Ingénieure de recherche (IR - CNRS  - CDD)

amelie.fargevieille[at]cefe.cnrs.fr       0000-0003-0934-3563 ameliefar

Domaines d'expertise

• Gestion de bases de données de suivi à long terme - Développement de pipelines et workflow - Ouverture et partages des données scientifiques - Principes FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable data) et ORT (Open Reliable Transparent analyses)
• Statistiques appliquées à l'écologie évolutive
• Coordination de terrain - Manipulation de passereaux - Élaboration de protocoles expérimentaux - Développement de carnets électroniques de terrain
• Éthique et bien-être animal appliqués à la faune sauvage non hébergée

 Thèmes de recherche privilégiés

• Adaptation évolutive et dynamique des populations 

J'ai réalisé ma thèse sur l'évolution de la coloration des femelles chez les oiseaux, notamment chez la mésange bleue (Cyanistes caeruleus) (2013-2016, Université de Montpellier) sous la direction de Claire Doutrelant et Arnaud Grégoire. J'ai ensuite réalisé un post-doctorat (2018-2020, Auburn University) dans l'équipe de Daniel Warner sur la dynamique des populations et l'évolution de traits morphologiques et ornementaux dans les premières phases d'invasion de l'anole brun (Anolis sagrei). Depuis 2021, je suis revenue en tant qu'ingénieure dans l'équipe mésanges, apportant mes compétences transverses sur le cycle de vie des données à très long terme.  

Mésange bleue (Cyanistes caeruleus) Adaptée d'une photo de Stephan Tillo	Anole brun (Anolis sagrei) Photo personnelle

 Projets en cours

Le projet mésanges du CEFE est un suivi à long terme initié en 1976 et qui suit principalement la phénologie de reproduction des mésanges bleues et des mésanges charbonnières sur cinq sites majeurs. Au sein de ce projet, je suis en charge de la gestion et de l'optimisation de l'utilisation de la base de données, alimentée chaque année de plus de 5000 lignes de données. Je gère aussi les données de couleurs issues des plumes collectées sur les oiseaux reproducteurs. Je coordonne également le suivi de la phénologie de reproduction des mésanges charbonnières sur le site urbain qui couvre huit secteurs de la ville de Montpellier.  Je développe des formulaires électroniques liés à l'application ODK Collect pour optimiser et standardiser la collecte de données sur le terrain, assurer la sauvegarde sécurisée des données collectées et aider le personnel sur le terrain dans la prise de décision. Enfin, je partage les données avec les partenaires, notamment pour améliorer la visibilité et lisibilité des données pour le grand public (projet de tableau de bord en cours avec l'OSU-OREME). 

 Le réseau SPI-Birds a pour volonté de proposer le partage des données issues des programmes à long terme suivant la phénologie de reproduction des oiseaux. Ce projet international favorise les échanges, les collaborations entre les chercheurs de différents pays par le partage des métadonnées et la facilitation du partage sécurisé des données associées selon les principes FAIR. Je participe en développant des pipelines pour standardiser les jeux de données bruts au format SPI-Birds, facilitant ainsi les analyses à large échelle et multi-espèces. Je travaille également à développer la bibliothèque de codes. Cette bibliothèque regroupera les codes issus d'analyses de jeux de données du réseau SPI-Birds et permettra d'appliquer les principes d'ouverture, de transparence et de fiabilité des analyses en écologie et évolution.

  Bibliographie

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