• Alan VERGNES

    Alan Vergnes trombiMaître de Conférences

     Université Paul-Valéry Montpellier 3

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    Google Scholar

     

    Soil(s) Fictions : http://cargocollective.com/soilfictions/About

     

    Résumé :
    Diplômé d’un doctorat en écologie, le cherche à mieux comprendre les effets qu’induisent les modifications de l’environnement à différentes échelles – du paysage à la parcelle - sur les communautés, les populations et les traits des invertébrés du sol. J’analyse les effets des changements d’occupation du sol, comme l’urbanisation, sur les communautés et les interactions. Je m’intéresse fortement aux problématiques d’agroécologie, dans les paysages ruraux mais aussi urbains.J’ai des compétences fortes dans l’intégration de la dynamique spatiale des processus, dans la détermination d’invertébrés. je fais partie d’un collectif « art-science » qui vise à sensibiliser le public à la protection des sols.

     

    Mots-clés :
    Ecologie du paysage ; écologie des sols ; invertébrés des sols ; systèmes anthropisés ; dispersion ; agro-écologie ; régulation biologique

     


  • Ana RODRIGUES

    Ana 2021 small

    Senior Researcher (Directrice de recherche 1) CNRS

    My research lies at the interface between ecology and biological conservation, with the study of spatial biodiversity patterns as the unifying theme. Main current interests: large-scale conservation priorities; evolutionary community models; historical human footprint on biodiversity, with a focus on marine mammals.

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    orcid.org/0000-0003-4775-0127 

  • Anne CHARPENTIER

    AnneCharpentierMaître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

    HDR (Habilitée à diriger des recherches)

    I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

    This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
    https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

  • Aurélie COULON

    Aurelie.Coulon

    Associate Professor in spatial ecology at the Muséum national d'Histoire naturelle                                                                                                                                                        

    My research focuses on movement ecology: I study the factors influencing animal movements (especially dispersal) and gene flow, with a particular emphasis on landscape composition and structure. I also study how human-triggered landscape modifications like fragmentation affect animal movements; and the consequences on population functioning and structure. My research is hence tightly linked to the management/conservation of populations, and to landscape management (e.g. connectivity restoration, french Trame Verte et Bleue policy).

  • Aurélien BESNARD

    altLecturer / Maître de Conférences

    HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5
    France 


    Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
    Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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    Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

     

  • Bertrand SCHATZ

     

    B Schatz

    Directeur de recherche au CNRS, CID 52

     

    Je m’intéresse à l’écologie de la pollinisation, à l’évolution des interactions plantes-insectes et à la conservation de ces communautés. Mes travaux concernent surtout les figuiers en milieu tropical et les orchidées en milieu méditerranéen et ils portent sur la compréhension fondamentale de ces interactions et l’opérationnalité de leur conservation.

     

    I am interested in pollination ecology, in the evolution of plant-insect interactions and in the conservation of these communities. My studies concern tropical figs and Mediterranean orchids and they are focused on the fundamental understanding of these interactions and using fundamental insights for operational conservation.  

     

    Courriel : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

     

     

  • Claude MIAUD

    altDirecteur d’Etudes EPHE

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5


    Tel. : +33(0)4 67 61 33 43

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    My research is in the field of evolutionary ecology, often with a conservation point of view. I study variation among populations (mostly amphibians) along gradients (altitude, pollutants), to identify eg local adaptations in life history traits. More recently, I developped research in epidemiology to understand the dynamics of diseases affecting amphibian populations. Finally, I continue some eco-ethological studies mainly with amphibian dispersal by direct (eg radiotracking) and indirect (eg genetic markers) methods.

  • Claudine MONTGELARD

    Maitre de Conférences (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

     tél : 33 (0)4 67 61 33 04
     fax: 33 (0)4 67 41 21 38

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     THEMES DE RECHERCHE

    Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.

  • Dimitri MEDETIAN

    photo Dimitri Medetian

     

    Dimitri MEDETIAN
    Doctorant PSL_EPHE
    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

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    CEFE/CNRS UMR5175
    Etage 1, aile C, bureau 114

    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

     

    Supervisor : Claude Miaud (CEFE)

    Projet de thèse: Etude de la mobilité de la mégafaune marine grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental

    Mots clés : ADN environnemental, capteur passif, mégafaune marine, parc éolien en mer.

