Soutenance de thèse - Adrien TAUDIERE

Avis de Soutenance

Adrien TAUDIERE

 Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Déterminants de la structure des communautés fongiques dans les forêts de Corse: Rôle des perturbations et de la composition forestière

Soutenance prévue le Vendredi 18 novembre 2016 à 9h30

Lieu : l’Amphithéâtre de la Délégation du CNRS


Composition du jury :

M. Christopher CARCAILLET, Directeur des Etudes EPHE, LEHNA (UMR 5023) - Lyon
M. Philippe CHOLER, Chargé de recherches CNRS, LEA (UMR 5553 CNRS) - Grenoble
M. Thomas CURT, Directeur de recherches IRSTEA, UR EMAX - Aix-en-Provence
M. Anders DAHLBERG, Professor at the Swedish University of Agricultural Sciences - Uppsala
M. Frédéric MÉDAIL, Professeur à Aix-Marseille Université, IMBE (UMR 6372) - Aix-en-Provence
M. Franck RICHARD, Maître de conférences à l’UM, CEFE (UMR 5175) - Montpellier
Mme Elisa THÉBAULT, Chargée de recherches CNRS, IEES (UMR 7618) - Paris

Résumé:

L'étude de l'écologie des micro-organismes est récente malgré son importance pratique et théorique intrinsèque mais également son rôle central dans la niche des macro-organismes. Les interactions plantes-champignons, de par leur importance socio-écologique et de leur diversité -- du mutualisme au parasitisme en passant par le commensalisme --, offrent un modèle judicieux pour étudier l'écologie des communautés de micro-organismes en interaction avec des macro-organismes. À l'aide de techniques de séquençage à haut débit (NGS) et d'analyse des réseaux, nous explorons certains déterminants de la structure des champignons des forêts corses à travers trois guildes  : les champignons ectomycorhiziens, endophytiques et saprotrophes. Ce travail considère les processus de dispersion, les perturbations (feux et chablis), les facteurs environnementaux (par ex. la profondeur du sol) et les contraintes dérivées de l'interaction avec les hôtes (par ex. taxinomie). Les assemblages des communautés des différentes guildes présentent des patrons communs qui pourraient être issus de mécanismes identiques. Ainsi, l'ensemble des guildes étudiées présentent des variations fortes à l’échelle des micro-régions de Corse et entre forêts ayant des histoires de feux différentes. En revanche, l'importance des différents processus d'assemblage et les échelles spatiales auxquelles ils s'appliquent varient selon les guildes. Nous discutons des implications que suscitent ce travail pour les écologues des communautés et pour les gestionnaires d'espaces naturels.

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ABSTRACT:

Study of micro-organisms ecology arose recently despite its intrinsic importance -- both practical and theoretical --, but also despite its overriding role in the niches of macro-organisms. Plant-fungi interactions offer a relevant model to study the ecology of micro-organisms interacting with macro-organisms because of their considerable ecological and economical values in addition to their high taxonomic and ecological diversity. Using next-generation sequencing (NGS) and network analysis, we explore some drivers of fungal community composition in Corsica, at various scales and through three guilds: ectomycorrhizal, endophytic and saprotrophic fungi. We investigate the effect of disturbance (e.g. fire and treefall), environmental variables (e.g. soil depth), constraints due to the interacting plants (e.g. taxonomy) and dispersion on fungal communities. Some community assembly rules are similar across guilds. For instance, forests in different micro-regions of Corsica harbor dissimilar fungal communities. However relative importance of processes and the scales at which they occur vary across guilds. In Corsican pine forests, fifteen years after fire occurrence, soil fungal diversity is close to the level of diversity in unburnt stand. Despite the absence of effect on diversity, fire induces marked shifts in soil fungal community composition, in particular for soil saprobic fungi. We discuss the implication of this work for ecologists -- both plant and fungal ecologist -- and stakeholders.

 

Mots-clés: champignons; mycorhizes; régime de feu; écologie des communautés; chablis; décomposition; Pinus nigra subsp. laricio; forêt mixte

keywords: fungi; mycorrhiza; fire regime; community ecology; canopy gaps; decomposition; Pinus nigra subsp. laricio; mixed forest

Salon des champignons sur le site de l'UFR Pharmacie des 15 et 16 octobre a été annulé.

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Organisé par la Société d’horticulture et d’histoire naturelle de l’Hérault.
Les samedi et dimanche 15 et 16 octobre 2016 de 10h à 18h à la Faculté de Pharmacie

Entrée libre.

Tram ligne 1 – arrêt Boutonnet.

Affiche  Programme

From microscopes to dual-RNA sequencing in the host-parasite system of avian malaria

Olof Hellgren

Lund University, Suède

(Talk in English)

Le vendredi 24 juin 2016 - Bât 22, Salle Louis Thaler de l'ISEM - 11h30

Avian malaria is a highly diverse host-parasite system including thousands of hosts and parasites distributed across the globe and have served as a model system for some of the most important discoveries in malaria research, ranging from the discovery of malaria vectors in 1908 to the development of vaccines in 1977. With the introduction of molecular screening-methods in the beginning of this century, avian malaria has been brought back to life as a model-system in the fields of ecology and evolution of host-parasite interaction. Over the last decade and a half the molecular data have been pouring in and changed our view of species limits, host-specificity, transmission areas and variation in virulence within the system. As the system allows for infection experiments we now have the opportunity to study the interactions between the hosts and the parasites under controlled settings, where dual-RNA sequencing makes it possible to identify and monitor the genetic responses simultaneously within the hosts and the parasites throughout single infection episodes.

