Sciences Participatives

Protocole

: Publication : 10 juillet 2013

Suivi des communautés d'amphibiens en Languedoc Roussillon

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Le protocole présenté ci-dessous est une adaptation du protocole national « POPAMPHIBIEN Communauté » mis en place par la Société Herpétologique de France (SHF) et diverses structures ayant été consultées pour sa validation. Les spécificités de la région méditerranéenne notamment en termes de climat et de cortèges d’amphibiens ont poussé à la mise en place d’une déclinaison qui tient compte de ces particularités.

Vous pourrez également trouver le protocole :

rédigé sous format .pdf téléchargeable: POPAMPHIBIEN Communauté Méditerranée
schématique permettant une meilleure compréhension et application : POPAMPHIBIEN Communauté Méditerranée Schémas

ainsi qu'une fiche terrain type sous format .xls à envoyer par email à Pierre-André CROCHET afin que les données soient agrégées à la base de données Amphi'Languedoc.

POPAMPHIBIEN COMMUNAUTE Méditerranée

Nom : Protocole de suivi des communautés d’amphibiens en région Méditerranéenne.

Objectif : Estimer et comprendre les évolutions de l'état de la batrachofaune méditerranéenne à partir de l’estimation de l’occurrence des communautés d’amphibiens dans les sites aquatiques.

Moyens à mobiliser : Choix d’aires comportant des sites aquatiques en milieu naturel, en milieux gérés et non gérés, personnels formés pour le recueil des données et éventuellement pour l’analyse des données.

Ce document rappelle les conditions générales de l’application de ce protocole. La phénologie de la reproduction des espèces détermine les dates d’application de ce protocole et doivent être définies en accord avec le coordinateur régional du POPAMPHIBIEN COMMUNAUTE.

1. Objectif opérationnel

Le principe général est de visiter les sites aquatiques d’une aire dont l’étendue est définie par la durée de la sortie sur le terrain. Les dates de prospection sont définies en fonction de la phénologie des espèces de la communauté. L’effort de prospection est mesuré pour chaque site (durée).

L’aire étudiée et les milieux aquatiques qui la composent sont clairement référencés afin de permettre un suivi à longs termes (plusieurs années). Le choix de l’aire et sa description (unité paysagère) se font la première année du suivi. Les variables intrinsèques (description des sites aquatiques) et extrinsèques (paysage environnant) et la liste des mesures (météorologie, etc.) sont fournies, et peuvent être, pour certaines mesurées, après le démarrage de l’application du protocole. En fonction du type de site (plan d’eau ou cours d’eau), un protocole différent est à suivre.

Toutes les informations nécessaires à la mise en place des protocoles seront actualisées et disponibles à l’adresse «www.lashf.fr». Les coordinateurs et les participants sont encouragés à s’y rendre régulièrement et à y faire partager leur expérience via le forum de discussion mis en place.

2. Mise en place du protocole

Le choix des aires suivies est fait par les observateurs en fonction de critères de faisabilité (e.g. accès) et d’objectif (suivi de milieu, gestion possible de certains milieux plutôt que d’autres, etc.). Une aire doit être définie avec une certaine homogénéité paysagère.

Avec l’accumulation des aires suivies, une concertation avec les coordinateurs régionaux et nationaux permettra de détecter les manques possibles afin de se rapprocher le plus possible d’un plan d’échantillonnage stratifié à l’échelle nationale.

Un repérage est effectué de jour afin de localiser et numéroter les sites aquatiques présents (on s’assurera des possibilités physiques et réglementaires d’accès à ces sites) dans l’aire sélectionnée.

Dans le cas de plan d’eau, on définira en particulier pour chaque site s’il fera l’objet d’une prospection complète ou bien s’il nécessite un sous-échantillonnage (le choix de secteurs échantillonnés sur un grand plan d’eau par exemple). La sélection de ces secteurs appelées « placettes » doit se faire avant le démarrage des campagnes de terrain.

