Directrice de recherche (DR1)

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

E-mail : anne.charmantier[at]cefe.cnrs.fr

Thèmes de recherche: Evolution et génétique quantitative dans les populations naturelles; sénescence; sélection sexuelle.

Maître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

HDR (Habilitée à diriger des recherches)

I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

Senior Lecturer / Directeur d'Etudes de l'EPHE

HDR depuis le 04/09/2013mémoire à télécharger ici

CEFE/CNRS
Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
France 

Tél. :     +33 (0)4 67 61 32 94
Fax      :+33 (0)4 67 41 21 38

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Keywords:Biostatistics; Conservation biology; Amphibians; Birds, Reptiles, Quantitative ecology; Population Dynamics and Demography, Sampling designs.

Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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Google Scholar – ResearchGate – ORCID

Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
Co-encadrante: Alice Valentini (SPYGEN)

Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

Les objectifs de cette thèse sont :

• D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
• D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
• D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
• D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
• D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

         Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

The objectives of this thesis are:

• Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
• Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
• Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
• Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
• Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

Publications

Macé, B., Mouillot, D., Dalongeville, A., Bruno, M., Deter, J., Varenne, A., Gudefin, A., Boissery, P., & Manel, S. (2024). The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves. Molecular Ecology, 33(12), e17373. https://doi.org/10.1111/mec.17373

Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F., Barroil, A., Pichot, F., Riutort, J.-J., Insacco, G., Zava, B., Mouillot, D., & Deter, J. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4(3), 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

Post-doctorante

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+33 (0)4 67 14 24 61
Bat. J, Campus route de Mende
Université Paul Valéry – Montpellier 3

https://www.researchgate.net/profile/Camila_Leandro

Résumé :

Face au déclin de la biodiversité, nous devons nous armer d'outils et de méthodes pour étudier les communautés biologiques et sensibiliser le grand public, dont les décideurs. Ceci est d'autant plus vrai pour des groupes qui sont relativement peu connus et qui sont jugés comme "ordinaires". C'est le cas des insectes. Mes travaux portent donc sur les leviers techniques (nouvelles méthodes de détection, des modèles fiables de distribution à grande échelle), mais aussi sociétaux (humanités environnementales, outils de protection) qui mènent les acteurs à utiliser ces outils techniques et à pousser à la conservation des insectes. Pour cela, je m'appuie sur l'exemple des Coléoptères coprophages à l'échelle de la France.

Mots-clés :

Conservation - Entomologie - Scarabaeoidea - ADNe - Species Distribution Models - Parcipatory Action Research

Projets actuels & Partenaires :

Détection de l’entomofaune pastorale via des outils d’ADNe (2019-2021)

En partenariat avec l’Agence Française de la Biodiversité, cinq parcs nationaux (PNM, PNE, PNV, PNC et PNP) et des entomologistes spécialistes, je travaille sur le développement d’outils d’inventaire de l’entomofaune pastorale (Scarabaeoidea, Carabidae, Staphylinidae (INSECTA) et Lycosidae (ARACHNIDA)) qui s’appuient sur les méthodes dites “ADN environnementale” ou “eDNA”.

Ce travail consiste à (1) établir une base de référence moléculaire pour les taxons ciblés (séquençage des marqueur 16S), à (2) réaliser de tests sur le terrain sur l’attractivité et efficacité du dispositif et (3) à transférer les méthodes aux opérateurs de terrain. Chaque étape est validé par un comité pilotage, compose de chercheurs et de gestionnaires d’espaces naturels représentant chacun des parcs partenaires.

