Ecologie de la santé

 Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés :

Géographie du système alimentaire des Inuits du Nunavik :
du territoire nourricier au supermarché.

Lundi 16 décembre 2019 à 14 h
Amphithéâtre de la délégation

En co-tutelle entre l’université de Montpellier (CEFE) en France et l’Université de Montréal au Canada

L’objectif principal de cette thèse est la caractérisation et l’analyse des transformations du système alimentaire des Inuits du Nunavik, et en particulier les enjeux soulevés à l’intersection des interactions humains-milieux, puis les con-séquences encourues pour le bien-être et la santé des Inuits. Des pistes de solution pour améliorer la résilience du sys-tème alimentaire dans cette région nordique y sont explorées, dont la principale est le développement de projets de jardinage communautaire. La collecte des données pour réaliser les quatre articles qui forment le corps de cette thèse s’est échelonnée entre octobre 2015 et mars 2019 dans les villages nordiques de Kuujjuaq et Kangiqsujuaq, au Nuna-vik. Différentes méthodes ont été combinées, dont la principale se base sur les principes de la recherche-action partici-pative. Les résultats illustrent que les aliments traditionnels issus des activités de chasse, de pêche et de cueillette de-meurent des vecteurs importants de la relation au territoire et du bien-être inuit, malgré le fait qu’ils ne représentent plus qu’une fraction de la diète. La perte de mobilité et l’adoption d’un nouveau mode de vie, accompagnées et ren-dues possibles par la transition nutritionnelle, ont perturbé les interactions humains-milieux à différents niveaux. La plus grande pression exercée sur l'environnement naturel provient des activités humaines menées ailleurs sur la pla-nète et d’un modèle de consommation incompatible qui génèrent de nombreuses externalités négatives sur l’environnement et la santé humaine. À travers leur alimentation, les Inuits du Nunavik sont dorénavant connectés au reste du monde par le biais du système alimentaire globalisé, dont les ramifications complexes couvrent toute la pla-nète Or, au Nunavik, les défauts inhérents à la chaîne de production agroalimentaire globalisée s’expriment d’une fa-çon bien singulière. L’intensification des liens entre économie inuit et économie globalisée concourt à placer les terri-toires nordiques dans une position d’échange inégal et de dépendance envers les producteurs et les fournisseurs d’un secteur agroalimentaire exogène au sein duquel les résidents du Nord ont peu d’occasions de se faire entendre. La sou-veraineté alimentaire à l’égard des aliments du marché est ainsi fortement limitée.

Mots clefs : Souveraineté alimentaire, Dépossession environnementale, Transition nutritionnelle, Système socio écologique, Recherche-action participative, Agriculture circumpolaire
    

Membres du jury

M. Jean-Pierre POULAIN.           Professeur Université de Toulouse 2 Jean-Jaurès, ISTHIA.                               Rapporteur

Mme. Myriam FILLION.              Professeure. Université TELUQ. Québec.                                                       Rapporteur

M. Malek BATAL.                       Professeur. Université de Montréal. Montréal.                                                 Examinateur

Mme Anne ATLAN.                     Directrice de Recherche CNRS. Laboratoire ESO – Espaces et Sociétés.        Examinateur

Mme Séverine DURAND.             Chercheuse Laboratoire Pacte, Université de Grenoble.                                  Examinatrice

Mme Thora Martina HERRMAN    Professeure : Université de Montréal.                                                            Co-Directrice de Thèse

M. Jean-Louis Martin.                  Directeur de Recherche CNRS Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive      Co-Directeur de Thèse

Mme Sylvie BLANGY                  Ingénieure de Recherche CNRS. Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive    Co-Encadrante de Thèse

Dans le cadre de l'Agora des savoirs, Richard Joffre anime une conférence sur "Le quinoa, des bobos aux incas" grand public le 4 décembre à 20h, salle Rabelais à Montpellier

En savoir plus

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés :

Coquillages et crustacés : dynamiques spatio-temporelles
de métacommunautés en eau douce

