• Ana RODRIGUES

    Ana2015

    Senior Researcher (Directrice de recherche 2) CNRS

    My research lies at the interface between ecology and biological conservation, with the study of spatial biodiversity patterns as the unifying theme. Main current interests: large-scale conservation priorities; evolutionary community models; historical human footprint on biodiversity, with a focus on marine mammals.

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    orcid.org/0000-0003-4775-0127 

     

  • Anne CHARPENTIER

    AnneCharpentierMaître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

    HDR (Habilitée à diriger des recherches)

    I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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    https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

  • Aurélie CELERIER

     

    Maître de Conférences à l'Université Montpellier II

    rencontre nocturne


    CEFE/CNRS

    Campus du CNRS

    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5


    Tél : +33/0 4 67 61 33 17
    Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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  • Emilie BOULANGER

    DoctoranteBoulangerE
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    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

    CEFE/CNRS UMR5175
    Etage 1, aile C, bureau 114

    Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
    Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

  • Laëtitita MATHON

    DoctoranteMathon Laetitia
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    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

    CEFE/CNRS UMR5175

    Etage 1, aile C, bureau 114
    Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

    Google Scholar / Researchgate

     

    Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

    3 objectifs de recherche :

    - Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

    - Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

    - Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

     ****

    PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

    3 research objectives:

    - Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

    - Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

    - Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

    ****

    Publications :

    Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

    Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

     

    Conferences :

    Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

     

    Main disciplines / approaches / study systems:

  • Manon CLAIRBAUX

    Doctorante 2017-2020

    Thèse soutenue le 04/12/2020. Post-doc à MAD jusqu'à fin mars 2021

    Paysage énergétique des oiseaux marins hivernant en Atlantique Nord en contexte de changement climatique

     

    CEFE, CNRS

    1919 Route de Mende,

    34090 Montpellier

    2 ème étage, aile B, bureau 201

    +33(0)4.67.61.33.09

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    Superviseur: David Grémillet

  • Marie-Morgane ROUYER

    MSCA Early-Stage Research FellowMarieMorganeROUYER

    I am a Marie Skłodowska-Curie Actions research fellow, part of the Inspire4nature Innovative Training Network, researching at the interface between science and policy in the field of biodiversity conservation. I am looking at the effectiveness of protected areas at conserving biodiversity, in partnership with BirdLife International and the UNEP-WCMC.

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    https://www.researchgate.net/profile/Marie_Morgane_Rouyer

     

  • Nicolas Courbin

    NCourbinChercheur postdoctoral / Postdoctoral researcher

    J'étudie les mécanismes de la répartition spatiale des grands herbivores, des grands carnivores et des oiseaux marins dans le but d'approfondir nos connaissances sur les interactions prédateur-proies (jeu spatial prédateur-proie, stratégie d'alimentation, stratégie de recherche des prédateurs, stratégie anti-prédatrice des proies) et d'améliorer les mesures de gestion et de conservation de la faune.

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  • Stéphanie MANEL

    Stephanie MANEL

    Directrice d’Etudes EPHE

    My main field of research is landscape genetics.

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tel. : +33(0)4 67 61 32 35

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    Keywords : Landscape genetics - Landscape connectivity - Adaptive genetic diversity - Local adaptation - Gene flow 

    Website: https://sites.google.com/site/stephaniemanel/home

  • Sylvain PIOCH

    altSylvain PIOCH

    Maître de conférences, HDR Géographie et Aménagement de l’espace, Université Paul Valéry-Montpellier III

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    Sylvain Pioch, est docteur en géographie et aménagement de l’espace ainsi qu'ingénieur écologue (AFIE). Ses travaux de thèses, réalisés en partie au Japon, portent sur la restauration des habitats marins à l'aide de récifs artificiels et d'approches de gestion intégrée des zones côtières pro-actives. Il a poursuivi ses recherches en Floride dans le cadre d'un post-doctorat à la NOVA University au sujet des techniques d'ingénierie écologiques côtières et des outils de dimensionnement des mesures compensatoires selon le concept de "no net loss" (Pas de Perte Nette) au sein de la séquence Eviter Réduire et Compenser. Il développe ses travaux en Floride sur les instruments et la gouvernance de compensation des impacts anthropiques : banques de compensation côtières, méthodes de calcul des gains et pertes de biodiversité et les techniques de restauration écologique marine. Il travaille actuellement sur les problématiques d'évaluation de la compensation des impacts anthropiques, la réglementation environnementale (lois, cadres opérationnels, processus transactionnels), les techniques d’ingénierie écologique (transplants, bouturage, substrats...) et l’eco-conception des infrastructures maritimes (design, matériaux, habitats artificiels). Après 10 ans d'ingénierie en tant que chef de projet environnement, en France et à l’international, il est depuis 2011 maitre de conférence à l’université Montpellier 3 où il enseigne la géographie de l’environnement, l’aménagement des territoires sous l’angle de l’ingénierie territoriale environnementale et l’organisation des socio-écosystèmes littoraux. Il enseigne également à l’ENTPE au CNFPT, à l’Université de Corte (etc.) et à l’étranger à la NOVA University, ou en tant que conseillé de l'académie des énergies renouvelables marines du Japon.

    Sylvain Pioch is currently a researcher at CEFE laboratory and associate professor at University Paul-Valéry Montpellier in environmental/urban planning, dedicated to marine and coastal area. After a PhD in coastal geography partly done in TUMSAT (Japan), he continued as a post-doctoral fellow at Nova University (Florida, USA), and IFREMER (France) working on ecological engineering and scoring methods to value gains and losses of ecological functions. He works on issues linked to the mitigation of anthropogenic impacts, green infrastructure (harbour & maritime infrastructures, eco-designed, eco-friendly materials, artificial habitats), governance of mitigation in France and the US (laws & rules, guideline and ref. frameworks, transactional processes) and ecological engineering tools. He teaches Graduate students at University Paul-Valéry Montpellier, Nova University (Florida) and in 6 other different training programs.

  • Sylvia CAMPAGNA

    Sylvia CAMPAGNA3

    Maître de Conférences (CNU 64-65), Université de Nîmes
    CEFE, 2ème étage, Aile B, Bureau 209


    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5

    Tél : +33/0 4 67 61 33 17

    sylvia.campagna(at)cefe.cnrs.fr

     

    Keywords : Marine Mammals - Chemical Ecology  - Sensory Perception - Electrophysiology