustics and community ecology. I am currently starting projects on the relationship between bird community composition and the characteristics of acoustic landscapes at multiple spatial and temporal scales, in order to explore the acoustic environment in which species interact and its changes with current land-use and climatic dynamics. See the ACOUCENEproject (2022 - 2025, FRB/CESAB)

     

    COLLABORATIVE WORK WITH STAKEHOLDERS

     

    Most of my interactions with biodiversity stakeholders are focused on data analysis to answer questions relative to the monitoring of human impacts on biodiversity at a regional or landscape scale.

    - Influence of management practices on waterbirds. I investigate the impact of water management practices on the temporal dynamics of waterbird species (collaborations with the Ligue pour la Protection des Oiseaux). 

    - Faunistic road casualties. I work with the Ligue pour la Protection des Oiseaux and the CEREMA to explain and predict spatial patterns in road casualites. We exploit jointly multiple sources of protocoled, non-protocoled and citizen science data to identify mortality hotspots and explanatory factors, with the final aim to inform public policies on the mitigation of traffic impact on vertebrates. 

     

    TEACHING

    Most of my teaching activity is embedded within the program of the Ecole Pratique des Hautes Etudes.

    - Data analysis for ecologist : a three-weeks course dedicated to biodiversity stakeholders, framed on the practical use of statistical methods and the R software in ecological monitoring. 

    - Methods for ecological monitoring : a two-weeks course with Aurélien Besnard, mainly dedicated to master students and biodiversity stakeholders, to improve their skills and critical thinking in advanced numerical methods for ecology, including species distribution modeling, population dynamics, sampling design and analysis of diversity indices.

    - Environmental changes and ecological science :I contribute to several courses on global changes and environmental monitoring. My teaching is focused on the interactions between science and society through several lenses including epistemology and governance / spatial planning.

     


  • Killian GREGORY

    PhD student – University of Montpellier

    KillianGregory

     

    I’m a PhD student interested in animal behaviour and cognition, and how they translate into the spatial and demographic dynamics of populations. During my PhD, I focus on the interplay between individual movements and the dynamics of population networks through two case studies: 1) migratory connectivity and its relationship with the demography of migratory populations; 2) informed dispersal and its implications for the structuring and the stability of larid colonies. Linking individual and population-level processes leads me to draw on methods from both behavioural ecology and population biology.

     

    Supervisors: Pierre-André CROCHET (DR, CNRS), Aurélien BESNARD (DE, EPHE).

     

    Contact information

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    Orcid: https://orcid.org/0000-0002-0316-5041
    CEFE, 2ème étage aile C, bureau 202A

  • LE RONCÉ Iris

     

    Thèse soutenue le 12 novembre 2020 (2017-2020)

     

    http://www.theses.fr/s212983

     

    CEFE-CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

     

     

    Sujet de thèse :

    Déterminisme environnemental de la fécondité du chêne vert

    Encadrement :

    Directrice : Isabelle CHUINE (CNRS – UMR CEFE - FORECAST)
    Co-encadrant : Jean-Marc LIMOUSIN (CNRS – UMR CEFE - FORECAST)
    Co-encadrant : Samuel VENNER (CNRS – UMR LBBE - Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés)

    Financement :

    Ingénieure des Ponts, des Eaux et des Forêts en formation doctorale (Ministère chargé de l’écologie)

    Résumé :

    Le changement climatique exerce une pression croissante sur les forêts du monde entier, et ses impacts potentiels sur la fécondité des arbres sont encore mal compris. De nombreuses espèces d'arbres forestiers se reproduisent suivant des patrons de fructification intermittente et synchronisée entre les individus, dits de masting, dont les déterminants complexes doivent être identifiés pour comprendre l'effet du climat sur la fécondité des arbres forestiers.

    Cette thèse a comme objectif général d'approfondir notre connaissance des déterminants environnementaux de la fécondité des arbres forestiers et de leurs interactions, en se focalisant sur le chêne vert, une espèce très répandue en milieu méditerranéen. Elle a aussi pour objectif de déterminer comment la fécondité du chêne vert pourrait être affectée par le changement climatique, et de développer un modèle basé sur les processus capable de prédire cet impact.Ce travail de thèse a donc combiné des analyses de suivis à long terme dans une forêt de chêne vert soumise à une manipulation des précipitations*, des expérimentations de manipulation des relations sources-puits pour l'allocation des ressources à la reproduction à l'échelle individuelle, et de la modélisation.

    J'ai montré que la reproduction était fortement régulée par les conditions météorologiques durant le cycle reproducteur, et en particulier par la disponibilité en eau en été-automne, et dans une moindre mesure par la disponibilité en carbone et nutriments ainsi que par la compétition entre fruits et nouveaux bourgeons. Mes résultats expérimentaux montrent que l'allocation de ressources à la reproduction peut être modifiée en cas de limitation des ressources par une défoliation ; et que les fruits en développement ont un impact négatif sur les dynamiques des réserves en azote et en zinc dans les branches ainsi que sur la production des fleurs femelles l'année suivante. Les observations en forêt indiquent qu'une réduction continue des précipitations sur plusieurs années induit une diminution du nombre de fruits produits, indépendamment des effets de la variabilité interannuelle et sans que les arbres semblent être capables de s'y acclimater. Enfin, j'ai développé, au sein du modèle de fonctionnement de l'arbre PHENOFIT, un modèle de fécondité se basant sur les hypothèses et résultats issus de mes travaux et de la littérature.