ScaraB'Obs : Étude & Conservation des Scarabaeoidea Laparosticti de France (en cours)

ScaraB'Obs est un projet de recherche conduit par l’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés du CEFE (UPVM3 - CEFE) et en partenariat avec des agents de Conservatoires d'Espaces Naturels, Parcs Naturels et associations entomologiques. Il vise à lever les verrous scientifiques et sociétaux qui actuellement nous empêchent de préserver efficacement la biodiversité ordinaire et d’en évaluer objectivement l’état de conservation. Son principal objectif : de créer un observatoire dynamique sur la faune coprophage de France.
Mais pourquoi protéger les insectes et particulièrement les bousiers ? Regardez le film «Hervé le bousier» pour comprendre ! Pour en savoir plus, allez sur www.scarab-obs.fr

Résumé de Thèse (soutenue en 2018) :     
        "Conservation de la biodiversité ordinaire : enjeux scientifiques & sociétaux"

        "Challenges for the conservation of ordinary biodiversity: scientific & social stakes"

En regardant de près les outils juridiques et autres leviers, pour la conservation de la biodiversité, il semblerait que les invertébrés, et notamment les insectes, soient minoritaires ou absents. Ce constat est d’autant plus paradoxal lorsque l’on sait que 2/3 de la diversité biologique est composée par des insectes. Comment cette diversité essentielle pour le fonctionnement des écosystèmes se retrouve-t-elle dans l’angle mort de la conservation ?

La première réponse avancée est le manque d’outils techniques pour étudier ces organismes petits et relativement insaisissables. La rencontre avec les nouvelles méthodes techniques pour la détection et l’étude des insectes est plus que jamais nécessaire. En effet, ces leviers permettront de faciliter l’étude de ces organismes, d’augmenter les connaissances et ainsi de développer une conservation plus adéquate. Nous évoquerons deux approches en particulier : la détection avec des outils moléculaires et l’utilisation de modèles statistiques pour l’exploration de la distribution potentielle des espèces.

Mais les connaissances sont également fondées sur la demande sociétale. Et les connaissances alimentent elles-mêmes les outils de protection et de conservation de la biodiversité. À l’échelle des invertébrés, des disparités existent, privilégiant les « grands papillons bleus » aux « petits diptères marrons ». De fait, l’enjeu le plus important pour déverrouiller la conservation des insectes réside dans l’humain et la perception qu’il a de cette biodiversité. À travers une approche de psychologie de la conservation, nous sonderons la perception du grand public sur les insectes. De même, avec une approche de recherche-action-participative, nous tenterons d’engager divers acteurs vers la conservation d’un groupe d’insectes ordinaires : les coléoptères coprophages. Notre volonté est de proposer des moyens pour sensibiliser, éduquer et engager la société dans cet enjeu majeur qu’est la conservation de l’entomofaune.

Mots clés : Conservation des insectes ; Coléoptères coprophages ; perception ; ADN environnemental ; modèles de processus de points ; recherche-action

Directeur de thèse : Pierre Jay-Robert (CEFE – UPVM3)
ED 60 – contrat 2015-2018

Maitre de Conférences (EPHE)

CEFE/CNRS
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1919, route de Mende
34293 Montpellier 5

 tél : 33 (0)4 67 61 33 04
 fax: 33 (0)4 67 41 21 38

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 THEMES DE RECHERCHE

Mes thèmes de recherche concernent la phylogénie, la phylogéographie et l'évolution moléculaire à partir de l'analyse des séquences de gènes mitochondriaux et nucléaires. L’objectif est de répondre, à l’aide de l’outil moléculaire, à des questions de biodiversité et systématique évolutive à l’échelle des vertébrés (mammifères, amphibiens et reptiles). Je m’intéresse aussi à l’échelle temporelle (datations moléculaires) des différents niveaux de diversifications ce qui permet de confronter les inférences moléculaires avec les données morphologiques, paléontologiques et biogéographiques.

Directeur de recherche CNRS

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A l’interface entre écologie fonctionnelle et écologie des communautés, je cherche à comprendre les causes de variation de la biodiversité, aussi bien à l’échelle locale que continentale, et l’effet de changements de la biodiversité sur la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes.

Doctorant

CEFE/CNRS Campus du CNRS
1919, route de Mende
34293 Montpellier cedex 5

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Sujet de thèse : Dynamiques socio-écologiques en région méditerranéenne : analyse comparée de réponses locales au défi de protection de la nature.

