Des dispositifs expérimentaux in situ à long terme et un terrain d’expériences de 3 ha sont utilisés en parallèle avec des dispositifs en milieu contrôlé.
Plusieurs plates-formes techniques sont disponibles pour accompagner les recherches menées au CEFE :

• Analyses chimiques en écologie (PACE)
• Génomique, Ecologie Moléculaire, Evolution eXpérimentale (GEMEX)
• Systèmes d'information en écologie (SIE)
• Terrains d'Expériences (TE)
• Programmes à long terme (PLT)
• Bibliothèque du CEFE

Par ailleurs, le projet de l'Ecotron, un équipement national pour étudier la réponse des écosystèmes et des organismes aux modifications anthropiques de l’environnement, a été porté par le CEFE de 2000 à 2010.