Actualités
Evolution and diversity of papillomaviruses: codon usage bias and phenotypic presentation of the infection
- Publication : 12 février 2016
Ignacio Bravo
MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle), Montpellier Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
ATTENTION: En raison des mesures de restriction d’accès au Campus Triolet, les personnes extérieures à l’Université de Montpellier doivent venir munies de: AFFICHE IMPRIMÉE + UNE PIECE D'IDENTITÉ.
Le vendredi 19 février 2016 - Bât 22, Salle Louis Thaler de l'ISEM - 11h30
One in five human cancers is liked to an infection, essentially by papillomaviruses, hepatitis viruses or Helicobacter pylori. Papillomaviruses (PVs) are small dsDNA viruses and display large genotypic diversity. Virtually all amniotes are the hosts to a large number of PVs, and virtually all individuals are infected by several PVs from very early in life. The phenotypic manifestations of PV infections are also very diverse, as most infections are asymptomatic, some of them cause ugly but benign very productive lesions, and only very few persistent infections eventually lead to a cancer. Despite considerable research and findings in the basic and medical biology of PVs in the last 30 years, our knowledge on their origin and evolution is still scarce and based rather on tacit assumptions than on scientifically tested/testable hypothesis based on real data. PVs are thus regarded to be static, evolving very slowly, and making it unnecessary to incorporate viral evolution into our biological, medical and epidemiological models. I have very recently joined the evolutionary research community at Montpellier, and I want to explicitly challenge this static view with the research programme I would like to develop here. In this talk I will (briefly) present some basics of PV diversity and evolution and I will focus on the match between codon usage preferences in PVs on the one hand and the phenotypic manifestations of the viral infection on the other, linking these findings with the editing activity of C>T mammalian APOBEC3 internal mutators on viral genomes.
Bravo IG and Félez-Sánchez M. Papillomaviruses: viral evolution, cancer and evolutionary medicine. Evol Med Public Health. 2015 Jan 28;2015(1):32-51.
Garcia-Perez, R, Ibanez C, Godinez JM, Arechiga N, Garin I, Perez-Suarez G, de Paz O, Juste J, Echevarria JE, Bravo IG. Novel papillomaviruses in free-ranging Iberian bats: no virus-host co-evolution, no strict host specificity and hints for recombination. Genome Biol Evol (2014) 6(1):94-104.
Contact: Karen McCoy; Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
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Conférence de Jacques Blondel
- Publication : 11 février 2016
Le CLAS de Montpellier vous invite :
Conférence de Jacques Blondel
« Une histoire naturelle et humaine de la Camargue »
Jeudi 25 février 2016, 12h30
Amphithéâtre de la délégation CNRS route de Mende, bâtiment D
Toxoplasmose : attraction mortelle du chimpanzé parasité pour le léopard
- Publication : 9 février 2016
Communiqués de presse
© Cédric Sueur / Marie Pele/IHPC/CNRS Photothèque.
8 février 2016
Des chercheurs du Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CNRS/Université de Montpellier/Université Paul Valéry Montpellier 3/EPHE) ont montré que des chimpanzés infectés (...) lire la suite
Comparative methods without phylogeny: Estimation of macroevolutionary rates from the fossil record
- Publication : 29 janvier 2016
Daniele Silvestro
University of Lausanne, Switzerland
(in English)
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Le vendredi 12 février 2016 - Bât 22, Salle Louis Thaler de l'ISEM - 11h30
Phylogenetic comparative methods have progressed very rapidly in recent years and substantially improved our understanding of macroevolutionary processes, such as the tempo and mode of speciation, extinction, migration, and phenotypic diversification. These methods rely on dated phylogenies, which are mostly restricted to extant species. Since present biodiversity only represents a small fraction of the organisms that have ever lived, inferring evolutionary dynamics exclusively from extant taxa may have limited power. Here, I present PyRate, a suite of quantitative methods to analyze fossil data and infer macroevolutionary processes, in the absence of an explicit phylogenetic hypothesis. Paleontological data, despite their inevitable incompleteness, can be analyzed in this framework to reliably infer speciation and extinction rates and their temporal trends. Using case studies from plant and animal clades I demonstrate the power of the method to detect trait-based diversification, selectivity in mass extinction events, and clade competition through diversity dependence. Building upon this framework, a new dispersal-extinction-sampling model is developed to tackle other key aspects in macroevolution, namely the spatial dynamics and historical biogeography of taxa. Analyses of simulated and empirical data show that fossil-based estimates outperform those obtained from phylogenies of extant taxa. Thus, quantitative analyses of fossil data can provide important insights into macroevolutionary processes.