    Cette thèse vise à améliorer les connaissances sur la mobilité de la mégafaune marine rare et parfois discrète (mammifères marins, tortues marines, grands poissons…) grâce au développement d’un capteur passif à ADN environnemental (ADNe). L’ADNe correspond à l’ADN naturellement relâché dans l’environnement par les organismes vivants. L’objectif est de capter cet ADN dans le temps afin de détecter les passages de la mégafaune marine et de mieux comprendre ses déplacements.

    Cette nouvelle méthode peut permettre de répondre à certains obstacles méthodologiques des inventaires de biodiversité marine (difficultés et coûts d’accès, saisonnalité de la fréquentation, discrétion des taxons…). 

    Enfin, ces capteurs serviront également à l’étude des interactions de cette faune avec les activités anthropiques. La fréquentation des parcs éoliens en mer par la mégafaune marine sera ainsi évaluée.

    Les objectifs de cette thèse sont donc :

    • De développer et de tester en laboratoire et sur le terrain un capteur passif à ADNe répondant aux contraintes physico-chimiques du milieu marin (salinité, variations de température, courants…)
    • Mettre en place ces capteurs dans le milieu naturel pour obtenir une meilleure compréhension des déplacements de la mégafaune marine dans des contextes variés (aire marine protégée, parc éolien en mer…).

     

    ---- English ----

    Thesis project: Study of marine megafauna mobility thanks to the development of an environmental eDNA passive sampler.

    Key words: environmental DNA, passive sampler, marine megafauna, offshore wind farm.

    This thesis aims to improve knowledge on rare marine megafauna (marine mammals, sea turtles, large fishes…) thanks to the development of a passive environmental DNA (eDNA) sampler. eDNA is the DNA naturally released in the environment by living organisms. The objective is to capture the DNA over time to detect marine megafauna and to better understand its movements.

    This new method can address methodological obstacles of  marine biodiversity inventories (difficulties and costs of access, seasonality, taxa discretion…).

    Finally, these sensors will be used to study anthropogenic impacts on megafauna. The frequentation of offshore windfarms by marine megafauna will be evaluated. 

    The objectives are:

    • To develop and test in the laboratory and in the field an eDNA passive sampler according to the physio-chemical properties of marine environment (salinity, temperature, streams…).
    • Implement these samplers in the natural environment to better understand the marine megafauna movements in diverse contexts (marine protected area, offshore windfarm…). 
  • Emilie BOULANGER

    DoctoranteBoulangerE
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    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

    CEFE/CNRS UMR5175
    Etage 1, aile C, bureau 114

    Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
    Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

  • Etienne HENRY

    IMG 3576 min

    PhD candidate - Migratory landbirds conservation

     

    Project: Mobilising tracking data on African-Eurasian migratory birds to support conservation at the flyway scale.
    Supervisors: Ana Rodrigues (CEFE - CNRS, Montpellier) & Inês Catry (CIBIO - University of Porto).
    Project in collaboration with BirdLife International.

    Contact:
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    CEFE UMR5175 - Campus du CNRS - 1919, route de Mende - 34293 Montpellier 5 - France 

    Twitter

     

  • Franck RICHARD

    F Richard

    Professeur des Universités, Université de Montpellier

     

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  • Interactions Humains Animaux

    Notre équipe travaille sur les interactions entre humains et animaux selon une approche interdisciplinaire qui tient explicitement compte de leurs caractéristiques biologiques, comportementales, sociales et culturelles. Nous nous intéressons en particuliers aux questions de gestion de la faune sauvage et des animaux domestiques en interaction avec les activités humaines. Nous évoluons le long d’un gradient qui va de la conception et de la mise en place de protocoles d’échantillonnage, l’étude de la dynamique et de la distribution des populations, l'étude des savoirs écologiques, des perceptions et des pratiques des acteurs impliqués dans la gestion, jusqu’aux recommandations de gestion et la contribution aux processus de prise de décision et d’élaboration ou d’évaluation de politiques publiques de gestion et de conservation de la nature.

