• Anne CHARPENTIER

    AnneCharpentierMaître de conférences (Lecturer), Université de Montpellier

    HDR (Habilitée à diriger des recherches)

    I work at the interface between population dynamics and conservation biology.  My research encompasses the effects of anthropic factors on population dynamics and their implications for the conservation of biodiversity.  I have mainly worked in the Mediterranean region, focusing on environmental drivers such as climatic change, environmental variability and species introductions to explain ecological and evolutionary dynamics of plant populations.  Recently, I have developed a particular interest in historical ecology by studying ancient human impacts on whale populations. 

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    https://www.researchgate.net/profile/Anne_Charpentier

  • Bastien MACÉ

    PhotoCEFE small

    Doctorant EPHE - PSL / SPYGEN

    Étage 1 - Aile C - Bureau 114

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    Google Scholar – ResearchGate – ORCID

    Directrice de thèse: Stéphanie Manel (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrant: Erwan Delrieu-Trottin (CEFE, EPHE - PSL)
    Co-encadrante: Alicia Dalongeville (SPYGEN)

     

    Projet de thèse : Caractériser la biodiversité dans les ports marins avec l’ADN environnemental

    Les zones côtières sont parmi les écosystèmes les plus diversifiés de la planète mais abritent en même temps plus d'un tiers de la population humaine au niveau mondial. Par conséquent, des pressions anthropiques de plus en plus intenses s'exercent sur le littoral, en particulier via l'artificialisation des côtes, bouleversant les communautés biologiques qui y sont associées. La biodiversité des ports marins est notamment très mal connue, et l'objectif de cette thèse est de combler cette lacune grâce à un suivi standardisé rendu possible par la méthode du metabarcoding d'ADN environnemental. Un échantillonnage de l'ensemble du côtier méditerranéen français incluant la Corse a été réalisé afin de caractériser la biodiversité associée aux ports marins ainsi que les facteurs anthropiques et environnementaux influençant cette diversité, en se focalisant sur les communautés de poissons et de crustacés. Les différences d'assemblages entre communautés dans les ports et en dehors permettront d'identifier les espèces propres aux environnements portuaires et celles qui au contraire sont le plus impactées par l'urbanisation en milieu marin. L'hypothèse selon laquelle l'artificialisation entraîne un mécanisme d'homogénéisation biotique sera étudiée. Le potentiel rôle des ports marins comme de site de colonisation précoce des espèces non indigènes sera également exploré.

    Les objectifs de cette thèse sont :

    • D’évaluer de façon générale la biodiversité dans les ports et en dehors des ports sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne française
    • D’établir une typologie fonctionnelle de la biodiversité portuaire pour différents groupes taxonomiques, et identifier les facteurs environnementaux et anthropiques qui l’influencent
    • D’évaluer le potentiel rôle des ports comme refuge pour certaines espèces ou de sentinelle pour la détection d’espèces non indigènes
    • D’établir une carte de la connectivité potentielle entre les ports et différents habitats naturels adjacents à partir de données paysagères
    • D’évaluer les biais de détection de la biodiversité avec l’ADN environnemental, et identifier les covariables qui les influencent

     

    Thesis project: Characterizing seaports biodiversity through environmental DNA

             Coastal areas are among the most diverse ecosystems on Earth but also host one third of the global human population. Consequently, coastlines are under increasing human pressures, particularly because of coastal artificialization, altering the associated biological communities. Seaports’ biodiversity remains notably widely unknown, and the aim of this thesis is to fill this gap through standardized monitoring thanks to environmental DNA metabarcoding. A sampling of the whole French Mediterranean coastline including Corsica was done to characterize seaports-associated biodiversity as well as the anthropogenic and environmental factors shaping this diversity, focusing on fish and crustacean communities. Differences in assemblages between communities inside and outside seaports will allow to identify species that are specific to seaports and on the contrary those that are the most impacted by marine urbanization. The hypothesis according to which artificialization lead to biotic homogenization mechanism will be investigated. The potential role of seaports as early colonization sites for non-indigenous species will also be explored.

    The objectives of this thesis are:

    • Provide a biodiversity overview inside and outside seaports along the French Mediterranean coastline
    • Establish a functional typology of seaport biodiversity for different taxonomic groups, and identify the environmental and anthropogenic factors responsible
    • Evaluate the potential implications of seaports in sheltering some species or favoring the establishment of non-indigenous species
    • Build a potential connectivity map between seaports and different neighbor natural habitats from seascape data
    • Assess eDNA-related biodiversity detection biases, and identify the covariables responsible 

     

    Publications

    Faure, N., Manel, S., Macé, B., Arnal, V., Guellati, N., Holon, F. et al. (2023). An environmental DNA assay for the detection of Critically Endangered angel sharks (Squatina spp.). Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 33(10), 1088–1097. https://doi.org/10.1002/aqc.3954

    Macé, B., Hocdé, R., Marques, V., Guerin, P.-E., Valentini, A., Arnal, V., Pellissier, L., & Manel, S. (2022). Evaluating bioinformatics pipelines for population-level inference using environmental DNA. Environmental DNA, 4, 674–686. https://doi.org/10.1002/edn3.269

     

  • Claude MIAUD

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    Directeur d'Etudes EPHE-PSL

    CEFE/CNRS

    Campus du CNRS
    1919, route de Mende
    34293 Montpellier cedex 5


    Tel. : +33(0)4 67 61 33 43

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    My research is in the field of evolutionary ecology, often with a conservation point of view. I study variation among populations (mostly amphibians) along gradients (altitude, pollutants), to identify eg local adaptations in life history traits. More recently, I developped research in epidemiology to understand the dynamics of diseases affecting amphibian populations. Finally, I continue some eco-ethological studies mainly with amphibian dispersal by direct (eg radiotracking) and indirect (eg genetic markers) methods.

  • Jean-Louis MARTIN

     

    Directeur de Recherche Emerite au CNRS / Emeritus Senior Scientist at CNRS

     

    J’étudie les réponses des communautés animales et végétales aux changements d’origine humaine (espèces introduites, usage des sols), en milieu tempéré et méditerranéen.

     

    I study plant and animal community response to human induced change (introduced  species, land use) in temperate and méditerranean systems.

     

    Courriel: jean-louis.martin [at] cefe.cnrs.fr

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  • Patrice DAVID

    Directeur de recherche ( DR1) CNRS

    tel : +33 (0)4 67 61 32 28

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    Chercheur en Ecologie Evolutive, j'étudie l'évolution des systèmes de reproduction (sélection sexuelle, hermaphrodisme, autofécondation), et  la dynamique des communautés (bio-invasions, coexistence d'espèces) par des approches expérimentales, moléculaires, de terrain, et théoriques. J'enseigne la Génétique Quantitative à l'Université.

     

     I am an evolutionary biologist. I study the evolution of mating systems (sexual selection, hermaphroditism, self-fertilization) as well as community eco-evolutionary dynamics (bio-invasions, species coexistence) through experimental, molecular, field, and theoretical approaches. I teach Quantitative Genetics.
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  • Théo DOKHELAR

    Ingénieur d’études – CEFE CNRS

     

    Théo Dokhelar

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    Situé à l’interface recherche-conservation, mes missions consistent à analyser et valoriser des données de suivi ornithologiques afin d’appuyer le travail des gestionnaires d’espaces naturels.

    A côté de cela, je travaille aussi en freelance sur des projets de valorisation de suivis en herpétologie en partenariat avec diverses associations et laboratoires de recherche.