    * Cette partie est basée sur l’analyse de données de floraison et de fructification collectées sur la station expérimentale de Puéchabon (http://puechabon.cefe.cnrs.fr/) depuis 1984, et qui offrent un recul très rare sur l’évolution des dynamiques de fécondité chez les arbres forestiers.


    PhD Title:

    Drivers of holm oak fecundity

    Abstract:

    Climate change is placing increasing pressure on forests around the world, and its potential impacts on the reproductive capacity of individuals are yet poorly understood. Many forest tree species reproduce following so-called masting patterns, in which seed production is intermittent and synchronized among individuals, whose drivers need to be identified in order to better understand the impact of climate on the fecundity of forest trees.

    The general objective of this thesis is to deepen our knowledge of the environmental drivers of the fecundity of forest trees and their interactions, by focusing on the holm oak, a widespread species in the Mediterranean basin. It also aimed to determine how fecundity could be impacted by climate change, and to develop a process-based model capable of predicting this impact. This thesis work combines analyses of long-term monitoring in a holm oak forest exposed to a rainfall exclusion experiment*, experimental manipulations of source-sink interactions involved in the resource allocation to reproduction, and modelling.

    I have shown that reproduction was strongly regulated by weather conditions during the reproductive cycle and in particular by the water availability in summer-autumn, and to a lesser extent by the availability of carbon and nutrients, as well as by competition between fruits and new buds. My experimental results show that the allocation of resources to reproduction could be modified in case of resource limitation due to defoliation; and that developing fruits have a negative impact on the dynamics of nitrogen and zinc reserves in branches, as well as on the production of female flowers the following year. Long-term observations show that multi-year rainfall reduction induce a decrease in the number of fruits produced which is additional to the interannual variability and that tree reproduction does not acclimate to drought. Finally, within the PHENOFIT model, I have developed a fecundity model based on the assumptions and results from my work and from the literature.

    *Data analyzed in this project were mainly collected at the Puéchabon long-term monitoring site: http://puechabon.cefe.cnrs.fr/


    Publications :

    6. Le Roncé I., Dardevet E., Venner S., Schönbeck L., Gessler A., Chuine I. et Limousin J.-M., 2023. « Reproduction alternation in trees: testing the resource depletion hypothesis using experimental fruit removal in Quercus ilex ». Tree Physiology,tpad025. https://doi.org/10.1093/treephys/tpad025

    5. Le Roncé I., Gavinet J., Ourcival J.-M., Mouillot F., Chuine I., et Limousin J.-M., 2021. « Holm oak fecundity does not acclimate to a drier world ». New Phytologist,231: 631–645.https://doi.org/10.1111/nph.17412.

    4. Le Roncé I., Toïgo M., Dardevet E., Venner S., Limousin J.-M. et Chuine I., 2020. « Resource manipulation through experimental defoliation has legacy effects on allocation to reproductive and vegetative organs in Quercus ilex ». Annals of Botany, 126: 1165–1179. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa137

    3. Joffard N., Le Roncé I., Langlois A., Renoult J., Buatois B., Dormont L., et Schatz B. 2020. « Floral trait differentiation in Anacamptis coriophora: phenotypic selection on scents, but not on colour ». Journal of Evolutionary Biology, 33: 1028–1038. https://doi.org/10.1111/jeb.13657

    2. Chapurlat É., Le Roncé I., Ågren J., et Sletvold N. 2020. « Divergent selection on flowering phenology but not on floral morphology between two closely related orchids ». Ecology and Evolution, 10: 5737–5747. doi: https://doi.org/10.1002/ece3.6312

    1. Schermer, É., Bel‐Venner M.‐C., Gaillard J.‐M., Dray S., Boulanger V., Le Roncé I., Oliver G., Chuine I., Delzon S., et Venner S. 2019. « Flower Phenology as a Disruptor of the Fruiting Dynamics in Temperate Oak Species ». New Phytologist, 225: 1181-1192. https://doi.org/10.1111/nph.16224


     

  • Lise VIOLLAT

    PhD candidate – EPHE, IMBE, CEN PACA

    LiseViollat

     

    Long-lived predatory birds ecology, demography and movement.

    I am interested in the population dynamics of long-lived (seabirds and raptors). I study how demography and behavioural mechanisms such as movement are influenced by inter- and intraspecific relationships and the environment (climate, weather, habitat). The aim of my PhD thesis is to investigate the relationship between individual movement and demographic variability in the French population of the Bonelli's eagle (Aquila fasciata).

     

    Supervisors: Aurélien Besnard (DE, EPHE) & Alexandre Millon (MCF, HDR, IMBE).
    Co-supervised by Cécile Ponchon (CEN PACA).

     

    Contact information

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    Orcid: https://orcid.org/0000-0002-1382-213X
    Twitter / X: https://twitter.com/LiseViollat

    CEFE, bureau 202 (2e etage)

  • Louise RIOTTE-LAMBERT

    Chargée de recherche CNRSphotoLRL

     

    CEFE/CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5, France

    Tél : +33/0 4 67 61 xx xx

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    Google scholar : https://scholar.google.com/citations?user=yyjumocAAAAJ&hl=fr

    Orcid : https://orcid.org/0000-0002-6715-9898