    Afin d’étudier la dynamique des populations sauvages nous développons des méthodes et outils statistiques. La plupart de nos travaux s’inscrivent en biologie et géographie de la conservation. Ceux-ci cherchent à développer des interfaces entre spécialistes en statistiques et gestionnaires d’aires protégées ou conservationnistes pour mieux étudier l’évolution des paramètres démographiques et populationnels des espèces et ainsi définir des politiques de protection, de prélèvement et de gestion plus adaptées.

    Nos travaux mobilisent également des approches et méthodes sociologiques, ethnologiques et de géographie humaine afin de mieux comprendre les relations entre humains et animaux. Nous étudions les savoirs écologiques et éthologiques des populations locales et les rétroactions entre dynamiques de population, écologie spatiale et géographie animale selon les perceptions et pratiques des chasseurs, éleveurs, bergers, agriculteurs, gestionnaires d’aires protégées et environnementalistes.

    A partir de l’analyse des controverses sociopolitiques ou dans le cadre de projets de recherche-action relatifs à la gestion de populations gibiers, des dégâts liés au gibier ou aux grands prédateurs, de populations d’espèces menacées, nous explorons dans différents contextes socio-écologiques, comment l’écologie et les comportements des animaux domestiques et sauvages façonnent les relations des humains avec ces animaux et les réseaux de relations complexes et dynamiques entre acteurs humains ; et comment en retour ces relations façonnent l’écologie et les comportements animaux dans le temps et l’espace.

    Notre équipe a ainsi une activité fortement interdisciplinaire, croisant l’écologie, la géographie, l’ethnologie, la statistique et la modélisation mathématique et multi-agents spatialisée ou non. Nous réalisons une approche critique de nos approches interdisciplinaires et conduisons une réflexion spécifique de longue haleine sur l’interface science/gestion et l’efficacité des politiques publiques. Nous nous impliquons dans de nombreuses missions de conseil scientifiques auprès des services de l’Etat, des gestionnaires d’aires protégées, des organismes locaux, régionaux et internationaux en liens avec la gestion, l’exploitation et la conservation de la faune sauvage. Nous enseignons dans des masters et spécialisations de plusieurs Grandes Ecoles et Universités, en France principalement. Enfin, nous organisons régulièrement des formations spécifiques pour le milieu socio-professionnel des gestionnaires de la nature, les étudiants et les chercheurs.

    Nous entretenons de solides partenariats de long terme avec des acteurs publics (OFB, ex. AFB et ONCFS, Parcs Nationaux), para-publics (CBN, ONF, Réserves naturelles de France, Fédération des Parcs naturels régionaux) et privés (bureaux d’étude, zoos, associations). Partant du constat que nos doctorant.e.s et post-doctorant.e.s ne trouveront pas tou.te.s un poste académique, nous entretenons des liens étroits avec le milieu non-académique dans le souci de leur intégration professionnelle.

    Les trois axes qui structurent l’équipe sont :

    Axe 1 : gestion des populations animales exploitées

    Modèles d’étude : ongulés (sangliers) et oiseaux.

    Partenariat fort avec OFB (ex. ONCFS/AFB) et Fédérations départementales de chasseurs   

     

    Axe 2 : gestion des populations de grands mammifères

    Grands carnivores (ours, loup, lynx) et cétacés (grands dauphins)

    Partenariat avec fort ONCFS, FDC, associations

     

    Axe 3 : formation

    Outre l’enseignement académique classique dans lequel nous sommes investis, notre équipe a une activité conséquente dans la formation sous forme d’ateliers pour l’OFB, les bureaux d’étude, la formation continue et les collègues universitaires. Ces formations ont clairement une forte composante de transfert soit des méthodes de modélisation mathématique et d’analyses statistiques de données de sciences écologiques ou humaines, soit des méthodes d’intégration des sciences humaines et sociales avec l’écologie dans des dispositifs interdisciplinaires de recherche ou de recherche-action dans le contexte des interactions humains/animaux ou aires protégées/non protégées.

  • Jean-Louis MARTIN

     

    Directeur de Recherche Emerite au CNRS / Emeritus Senior Scientist at CNRS

     

    J’étudie les réponses des communautés animales et végétales aux changements d’origine humaine (espèces introduites, usage des sols), en milieu tempéré et méditerranéen.