Dans le cas de cours d’eau, on définira un tronçon de taille variable en fonction de la géographie du site et des capacités d’effort de terrain. Par la suite, le tronçon est sous-échantillonné au minimum en 3 sections de 5m appelées « placettes » dans la suite du protocole. Elles sont distantes d’au moins 100m pour éviter les interactions entre chaque placette prospectée. Leur nombre et la taille du tronçon sont définis avant le début du suivi et cela pour toute la durée d’application du protocole.

Une estimation de la durée de la visite des sites (qui tient compte des méthodes de détection des espèces utilisées) est réalisée. La durée de la visite de (ou des) aire(s) sélectionnée(s) doit être raisonnable (e.g. < 4 heures au total pour une sortie en fonction de la difficulté du terrain).

Les aires sélectionnées sont géo-référencées, ainsi que toutes les placettes. Des sites aquatiques sont susceptibles d’apparaître ou de disparaître de l’aire sélectionnée. Les nouveaux sites seront inclus dans le protocole au fur et à mesure de leur apparition : on tiendra compte de ce phénomène dans le choix de la taille des aires étudiées, certaines unités paysagères pouvant évoluées très vite alors que d’autres peuvent être prédites comme relativement stables.

2.2. Description des aires

L’aire sélectionnée géo-référencée sera identifiée dans le géo-portail de l’IGN et nommée selon le lieu-dit situé ou commune à proximité (pour faciliter sa localisation). Une (ou des) photographie(s) de l’ambiance globale sera(ont) réalisé(es) en début de phase de végétation ou à la période la plus représentative pour la région considérée. Pour chaque site aquatique, une photographie panoramique sera réalisée systématiquement.

Des listes de variables extrinsèques et intrinsèques standards seront fournis pour la description de l’aire et de chaque site aquatique.

2.3. Recueil des données

Il est fortement conseillé aux observateurs de participer par équipe de deux pour des raisons d’efficacité et de sécurité. Une visite préliminaire (sans relevé d’amphibiens) de jour peut s’avérer nécessaire afin de vérifier l’emplacement des sites aquatiques, la délimitation des secteurs de prospections dans le cas des grands sites, les possibilités d’accès, etc. en début de chaque année de suivi.

Les données de comptage d’amphibiens récoltées sur le terrain à l’aide des moyens classiques (crayon papier et fiche de saisie papier).

2.3.1. Planning général

A titre indicatif, la période comprise entre le début Février et la fin Novembre semble la plus favorable pour détecter les différentes espèces de la communauté des amphibiens de la région méditerranéenne. Les plus précoces sortent dès les premières douceurs en fin d’hiver tandis que d’autres profitent des pluies automnales pour se reproduire.

2.3.2. Méthodes de prospection

L’analyse statistique des tendances se base sur l’occurrence des espèces dans les sites aquatiques, permettant d’utiliser les données de présence même si les méthodes de détection utilisées pour une espèce changent d’une date à une autre.

Pour les trois sessions, un point d’écoute est réalisé à proximité du site échantillonné.

- Les trois premières sessions proposent deux protocoles à choisir en fonction des possibilités d’autorisation et/ou de disponibilité pour des sorties nocturnes pour les personnels participants.

- La quatrième session optionnelle est réalisée de jour ou de nuit et de la même manière par l’ensemble des participants.

Les sessions de terrain se déroulent suivant les protocoles présentés ci-dessous.

2.3.2.1. Protocole plans d’eau

Ce protocole est conçu pour la prospection de tous les types de plans d’eau où les amphibiens sont susceptibles d’être présents : étangs, bassins de rétention, lavognes, mares permanentes, mares temporaires, marais, lacs… On évitera de réaliser ces prospections sur des sites d’une trop grande ampleur car l’effort de prospection sera insuffisant. Dans ce cas là, une méthode à l’ADN environnemental sera certainement plus judicieuse.

