© CEFE-Talveg2.

Deux entreprises héraultaises et des laboratoires du CNRS et de l’INRA, dont le CEFE, collaborent au sein du projet TalVeg2 pour mettre au point de nouvelles technologies destinées à végétaliser les sols de sites industriels et d’infrastructures. Lire dans "CNRS innovation"

Avis de Soutenance

Adrien TAUDIERE

 Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Déterminants de la structure des communautés fongiques dans les forêts de Corse: Rôle des perturbations et de la composition forestière

Soutenance prévue le Vendredi 18 novembre 2016 à 9h30

Lieu : l’Amphithéâtre de la Délégation du CNRS

Composition du jury :

M. Christopher CARCAILLET, Directeur des Etudes EPHE, LEHNA (UMR 5023) - Lyon
M. Philippe CHOLER, Chargé de recherches CNRS, LEA (UMR 5553 CNRS) - Grenoble
M. Thomas CURT, Directeur de recherches IRSTEA, UR EMAX - Aix-en-Provence
M. Anders DAHLBERG, Professor at the Swedish University of Agricultural Sciences - Uppsala
M. Frédéric MÉDAIL, Professeur à Aix-Marseille Université, IMBE (UMR 6372) - Aix-en-Provence
M. Franck RICHARD, Maître de conférences à l’UM, CEFE (UMR 5175) - Montpellier
Mme Elisa THÉBAULT, Chargée de recherches CNRS, IEES (UMR 7618) - Paris

Résumé:

L'étude de l'écologie des micro-organismes est récente malgré son importance pratique et théorique intrinsèque mais également son rôle central dans la niche des macro-organismes. Les interactions plantes-champignons, de par leur importance socio-écologique et de leur diversité -- du mutualisme au parasitisme en passant par le commensalisme --, offrent un modèle judicieux pour étudier l'écologie des communautés de micro-organismes en interaction avec des macro-organismes. À l'aide de techniques de séquençage à haut débit (NGS) et d'analyse des réseaux, nous explorons certains déterminants de la structure des champignons des forêts corses à travers trois guildes  : les champignons ectomycorhiziens, endophytiques et saprotrophes. Ce travail considère les processus de dispersion, les perturbations (feux et chablis), les facteurs environnementaux (par ex. la profondeur du sol) et les contraintes dérivées de l'interaction avec les hôtes (par ex. taxinomie). Les assemblages des communautés des différentes guildes présentent des patrons communs qui pourraient être issus de mécanismes identiques. Ainsi, l'ensemble des guildes étudiées présentent des variations fortes à l’échelle des micro-régions de Corse et entre forêts ayant des histoires de feux différentes. En revanche, l'importance des différents processus d'assemblage et les échelles spatiales auxquelles ils s'appliquent varient selon les guildes. Nous discutons des implications que suscitent ce travail pour les écologues des communautés et pour les gestionnaires d'espaces naturels.

-_-_-_-_-_-_

ABSTRACT:

Study of micro-organisms ecology arose recently despite its intrinsic importance -- both practical and theoretical --, but also despite its overriding role in the niches of macro-organisms. Plant-fungi interactions offer a relevant model to study the ecology of micro-organisms interacting with macro-organisms because of their considerable ecological and economical values in addition to their high taxonomic and ecological diversity. Using next-generation sequencing (NGS) and network analysis, we explore some drivers of fungal community composition in Corsica, at various scales and through three guilds: ectomycorrhizal, endophytic and saprotrophic fungi. We investigate the effect of disturbance (e.g. fire and treefall), environmental variables (e.g. soil depth), constraints due to the interacting plants (e.g. taxonomy) and dispersion on fungal communities. Some community assembly rules are similar across guilds. For instance, forests in different micro-regions of Corsica harbor dissimilar fungal communities. However relative importance of processes and the scales at which they occur vary across guilds. In Corsican pine forests, fifteen years after fire occurrence, soil fungal diversity is close to the level of diversity in unburnt stand. Despite the absence of effect on diversity, fire induces marked shifts in soil fungal community composition, in particular for soil saprobic fungi. We discuss the implication of this work for ecologists -- both plant and fungal ecologist -- and stakeholders.

Mots-clés: champignons; mycorhizes; régime de feu; écologie des communautés; chablis; décomposition; Pinus nigra subsp. laricio; forêt mixte

keywords: fungi; mycorrhiza; fire regime; community ecology; canopy gaps; decomposition; Pinus nigra subsp. laricio; mixed forest

Morten Limborg 

Natural History Museum of Denmark, Copenhague

Le vendredi 7 octobre 2016 - 11h30 Grande Salle CEFE (1919 Rte de Mende, 1e étage, aille C)

(Seminar in English)

An outstanding topic in evolutionary biology relates to the evolutionary role of gene and genome duplications. Indeed, many polyploid-origin plants and animals are currently enjoying a genomics revolution enabled by modern sequencing and genotyping technologies. However, routine filtering of duplicated loci (so called paralogs) in most genomic studies introduces an unacceptable, but often overlooked bias when searching for genes under selection. Retained duplicates from recent Whole Genome Duplications (WGD) are concentrated at distal ends of some chromosome arms. Evidence shows that these duplications catalyze adaptation through one of two pathways: neo-functionalization or increased gene-expression due to increased copy number. Filtering paralogs may therefore completely remove distal ends of some chromosomes and impoverish interpretation of genomic data, as signals from many duplicated genes will be lost. I will present a case study from Pacific salmon where we genotype and map duplicated loci by using the overlooked strategy of creating gynogenetic haploids. I continue by presenting ongoing efforts to further screen natural populations to detect Darwinian selection in these, hitherto ignored, duplicated genes. With our new analytical pipeline, we expect to shed light on the importance of a recent WGD on the successful radiation of salmon and other polyploid-origin species.

Recent publications:

Limborg et al. (2016) Sorting duplicated loci disentangles complexities of polyploid genomes masked by geno-        typing by sequencing. Molecular Ecology 25: 2117-2129.

Limborg et al. (2015) Linkage mapping reveals strong chiasma interference in sockeye salmon: Implications for       interpreting genomic data. G3 5: 2463-2473.

Allendorf FW,…, Limborg et al. (2015) Effects of crossovers between homeologs on inheritance and population        genomics in polyploid-derived salmonid fishes. Journal of Heredity 106: 217–227.

 Contact : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Ce livre, écrit par Raphaël Mathevet (CEFE) et Matthieu Guillemin, invite le lecteur à une analyse des évolutions récentes des rapports qu’entretiennent les hommes avec la faune et la nature en général. Edition 2016 En savoir plus

Organisé par la Société d’horticulture et d’histoire naturelle de l’Hérault.
Les samedi et dimanche 15 et 16 octobre 2016 de 10h à 18h à la Faculté de Pharmacie

Entrée libre.

Tram ligne 1 – arrêt Boutonnet.

Affiche  Programme

Stimuli, du sol à la canopée, ce que la forêt peut nous raconter...

 Une conférence radiophonique, à la Gazette Café, avec le botaniste Francis Hallé, spécialiste des forêts tropicales humides, accompagné de scientifiques qui vous feront découvrir le monde fascinant des forêts, le tout en musique avec le Bazar Sonore du collectif Akrazia Project. Une émission animée par Guillaume Bagnolini, Yann Guais et Mathilde Fremon.

Les invités sont Francis Hallé, Jérôme Munzinger, Franck Richard, Sophie Caillon et Stéphane Person