     

    I study plant and animal community response to human induced change (introduced  species, land use) in temperate and méditerranean systems.

     

    Courriel: jean-louis.martin [at] cefe.cnrs.fr

     JLete2014 petit


     

     

  • Jean-Michel BELLANGER

    JMB1

     

    Chargé de recherche à l’INSERM

    Ma principale activité de recherche porte sur l’évolution et la diversité taxinomique des macromycètes, que j’aborde via l’analyse phylogénétique d’échantillons issus d’un large réseau de mycologues européens partenaires. Je constitue aussi une extractothèque fongique destinée à mettre en évidence et valoriser le potentiel bioactif de ces organismes dans le domaine de la santé humaine.

    My research is mainly focused on the evolution and the taxonomic diversity of higher fungi. I am adressing this issue through the phylogenetic analysis of samples originating from a broad network of European partner mycologists. I am also assembling a fungal extract library, aiming at revealing and promoting the bioactivities of these organisms in the field of human health.

     

    Courriel : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

     

  • John D. THOMPSON

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    John D. Thompson

    Directeur de recherches, première classe

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    Programme de recherche

    Depuis le début ma carrière de scientifique à Montpellier en 1989 mes recherches se placent toujours dans le cadre historique, bio-géographique et paysager particulièrement fascinant de la région Méditerranéenne et se focalisent sur l’écologie, l’évolution et la conservation de la flore.

    Dans cette région les changements historiques et contemporains pourraient avoir des conséquences profondes aussi bien pour la dynamique et la viabilité des populations et des communautés, que pour la capacité de réponse évolutive rapide des espèces, aspect scientifique trop souvent négligé. n élément clé dans mes recherches concerne mon investissement dans une recherche qui s'articule autour de collaborations interdisciplinaires très étroites (sciences humaines) et l'animation d'une interface fonctionnelle entre problématique scientifique et enjeux de conservation.

    Ces recherches s’articulent autour des thèmes suivants :

    • L’application de notre connaissance sur l’évolution de la flore à la conservation conservation du potentiel évolutif.
    • L’ évaluation de l’état de conservation des populations d’espèces rares, endémique où en limite d’aire.
    • La connaissance de la niche fine des espèces en tant que connaissance fondamentale pour la gestion de la flore.
    • L’analyse des interfaces entre connaissances écologique, perceptions culturelles et savoirs-faire locaux (notamment pour la cueillette) dans la conservation de la flore.

    Actuellement je mène des recherches dans le cadre du programme « Transitions écologiques et flore protégée : la gestion conservatoire à l’échelle de la niche (TRANECOL) financé par l’OFB et le CEMEB. Ce programme a pour but d’analyser la variabilité de la niche des espèces végétales protégées en situations de transitions écologiques où le fonctionnement des milieux est particulièrement contrasté en région méditerranéenne: en l’occurence la mosaïque de milieux côtiers où la micro-topographie et la salinité varie de manière très forte sur des espaces très restraints, les gradients d’altitude en arrière pays et sur les écotones entre grands types de substrat. L’objectif ici est d’informer les stratégies et actions des gestionnaires sur l’importance d’identifier la niche écologique des espèces à l’échelle très fine du fonctionnement des individus en milieu hétérogène.

    Notre travail se fait en étroite collaboration avec les gestionnaires dans trois contextes :

    • le territoire du Parc National du Mercantour,
    • la Réserve Naturelle Régionale de Sainte Lucie et d’autres sites sur le territoire du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée,
    • le site Natura 2000 de la Grande Maïre à Portiragnes dont la gestion est attribuée à la Communauté d’Agglomération Hérault Méditerranée et d’autres espaces de près salés sur le pourtour Méditerranéen.

    Plant Evolution in the Mediterranean

    My first book - Plant Evolution in the Mediterranean - was published in 2005. It provided the first synthetic account of the majors processes of evolution in the Mediterranean flora in relation to the history and ecology of the region. It analyzed patterns of species’ distributions and traits in the evolution of the remarkable diversity and degree of endemism that characterize the Mediterranean flora.

