Ecologie comparative des organismes, des communautés et des écosystèmes

Matthias GRENIÉ

Publication : 28 septembre 2015

 

Doctorant / PhD Candidate Portrait de Matthias GRENIÉ

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Mes intérêts portent sur la variation de la biodiversité à différentes échelles (locale, régionale, globale) : comment varie-t-elle en fonction des échelles ? Peut-on comprendre les causes de sa variation ? Je m'intéresse aussi à l'assemblage des communautés : comment se fait-il que l'on trouve telle espèce à tel endroit mais pas telle autre ?  Est-ce lié à l'environnement, à la présence d'autres espèces ?

My scientific interests revolve around the variation of biodiversity at different scales (local, regional and global): how does diversity vary in function of the scale? Can we understand the causes of its variation? I am also interested in community assembly: why do we find a given species at a given place but not that other species? Is it because of the environment, of other species?

Mot-clés : biogéographie fonctionnelle, écologie des communautés, macroécologie, analyse de données, données multitrophiques, multi-taxons, biodiversité, diversité taxonomique, diversité fonctionnelle, diversité phylogénétique

Mes intérêts portent sur la variation de la biodiversité à différentes échelles (locale, régionale, globale) : comment varie-t-elle en fonction des échelles ? Peut-on comprendre les causes de sa variation ? Je m'intéresse aussi à l'assemblage des communautés : comment se fait-il que l'on trouve telle espèce à tel endroit mais pas telle autre ? Comment expliquer l'observation d'espèces données à un endroit précis ? Est-ce lié à l'environnement, à la présence d'autres espèces ?

Ma thèse, sous la direction de François MUNOZ et de Cyrille VIOLLE, s'intéresse à la variation de la biodiversité à l'échelle régionale voire globale (pays/biome) entre organismes différents. À l'aide de base de données de relevés d'espèces à l'échelle de la France métropolitaine, on peut comparer les diversité d'organismes différents et étudier leurs déterminants. Mon travail de thèse s'attèle donc à comprendre la variation de la diversité chez les oiseaux (grâce à la base de données Suivi Temporel des Oiseaux Communs, STOC), les arbres (grâce à l'Inventaire Forestier National, l'IFN), les herbes (base de données DIVGRASS), les poissons de rivières (base de données de l'Office National des Eaux et des Milieux Aquatiques, ONEMA) et les bactéries du sol (grâce au Réseau de Mesure de Qualité du Sol, RMQS). À caractériser ces différentes diversité selon plusieurs facettes (taxonomique, fonctionnelle et phylogénétique) et à essayer d'expliquer ces déterminants dans un premier temps.

Une partie de mon travail consiste aussi à manipuler voire développer des outils informatiques pour gérer l'hétérogénéité de ces données.

Keywords : functional biogeography, community ecology, macroecology, data analysis, multitrophic data, multi-taxa, biodiversity, taxonomic diversity, functional diversity, phylogenetic diversity

My scientific interests revolve around the variation of biodiversity at different scales (local, regional and global): how does diversity vary in function of the scale? Can we understand the causes of its variation? I am also interested in community assembly: why do we find a given species at a given place but not that other species? How can we explain the observation of given species at a given place? Is it because of the environment, of other species?

My thesis, under the supervision of François MUNOZ et de Cyrille VIOLLE, deals with the variation of biodiversity at the regional and the global scale (country/biome) between different organisms. Using different species community database in mainland France, we can compare the diversity of different organisms and study their determinants. For my thesis I try to understand the variation in diversity of birds (using the STOC database), trees (using the IFN database), herbaceous species, (with DIVGRASS database), river fishes (using the ONEMA database) and soil bacteria (with RMQS database). The goal of my PhD is to caracterize the diversity of all those organisms along the three facets of biodiversity (taxonomic, functional and phylogenetic) and try to explain the observed variation.

To deal with the heterogeneity of all those database I have to manipulate or develop various bioinformatic tools.

Publications:

  1. Violle, C., Thuiller, W., Mouquet, N., Munoz, F., Kraft, N.J.B., Cadotte, M.W., Livingstone, S.W., Grenié, M., Mouillot, D. A Common Toolbox to Understand, Monitor or Manage Rarity? A Response to Carmona et al. Trends in Ecology & Evolution 2017 32, 891–893. doi: 10.1016/j.tree.2017.10.001
  2. Grenié M., Denelle P., Tucker C.M., Munoz F., Violle C.. funrar: An R package to characterize functional rarity. Diversity and Distributions 2017;00:1–7. doi: 10.1111/ddi.12629.,
  3. Munoz, F., Grenié, M., Denelle, P., Taudière, A., Laroche, F., Tucker, C., Violle, C., n.d. ecolottery: Simulating and assessing community assembly with environmental filtering and neutral dynamics in R. Methods in Ecology and Evolution 2018;9:693–703. doi: 10.1111/2041-210X.12918
  4. Grenié M., Mouillot D., Villéger S., Denelle P., Tucker C. M., Munoz F., Violle C.. Functional rarity of coral reef fishes at the global scale: Hotspots and challenges for conservation. Biological Conservation 2018;226:288-299. doi: 10.1016/j.biocon.2018.08.011
  5. Joffard, N. , Massol, F. , Grenié, M. , Montgelard, C. and Schatz, B.. Effect of pollination strategy, phylogeny and distribution on pollination niches of Euro‐Mediterranean orchids. Journal of Ecology 2018;00:1–13. doi: 10.1111/1365-2745.13013
  6. Barnagaud J.-Y., Mazet N., Munoz F., Grenié M., Denelle P., Sobral M., Kissling W. D., Sekercioglu C. H., Violle C.. Functional biogeography of dietary strategies in birds. Global Ecology and Biogeography 2019; 28: 1004–1017. doi: 10.1111/geb.12910
  7. Grenié, M., Violle, C., Munoz, F., 2020. Is prediction of species richness from stacked species
    distribution models biased by habitat saturation? Ecological Indicators 111, 105970. https://doi.or/10.1016/j.ecolind.2019.105970
  8. Loiseau, N., Mouquet, N., Casajus, N., Grenié M., Guéguen M., Maitner B., Mouillot D., Ostling A., Renaud J., Tucker C. M., Velez L., Thuiller W., Violle C.. Global distribution and conservation status of ecologically rare mammal and bird species. Nat Commun 11, 5071 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-18779-w

R packages:

2ème étage, aile A, bureau 206 / 2nd floor, hallway A, office 206

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