Mots-clés : Socio-écosystèmes, biodiversité méditerranéenne, espaces ruraux, projets de territoire.

Keywords : Social-ecological systems, mediterranean biodiversity, rural areas, local development projects.

Contexte : Dans les arrière-pays méditerranéens français, de profonds changements socio-économiques ont eu lieu depuis la révolution industrielle et les « trente glorieuses ». Ces changements sont aussi socio-environnementaux : ils marquent fortement les écosystèmes méditerranéens et les priorités actuelles de leur gestion ou de leur protection. De nombreux projets, initiatives ou dispositifs structurent ainsi les territoires ruraux autour de dynamiques socio-écologiques en conjuguant des objectifs multiples d’aménagement, de protection de l’environnement, d’animation et de valorisation de ces territoires.

C’est cette interdépendance entre société et environnement que ce projet veut explorer, pour comprendre son importance dans le déploiement d’actions locales et dans le changement des territoires. En comparant différentes initiatives en Languedoc-Roussillon, il s’agit de comprendre la mobilisation de ces liens d’interdépendance non seulement en fonction des formats d’initiatives différentes, mais aussi du rôle qu’ils jouent dans leur formulation et leur mise en œuvre, à la croisée d’enjeux multiples et d’intérêts différents. En mobilisant le concept de solidarité écologique et des apports issus de différentes disciplines, ce travail veut aussi contribuer à une approche scientifique intégrée des questions socio-environnementales.

Encadrement :

Raphaël MATHEVET (CNRS, UMR5175 CEFE)

John THOMPSON (CNRS, UMR5175 CEFE)

Etablissement d’inscription :

Université de Montpellier

Professeure Institut Agro Montpellier

CEFE/CNRS
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34293 Montpellier 5

tél :  +33 4 67 61 33 34
fax :  +33 4 67 61 33 36
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Doctorante
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Tel. +33 (0)4 67 61 32 63

CEFE/CNRS UMR5175
Etage 1, aile C, bureau 114

Supervisor : Stéphanie Manel (CEFE)
Co-supervisor : David Mouillot (MARBEC)

Postdoc researcher (Marie Skłodowska-Curie fellow)

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https://www.researchgate.net/profile/Felix-De-Tombeur-2

https://twitter.com/felixdetombeur    

Research interests

Soil scientist fascinated by plant ecophysiology, my research focusses on soil-plant interactions in both natural and controlled conditions. I am particularly interested in silicon (Si), a major component of the Earth’s crust and soils, that is increasingly considered as a key element in plant ecology and agriculture through the fantastic process of biosilicification (mineral deposits in plant organs as seen on the left).

Research thematic

I combine expertise in soil science and plant ecophysiology to work on three different research axes:

• The influence of soil properties, and in particular their evolution over time through the use of long-term chronosequences, on silicon cycling (e.g., soil Si pools and fluxes, Si availability for plants, Si uptake by plants and silicification, biological versus lithological control on Si cycling)
• The control of overlooked biotic factors on soil-plant Si mobility (e.g., soil microorganisms, large herbivores, root exudates), and how they could be leveraged to increase crop Si status through specific agricultural practices.
• Developing functional trait-based approaches to better understand the role and functions of Si and silicification in plant ecophysiology, and how it aligns with major ecological theories (plant growth/defense tradeoff, plant economics spectrum, resource availability hypothesis, etc.).

Publications

C. Gilles, P. Finnegan, P. Hayes, K. Ranathunge, T. Burgess, F. de Tombeur, D. Migliorini, P. Dallongeville, G. Glauser, H. Lambers (2024). Facilitative and competitive interactions between mycorrhizal and non-mycorrhizal plants in an extremely phosphorus-impoverished environment: role of ectomycorrhizal fungi and native oomycete pathogens in shaping species coexistence. New Phytologist. In press.