    CoverfrontminiEver since 2005 here has been an immense amount of new and fascinating work on the history, ecology, and evolution of the Mediterranean flora. During this time, human impacts have continued to increase dramatically, significantly influencing both the ecology and evolution of the region’s biota.

    My second book, Plant Evolution in the Mediterranean - Insights for conservation, published in 2020 represents a comprehensive update on these issues.

    This is not a traditional book on plant evolution, but rather a novel integration of a diverse and scattered literature to produce a synthetic account of Mediterranean plant evolutionary ecology that maintains the accessible style of the previous version but in a new structural framework. History, ecology, biogeography, and evolution are all set in the context of a dramatically increasing footprint. I argue how an understanding of the evolutionary ecology of the region’s flora can be used to provide insights into its conservation and management.

     

    Conseils scientifiques

    Sur le thème de la protection de la nature en région Méditerranéenne et ces montagnes, j’ai établi les liens très forts avec les gestionnaires de sites et d’aires protégées. Cet engagement se concrétise par mon rôle en tant que président de deux conseils scientifiques et membre de deux autres.

    • Président

    Conseil scientifique du Parc National du Mercantour

    Conseil scientifique du Parc Naturel Régional de la Narbonnaise en Méditerranée

    • Membre

    Conseil scientifique du Conservatoire Botanique National Méditerranéen

    Conseil scientifique du Parc National des Calanques

     

     

    A lire

    Raevel, V., Munoz, F., Pons, V., Renaux, A., Martin, A. & Thompson, J.D. 2013. Changing assembly processes during a primary succession of plant communities on Mediterranean roadcuts. Journal of Plant Ecology, 6, 19-28.

    Thompson, J. D., Charpentier, A., Bouguet, G., Charmasson, F., Roset, S., Buatois, B., Vernet, P. & Gouyon, P.-H. 2013. Evolution of a genetic polymorphism with climate change in a Mediterranean landscape. Proceedings of the National Academy of Science (USA), 110, 2893-2897.

    Gauthier, P., Foulon, Y., Jupille, O. & Thompson, J.D. 2013. Quantifying vulnerability to assess priorities for conservation management. Biological Conservation,158, 321-325.

    Berjano R., Gauthier P., Fisogni A., Doblas, D., Pons V. & Thompson J.D. 2013. Mate limitation in populations of the endangered Convolvulus lineatus L.: a case for genetic rescue ? Journal for Nature Conservation, 21, 334-341.

    Schatz, B. Gauthier, P. Debussche, M. & Thompson, J.D. 2014. A decision tool for listing species for protection on different geographic scales and administrative levels. Journal for Nature Conservation, 22, 75-83

    Borie, M., Mathevet, R., Letourneau, A., Ring, I., Thompson,J.D. & Marty, P. 2014. Exploring the contribution of fiscal transfers to protected area policy. Ecology and Society, 19(1): 9. http://dx.doi.org/10.5751/ES-05716-190109

    Mathevet, R., Thompson, J.D., Folke, C. & Chapin III, F.S. 2016 Protected areas and their surrounding territory: socio-ecological systems in the context of ecological solidarity. Ecological Applications, 26, 5-16.

    Pironon, S. Papuga, G., Villellas, J., Angert, A.L., García, M.B. & Thompson, J.D. 2017. Geographic variation in genetic and demographic performance: new insights from the analysis of an old biogeographical paradigm. Biological Reviews, 92, 1877-1909.

    Bigard, C., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2017. The inclusion of biodiversity in impact assessment for urban development projects: policy-related progress limited by gaps and blurred by semantic confusion. Journal of Environmental Management, 200, 35-45.

    Vimal, R., Fonderflick, J., Thompson, J.D., Pluvinet, P., Debussche, M., Cheylan, M., Géniez, P., Mathevet, R., Acquarone, A., & Lepart, J. 2018. Integrating habitat diversity into species conservation in the Mediterranean mosaic landscape. Basic and Applied Ecology, 22, 36–43. 

    Thompson, J.D., Gauthier, P., Papuga, G., Pons, V., Debussche, M. & Farris, E. 2018. The conservation significance of natural hybridisation in Mediterranean plants: from a case study on Cyclamen (Primulaceae) to a general perspective. Plant Biology, 20 (Suppl. 1), 128-138.

