Séminaire CEFE : Developing integrated models for biological conservation: a case study with monarch butterflies

Vendredi 6 mars 2020 (attention, date modifiée)  -  10h00 -
Grande salle de réunion du CEFE | 1e étage, aile C


elise

 
Elise Zipkin -
Department of Integrative Biology -
Michigan State University


(https://ezipkin.github.io)


Dr. Elise Zipkin is an Assistant Professor in the Department of Integrative Biology at Michigan State University. Her research focuses on the development of mathematical and statistical models to study the distribution and demographics of populations and communities. She works on a range of basic and applied problems and a varie-ty of taxa including insects, birds, fish, amphibians, and mammals. Dr. Zipkin will speak about her research using integrated models to predict changes in Monarch Butterfly migration patterns.

For further information, check out her website http://ezipkin.github.io.

Zipkin E.F., Inouye B.D., and Beissinger S.R. 2019. Innovations in data integration for modeling popula-tions. Ecology. 100: e02713.
Saunders, S.P., Ries, L., Oberhauser, K.S., Thogmartin, W.E. and Zipkin, E.F. (2018), Local and cross‐seasonal as-sociations of climate and land use with abundance of monarch butterflies Danaus plexippus. Ecography, 41: 278-290.
 (Seminar in English)

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Working with indigenous, local and scientific knowledge in assessments of nature and nature’s linkages with people

Le 6 décembre 2019

La Plateforme Intergouvernementale pour la Biodiversité et les Services Ecosystémiques intègre désormais les Savoirs Locaux et Autochtones ( cf indigènes) dans les approches d’évaluation de l’état de la biodiversité aux échelles régionale et planétaire, une démarche désormais également soutenue par e GIEC et la Convention pour la Diversité Biologique. La dernière évaluation, l’Evaluation Globale de l’IPBES, a fortement bénéficié des savoirs locaux et autochtones grâce à la mise en place préalable d’un Groupe de Travail auquel appartient Yildiz Aumeeruddy-Thomas, qui a défini les modalités d’intégration de ces types de savoirs parallèlement aux savoirs scientifiques dans le contexte de cette évaluation. Ce papier est un état de l’art, des raisons pour lesquels ces savoirs sont désormais indispensable dans le cadre des actions environnementales, et des différentes étapes qui ont été testées pour les rendre accessibles à l’échelle internationale. Ceci permet de nouvelles synergies entre savoirs locaux, scientifiques et académiques.
Hill et al. 2020.  Current Opinion in Environmental Sustainability 2020, 43:8–20.  Working with indigenous, local and scientific knowledge in assessments of nature and nature’s linkages with people.

RosemaryHill1, ÇiğdemAdem2, Wilfred VAlangui3, ZsoltMolnár4, YildizAumeeruddy-Thomas5  + Show more

A lire : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877343519301447

 

Plasticity lost and found: cyanobacterial adaptation to novel environments

scott miller

Scott Miller 

University of Montana

vendredi 28 février 2020 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE

Many organisms have the ability to acclimate to changing conditions by expressing different phenotypes in different environments (i.e., phenotypic plasticity). However, evolutionary biologists continue to debate the importance of plasticity for adaptation. I will present recent work in support of a role for the evolution of plasticity during cyanobacterial adaptation to novel environments. In one case, the loss and refinement of ancestrally plastic developmental variation has contributed to the increased thermotolerance of the nitrogen-fixing cell of the multicellular thermophileFischerella thermalis. By contrast, the evolution of increased photosynthetic plasticity via horizontal transfer and gene duplication has accompanied the colonization of a novel animal host by the cyanobacteriumAcaryochloris. Both examples illustrate how the evolution of plasticity can be a mechanism of cellular innovation and biological diversification.

 

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Unexpected consequences of interventions for vector-borne diseases

Nicole Mideo

Nicole Mideo

University of Toronto, Canada.

vendredi 7 février 2020 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE

Evolutionary ecology has a long and rich history of developing mathematical models to understand the processes that drive population dynamics. Applying these same tools to parasite populations and exposing the processes that govern infection dynamics at multiple biological scales is important for understanding parasite biology, explaining observed experimental or natural disease patterns, and evaluating approaches for disease control. Using a combination of mathematical modeling and experimental data, my research focuses on the ecological and evolutionary process regulating the dynamics and outcomes of vector-borne infections. This seminar will describe two projects. First, I will discuss how processes acting at different biological scales shapes the evolution of a key life history trait of malaria parasites, what this means for clinical and epidemiological outcomes, and the extent to which subtle shifts in this trait may help parasites evade the effects of drugs. Second, I will show how nuances of ecological interactions between parasites, hosts, and vectors can give rise to unexpected, and potentially counterproductive, consequences of efforts to control disease.

Recent publications:

Kamiya, et al. (in press) Temperature-dependent variation in the extrinsic incubation period elevates the risk of vector-borne disease emergence. Epidemics, doi: 10.1016/j.epidem.2019.100382

Greischar, Beck-Johnson & Mideo (2019) Partitioning the influence of ecology across scales on parasite evolution. Evolution 73: 2175–2188.

Hall & Mideo (2018) Linking sex differences to the evolution of infectious disease life-histories. Philosophical Transactions of the Royal Society B 373: 20170431.

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La migration des oiseaux bouleversée par les changements climatiques ?