Première session (e.g. février-mars)

Cette session se réalise de jour ou de nuit selon les possibilités des participants. Le point d’écoute et le repérage visuel des pontes sont obligatoires. On pourra y adjoindre une pêche à l’épuisette opportuniste pour la détection de certaines espèces (e.g. larves de salamandres) à une période où les herbiers sont peu développés.

I. Faire un point d’écoute de 5’ à proximité du site aquatique (= 1 point d’échantillonnage). L’heure de début et de fin est notée.

Pour les grands plans d’eau, un point d’écoute par placette (= réplicats spatiaux des points d’échantillonnage) pourra être réalisé. On choisira une distance suffisante entre chaque placette, d’environ 100 m, pour éviter les doubles comptages. Si la taille du site ne le permet pas, c’est que ce plan d’eau ne justifie pas la mise en place de plus d’une placette.

II. Prospecter le site aquatique pour le repérage des pontes (toute autre observation d’amphibien est également notée si l’espèce est déterminée) de jour ou de nuit. Dans ce dernier cas, l’utilisation d’une lampe torche d’une puissance d’au moins 150 lumens est recommandée. L’heure de début et de fin de prospection est notée.

Pour les grands plans d’eau où plusieurs placettes sont échantillonnées, on choisira une portion de berge d’environ 50 m = 1 placette) pour réaliser la prospection visuelle. Noter le début et la fin de la prospection pour chaque placette.

III. Pêche facultative à l’épuisette.

Certaines espèces comme les Salamandres peuvent être détectées en début de saison par la présence de leurs larves. Nous recommandons de donner quelques coups d’épuisette dans des emplacements susceptibles de les abriter (végétation, berges). Il s’agit de captures opportunistes qui amèneront une information sur la présence-absence.

IV. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

Deuxième session (e.g. avril-mai)

Le protocole proposé tient compte des contraintes variables des partenaires et des conditions de terrain. Nous recommandons la réalisation d’une sortie nocturne pour cette deuxième session, ainsi que la prospection à vue quand les sites aquatiques le permettent.

Nous recommandons la pose de nasses quand la prospection à vue nocturne n’est pas possible ou efficace. Un protocole de pêche a l’épuisette est aussi proposé car efficace dans certaines conditions, mais à utiliser en limitant l’impact sur le milieu échantillonné. Quelques soit les techniques sélectionnées, le point d’écoute + une autre technique (repérage visuel ou nasses ou épuisette) sont obligatoires pour cette session.

A - Pour une session de nuit (après le coucher de soleil) :

A.I. Faire un point d’écoute de 5’ à proximité du site aquatique. L’heure de début et de fin est notée.

Voir I. pour les grands sites aquatiques.

v Si les sites prospectés permettent un repérage visuel des amphibiens

A.II. Prospecter le site aquatique pour repérer les amphibiens à l’aide d’une lampe torche (d’une puissance recommandée de l’ordre de 150 lumens). L’heure de début et de fin cette prospection est notée.

Voir II. pour les grands sites aquatiques.

A.III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

v Si les sites prospectés ne permettent pas un repérage visuel des amphibiens

A.II.a) Pêche à la nasse.

- Positionner en début de prospection trois nasses de type Ortmann ou des nasses de pêche dans le site aquatique. Chaque nasse est positionnée à une distance de la berge qui permet d’avoir sous celle-ci une colonne d’eau au moins équivalente à la hauteur de la nasse (si possible). On pose les nasses afin d’échantillonner si possible les principaux éléments du site aquatique (herbiers, berges en pente douce ou abruptes, etc.).

Pour les grands plans d’eau où plusieurs placettes sont échantillonnées, on placera trois nasses par placette (e.g. portion de berge).

- Relever les nasses de préférence le lendemain matin. Il est possible de poser les nasses pour une durée de pêche minimale de deux heures de nuit (heures de début et fin de pêche sont notées) afin de ne pas avoir à revenir sur le site le lendemain matin.