    Papuga, G. Gauthier, P., Pons, V., Farris, E. & Thompson, J.D. 2018. Eological niche differentiation in peripheral populations: a comparative analysis of eleven Mediterranean plant species, Ecography, 41, 1-15.

    Thompson, J.D., Amiot, J., Borron, C., Linhart, Y.B., Keefover-Ring, K. & Gauthier, P. 2019. Spatial heterogeneity of gall formation in relation to chemotype distribution in Thymus vulgaris.Plant

    Gauthier, P., Bernard, C. & Thompson, J.D. 2019. Assessing landscape vulnerability for populations of listed Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,51, Article 125736.

    Gauthier, P., Pons, V., Fisogni, A., Murru, V., Berjano, R., Dessena, S. Maccioni, A., Chelo, C., Doncieux., A., Papuga, G. & Thompson, J.D. 2019. Monitoring population dynamics in rare and endangered Mediterranean plants. Journal for Nature Conservation,52, Article 125758.

    Bigard, C., Thiriet, P., Pioch, S. & Thompson, J.D. 2020. Strategic landscape-scale planning to improve mitigation hierarchy implementation: an empirical case study in Mediterranean France. Land-Use Policy, 90, Article 104286.

    Thompson, J.D. & Mathevet, R. 2017. Solidarité écologique. Espaces Naturels, 58, 13.

    A regarder

    Fleurs sauvages de la Méditerranée, « Sous le soleil ». ARTE 2019 https://www.arte.tv/fr/videos/069769-001-A/les-secrets-des-fleurs-sauvages-sous-le-soleil/

     

  • Laëtitita MATHON

    DoctoranteMathon Laetitia
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    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

    CEFE/CNRS UMR5175

    Etage 1, aile C, bureau 114
    Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

    Google Scholar / Researchgate

     

    Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

    3 objectifs de recherche :

    - Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

    - Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

    - Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

     ****

    PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

    3 research objectives:

    - Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

    - Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

    - Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

    ****

    Publications :

    Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

    Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

     

    Conferences :

    Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

     

    Main disciplines / approaches / study systems:

  • Marc CHEYLAN

    altMaitre de conférence (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    tél : +33 4 67 61 32 61
    fax: +33 4 67 41 21 38

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    Mots clés : Conservation, Biogéographie, région méditerranéenne, Reptiles, Ecologie des populations, Phylogéographie.

  • Marie-Morgane ROUYER

    PhD Candidate – Marine ecology and conservation MarieMorganeROUYER

    I am a PhD candidate, working at the interface between movement ecology and marine conservation. My PhD project aims to deliver science-based, conservation-oriented evidence to inform the conservation of highly mobile seabirds in the Atlantic. It is a partnership between the CEFE, the University of Lisbon, BirdLife International and the UN Evironment Programme World Conservation Monitoring Centre (UNEP-WCMC).

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    https://orcid.org/0000-0003-4915-7191

     

  • MORIN Xavier

    Directeur de Recherche (DR2)

    CNRS Researcher 

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    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33 (0)4 67 61 32 89
    Fax : +33 (0)4 67 61 33 36

    xavier dot morin @ cefe dot cnrs dot fr

     

    HDR : Impact des changements globaux sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes forestiers - soutenue le 11/2/2021
    Lien : HDR Xavier Morin

     

    Thèmes de recherche

    (English follows)

    Mes travaux cherchent à parvenir à une meilleure compréhension du déterminisme de la diversité végétale aux différentes échelles spatiales et temporelles, sa réponse aux changements futurs, et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers. En particulier, je cherche donc à comprendre et prédire comment la biodiversité des écosystèmes forestiers s’organise selon différentes échelles spatiales, comment elle sera modifiée par les changements globaux, et quelles en seront les conséquences sur le fonctionnement de ces écosystèmes. Pour ce faire j’essaie de développer une approche intégratrice basée sur les processus. Mes travaux se focalisent principalement sur les espèces d'arbres et arbustes. Pour mener à bien ces objectifs, j’utilise aussi bien des résultats issus d’expérimentation, d’observations le long de gradients écologiques in situ, et de modélisation.