Systèmes d'Information en Ecologie

Cyril BERNARD

altCyril BERNARD

Assistant-Ingénieur CNRS

Géomaticien de l'unité

04.67.61.32.39

 

Mes activités concernent principalement le développement informatique et le traitement des données spatiales.

Activités

1) Au sein du CEFE, je forme le personnel à l'utilisation des SIG :

- Quantum GIS 3.x

- ArcGIS 10.x

 

2) Mon rôle dans la plateforme consiste également à mettre en place des interfaces cartographiques dans des sites web, que ce soit pour la valorisation ou la saisie des données. Les technologies que j'emploie sont :

- PostgreSQL et PostGIS pour la mise en place de données spatiales

- Java EE pour le développement web côté serveur

- Lizmap + QGIS Server pour la publication de cartes interactives

- La plateforme Shiny Rstudio pour la data visualisation de données, spatiales ou non

- Geoserver pour les webservices OGC

- Les API JS Leaflet et OpenLayers pour l'intégration de cartes dynamiques, ainsi que jQuery pour les fonctionnalités de type Ajax

 

3) Je programme ou j'apporte un appui technique pour la programmation de scripts afin d'automatiser le traitement des données spatiales. Les technologies employées sont :

- langage R avec les packages sf, sp, raster, rgdal, stars

- SQL Spatial avec PostGIS et Spatialite

- langage Python pour ArcGIS 10.x, ou avec les bibliothèques GDAL / OGR

- utilitaires GDAL / OGR

 - Orfeo ToolBox

 

4) Enfin, je suis responsable du catalogage des métadonnées au CEFE (catalogue du fonds cartographiques réalisé avec Geonetwork)

 

Support de cours et tutoriel en ligne (sous licence Creative Commons)

- Formation Quantum GIS 3.x (2020) : https://websie.cefe.cnrs.fr/formations/qgis/ (Supports PDF et TP)

- Formation PostGIS 1.5 (2012) : Parties 1 et 2

- Formation R Spatial (2019) : consulter en ligne les parties 1 (sp), 2A, 2B, 2C, 2D, 2E et 2F (raster), ou télécharger les sources au format Rmarkdown

 

Autres documents

Données SIG en accès libre, revue de sites (mise à jour sept 2019)

 

Quelques réalisations en ligne

- catalogue Geonetwork de la cartothèque du CEFE : https://cartotheque.cefe.cnrs.fr/

- installation et maintenance du serveur RStudio Shiny + développement des apps Shiny : Home range App, Mortalité éoliennes,

- installation, configuration et gestion du client web cartographique Lizmap : https://lizmap.cefe.cnrs.fr/

- interface web pour la base de données sur l'irremplaçabilité des aires protégées (PostGIS, Java EE) : https://irreplaceability.cefe.cnrs.fr/

- interface de consultation de la base de données Avimed (PostGIS, Geoserver, OpenLayers JS) : https://avimed.cefe.cnrs.fr/oiseaux.htm

- interface de consultation de la base de données Collection BEV (PostGIS, Geoserver, OpenLayers JS) : http://websie.cefe.cnrs.fr:8080/collection_bev/recherche.html

- interface de consultation et de téléchargement des données de la station météorologique du terrain d'expérience du CEFE : https://websie.cefe.cnrs.fr/d_meteo/ (les graphiques sont générés avec Python et Matplolib, les données enregistrées dans une base PostgreSQL et l'interface de téléchargement réalisée en Java EE)

 

Association à des publications

  • Journe V., J.-Y. Barnagaud, C. Bernard, P.-A. Crochet, and X. Morin. 2019. Correlative climatic niche models predict real and virtual species distributions equally well. Ecology 00(00):e02912. 10.1002/ecy.2912
  • Blatrix, R., B. Roux, P. Béarez, G. Prestes-Carneiro, M. Amaya, J. L. Aramayo, L. Rodrigues, U. Lombardo, J. Iriarte, J. G. de Souza, M. Robinson, C. Bernard, M. Pouilly, M. Durécu, C. F. Huchzermeyer, M. Kalebe, A. Ovando, and D. McKey. 2018. The unique functioning of a pre-Columbian Amazonian floodplain fishery. Scientific Reports 8:5998-5998.
  • P. Cruz, T. Winkel, M.-P. Ledru, C. Bernard, N. Egan, D. Swingedouw, R. Joffre. (2017) Rain-fed agriculture thrived despite climate degradation in the pre-Hispanic arid Andes. Science Advances.
  • Baldacchino F., Krčmar S., Bernard C., Manon S., Jay-Robert P. (2017) The impact of land use and climate on tabanid assemblages in Europe. Agriculture, Ecosystems and Environment, 239, 112-118.
  • Lambrechts M., Blondel J. , Bernard C. , Caro S. P., Charmantier A. , Demeyrier V. , Doutrelant C. , Dubuc‐Messier G. , Fargevieille A. , Franceschi C. , Giovannini P. , Grégoire A. , Hurtrez‐Boussès S. , Lucas A. , Mainwaring M. C., Marrot P. , Mennerat A. , Perret S. , Perret P. and Fusani L. (2016), Exploring Biotic and Abiotic Determinants of Nest Size in Mediterranean Great Tits (Parus major) and Blue Tits (Cyanistes caeruleus). Ethology, 122: 492-501.
  • Baldacchino F., Porciani A., Bernard C., Jay-Robert P. (2014) Spatial and temporal distribution of Tabanidae in the Pyrenees Mountains: the influence of altitude and landscape structure. Bulletin of Entomological Research, 104, 1-11.
  • Besnard A., Bernard C. (2018). Deux applications web en libre accès pour calibrer et évaluer la pertinence des suivis de mortalités sous les éoliennes. Actes du séminaire éolien et biodiversité, 21 et 22 novembre 2017, Artigues-près-Bordeaux, France, LPO. Pages 37-39.
  • Le Saout S., Hoffmann M., Shi Y., Hughes A., Bernard C., Brooks T.M., Bertzky B., Butchart S.H.M., Stuart S.N., Badman T. & Rodrigues A.S.L. (2013) Protected areas and effective biodiversity conservation. Science, 342, 803–805.

 

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