L. Barão, F. de Tombeur, J. Schoelynck (2023). Editorial: Silicon cycling in agricultural soils under current anthropogenic influences. Frontiers in Environmental Science. 11:1333256.

Mahaut L, Violle C, Shihan A, Pélissier R, Morel J-B, de Tombeur F, Rahajaharilaza K, Fabre D, Luquet D, Hartley S, Thorne S, Ballini E, Fort, F (2023), Beyond trait distances: Functional distinctiveness captures the outcome of plant competition. Functional Ecology. 37, 2399-2412

de Tombeur F, Pélissier R, Shihan A, Rahajaharilaza K, Fort F, Mahaut L, Lemoine T, Thorne S, Hartley S, Luquet D, Fabre D, Lambers H, Morel J-B, Ballini E, Violle C (2023), Growth–defence trade-off in rice: fast-growing and acquisitive genotypes have lower expression of genes involved in immunity. Journal of Experimental Botany. 74, 3094-3101

de Tombeur F, Raven J, Toussaint A, Lambers H, Cooke J, Hartley S, Johnson S, Coq S, Katz O, Schaller J, Violle C (2023), Why do plants silicify? Trends in Ecology and Evolution. 38, 275-288

Cornelis JT, de Tombeur F (2022), Soil controls on carboxylate-driven processes and opportunities. Plant and Soil. 476, 239-250

de Tombeur F, Lemoine T, Violle C, Fréville H, Thorne S, Hartley S, Lambers H, Fort F (2022), Nitrogen availability and plant-plant interactions drive leaf silicon concentration in wheat genotypes. Functional Ecology. 36, 2833-2844

de Tombeur F, Roux, P, Cornelis JT (2021), Silicon dynamics through the lens of soil-plant feedback interactions: perspectives for agricultural practices. Plant and Soil. 467, 1-28.

de Tombeur F, Laliberté E, Lambers H, Faucon MP, Zemunik G, Turner BL, Cornelis JT, Mahy G (2021) A shift from phenol to silica-based leaf defenses during long-term soil and ecosystem development. Ecology Letters.24, 984-995.

de Tombeur F, Cornelis JT, Lambers H (2021), Silicon mobilization by root-released carboxylates. Trends in Plant Science.26, 1116-1125.

de Tombeur F, Cornelis JT, Laliberté E, Lambers H, Mahy G, Faucon MP, Turner BL (2021) Impact of ecosystem water balance and soil parent material on the terrestrial silicon cycle: insights from three long-term chronosequences. Biogeochemistry. In press.

de Tombeur F, Cooke J, Collard L, Cisse D, Saba F, Burgeon V, Hassan N, Cornelis JT (2021), Rice-husk biochar affects silicification patterns and physical traits of rice leaves cultivated in desilicated soils (Ferric Lixisol). Plant and Soil.460, 375-390.

Vander Linden C, Li Z, Iserentant A, Van Ranst E, de Tombeur F, Delvaux B (2021), Rainfall is the major driver of plant Si availability in perudic gibbsitic Andosols. Geoderma. 404, 115295.

Falster, D, et al.(2021) AusTraits – a curated plant trait database for the Australian flora. Scientific Data.8, 254.

de Tombeur F, Turner BL, Laliberté E, Lambers H, Cornelis JT (2020) Silicon dynamics during 2 million years of soil development in a coastal dune chronosequence under a Mediterranean climate. Ecosystems. 23, 1614-1630.

de Tombeur F, Turner BL, Laliberté E, Lambers H, Mahy G, Faucon MP, Zemunik G, Cornelis JT (2020) Plants sustain the terrestrial silicon cycle during ecosystem retrogression. Science. 369, 1245-1248.

de Tombeur F, Vander Linden C, Cornelis JT, Godin B, Compere P, Delvaux B (2020), Soil and climate affect foliar silicification patterns and silica-cellulose balance in sugarcane (Saccharum officinarum). Plant and Soil. 452, 529-546.

de Tombeur F, Cornu S, Bourlès D, Duvivier A, Pupier J, ASTER Team, Brossard M, Evrard O (2020) Retention of ¹⁰Be, ¹³⁷Cs and ²¹⁰Pb_xs in soils: Impact of physico-chemical characteristics. Geoderma. 367, 114242.

