Fêtons la science en Occitanie Est !

 

FS


Pour fêter la science en Occitanie Est, plusieurs événements phares auront lieu grâce à l'implication des scientifiques de nos laboratoires.

A découvrir du 5 au 12 octobre.  Programme Scolaire    -   Programme Grd Public

 

Intraspecific variability in highly mobile organisms: which mechanisms promote seabird diversity?

Guilherme

Guilherme Tavares Nunes

Universidade Federal do Rio Grande do Sul; Centro de Estudos Costeiros, Limnológicos e Marinhos; Imbé, RS, Brazil

Le vendredi 18 Octobre 2019 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE, 1919 route de Mende

Evolution of marine organisms is strongly influenced by the seascape heterogeneity in distinct spatial scales. Ocean circulation and variations in physicochemical characteristics of water masses can represent bridges and barriers to gene flow at the same time, playing an important role toward intraspecific variability and speciation. Nonetheless, highly mobile organisms, such as seabirds, can easily overcome such barriers and show differentiation even between nearly located breeding sites, shedding light in additional factors promoting variability in this group. Based on my research, I will provide on overview about seabird evolution and the mechanisms that influence gene flow in the group, with special focus on tropical seabirds.
 
Recent publications:


1 Nunes GT, Mancini L, Bugoni L. 2017. When Bergmann’s rule fails: evidences of environmental selection pressures shaping phenotypic diversification in a widespread seabird. Ecography 40: 365–375
2 Nunes GT, Bugoni L. 2018. Local adaptation drives population isolation in a tropical seabird. Journal of Biogeography 45:332–341.
3 Nunes, GT, Bertrand, S, Bugoni L. 2018. Seabirds fighting for land: phenotypic consequences of breeding area constraints at a small remote archipelago. Scientific Reports 8: 665

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Dynamics of virus-microbe symbiosis in natural microbial metapopulations

Rachel Whitaker

Rachel Whitaker

School of Molecular and Cellular Biology, University of Illinois, USA 

Le vendredi 4 Octobre 2019 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE, 1919 route de Mende

Viruses reside in every cellular genome.  In addition to lytic killing of microbial hosts, rapid cellular evolution is promoted by latent viruses encoding transiently adaptive and often strongly selected traits.  Viruses therefore possess a dual nature, acting as semi-autonomous entities in both the ecological (interactions between species) and evolutionary (change within species) realms.  Microbial CRISPR-Cas adaptive immunity allows for the tracking of virus-host interactions in natural populations and shapes the interactions between viruses and their microbial hosts.  I will present data on the structure of immunity in archaeal (Sulfolobus islandicus) and bacterial (Pseudomonas aeruginosa) populations. In this context, I will provide experimental results on the ways in which co-evolution has shaped the interaction between CRISPR-Cas immunity and viral symbiosis.

Recent publications:

  1. Pauly Matthew D., Bautista Maria A., Black Jesse A., and Whitaker Rachel J. “Diversified Local CRISPR-Cas Immunity to Viruses of Sulfolobus Islandicus.” Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 374, no. 1772 (May 13, 2019): 20180093. https://doi.org/10.1098/rstb.2018.0093.
  2. England, Whitney E., Ted Kim, and Rachel J. Whitaker. “Metapopulation Structure of CRISPR-Cas Immunity in Pseudomonas Aeruginosa and Its Viruses.” MSystems 3, no. 5 (October 30, 2018): e00075-18. https://doi.org/10.1128/mSystems.00075-18.
  3. Childs, Lauren M., Whitney E. England, Mark J. Young, Joshua S. Weitz, and Rachel J. Whitaker. “CRISPR-Induced Distributed Immunity in Microbial Populations.” PLOS ONE 9, no. 7 (July 7, 2014): e101710. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0101710.

Contact: Sylvain Gandon

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Présentation du rapport global de l'IPBES sur la biodiversité et les services écosystémiques

Ipbes

par Yunne-Jai Shin (Marbec)

Jeudi 17 octobre 2019 à 15h00

Amphithéâtre Campus CNRS (Route de Mende, Montpellier)

Étape majeure de la contribution de notre communauté à la préservation de la biodiversité, le rapport global sur la biodiversité et les services écosystémiques de l’IPBES  a été soumis à plus de 130 gouvernements à l'UNESCO en mai 2019.

Auteure principale et coordinatrice de cette première évaluation, Yunne-Jai Shin (DR IRD, UMR MARBEC) présentera le rapport et ses enjeux devant la communauté le jeudi 17 octobre prochain.

Le résumé pour décideurs est en téléchargement sur le site du CeMEB :  http://www.labex-cemeb.org/fr/actualites/evaluation-mondiale-de-lipbes-sur-la-biodiversite-et-les-services-ecosystemiques

Making Population Genetics Molecular (1966-1983): Lewontin, Kimura and their labs

jean baptiste

Jean-Baptiste Grodwohl

Laboratoire SPHERE Université Paris 7 Denis Diderot 

Le vendredi 11 octobre 2019 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE, 1919 route de Mende

In this talk, I will give the first results of my research project on the history of molecular population genetics, which addresses a significant gap in the historiography. Historians have documented in great detail the origins of population genetics (the debates between biometricians and Mendelians, the Fisher-Wright controversy) and the influence of this discipline on evolutionary theory during the first decades of the twentieth century. However, what happened after the Modern Synthesis period is still, to a large extent, unexplored territory. My project aims to shed light on the major transitions that occurred from the early 1960s and the late 1980s, when evolutionary geneticists adopted molecular tools, developed neutral models and reassessed the evolutionary significance of stochastic factors. I will here tackle these developments in a comparative study of two influential laboratories, Motoo Kimura’s Department of Population Genetics in Mishima (Japan) and the Lewontin lab (Chicago-Harvard). Using the archives of these scientists and interviews of their former collaborators, I will describe the dynamics of their respective research programs and discuss how and to what extent the controversy between “neutralists” and “selectionists” was resolved (or not).