Recent publications:

  • Videvall E…. and Hellgren O (2015) The Avian Transcriptome Response to Malaria Infection. Molecular Biology and Evolution. 32 1255-1267.
  • Hellgren et al. (2015) Global phylogeography of the avian malaria pathogen Plasmodium relictum based on MSP1 allelic diversity. Ecography 38: 842–850.

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La véritable nature de la grande plaine herbeuse d'Amérique du Sud enfin révélée

Le 13 mai 2016

La vaste plaine herbeuse qui s'étend du nord de la Colombie au sud du Venezuela abrite un paysage étonnant constitué d'une succession de monticules de terre. Ces formations d'une grande régularité que les habitants de la région nomment surales étaient jusqu'ici attribuées à l'action de l'érosion. Une étude approfondie de ces écosystèmes menée par une équipe internationale, parmi laquelle figurent des chercheurs du Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive de Montpellier (CEFE, CNRS/Université de Montpellier/Université Paul-Valéry-Montpellier/EPHE), montre pour la première fois qu'il n'en est rien. Leurs travaux publiés le 11 mai dernier dans PLOS ONE révèlent que ces monticules résultent, dans les sites étudiés, de l'intense activité d'une espèce de ver de terre. En savoir plus

Understanding evolution by genome duplication: don’t throw the baby out with the bathwater

 

Morten Limborg 

Natural History Museum of Denmark, Copenhague

Le vendredi 7 octobre 2016 - 11h30 Grande Salle CEFE (1919 Rte de Mende, 1e étage, aille C)

(Seminar in English)

An outstanding topic in evolutionary biology relates to the evolutionary role of gene and genome duplications. Indeed, many polyploid-origin plants and animals are currently enjoying a genomics revolution enabled by modern sequencing and genotyping technologies. However, routine filtering of duplicated loci (so called paralogs) in most genomic studies introduces an unacceptable, but often overlooked bias when searching for genes under selection. Retained duplicates from recent Whole Genome Duplications (WGD) are concentrated at distal ends of some chromosome arms. Evidence shows that these duplications catalyze adaptation through one of two pathways: neo-functionalization or increased gene-expression due to increased copy number. Filtering paralogs may therefore completely remove distal ends of some chromosomes and impoverish interpretation of genomic data, as signals from many duplicated genes will be lost. I will present a case study from Pacific salmon where we genotype and map duplicated loci by using the overlooked strategy of creating gynogenetic haploids. I continue by presenting ongoing efforts to further screen natural populations to detect Darwinian selection in these, hitherto ignored, duplicated genes. With our new analytical pipeline, we expect to shed light on the importance of a recent WGD on the successful radiation of salmon and other polyploid-origin species.

Recent publications:

Limborg et al. (2016) Sorting duplicated loci disentangles complexities of polyploid genomes masked by geno-        typing by sequencing. Molecular Ecology 25: 2117-2129.

Limborg et al. (2015) Linkage mapping reveals strong chiasma interference in sockeye salmon: Implications for       interpreting genomic data. G3 5: 2463-2473.

Allendorf FW,…, Limborg et al. (2015) Effects of crossovers between homeologs on inheritance and population        genomics in polyploid-derived salmonid fishes. Journal of Heredity 106: 217–227.

 

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Un même gène rend les papillons de jour colorés et les papillons de nuit camouflés

© Mathieu Joron

Dans les forêts tropicales d'Amérique latine, les papillons toxiques du genre Heliconius arborent sur leurs ailes des motifs aux couleurs vives que les prédateurs apprennent à reconnaître et éviter. Pour une meilleure protection, différentes espèces de papillons, vivant sur un même territoire, s’imitent mutuellement, alors qu’une même espèce vivant dans des régions différentes peut arborer des motifs distincts. Comment ces papillons réalisent-ils cette étonnante stratégie évolutive ?

Lire la suite : Un même gène rend les papillons de jour colorés et les papillons de nuit camouflés

Prendre du poids pour conserver son rang

Le 26 mai 2016

Elise Huchard© Elise Huchard.

Chez les suricates, pour espérer devenir « chef de clan » mieux vaut faire le poids. Les individus les plus gros ont en effet davantage de chance de remporter les combats et d’accéder au rang de mâle ou de femelle dominante. Plus étonnant : les suricates sont capables d’accélérer leur croissance quand leur plus proche concurrent prend un peu trop d’embonpoint et menace de voler leur place dans la hiérarchie. C’est ce que vient de démontrer une équipe internationale composée notamment de chercheurs du CNRS. Ces résultats, qui mettent en évidence l’influence majeure que peut avoir l’environnement social sur le phénotype des individus et sont peut-être transposables à d’autres groupes de mammifères, ont été publiés dans la revue Nature. Pour en savoir plus