Daniel Streicker  

University of Glasgow, Institute of Biodiversity, Animal Health and Comparative Medicine, Glasgow, Scotland

Le vendredi 24 février 2017 - 11h30 Grande Salle CEFE (1919 Rte de Mende, 1e étage, aille C)

(Seminar in English)

Outbreaks of infectious diseases transmitted from wildlife to humans or domestic animals are notoriously difficult to anticipate and control, and are challenging to study because we must confront real ecological complexity with typically sparse data. In this talk, I will first introduce vampire bat-transmitted rabies, one of the most important viral zoonoses affecting humans and livestock in Latin America. I will show that combining longitudinal field studies with mathematical models can uncover the mechanisms underlying viral persistence at the population level, while brining into question the utility of the widespread practice of bat culling to control rabies. Next, I will show that linking host and viral genetics with landscape data can enable forecasting of future viral emergence in currently rabies-free areas. Finally, I will discuss a broad comparative approach that combines machine learning with viral bioinformatics to find signatures of reservoir hosts and transmission modes embedded into viral genomes. These vignettes illustrate how combining ecological and evolutionary data can overturn conventional wisdom and provide new avenues for the surveillance, prevention and control of wildlife diseases.

Recent publications:

Streicker, D.G., Winternitz, J., Satterfield, D., Condori-Condori, R.E., Broos, A., Tello, C., Recuenco, S., Velasco-Villa, A., Altizer, S., Valderrama, W. Host-pathogen evolutionary signatures reveal dynamics and future invasions of vampire bat rabies (2016) PNAS DOI: 10.1073/pnas.1606587113

Benavides, J., Valderrama, W., & Streicker, D.G. Spatial expansions and travelling waves of rabies in vampire bats (2016) Proceedings of the Royal Society B. DOI: 10.1098/rspb.2016.0328

Streicker, D.G. & Allgeier, J.E. From food web to disease ecology: foraging choices of vampire bats in diverse landscapes (2016) Journal of Applied Ecology. DOI: 10.1111/1365-2664.12690

Contact: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

M. Sylvain PIOCH

 MCF Géographie – UMR CEFE

Université Paul-Valéry Montpellier 3

Arts, Lettres, Langues, Sciences Humaines et Sociales

Soutenance prévue le 3 février 2017 à 9h

Lieu : l'Université Paul Valéry, site de St Charles (arrêt Tram Albert 1°), salle "colloque 2"

VERS UNE NOUVELLE GOUVERNANCE COTIERE

ENTRE AMENAGEMENT ET ENVIRONNEMENT ?

La compensation des impacts de l’homme sur l’environnement dans les projets d’aménagements maritimes

Résumé :

 Ce mémoire d’HDR porte sur la gestion et la protection des littoraux maritimes. Il traite de géographie maritime et d’aménagement côtier maritime. Il intègre tout à la fois les théories des organisations, les principes qui fondent le droit de l’environnement et de l’urbanisme et les pratiques qui guident l’aménagement des territoires, la conservation des milieux naturels fragiles, voire leur restauration patrimoniale. Son objectif vise à améliorer l'utilisation de la mer proche, dans la longue durée, tant en termes de références conceptuelles que de procédures pratiques.

La compréhension des écosystèmes situés à l’interface terre-mer tout autant que les multiples usages que les hommes font ou ont fait des espaces littoraux et des zones marines les jouxtant seront donc évoqués afin de mettre en évidence du mieux possible les jeux des acteurs (économiques et sociaux) et la sensibilité à l’action humaine des environnements marins et côtiers. Le but est ainsi de proposer, chaque fois que nécessaire, d’adapter leur valorisation aux contraintes biophysiques préalablement diagnostiquées dans le cadre de l’évaluation environnementale, par la séquence éviter, réduire et enfin compenser écologiquement les impacts anthropiques.

La référence à l'histoire et au patrimoine maritime tout autant qu'aux spécificités de la nature marine côtière est indispensable à une bonne compréhension du fonctionnement de ces territoires. Dans un contexte récent de forte pression démographique et de son prolongement par l’aménagement de ces « nouveaux mer-itoires » en mer, cette analyse pluridisciplinaire devrait permettre de dégager les nécessités écologiques et culturelles à assumer, pour l’efficacité de la prise en compte de l’environnement dans le projet d’aménager la mer, vers une gestion intégrée de moyen-long terme.

Mots clés : Aménagement maritime, séquence ERC, no net loss (NNL) compensation des impacts environnementaux, réglementation environnementale, évaluation environnementale, mesures compensatoires, banque de compensation, éco-conception des infrastructures maritimes, méthode d’évaluation biophysique.