- Compter et identifier les amphibiens par nasse clairement répertoriée (la numérotation des nasses est recommandée).

ou bien

A.II.b) Pêche à l’aide d’une épuisette.

- Se positionner proche de la berge hors ou dans l’eau.

- Donner trois coups d’épuisette du large vers soi suivant trois directions rayonnantes. Cette pêche est réalisée dans trois emplacements (distants de plusieurs mètres) pour chaque site.

Pour les grands plans d’eau où plusieurs placettes sont échantillonnées, on réalisera trois pêches pour chaque placette (e.g. portion de berge).

- Compter et identifier les amphibiens.

A.III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

B - Pour une session pendant la journée :

B.I. Faire un point d’écoute de 5’ à proximité du site aquatique. L’heure de début et de fin est notée.

Voir I. pour les grands sites aquatiques.

v Si les sites prospectés permettent un repérage visuel des amphibiens

B.II. Prospecter le site aquatique pour repérer les amphibiens à vue. L’heure de début et de fin de prospection est notée.

Voir II. pour les grands sites aquatiques.

B.III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

v Si les sites prospectés ne permettent pas un repérage visuel des amphibiens

B.II.a) Pêche à la nasse.

Pour les grands plans d’eau où plusieurs placettes sont échantillonnées, on placera trois nasses par placette (e.g. portion de berge).

- Relever les nasses de préférence le lendemain matin. Il est possible de poser les nasses pour une durée de pêche minimale de trois heures de nuit (heures de début et fin de pêche sont notées) afin de ne pas avoir à revenir sur le site le lendemain matin.

- Compter et identifier les amphibiens par nasse clairement répertoriée (la numérotation des nasses est recommandée).

ou bien

B.II.b) Pêche à l’aide d’une épuisette.

- Se positionner proche de la berge hors ou dans l’eau.

- Donner trois coups d’épuisette du large vers soi suivant trois directions rayonnantes. Cette pêche est réalisée dans trois emplacements (distants de plusieurs mètres) du site échantillonné.

Pour les grands plans d’eau où plusieurs placettes sont échantillonnées, on réalisera trois pêches par placette (e.g. portion de berge).

- Compter et identifier les amphibiens.

B.III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

Troisième session de fin de saison (e.g. juin-juillet)

Cette session se réalise de jour ou de nuit selon les disponibilités des participants. Le point d’écoute et le repérage visuel des amphibiens sont obligatoires. On pourra y adjoindre la pêche opportuniste à l’épuisette pour l’identification des larves et des têtards.

I. Faire un point d’écoute de 5’ à proximité du site aquatique. L’heure de début et de fin sera notée.

Voir I. pour les grands sites aquatiques.

II. Prospecter le site aquatique pour repérer les amphibiens à vue de jour ou de nuit à l’aide d’une lampe torche (d’une puissance recommandée d’au moins 150 lumens). L’heure de début et de fin cette prospection est notée.

Voir II. pour les grands sites aquatiques.

Une pêche (facultative) à l’épuisette peut être recommandée pour la capture des larves et têtards repérées à vue, permettant leur détermination spécifique. On choisira des emplacements susceptibles d’abriter ces larves et têtards tout en respectant l’intégrité des herbiers. Il s’agit de captures opportunistes qui amèneront une information sur la présence-absence.

III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

Quatrième session optionnelle de début d’automne (e.g. septembre-octobre)

Cette session optionnelle se réalise de jour ou de nuit selon les possibilités des participants, le point d’écoute et le repérage visuel des amphibiens seront obligatoires. On pourra y adjoindre la pêche opportuniste à l’épuisette pour l’identification des larves et des têtards.

La session sera réalisée si cela est possible dans les sites où l’on trouve des espèces tardives.

I. Faire un point d’écoute de 5’ à proximité du site aquatique.

Voir I. pour les grands sites aquatiques.

