Le CEFE est un des  plus importants laboratoires de recherche en Ecologie en France.

Le projet du CEFE vise à comprendre la dynamique, le fonctionnement et l’évolution du vivant, de «la bactérie à l’éléphant », et « du génome à la planète ». Il s’appuie sur trois ambitions : [1] comprendre le monde vivant pour anticiper ce que sera demain, [2] conduire à des innovations et répondre aux attentes de la société ; [3] pratiquer une science « rassembleuse » et diverse dans ses approches disciplinaires. Les questions de recherche sont posées dans un contexte marqué par la prégnance des changements planétaires, le développement de nouvelles technologies de manipulation du vivant, et l’exigence croissante de la société pour la recherche.

Le CEFE souhaite mettre en œuvre une science « faite autrement » pour continuer d’accomplir sa mission de recherche de service public, tout en acceptant sa responsabilité environnementale. Il a adopté deux chartes (disponibles en français et en anglais) qui l'engagent dans la voie de la régulation de son empreinte environnementale, pour rester maitre de son évolution future.

Le CEFE est organisé en quatre départements scientifiques entourés de plates-formes techniques communes. 

1. Ecologie Evolutive et Comportementale
   
2. Dynamique et Conservation de la Biodiversité 
   
3. Ecologie Fonctionnelle
4. Interactions, Ecologie et Sociétés  

Il est dirigé depuis le 1er mai 2019 par Marie-Laure Navas. 

Créé en 1961, le Centre d’Etudes Phytosociologiques et Ecologiques (CEPE), unité de recherche du CNRS, est devenu en 1987 le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE). Devenu UMR (Unité Mixte de Recherche) en 2003, il comporte désormais quatre tutelles  - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Montpellier (UM) - et trois partenaires - Institut Agro / Montpellier SupAgro, Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE) et Université Paul Valéry (UPV).  Il est situé sur le campus CNRS, 1919 route de Mende, 34090 Montpellier.