• Laëtitita MATHON

    DoctoranteMathon Laetitia
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    Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

    CEFE/CNRS UMR5175

    Etage 1, aile C, bureau 114
    Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)

    Google Scholar / Researchgate

     

    Projet de these : L’ADN environnemental pour étudier les patterns de distributions des poissons et les communautés à large echelle

    3 objectifs de recherche :

    - Comparaison de programmes bioinformatiques existants pour le traitement des données d'ADN environnemental, afin d'identifier les programmes les plus performants pour retrouver les composition specifiques des échantillons.

    - Analyse à l’échelle globale de données d’ADNe collectées sur des récifs coralliens dans plusieurs régions du monde afin d’étudier la capacité de l’ADNe à détecter les patterns de diversité à différentes échelles et déterminer les mécanismes de diversité. Puis analyse de données d'ADNe collectées dans plusieurs régions marines, de pôle à pôle.

    - Cas d'étude particulier : Modélisation 3D de la diversité des poissons autour des monts sous-marins de Nouvelle-Calédonie à partir de données d’ADN environnemental, afin d'étudier les communautés de poissons sur ces monts en fonction des paramètres environnementaux et biologiques.

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    PhD project : Environmental DNA to study fish distribution patterns and communities across large spatial scales 

    3 research objectives:

    - Comparison of existing bioinformatics programs for processing environmental DNA data, in order to identify the most efficient programs for finding the species composition of samples.

    - Global analysis of DNA data collected from coral reefs in several regions of the world to study the ability of DNA to detect diversity patterns at different scales and determine the mechanisms of diversity. Then analysis of eDNA data collected in several marine regions, from pole to pole.

    - Special case study: 3D modeling of fish diversity around seamounts of New Caledonia from environmental DNA data, in order to study the fish communities on these seamounts according to environmental parameters and organic.

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    Publications :

    Mathon, L., Valentini, A., Guérin, P. E., Normandeau, E., Noel, C., Lionnet, C.,... & Manel, S. (2021). Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification. Molecular Ecology Resources.

    Flück, B., Mathon, L., Manel, S., Valentini, A., Dejean, T., Albouy, C.,... & Pellissier, L. (2021). Fast processing of environmental DNA metabarcoding sequence data using convolutional neural networks. bioRxiv.

     

    Conferences :

    Circumglobal distribution of fish environmental DNA in coral reefs. DNAqua-net conference, 2021

     

    Main disciplines / approaches / study systems:

  • Pierre-Edouard GUERIN

    pierre edouard guerin photo webIngénieur d'étude, bioinformaticien (2017 - 2021)

    Diplômé du master professionnel double compétence informatique et biologie de l’Université Paris Diderot, j'apporte mes compétences en programmation pour de nombreux projets scientifiques en collaboration avec des équipes de recherche.

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

    • mail:This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
    • website:https://guerinpe.com/

     

  • Véronique ARNAL

    Assistante Ingénieure (EPHE)

    CEFE/CNRS
    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier 5

     tél :  33 (0)4 67 61 32 80

    This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
     

    • phylogénie, phylogéographie, dynamique des populations, épidémiologie
    • mise au point de marqueurs moléculaires (gènes et locus microsatellites) sur vertébrés non modèles
    • co-animation de l'axe transversal de l'UMR "Cycle de vie des données"
    • co-animation de la plateforme de l'UMR GEMEX et responsable formation aux outils bio-informatiques sur l'analyse de séquences et de génotypes
    • membre du conseil scientifique de la plateforme "ADN dégradé" du labex CeMEB