Le mercredi 27 novembre 2019 à 14 h
Amphithéâtre de la délégation du CNRS

Les variations de composition et d'abondances relatives dans les communautés biologiques résultent de nombreux processus : filtres environnementaux, interactions inter-spécifiques, dispersion et stochasticité. Le plus souvent, les empiristes essaient d'évaluer leur importance rela-tive sur la base des traces qu'ils laissent sur la structure spatiale des communautés. Cependant, ces traces sont souvent ambiguës. Les données temporelles (lorsque les échantillonnages sont répétés dans le temps) contiennent des informations sur l'histoire des communautés qui pourraient permettre de résoudre, du moins en partie, ces ambiguïtés. Dans ma thèse, je développe et explore des méthodes pour analyser les données spatio-temporelles afin de comprendre la dynamique d'un ensemble de communautés liées par la migration (métacommunauté). Ces méthodes ont été appliquées a trois jeux de données long-termes de métacommunautés d'organismes d'eau douce (escargots en Guadeloupe et Martinique, et Daphnie spp. en Finland). J'analyse dans un premier temps la métacommunauté d'escargots en Guadeloupe à l'aide d'approches fondées sur les processus (en utilisant les différentes dates d'échantillonage comme des réplicats) et de modèles d'estimations jointes de distributions d'espèces considérant explicitement la dépendance d'un échantillon au précédent. Cette approche montre comment les interactions interspécifiques, les filtres environnementaux et les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction forment les variations spatio-temporelles de richesses spécifiques et de composition des communautés. Dans un second temps, je développe des modèles de métapopulation multi-espèces pour analyser des systèmes à deux ou trois espèces (Guadeloupe et Finlande). Les paramètres estimés sont ensuite utilisés dans des simulations pour analyser comment la compétition et les différences de niches contribuent à la coexistence. Dans les deux cas, bien que la compétition réduit de manière significative les cooccurrences au niveau local, cette dernière est loin d'être suffisante pour menacer la coexistence à l'échelle du paysage. L'exclusion régionale semble en effet nécessiter des niveaux de compétition particulièrement forts, notamment lorsque les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction sont importantes. De telles conditions (interactions fortes et faible stochasticité) sont retrouvées dans le jeu de données Martinique (un ensemble de onze taxa fortement apparentés et à reproduction clonale habitant des rivières permanentes). Dans ce dernier cas, je développe une approche inspirée de la génétique des populations, pour inférer les hiérarchies compétitives le long d'une ou de deux dimensions, et comment ces hiérarchies varient dans l'espace et le temps pour expliquer les patrons d'exclusion et de coexistence. Pour conclure, ce travail montre que la dimension temporelle permet d'extraire de nombreuses informations sur les processus agissant aux échelles locale et régionale. A l'avenir, une perspective plus intégrative pourrait émerger de modèles de métacommunautés couplant de manière explicite les dynamiques locale et régionale.

Mots clefs : escargots, Daphnie, métacommunauté, colonisation/extinction, compétition, coexistence, données spatio-temporelles, détectabilité

        Membres du jury composé de

Benoit Moury

Pathologie Vegétale, INRA, Avignon, France

vendredi 6 décembre 2019 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE

Plant breeders usually choose the plant resistance genes according to their immediate efficiency and spectrum of action against pathogens. To promote resistance durability, it would be also desirable to choose them according to their effects on pathogen evolution. In this perspective, one standing question is: which pathogen evolutionary trait (or combination of traits) should be targeted by plant resistance genes in order to minimize pathogen adaptation?

                  We explored this question on the pepper (Capsicum annuum; family Solanaceae) – Potato virus Y (PVY; genus Potyvirus, family Potyviridae) system using an experimental evolution approach. We chose six pepper genotypes possessing the same major-effect resistance gene but carrying different genetic backgrounds. At the individual plant level, these genotypes exert contrasted effects on PVY initial fitness (measured as PVY load within the plant at the beginning of experimental evolution) and on selection and genetic drift effects in PVY populations.

The PVY evolutionary trajectories were highly contrasted and dependent on the pepper genotype. Most lineages did not show any significant fitness change, others showed a significant fitness gain or went to extinction. Almost all PVY fitness gains were due to the fixation of one or two amino acid substitutions in PVY VPg, the protein linked to the viral RNA, which is a ligand of the product of the plant major resistance gene.

                  We analysed the effects of PVY initial fitness (Fi), effective population size (Ne) and selection coefficient (S) during plant infection on the change of PVY fitness during experimental evolution. The two significant factors were Ne and the interaction Ne × Fi. High and significant PVY fitness gains were observed mostly when Ne was high and Fi was low, which could be explained by low genetic drift and more opportunities for large-effect beneficial mutations. Extinctions of PVY lineages were observed only when Ne and Fi were low, which could be explained by the combination of high genetic drift and low probability of de novo mutations due to low Fi.