Jury composé de :

M Laurent Chapelon                          PR Aménagement - UPVM                                                   (Rapporteur)

Mme Lydie Goeldner-Gianella           PR Géographie - Paris I Panthéon Sorbonne

M Harold Levrel                                 PR Economie - AgroParisTech                                              (Rapporteur)

Mme Catherine Meur-Ferec              PR Géographie - UBO                                                           (Rapporteur)

M Jean-Marie Miossec                      PR émérite Géographie – UPVM                                           (Garant)

Garant : M. Jean-Marie Miossec, UMR GRED, Professeur émérite de géographie à l’Université Paul Valéry, Montpellier 3

L’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés (département BioCon) accueille actuellement Ian Renner de l’Université de Newcastle, Australie. Ian, qui travaille sur des modèles de distribution d’espèces de type « Point Process », vous invite à participer à un petit workshop appelé « Point process modelling on R workshop » dont voici l’abstract :

Point process modelling on R workshop

In species distribution modelling, data often come in the form of a list of locations where a species has been observed. Such sets of locations are known as spatial point patterns, and while they have been studied for over 100 years in other contexts, they have only been recently applied to species distribution modelling. In this workshop, I will demonstrate the use of two R packages designed for fitting species distribution models to such point pattern data: spatstat (arguably the most popular R package for spatial statistics) and ppmlasso, which can serve as a sort of add-on to spatstat with the benefit of applying a lasso penalty to boost predictive performance.

Please use the link below to access the files we will be using in the workshop.

In particular, it would be fantastic if you could run the "Install Libraries" file so that you may install the libraries that we will be using: lattice, ppmlasso, and spatstat (which should install with ppmlasso). Due to its size, it also would be great if you could download the "Quad500" file ahead of time.

https://www.dropbox.com/sh/swvf1a2hua9jwkh/AACYf0WFg7l32TRtN_VZk0oqa?dl=0

Ce workshop aura lieu jeudi 02/02 à 9h30 dans la grande salle de réunion du CEFE et aura une durée de 2h ; il sera donné en anglais.

L’équipe Écologie des Systèmes Anthropisés (département BioCon) accueille actuellement Ian Renner de l’Université de Newcastle, Australie. Ian, qui travaille sur des modèles de distribution d’espèces de type « Point Process », vous invite à participer à un petit workshop appelé « Point process modelling on R workshop » dont voici l’abstract :

Point process modelling on R workshop

In species distribution modelling, data often come in the form of a list of locations where a species has been observed. Such sets of locations are known as spatial point patterns, and while they have been studied for over 100 years in other contexts, they have only been recently applied to species distribution modelling. In this workshop, I will demonstrate the use of two R packages designed for fitting species distribution models to such point pattern data: spatstat (arguably the most popular R package for spatial statistics) and ppmlasso, which can serve as a sort of add-on to spatstat with the benefit of applying a lasso penalty to boost predictive performance.

Please use the link below to access the files we will be using in the workshop.

In particular, it would be fantastic if you could run the "Install Libraries" file so that you may install the libraries that we will be using: lattice, ppmlasso, and spatstat (which should install with ppmlasso). Due to its size, it also would be great if you could download the "Quad500" file ahead of time.

https://www.dropbox.com/sh/swvf1a2hua9jwkh/AACYf0WFg7l32TRtN_VZk0oqa?dl=0

This workshop will be held on Thursday 02/02 at 9:30 am in the CEFE's large meeting room and will last 2 hours; it will be given in English.

          31 janvier 2017

© J-P. Pointier/EPHE/USR 3278/CNRS Photothèque

La reproduction par autofécondation est relativement commune chez les plantes et les animaux hermaphrodites. Bien qu’elle présente des avantages à court terme vis-à-vis de la fécondation croisée, on a depuis longtemps suggéré qu’il s’agissait d’un « cul de sac évolutif ». Un article publié fin 2016 dans Current Biology par des chercheurs du Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive vient aujourd’hui renforcer cette hypothèse. Leurs travaux qui s’appuient sur des lignées d’escargots d’eau douce hermaphrodites révèlent que les mollusques qui privilégient l’autofécondation réagissent moins vite à la pression de sélection que ceux qui se reproduisent par fécondation croisée. Cette étude est ainsi la première à mettre en évidence de façon expérimentale l’effet négatif de l’autofécondation sur le potentiel adaptatif des espèces. Pour en savoir plus

30 janvier 2017

© Carl F. Huchzermeyer.

Certaines pratiques contemporaines comme la pêche ou l’agriculture peuvent aider les archéologues à interpréter des vestiges anciens associés à des activités similaires. C’est ce qu’est parvenue à démontrer une équipe internationale réunissant notamment des chercheurs du CNRS, de l'IRD et du MNHN en étudiant le fonctionnement d’une pêcherie d’Afrique australe. Leurs travaux publiés en décembre dernier dans la revue PNAS ont permis d’établir un parallèle avec les vestiges de barrages à poissons précolombiens découvert en 2000 par un archéologue américain. Cette étude comparée révèle que dans un contexte environnemental et social similaire, deux peuples éloignés à la fois dans l’espace et le temps sont capables de développer une méthode de pêche durable étonnamment similaire. Pour en savoir plus

 Séminaire exceptionnel

 Christophe Guinet

  Centre d'Etudes Biologiques de Chizé

  Le vendredi 3 février 2017 - 10h Grande Salle CEFE (1919 Rte de Mende, 1er étage, aille C)

La légine est un poisson qui vit dans les eaux profondes subantarctique jusqu’à plus de 2km de profondeurs. Ce poisson est pêchée depuis 1996 par des palangriers dans les eaux de l’archipel Crozet, ce qui permet aux orques d’y accéder lorsque les bateaux remontent ce poisson à la surface. Cette déprédation (c’est-à-dire le fait que les cétacés mangent des poissons capturés) a profondément modifié le comportement alimentaire de ces cétacés avec d’importantes conséquences sur la démographie des familles d’orques selon qu’elles interagissent ou non avec cette pêcherie.