 Le 20 janvier 2020

Le 20 janvier 2020

© Bénédicte Martin

L’Arctique se réchauffe deux fois plus vite que le reste du globe et, dès 2050, l’océan arctique sera totalement libre de glace à la fin de chaque été.

Quelle sera l’incidence de cette transformation géographique sur la migration des oiseaux ? Les travaux d’une équipe du CNRS, réalisés en collaboration avec l’Université du Wisconsin et l’Institut polaire norvégien, et publiés dans la revue Scientific Reports, indiquent que les voies migratoires pourraient en être renversées. A lire

 

Séminaire : « Biodiversité agricole et changement climatique : quelle contribution des savoirs locaux ? »

Lundi 3 février,

18h00-20h00 - MSH SUD, salle 006
Site St-Charles 2 de l’Univ. Paul Valéry (arrêt Tram ligne 1 : Albert 1er)

Vanesse Labeyrie (agronome et ethnoécologue, UR GREEN CIRAD), Delphine Renard (écologue, CEFE, CNRS)et Victoria Reyes García (anthropologue, ICTA, Université Autonome de Barcelone)


Des études récentes estiment que près de la moitié des calories consommées dans le monde proviennent des agricultures familiales dans les pays du Sud, dans lesquelles la diversité des plantes cultivées (l’agrobiodiversité) joue un rôle clef. Ces formes d’agriculture sont localisées majoritairement dans des zones fortement touchées par le changement climatique telles que l’Afrique subsaharienne, l’Asie du Sud-Est ou l’Amérique centrale. Pourtant, les impacts locaux des changements climatiques sur l’agriculture et les populations humaines qui en dépendent sont largement méconnus. Tout d’abord, peu d’études considèrent l’ensemble de la diversité des plantes cultivées par les agriculteurs dans l’analyse des liens entre l’agriculture et le climat. Les recherches se concentrent majoritairement sur l’étude de quatre espèces cultivées dites majeures : le riz, le maïs, le soja et le blé. D’autre part, des travaux en écologie, agronomie et en anthropologie suggèrent que l’agrobiodiversité peut jouer un rôle d’assurance face aux risques de pertes des récoltes liées aux variations ou extrêmes climatiques et joue un rôle clef dans l’adaptation des écosystèmes cultivés. Pourtant, la manière dont les agriculteurs utilisent l’agrobiodiversité pour s’adapter au changement climatique a fait l’objet d’études de cas, mais a rarement été documentée de manière approfondie à large échelle.
Dans un contexte où les politiques de développement tendent à soutenir l’uniformisation et la spécialisation des agricultures au Sud, il est essentiel de produire des connaissances à destination des décideurs concernant les impacts du changement climatique sur la biodiversité cultivée dans les agricultures familiales et le rôle de cette diversité dans leur adaptation. Dans ce contexte, les savoirs des populations rurales présentent un potentiel largement inexploité pour faire face au manque de données disponibles. C’est sur ce constat que se base un groupe interdisciplinaire réunissant des chercheurs des projets MOPGA ASSET (AgrobiodiverSity for a food-Secure PlanET) et ERC LICCI (Local Indicators of Climate Change Impacts), qui développent des méthodes pour documenter de manière unifiée les observations locales des impacts du changement climatique sur la diversité cultivée dans une dizaine de sites distribués en Afrique, en Asie, en Océanie, en Amérique Latine et en Europe. Ce groupe a pour ambition d’élargir son réseau de chercheurs, mais aussi de praticiens et d’organisations de la société civile afin d’appliquer ces méthodes dans une plus grande diversité de contextes. Cette présentation a pour objectif d’exposer les activités du groupe, et d’ouvrir l’opportunité de rejoindre ce réseau aux chercheurs et étudiants, ainsi qu’aux organisations intéressés.

Entrée libre !

The role of natural transposable element insertions in environmental adaptation

Josefa Gonzalez

Josefa Gonzalez 

Institute of Evolutionary Biology, Barcelona.

vendredi 31 janvier 2020 - 11h30 Grand salle réunion du CEFE

Transposable elements are ubiquitous, abundant, and active components of genomes. Although most of the mutations caused by transposable elements are likely deleterious or neutral, adaptive mutations have also been repeatedly identified across species. Drosophila melanogaster is an excellent species to quantify the role of transposable elements in environmental adaptation as it has recently colonized very distinct habitats. We have generated 32 D. melanogaster reference genomes using long-read sequencing of flies collected in arid, cold, and temperate environments. The in depth annotation of these genomes has allowed us to discover three new transposable element families in this well-studied species. We have also generated RNA-seq data for 25 of these genomes to investigate the role of transposable elements in expression quantitative trait loci variation and more specifically in desiccation, oxidative, and heavy-metal stress resistance. Our results will allow us to quantify the role of transposable elements in environmental adaptation and to generate testable hypothesis for follow-up functional validation studies.

Recent publications:

1 Rech, G.E. et al Stress response, behavior, and development are shaped by transposable element-induced mutations in Drosophila. PLoS Genetics, 15(2): e1007900, 2019.

2 Villanueva-Cañas et al. Diverse families of transposable elements affect the transcriptional regulation of stress-response genes in D. melanogaster. Nuc Acids Res, 47 (13): 6842–6857 2019

3 Bogaerts-Márquez, M. T-lex3: an accurate tool to genotype and estimate population frequencies of transposable elements using the latest short-read whole genome sequencing data. Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz727. 2019

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