                  Our study shows that it is possible for plant breeders to combine a high resistance efficiency and high resistance durability, even with strong selection exerted on virus populations by a major-effect resistance gene, by using plant genotypes where viruses have a low Ne during infection.

Recent publications:

1. Rousseau et al. (2019). Virus epidemics, plant-controlled population bottlenecks and the durability of plant resistance. Phil Tr Roy Soc B 374:20180263.
2. Rousseau et al. (2018). Impact of genetic drift, selection and accumulation level on virus adaptation to its host plants. Mol Plant Pathol 19:2575-2589.
3. Rousseau et al. (2017). Estimating virus effective population size and selection without neutral markers. PLoS Path 13:e1006702.

Guillaume Martin and Alison Duncan: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser./Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Contact du Comité SEEM: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser..   Contact du Labex CEMEB: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés :
Influence de la pression pastorale sur les communautés de coléoptères copro-phages et leurs rôles fonctionnels associés. Implications pour la gestion des es-paces naturels

Le mercredi 27 novembre 2019 à 9h30
Salle Kourous - Site Saint-Charles 2 - Université Paul-Valéry Montpellier 3
Rue du Professeur Henri Serre - Montpellier

En Europe méridionale et en montagne le pastoralisme a façonné des écosystèmes inédits considérés aujourd’hui comme des points chauds de biodiversité. Parmi les espèces liées à l’existence de ces milieux figurent les coléoptères coprophages ou bousiers qui se nourrissent des excréments de mammifères. Dans nos régions, ces insectes ont largement profité de la diffusion des pratiques d’élevage, à tel point que la plupart des espèces sont inféodées aux milieux ouverts et semi-ouverts pâturés par les ongulés domestiques. Les bousiers sont ainsi sensibles aux changements de pra-tiques (abandon de l’élevage par endroits, intensification dans d’autres). À l’échelle d’un site, le mode de conduite du troupeau est un facteur déterminant de la structure du milieu et la pression de pâturage n’est pas homogène. Certaines zones peuvent être délaissées et d’autres surexploitées. Peu d’études se sont concentrées sur l’impact de l’hétérogénéité intra-parcellaire de la pression de pâturage. C’est précisément l’objet de cette thèse, dont l’objectif principal est d’examiner comment cette hétérogénéité affecte les communautés de bousiers et leurs rôles fonctionnels associés. Pour ce faire, nous avons travaillé dans deux contextes bioclimatiques distincts, distants de moins de 250 km, une steppe méditerra-néenne et des pelouses alpines, afin d’évaluer si la pression de pâturage induit des réponses génériques ou si, au contraire, celles-ci dépendent du contexte environnemental. Malgré une empreinte des conditions locales inhérentes aux pâturages étudiés, nos résultats montrent que les réponses des assemblages de coprophages à la pression de pâturage sont très similaires entre les deux zones étudiées. À l’échelle des alpages d’altitude et des parcours steppiques, la variation de la pression de pâturage engendre une forte structuration spatiale de ces peuplements d’insectes. Nos analyses discriminent les communautés des habitats faiblement et fortement pâturés, et mettent en évidence des changements dans l’abondance relative des différentes espèces et la composition des peuplements selon la pression de pâturage, mais pas une réponse marquée de la richesse spécifique. Une analyse centrée sur les traits fonctionnels des bousiers a permis d’émettre des hypothèses quant aux processus sous-jacents aux changements observés. Les espèces portant des traits morphologiques associés à la vie souterraine se raréfient sous une forte pression de pâturage, probablement en raison d’une perturbation importante du sol dans les habitats surpâturés (ex., piétinement). Les espèces de grande taille, qui se raréfient également, seraient peu adaptées à des niveaux élevés de perturbation (faible fécondité). Celles-ci dominent cependant les habitats les moins pâturés : grâce à leur performance de vol élevée, elles seraient capables d’accéder rapidement à des ressources peu disponibles. Un niveau intermédiaire de pression de pâturage promeut une diversité fonctionnelle élevée des bousiers, l’hétérogénéité des conditions d’habitat créée dans ces conditions permettant la coexistence d’espèces aux stratégies écologiques variées. Enfin, les changements observés à l’échelle des communautés de bousiers peuvent avoir des répercussions sur le fonctionnement du milieu. En particulier, la raréfaction des espèces fouisseuses et des individus de grande taille dans les zones surpâturées peut affecter le recyclage des matières fécales. Nous mettons ainsi en évidence un lien étroit entre les traits de réponse de ces insectes à la pression du pâturage et leurs traits d’effet sur l’écosystème. Ce travail, réalisé à partir d’observations de terrain et en partenariat avec des aires protégées – la Réserve Naturelle des Coussouls de Crau, les Parc Nationaux des Cévennes et de la Vanoise – vise aussi à inclure les coléoptères coprophages dans les démarches d’évaluation des habitats pastoraux. Nous discutons ainsi des implications que peuvent avoir nos résultats pour la gestion des espaces naturels.