Recent publications:
 
Grodwohl, J. B. (2019). Animal Behavior, Population Biology and the Modern Synthesis (1955–1985). Journal of the History of Biology, 1-37.

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NOUVEAU - AUDIOLOG, A L'écoute de la Faune Sauvage

audiologsimonchamaille

Présentation du produit AUDIOLOG - à l'écoute de la faune sauvage, par Simon Chamaillé (Cefe) et Laurent Latore (Lirmm), developpé dans le cadre d'un soutien SATT AXLR, Labex CEMEB et Labex NUMEV.

Découvrez la vidéo et le site du projet : https://audiolog.fr/

Soutenance de Thèse : Jules Chiffard


Analyse et modélisation des systèmes biologiques

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés :
 Oiseaux chanteurs des milieux ouverts de montagne et changements globaux 

Mardi 1er Octobre 2019 à 13h30
Amphithéâtre de la délégation régionale – CNRS
 
 
Du fait de la croissance démographique et économique de la population humaine, nos sociétés sont de plus en plus dépendantes de la nature, et plus précisément de certains processus biologiques regroupés sous le terme services écosystémiques. Comprendre les mécanismes de ré-ponse des systèmes biologiques face aux changements globaux que nos activités induisent à plusieurs échelles est donc un enjeu scientifique et de société. Cette thèse a été pensée et réalisée en interaction avec plusieurs équipes de recherche et gestionnaires d’espaces naturels dans le cadre du développement d’un suivi temporel des oiseaux de montagne comme indicateurs des conséquences des changements globaux sur la biodiversité. Les massifs montagneux de France sont en effet exposés aux changements de climat et à l’évolution de l’élevage des grands her-bivores, une activité exposée aux fluctuations des prix des matières premières et des aides publiques. Les forts gradients bioclimatiques « en facettes » (selon l’exposition) qui caractérisent des massifs montagneux font de ces espaces des modèles d’étude particulièrement intéressants pour étudier les effets des changements globaux sur la biodiversité. L’objet général de ma thèse est d’identifier et de quantifier le rôle respec-tif de la température, de la structure de la végétation, et des activités d’élevage, sur cette communauté d’oiseaux, afin de mieux comprendre quelles pourraient être les conséquences de changements majeurs de climat et d’usage des terres. Les gradients altitudinaux ont été histori-quement étudiés de façon isolée et dans de grandes diversités d’habitats. Suivant les objectifs généraux de la thèse nous avons choisi d’adopter l’approche inverse dans le premier chapitre, en multipliant les sites d’études dans un habitat standardisé (1100 points d’écoute réalisés dans les Alpes et les Pyrénées). Nos résultats montrent que la ressource, la température et la structure de l’habitat influent fortement sur la com-munauté. De plus 5 des 8 espèces étudiées semblent favorisées par le pâturage. Dans le second chapitre, j’ai testé l’effet de la forte saisonnali-té qui caractérise le climat des massifs montagneux tempérés, en testant son effet sur la survie individuelle dans une population de Chocards à bec jaune Pyrrhocorax graculus. Je me suis appuyé pour cela sur un suivi individuel (CMR) d’un millier d’individus mené pendant 30 ans par Anne Delestrade. Les Chocards présentent une survie forte et un patron saisonnier, en interaction avec le sexe des individus, avec une survie plus basse pour les femelles après les hivers et printemps chauds. J’ai ensuite présumé que les passereaux insectivores savent profiter des troupeaux en consommant des insectes coprophages. J’ai mesuré les ratios isotopiques stables de l’azote présents dans les fèces des oiseaux les plus communs pour estimer le niveau trophique de leurs proies, et ainsi tester cette hypothèse et quantifier le mécanisme. On observe dans les deux massifs un décalage très marqué vers le prélèvement d’insectes non-herbivores quand l’intensité de pâturage augmente. Le dernier chapitre évalue le potentiel d’échantillonnages itératifs basés sur des modèles de répartition d’espèces pour augmenter la probabilité de con-tacter une espèce rare dans de nouvelles localités. Cette étude comprend des simulations et un test de terrain dans les Pyrénées sur la Nive-rolle alpine Montifringilla nivalis et le Monticole de roche Monticolla saxatilis. Les résultats montrent le fort potentiel de la méthode en pra-tique, et ses limites, avec une augmentation de la spécificité au détriment d’une augmentation des omissions. En discussion générale, je pro-pose des perspectives de recherche visant à généraliser le lien fort entre régime alimentaire des oiseaux de montagne et troupeaux de mam-mifères herbivores, et à mieux comprendre la phénologie des populations des pelouses d’altitude en fonction de l’enneigement

Mots clefs : Biodiversité, Usages des sols, Changements climatiques, Sciences participatives, Ecologie alpine, Echantillonnage
 
 
Membres du jury:   
 
 M. Frédéric JIGUET  CESCO UMR 7204   Rapporteur 
M. Wielfried THUILLER LECA UMR 5553  Rapporteur
Mme Paola LAIOLO  CSIC Espagne  Examinatrice
M. Roger PRODON CEFE CNRS EPHE UMR5175  Examinateur
Mme Anne DELESTRADE CREA  Invitée
M. Nigel Gilles YOCCOZ UiT Norvège  Co-encadrant de thèse
 M Aurélien BESNARD  CEFE EPHE UMR5175   Directeur de Thèse