Recent publications:
Silvestro D., Antonelli A., Salamin N. & Quental T.B. (2015) The role of competition in evolutionary replacements of North American canids. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112: 8684–8689.
Silvestro D., Cascales-Miñana B., Bacon C.D. & Antonelli A. (2015) Revisiting the origin and diversification of vascular plants through a comprehensive Bayesian analysis of the fossil record. New Phytologist 207: 425–436.
Silvestro D., Schnitzler J., Liow L.H., Antonelli A. & Salamin N. (2014) Bayesian estimation of speciation and extinction from incomplete fossil occurrence data. Systematic Biology 63: 349–367.
Contact: Fabien Condamine; Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
Contact du Comité SEEM: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.. Contact du Labex CEMEB: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser., www.labex-cemeb.org.
Workshop Epigenetics in Ecology and Evolution
- Publication : 11 février 2016
"Special seminar on Stewardship, Place attachment & Metaphors of human/Environment relationships"
- Publication : 5 février 2016
Location: Maison des Sciences de l’Homme de Montpellier, salle du bas
Date: February 11th, 9h30-12h00
Organizers: Antenne montpelliéraine de NSS-Dialogues
Funding: MAGIC project
Inférer et interpréter l’introgression avec des données génomiques
- Publication : 29 janvier 2016
Nicolas Bierne
ISEM, Montpellier
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Le vendredi 5 février 2016 - Bât 22, Salle Louis Thaler de l'ISEM - 11h30
Le flux de gènes entre populations ou espèces partiellement isolées est reconnu et étudié depuis des décennies mais l’importance qualitative et quantitative de l’introgression en évolution est encore largement débattue. Les débats autour de l’introgression resurgissent avec les données de la génomique qui en révèlent la généralité et l’ampleur, ainsi qu’avec la découverte que notre propre espèce possède des gènes néandertaliens, dont certains auraient pu nous aider à nous adapter à l’altitude et au climat tempéré. Les questions sur l’introgression restent nombreuses : Combien de temps les barrières d’espèces restent-elles perméables ? Pourquoi certaines régions du génome résistent-elles moins à l’introgression ? L’introgression adaptative est-elle si répandue ? Est-elle simplement plus spectaculaire que les processus purement intra-spécifiques ? Ou bien la confondons-nous souvent avec d’autres phénomènes ? Le fardeau de délétères pourrait-il influencer les taux d’introgression ? J’apporterai des éléments de réponses à la lumière des travaux menés dans mon équipe, principalement sur les organismes marins, mais pas que, ainsi qu’avec quelques modèles théoriques simples.
Recent publications:
Fraisse C, Belkhir K, Welch JJ, Bierne N (2015) Local inter-species introgression is the main cause of outlying levels of intra-specific differentiation in mussels. Molecular Ecology 25: 269-286
Fraïsse C, Roux C, Welch JJ, Bierne N (2014) Gene Flow in a Mosaic Hybrid Zone: Is Local Introgression Adaptive? Genetics 197: 939-951
Gagnaire P-A, Broquet T, Aurelle D, Souissi A, Viard F, Bonhomme F, Arnaud-Haond S, Bierne N (2015) Using neutral, selected and hitchhiker loci to assess connectivity of marine populations in the genomic era. Evolutionary Application 8: 769-786
Contact: Helene Freville; Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
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