Biostatistiques et Biologie des Populations

Rémi CHOQUET

altIngénieur de recherche

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

Tél. : +33/0 4 67 61 32 78

Fax : +33/0 4 67 61 33 36

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Biographie

Introduction

Mon travail consiste à développer des modèles et des logiciels pour l’estimation des paramètres démographiques pour les populations animales libres à partir de données de type capture-recapture (suivis individuels et longitudinaux). Ces modèles permettent entre autre d’estimer l’état physiologique/géographique d’un individu à partir d'observations imparfaites. Ils ont de nombreuses applications, par exemple en épidémiologie animale, en conservation, mais peuvent aussi être utilisés pour l’étude des plantes et de la dynamique des paysages. Les logiciels mettant en œuvre ces modèles demandent la mise au point d’algorithmes complexes d’estimation nécessitant la collaboration avec des mathématiciens/statisticiens. Outre les développements logiciels au sein de mon équipe, je collabore avec de nombreux écologistes à la modélisation et donc au développement de nouveaux modèles (voir par exemple mon habilitation). Ces différents volets de mon travail s’enrichissent mutuellement.


Développements logiciels pour l'adéquation et l'estimation en dynamique des populations: Télécharger les Logiciels

E-M/SURGE: Estimation de modèles Markoviens cachés (appelés multi-événements) et semi-Markoviens (estimation du temps passé dans un état. Modèles de capture-recapture et de présence-absence.

U-CARE: Tests d’adéquation pour les modèles multi-états.

En cours, développement d’un progiciel pour l’estimation de modèles continues en temps, en collaboration avec l’équipe Ecoépidémiologie Evolutionniste du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive de Lyon.

Travail de modélisation en cours:

  • Approche semi-Markovienne pour l’estimation du temps passé dans un état (temps de séjour et d’incubation, …). Articles et exposés ci-dessous.

Choquet Rémi, Viallefont Anne, Rouan Lauriane, Gaanoun Kamel, Gaillard Jean-Michel (2011). "A semi-Markov model to assess reliably survival patterns from birth to death in free-ranging populations". Methods in Ecology and Evolution. 2(4): 383-389. DOI: 10.1111/j.2041-210X.2011.00088.x

Choquet, R., Guédon, Y., Besnard, A., Guillemain, M., Pradel, R. (2013) "Estimating Stop over Duration in presence of trap-effects." Ecological Modelling, 250: 111-118

Choquet, R., A. Béchet, and Y. Guédon. (2014). Applications of hidden hybrid Markov/semi-Markov models: from stopover duration to breeding success dynamics. Ecology and Evolution 4(6): 817-826

Guérin, S., D. Picard, R. Choquet, and A. Besnard. 2017. Advances in methods for estimating stopover duration for migratory species using capture–recapture data. Ecological Applications 27:1594-1604

Choquet R., Béchet A., Guédon, Y. (2013), Applications of hidden hybrid Markov/semi-Markov models: from stop-over duration to breeding success dynamics. Euring Conference, Athens, USA

  • Modèle continue en temps appliqué à des données de type opportunistes (estimation du succès reproducteur et de la survie juvénile chez les ongulés). Articles et exposés ci-dessous.

Choquet, R., A. Garnier, E. Awuve, and A. Besnard. (2017). Transient state estimation using continuous-time processes applied to opportunistic capture-recapture data. Ecological Modelling 361:157-163.

Choquet, R. (2018). Markov-modulated Poisson processes as a new framework for analyzing capture-recapture data. Methods in Ecology and Evolution. 2018;9:929-935. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12961

Rémi Choquet, Jean-Baptiste Rumeau, Aurélien Besnard, Alexandre Garnier, Anne Loison, Jean-Paul Crampe. Non-homogeneous Markov modulated Poisson processes for capture-recapture data. (2018). ISEC Conference, St Andrews.

Liste des projets passés et en cours.

 

Animation: 

 

Aide aux logiciels:

 

Mots clés : Disciplines :Ecologie, Calcul scientifique, Dynamique des populations Technique : Mathématiques, Informatique Thématique:Logiciel, Modélisation, Capture-Recapture, Présence-Absence Autres mots clés :Estimation, Conservation, Epidémiologie, Plantes.