Li Z, de Tombeur F, Vander Linden C, Cornelis JT, Delvaux B (2020) Soil microaggregates store phytoliths in a sandy loam. Geoderma. 360, 114037.

Nakamura R, Cornelis JT, de Tombeur F, Yoshinaga A, Nakagawa M, Kitajima K (2020) Diversity of silicon release rates among tropical tree species during leaf-litter decomposition. Geoderma. 368, 114288.

Nakamura R, Cornelis JT, de Tombeur F, Nakagawa M, Kitajima K (2020) Comparative analysis of borate fusion versus sodium carbonate extraction for quantification of silicon contents in plants. Journal of Plant Research. 133, 271–277.

Leroy N, de Tombeur F, Walgraffe Y, Cornelis JT, Verheggen F (2019) Silicon and plant natural defenses against insect pests: impact on plant volatile organic compounds and cascade effects on multitrophic interactions. Plants. 8, 444.

de Tombeur F, Sohy V, Chenu C, Colinet G, Cornelis JT (2018) Effects of permaculture practices on soil physicochemical properties and organic matter distribution in aggregates: a case study of the Bec-Hellouin Farm (France). Frontiers in Environmental Science. 6, 116.

Professeur émérite

UMR5175, Université Paul-Valéry Montpellier, Route de mende, 34199 Montpellier Cedex 5

Tél : +33 (0)6 38 95 24 35

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https://www.researchgate.net/profile/Gerard_Duvallet

Résumé :

Étude de l’impact du changement des pratiques pastorales sur les populations de vecteurs et conséquences possibles : 1) évaluer en quoi l’activité d’élevage a un effet sur la biodiversité (entomofaune), 2) analyser et prévoir les conséquences pour les arthropodes hématophages (nuisances et transmission de pathogènes), 3) envisager toutes les possibilités de lutte non polluante (pièges chimiques attractifs, substances naturelles répulsives, lutte biologique).

Travaux menés en France, en Thaïlande et en Afrique de l’Ouest principalement sur stomoxes et tabanides.

Mots-clés :

Arthropodes hématophages, Transmission vectorielle, Pratiques pastorales, Méthodes de lutte

Professeur(Université Paul-Valéry Montpellier III)

Tél : +33 (0) 4 67 14 23 15

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Directeur de Recherche ( DR1)/Directeur du CEFE

Mes travaux portent sur la compréhension de la régulation du fonctionnement des écosystèmes terrestres en terme de flux de matière (eau, carbone, nutriments…). Initialement centrées sur les écosystèmes méditerranéens, mes activités ont été élargies à d’autres écosystèmes subissant de très fortes contraintes (les hauts plateaux andins). 

My research focuses on the understanding of terrestrial ecosystems functioning in terms of fluxes (water, carbon, nutrients...). Initially centered on Mediterranean ecosystems, my research activities have been extended to the Andean highlands).

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Mots-clés:Ecologie fonctionnelle-  Changements planetaires -   Méditerranée - Andes - Quercus -  Chenopodium quinoa - Spectroscopie proche infrarouge

Key-words:Functional Ecology - Global Change - Mediterranean Basin - Andes -Quercus - Chenopodium quinoa - NIRS

Chargée de recherche (CR1) 

Responsable de l’équipe BIOFLUX

Campus du CNRS

1919, route de Mende
34293 Montpellier 5
tel:+33 (0)4 67 61 32 43
fax:+33 (0)4 67 41 33 36

e-mail: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Mots clés : 

Macroinvertébrés du sol, Diversité, Rôle fonctionnel (Structuration des sols, Décomposition des litières), Perturbations anthropiques et changements globaux, Traits biologiques, écologiques et fonctionnels