Voir II pour les grands sites aquatiques.

Une pêche (facultative) à l’épuisette peut être recommandée pour la capture des larves et têtards repérées à vue, permettant leur détermination spécifique. On choisira des emplacements susceptibles d’abriter ces larves et têtards (berges, vasques, végétation) tout en respectant l’intégrité des herbiers. Il s’agit de captures opportunistes qui amèneront une information sur la présence-absence.

III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

2.3.2.2. Protocole cours d’eau :

Ce protocole est conçu pour la prospection de tous les types de cours d’eau où les amphibiens sont susceptibles d’être présents : roubines, ruisseaux, canaux, rivières permanentes ou temporaires, torrents, fleuves… On évitera de réaliser ces prospections sur des sites d’une trop grande largeur car l’effort de prospection sera insuffisant et le protocole inadapté.

Première session (e.g. février à mars)

Cette session se réalise de jour ou de nuit selon les possibilités des participants. Les points d’écoute et le repérage visuel des pontes sont obligatoires. On pourra y adjoindre une pêche à l’épuisette opportuniste pour la détection de certaines espèces (e.g. larves de salamandres et d’euproctes).

I. Faire 1 point d’écoute de 5’ au niveau de chaque placette (= 3 points d’échantillonnage minimum).

Les placettes sont distantes d’au moins 100m pour éviter les doubles comptages.

II. Prospecter chaque placette pour le repérage des pontes (toute autre observation d’amphibien est également notée si l’espèce est déterminée) de jour ou de nuit. Dans ce dernier cas, l’utilisation d’une lampe torche d’une puissance d’au moins 150 lumens est recommandée. L’heure de début et de fin de prospection est notée.

III. Pêche facultative à l’épuisette.

Certaines espèces comme les Salamandres ou les Euproctes peuvent être détectées en début de saison par la présence de leurs larves. Nous recommandons de donner quelques coups d’épuisette dans des emplacements susceptibles de les abriter (végétation, berges, vasques). Il s’agit de captures opportunistes qui amèneront une information sur la présence-absence.

IV. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

Deuxième session (e.g. mi-avril à mi-juin)

Nous recommandons la pêche à l’épuisette quand la prospection à vue nocturne n’est pas possible ou efficace. Il doit toujours être utilisé en limitant l’impact sur le milieu échantillonné. Quelques soit les techniques sélectionnées, le point d’écoute + une autre technique (repérage visuel ou épuisette) sont obligatoires pour cette session.

I. Faire un point d’écoute de 5’ au niveau de chaque placette. L’heure de début et de fin est notée.

Les placettes sont distantes d’au moins 100m pour éviter les doubles comptages.

v Si les sites prospectés permettent un repérage visuel des amphibiens

II. Prospecter chaque placette pour repérer les amphibiens (à l’aide d’une lampe torche d’une puissance recommandée de l’ordre de 150 lumens en cas de prospection nocturne). L’heure de début et de fin cette prospection est notée.

III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

v Si les sites prospectés ne permettent pas un repérage visuel des amphibiens

II. Pêche à l’aide d’une épuisette.

- Se positionner proche de la berge hors ou dans l’eau.

- Donner 3 coups d’épuisette du large vers soi suivant trois directions rayonnantes. Cette pêche est réalisée dans trois emplacements (distants de plusieurs mètres) pour chaque placette échantillonnée.

- Compter et identifier les amphibiens.

III. Passer au site suivant et appliquer le même protocole.

Troisième session de fin de saison (e.g. juillet-août)

I. Faire un point d’écoute de 5’ au niveau de chaque placette. L’heure de début et de fin sera notée.

Les placettes sont distantes d’au moins 100m pour éviter les doubles comptages.

II. Prospecter chaque placette pour repérer les amphibiens à vue de jour ou de nuit à l’aide d’une lampe torche (d’une puissance recommandée d’au moins 150 lumens). L’heure de début et de fin cette prospection est notée.