Mots clefs : Coléoptères coprophages – Pastoralisme – Traits fonctionnels – Communautés – Conservation

Abstract
In southern Europe and mountains, pastoralism structured unique ecosystems considered as hot spots of biodiversity nowadays. In these regions, dung beetles, that feed and reproduce mainly on herbivorous mammal faeces, are closely related to domestic ungulates. These beetles took ad-vantage of the historical spread of livestock breeding across Europe, to such an extent that most of the species are dependent to open and semi-open habitats grazed by sheep and cattles. These insects thus appear sensitive to changes in farming practices (grazing abandonment in some regions, intensification in others). Within a pasture, spatio-temporal variability in livestock activity, which depends on the type of livestock management employed, results in a spatially irregular distribution of defoliation, trampling and nutrient input. Although this fine scale of analysis is rarely considered, one might expect that the heterogeneous availability of dung and varying perturbation intensity within a pasture may affect the structure and composition of dung beetle assemblages. The main goal of my PhD was thus to understand how finescale variations of grazing intensity could affect dung beetle communities and their associated ecological functions. To that end, we carried out field sampling in two distinct bioclimatic contexts in France, 250 km spaced, in a mediterranean steppe and alpine pastures, in order to assess whether variations in grazing intensity lead to similar responses among dung beetle assemblages or whether these responses depend on the environmental context. Despite the imprint of local pasture conditions, our results show that the responses of coprophagous communities to grazing intensity are very similar between the two study areas. Overall, we found that the intra-pasture variation in grazing intensity strongly structured dung beetle species assemblages. We found drastic changes in species composition and species relative abundance between the lowest and the highest grazed habitats, but no clear responses of species richness. Analysing dung beetles’ functional traits enable us to suggest hypotheses about the processes underlying the changes we observed. Species with morphological traits associated to underground nesting rarify under high grazing intensity, probably due to an in-creasing soil disturbance in overgrazed habitats (e.g. trampling). While overgrazing is clearly detrimental for large dung beetles (low fecundity), these individuals dominated the least grazed parts of pastures. One might expect the largest individuals to be more efficient in resource acquisition, as they are able to fly faster and thus to more rapidly access the few resources available. A moderate grazing intensity promotes high functional diversity of dung beetle communities since the heterogeneous habitat conditions created under these conditions allow the coexistence of species with diverse autecological requirements. Finally, the changes we observed in dung beetle communities are likely to have an impact on eco-system functioning. For example, the rarefaction soil-digging and large individuals in overgrazed areas may affect dung removal. We thus high-light a close link between the traits related dung beetle responses to grazing intensity and the traits related to their ecological functions. This work, based on field observations and carried out in collaboration with protected areas – the Natural Reserve of Coussouls de Crau, the Cévennes and the Vanoise National Parks – also aims to promote using dung beetles in the assessment of pastoral habitats quality. We thus discuss the impacts our results may have for the management of natural areas.
Keywords : Dung beetles – Pastoralism – Functional traits – Community– Conservation

Membres du jury:

Mme Apolline AUCLERC    Maître de Conférences, Université de Lorraine/ENSAIA                               Rapporteur
M Mickaël HEDDE    Chargé de recherches HDR, INRA, UMR Eco&Sols                                             Rapporteur
Mme Françoise BINET    Directrice de recherches HDR, UMR ECOBIO – CNRS                                   Examinatrice
M Olivier DANGLES    Directeur de recherches IRD, UMR CEFE – CNRS                                             Examinateur
M Jorge Miguel LOBO    Directeur de recherches HDR, Conseil supérieur de la recherche scientifique     Examinateur
Mme Johanne NAHMANI    Chargée de recherches, UMR CEFE – CNRS                                              Examinatrice
M Pierre JAY-ROBERT    Professeur des Universités, HDR, Université Paul-Valéry Montpellier 3              Directeur